Около этого же времени кентерберийский архиепископ вместе с магистрами Оксфорда осудил заблуждения, происходившие из учения Аверроеса. Это осуждение было подтверждено в 1284 г.; при этом налагались: для магистра — увольнение от должности, а для студента — исключение без права получения ученой степени. Эти новые пункты были присоединены к пунктам парижского епископа Тампье. В учениях последователей Аверроеса видели источник действительных опасностей для Церкви, как это видно из того, что и в XV и XVI вв. печатали эти осудительные пункты в конце четвертой книги «Сентенций»; есть они также в изданиях Фомы Аквинского, Дунса Скота и Бонавентуры.
Однако эти пункты вызвали многочисленные жалобы, так как стесняли свободу диспутов.
Опасности, угрожавшие ученому богослову в этой войне мнений, ясно выразились в случае с Эгидием Колонна (Эгидием Римским), ярым противником аверроизма. Составленный им список заблуждений долго служил основанием для осуждений этого учения. В 1285 г. Эгидий был обвинен в Париже в том, что поддерживал некоторые заблуждения, осужденные в 1277 г. После долгих споров дело было перенесено на суд Святого Престола, и Гонорий IV снова отправил виновного на суд Парижского университета. Однако за Эгидия вступился Филипп Красивый.
В конце XIII и в начале XIV вв. образовалась признанная школа аверроистов в Падуанском университете и удержалась там до XVII в. Принял аверроизм также Болонский университет. Умерший в 1346 г. генерал кармелитов Жан де Баконторн прозывался Князем Аверроистов, и благодаря ему запрещенная философия стала традиционной в ордене. Некоторые дела, рассмотренные инквизицией Каркассона и Памье в первую четверть XIV в., показывают, что даже и в низших классах аверроизм был неизвестен.
Инквизиция, тем не менее, оставляла безнаказанными умозрения, которые подрывали христианскую веру и явно отрицали учения, на которых покоились богатство и могущество иерархии. Даже Парижский университет в конце XIV в. осуждал аверроизм и построенные на нем заключения, хотя часто принимал решения против незначительных заблуждений схоластиков. Однако Герсон всегда считал Аверроеса самым дерзким олицетворением мятежного неверия.
Со времени Петра д'Абано аверроизм дал первого мученика только в 1512 г. в Северной Европе, где схоластическое богословие вело смертельную борьбу против гуманизма. Герман Рисвик был осужден в 1499 г. за проповедь учения, что материя не была сотворена и существовала вечно вместе с Богом, душа умирает вместе с телом, добрые и злые ангелы не были созданы Богом. Он отрекся и был подвергнут пожизненному тюремному заключению; но бежал и продолжал проповедовать свои заблуждения. В 1512 г. его снова арестовали, инквизитор выдал его как рецидивиста в руки светской власти, и Герман был сожжен.
Однако в Италии науки уже давно взяли верх над верой. Но все же Рим и тогда подавлял неугодные ему умозрения схоластиков и философов. Борьба была поднята в деле Лоренцо Баллы. Лоренцо написал критику на Дар Константина около 1440 г. в Неаполе. Он утверждал, что папство должно быть лишено светской власти. Только много лет спустя после смерти Баллы инквизитор Валенсии, упоминая о Даре Константина, говорит в 1553 г., что Лоренцо пытался подорвать его подлинность, но что все остальные единогласно выступают на его защиту, так что отрицание его близко подходит к ереси. Неприятности постигли его не из-за этого. Он вступил в публичный спор с невежественным священником, утверждавшим, что Символ Веры был составлен апостолами, и спор дошел до вопроса о подлинности сношений между Христом и Эдесским королем.
Вмешалась инквизиция; но неаполитанский король положил конец преследованию, и Валла был обязан дать только общие заявления, что верил в то, во что верила Святая Мать-Церковь; он, защищаясь, сказал: «И в этом также верю так, как верит наша Мать-Церковь, хотя наша Мать-Церковь не знает по этому вопросу ровно ничего». После 1433 г. папа-гуманист Николай V дал ему место одного из своих секретарей; а Каликст IIIразрешил торжественно похоронить Баллу в папской церкви Св. Иоанна Латеранского. Но при этом Поджио, враг Лоренцо, заявлял, что скорее нужно бороться огнем, чем доказательствами против заблуждений дерзкого критика, касающегося природы Бога и обета целомудрия. Комментарий Баллы на Новый Завет, в котором автор на основании греческого текста исправлял Вульгату, хотя и был в 1559 г. включен Павлом IV в Индекс, не был запрещен при своем выходе в свет. Николай V и многие видные богословы высоко ценили этот труд. Однако попытка Баллы исправить искаженный текст Вульгаты встретила большие препятствия; но все же было признано право на исправление текста.
