Тогда началось у Феофана небезопасное для него дело с бывшим архимандритом Маркеллом Родышевским, до того времени находившимся прежде в приближении у Феофана. Этот Маркелл сообщил Феофану, что какой-то солдат на улице сделал ему намек о колокольном набатном звоне, за которым должен последовать народный мятеж, с целью погубить духовных, подозреваемых в неправославии и поругании святых икон. Феофан донес об этом правительству, и так как донесенное ему Маркеллом касалось народного возмущения, то Феофан сдал Маркелла в страшный Преображенский приказ. Там Маркелл начал наговаривать на Феофана, показывая, между прочим, что он дурно отзывался об императрице. Немного спустя, Маркелл начал сыпать на Феофана в 47 пунктах обвинения в неправославии, которое, по его объяснению, высказалось во многих сочинениях Феофана; Маркелл указывал, будто из этих сочинений видно, что автор их думает, что христианин может оправдаться перед Богом верою, а не делами с верою, что он не признает, как следует, творений святых отцов, не почитает икон, называет суеверием водоосвящение, смеется над акафистами, порочит минеи, прологи и кормчую книгу, держит у себя в доме музыку, говорит, что хорошо было бы ввести ее в церквах и прочее. Тайная канцелярия взяла с Феофана подробное и письменное опровержение таких обвинений, но кто знает, как бы Феофан тогда отделался, если бы, на его счастье, не пал скоро Мен-шиков, находившийся уже не в дружелюбном отношении к новгородскому архиепископу, и потому мирволивший Родышевскому. С падением Меншикова, Феофан уже смелее и резче прежнего опровергал своего противника Родышевского, освобожденного из Преображенского приказа по распоряжению верховного тайного совета и проживавшего в Невском монастыре. В январе 1728 года Маркелл бежал оттуда в Москву, был пойман по распоряжению Феофана и привезен в Синод, но тут объявил за собой "государево слово" и был снова взят в Преображенский приказ, где продолжал писать на Феофана доносы; потом его отпустили в Симонов монастырь и приказали содержать под караулом, но караул этот не был строг. К этому времени двор переехал в Москву, совершилась коронация Петра II, затем - его смерть, призвание на престол Анны Ивановны. Потрясения, происходившие тогда одно за другим, многих погубили, но Феофан только пользовался ими, чтобы крепче утвердиться. Ловкий и проницательный, он смекнул, что затеи членов верховного тайного совета ограничить самодержавие со вступлением Анны на престол не осуществятся, что самодержавие слишком приросло к общественной русской жизни, и, несмотря на все свои подписки и обещания, Анна возвратит русскому престолу известную форму, от которой ее принуждали отречься. Феофан стал на сторону противников верховного совета; не смея пока открыто действовать против него, Феофан молчал, когда нужно было еще молчать, втайне смеялся над верховниками и побудил, прежде совершения присяги в смысле нового образа правительства, прочитать публично форму этой присяги. Верховники, не смея, со своей стороны, резко заявить своих намерений, создали тогда такую форму присяги, которую присягавшие не вполне, так сказать, раскусили. Феофану этого и было нужно, чтобы потом была возможность толковать, что дело понималось совсем не так, как его хотели представить сторонники ограничения царской власти.
Когда Анна была встречаема в Москве, Феофан не посмел высказать ей публично того, что было бы ей приятно, но в своей речи, которую произносил перед нею, вставил несколько двусмысленных выражений, на которые впоследствии можно было указать, как на свидетельство его верности самодержавию. Есть известие (неизвестно - верно ли), что Феофан подарил Анне столовые часы, в которых под доскою государыня могла найти начертанное Феофаном наставление, как поступать ей. Не долго пришлось Феофану таиться и вилять. По просьбе, представленной разом несколькими стами человек из шляхетства, Анна отреклась от условий, на которых принуждена была принять престол от верховного совета, разорвала их публично, и самодержавная власть государя была восстановлена в России на прежних, стародавних основах. Феофан спешил и в речах и в стихах прославить это событие, подсмеиваясь над неудавшимися затеями и угрожая тем, которые бы когда-нибудь вздумали повторить подобные затеи:
Всяк, кто ни мыслит вводить строй отманный,
Бойся самодержавной, прелестницы, Анны:
Как оная бумажка вси твои подлоги.
Растерзанные, падут под царские ноги.
В наступившее царствование, Феофану опять, до самой своей смерти, пришлось бороться с кознями своих врагов.