В XV в. схоластикам и гуманистам, какими бы еретиками они ни были, нечего было бояться в Италии. Правда, в 1459 г. ломбардский инквизитор приговорил к лишению сана и пожизненному тюремному заключению доктора, каноника из Бергамо, утверждавшего, что Бог создал другой мир, населенный людьми, так что Адам не был первым человеком, что Христа на крест привела не любовь к человечеству, а могущество планет. Но Пий II, утверждая приговор, смягчил его. Вмешался он также и тогда, когда инквизиция осудила крупного сановника из Удино, виновного в прямом отрицании бессмертия; приговор был отменен, а виновному дана была возможность избегнуть наказания за ересь публичным признанием своего заблуждения.
Но не всегда и в XV в. папы и Церковь в Италии проявляли благосклонность к гуманизму. В 1487 г., едва достигнув двадцати четырех лет, Пико делла Мирандола опубликовал девятьсот положений, предлагая защищать их в Риме перед всяким схоластиком. Этот список заключал в себе все, что могли знать в ту эпоху в богословии, в философии, в науке — до тайн Востока. В ответ его враги подняли вопрос о его верности католической религии. Среди его положений двенадцать или тринадцать были осуждены как еретические богословами, которым Иннокентий VIII поручил их исследовать. «Этот молодой человек, сказал папа, дурно кончит и будет в один прекрасный день сожжен». Пико бежал; полагали, что он скрылся в Испании, и Иннокентий в 1487 г. послал бреве Фердинанду и Изабелле, в котором изображал Пико мятежным еретиком, выступившим под предлогом оправдания в своих заблуждениях, наоборот, с их защитой, и поэтому его следует арестовать и принудить к отречению, где бы его ни открыли. В конце концов он был вынужден изъявить полную покорность и получил от Александра VI в 1493 г. буллу, подтверждавшую его правоверие и запрещавшею инквизиции преследовать его. Впрочем, он отказался продолжать безуспешную борьбу против Святого Престола. Последние годы своей жизни он провел в усердном изучении Св. Писания и умер от горячки в тридцать два года.
Наряду с этой исключительной строгостью интересно отметить противоречивую позицию Церкви в отношении аверроизма в Италии. Лев X на Латеранском собор 21 декабря 1513 г. осуждал распространение учения, гласившего, что душа смертна и что существует одна душа, общая всему человеческому роду. Он осудил также утверждения, что земля вечна и что душа не имеет формы тела; запрещая преподавать в школах эти теории, он специально указывает на остроумный прием, который употребляли профессора: они двусмысленно разбирали эти учения с целью довести слушателей до убеждения, что они истинны. В 1520 г. папа специально обращает внимание генерального инквизитора Ломбардии на людей, которые пытаются узнать больше, чем надо, и которые питают дурные мысли в отношении Святого Престола; инквизитор должен наказывать этих виновных, широко применяя пытку, одиночное заключение и другие наказания, и должен внести в папскую канцелярию все, что будет получено с них путем конфискаций, каковы бы ни были их положение или сан.
Однако споры относительно положения аверроистической философии были любимым удовольствием полуязычников-философов, заполнявших двор Льва; для охранения себя от ударов инквизиции они представляли одновременно тезу и антитезу, признавали вопросы неразрешимыми для человеческого ума и заключали лицемерным подчинением Церкви. К таким приемам прибегал Помпонацио (1443–1525 гг.); благодаря ему аверроизм сделался еще более популярным, хотя философ и поднимал на смех Аверроеса. Помпонацио придумал дилемму: «Если все три религии ложны, то все люди ошибаются; если одна из них истинна, то ошибается большинство людей». Он также утверждал: «Если существует воля высшая, чем моя, то зачем я буду ответствен за мои поступки и движения? Итак, если существует воля, верховный порядок, то необходимо, чтобы все совершающееся было согласно с предварительно установленной причиной, и поступаю ли я хорошо или худо, в этом нет ни заслуги, ни греха». В трактате «О колдовстве» он разрушал своим доказательством веру в чудеса. Он утверждал, что все подчинено порядку природы; изменения империй и религий зависят от движения планет; тауматурги — просто ловкие натуралисты, которые предвидят действие скрытых влияний и пользуются перерывом в естественных законах, чтобы основывать новые религии; когда тайные влияния не дают более себя чувствовать, прекращаются чудеса, религии падают и неверие торжествует, если новые соединения планет не вызывают явления новых чудес и новых чудотворцев. Помпонацио избежал преследований, исключив из своих умствований христианскую веру.