Родышевский, проживая в Симоновом монастыре, сошелся с духовником государыни, троицким архимандритом Варлаамом, с бывшим директором типографии Аврамовым, занимавшимся при Петре писанием истории, и с другими лицами. Было намерение повредить Феофану через посредство духовника государыни. Но все козни не удались. Родышевский написал житие Феофана, стараясь выставить в самом дурном свете своего противника, а главное - обвинить его в неправославии. Тот же неугомонный Родышевский составил огромную критику на духовный регламент и на объявление о монашестве; Родышевский силился разбить взгляд Петра на монашество, выраженный в указе, в котором излагался проект нового преобразования монастырей. Маркелл прямо называл эти документы сочинением Феофана. Феофан, со своей стороны, написал ответ, защищая новый взгляд на монашество, но Маркелл не расчел того, что, поражая Феофана за такие сочинения, которые были изданы не от его имени, а как правительственные документы, он вызывал на борьбу с собой уже не Феофана, а правительство, и потому в январе 1732 года ему поставили это в вину и, по высочайшему повелению, сослали в заточение в Кирилло-Белозерский монастырь, разом с ним отправили Аврамова и еще двоих лиц в монастыри. Варлаам успел в пору увернуться.
Зато в 1732 году Феофан низложил своего злейшего врага Дашкова, который, будучи членом Синода и энергическим приверженцем старины, давно уже думал сделать вред Феофану, тем более, что у него были в душе честолюбивые мечты сделаться патриархом. Случилось, что Синод должен был судить воронежского архиерея Льва Юрлова за то, что, уже после вступления на престол Анны Ивановны, этот архиерей, вместо нее, поминал при богослужении мать Петра II, Евдокию Феодоровну, объясняя это впоследствии тем, что не получил указа от Синода о вступлении на престол новой государыни. Когда в Синоде собирались составить указ о том, чтобы воронежского архиерея арестовать и везти в Петербург, Георгий Дашков советовал помедлить, подождать нового доношения от воронежского губернатора по этому делу, а когда привезли Льва в Петербург, то последний показал, что он просил заступничества у Георгия Дашкова. Льва лишили сана и предали гражданскому суду, но и Георгия, как уличенного заступника его, удалили из синода в монастырь. Тогда Феофан поднял против Георгия дело о взятках в ростовской епархии; это дело решилось не в пользу Георгия, и Феофан испросил у государыни построже наказания виновному: его лишили сана и сослали в Каменный вологодский монастырь.
Пользуясь большим почетом у императрицы Анны, Феофан употреблял свое положение для того, чтобы вредить своим врагам и преследовать даже тогда, когда они находились в совершенном падении; Феофан был безжалостен не только к своим врагам, но не прощал и тем, которые оказывали сострадание к его бессильным врагам. Бывший некогда коломенским митрополитом, Игнатий Смола, сторонник Дашкова и давний недоброжелатель Феофана, был сослан в Свияжский монастырь за нерешительность в деле осуждения Льва. Его принял радушно казанский митрополит Сильвестр Холмский. За это, по настоянию Феофана, Игнатия выслали подалее на берег Северного моря, в Никольский корельский монастырь, для содержания под крепким караулом, а Сильвестра, у которого при обыске в бумагах нашли доказательства, что и он не менее Игнатия и Георгия питал злобу к Феофану, сослали в Крипецкий монастырь близ Пскова. Сильвестр объявил за собою "слово и дело" и привезен был в Москву; там он запутался в показаниях: тогда его лишили сана и сослали в заточение в Выборг. Дашков, сосланный в вологодский Каменный монастырь, принял схиму под именем Гедеона, но Феофан узнал, что его держат в монастыре с послаблением, и отправил секретно синодского обер-секретаря Дудина узнать об этом подробно. Оказалось, что монастырское начальство действительно обращалось с заточенным ласково. По этому поводу взяли под арест каменского архимандрита и казначея, привезли обоих в Петербург к суду Синода. Архимандрит, страшась пытки, умер в тюрьме; по показанию казначея, притянули к делу вологодского архиерея Афанасия Кондоиди, за то, что он переменил у Георгия Дашкова караульных служителей. Афанасий как-то отделался от беды и, воротившись в свою епархию, начал содержать Дашкова уже с такою строгостью, что даже сам Синод приказал сделать послабление осужденному. Дашков от тоски заявил, что у него есть "государево слово и дело", но Синод, руководимый Феофаном, не обратил внимания на это заявление низложенного архиерея и приказал сослать его в Нерчинский монастырь в той надежде, что, находясь в такой дали, он уже не будет беспокоить правительство.
