История Роджера Бэкона (ок. 1214 — ок. 1292) проливает свет на направления XIII в. Его работы и мнения были протестом против всей современной ему мысли и учения. По словам Бэкона, изучение «Сентенций» Петра Ломбардского ставили выше изучения Священного Писания. Невозможно, добавляет Бэкон, чтобы слово Божие было понято в то время, когда злоупотребляют «Сентенциями»; если кто-нибудь для освещения вопроса обращался к Св. Писанию, то его никто не слушал. Всякий считает себя вправе исправлять текст Вульгаты, искажая его. Бэкон первый оценил важность этимологии и сравнительного языковедения и беспощадно раскрывал грубые ошибки, обычные у современных ему ученых. Методы Бэкона были строго научны. Он требовал реальных фактов как основания всякого рассуждения, идет ли речь о догме или о наблюдениях физических или нравственных. По его мнению, изучение природы или человека должно быть эмпирическим, знание должно предшествовать рассуждению. В ряду наук первое место занимала математика; второе место принадлежало метафизике; но у него метафизика была дедукциями, основанными на проверенных наблюдениях, так как, согласно Авиценне, «выводы других наук суть основные положения метафизики».
В то время, когда все с увлечением занимались словами, Бэкон изучал факты. Но он был обвинен в умозрениях, несогласных с учениями католической церкви, и в 1280-е гг. на него был сделан донос генералу ордена францисканцев; его мнения были осуждены; братьям было приказано тщательно избегать его заблуждений; сам он был заключен в тюрьму. Среди схоластических пререканий человек, смело боровшийся против общепринятых идей и безжалостно разоблачавший невежество ученых, не мог не возбудить против себя сильной вражды и не дать повода к обвинению его в ереси. Бэкон потерпел за то, что выступил против идей своей эпохи.
Весьма часто схоластики могли вступать в бесконечные споры, не подвергая себя ни малейшему порицанию. Столкновение между номиналистами и реалистами занимает видное место в истории европейской мысли.
По учению реалистов, отдельные особи суть существа эфемерные; постоянно существует то, что общо и свойственно всем существам. В человеке это — человечность, но сама человечность есть только часть более общего существования — духовности, а духовность есть только временная, преходящая форма бесконечного Существа, которое есть Все, не будучи ничем в частности. Только одно Существо неизменно. Эти идеи были заимствованы из трактата IX в. «Перифизеос», в котором Иоанн Скот Эригена дошел до тонких видений Божеского Существа, сильно приближаясь в этом к пантеизму. Скрытая ересь этого учения была осуждена Гонорием III в 1225 г. Номинализм же смотрел на отдельную особь, как на основную субстанцию; универсалии суть только абстракция, умственное представление о качествах, общих всем особям; действительность их — только звук слов, их обозначающих. Подобно тому, как реализм, измененный смелыми мыслителями, привел к пантеизму, так и номинализм вел своих последователей постепенно к познанию происхождения особи и привел, в конце концов, к атомизму. Две соперничающие школы впервые явно выступили одна против другой в начале XII в. В конце концов восторжествовал реализм в видоизмененной форме, благодаря высшему авторитету Альберта Великого и Фомы Аквинского. Дуне Скот был реалист, но он расходился с Фомой Аквинским в вопросе об индивидуализации, и реалисты разделились на фомистов и скотистов. В то время, как реалисты ослабли из-за разногласий, Вильям Оккам возродил номинализм.
Школы вели шумные споры. В 1465 г. вспыхнула продолжавшаяся десять лет борьба в Лувенском университете по поводу положений реалиста Петра де ла Рива о Судьбе и Божьем Промысле. Номиналисты победили, осудив Петра де ла Рива, но реалисты все же добились от Людовика XI издания указа, запрещавшего преподавать учения номиналистов во всех университетах королевства. В 1481 г. Людовика убедили отменить указ. Реалисты-доминиканцы враждебно относились к номинализму; фомисты смотрели на отрицающего универсалии как на виновного в грехе против Св. Духа, Бога и христианства.
Университетские летописи полны фактов, показывающих, как смелые логические прения доводили схоластика до самых опасных богословских тонкостей, которые легко могли вызвать подозрение в ереси. Философы средневековья нередко вторгались в область богословия и стремились доказать логическим путем самые глубокие и самые сокровенные его тайны, и хотя они и были тверды в своей вере, тем не менее вторжение разума в области догмы угрожало впадением в ересь. По поводу таких философских изысканий еще великий еврейский ученый Маймонид (1135–1204) сказал: «Стараться понять Божескую Мудрость равносильно для нас попытке самим сделаться Богом, чтобы наше умозрение было сходно с Его умозрением… Нам совершенно невозможно достигнуть этого рода умозрения. Если бы мы могли сами себе объяснять это, то мы обладали бы познавательной способностью, которую нам дает этот род умозрения». Однако честолюбивые схоластики и крайне правоверные доктора богословия отказывались признать, что конечное не может объять бесконечное; самонадеянные логики считали своей исключительной привилегией охрану Святая Святых и толкование человечеству воли Бога. В 1201 г. доктор Симон де Турнэ остроумными положениями доказал таинство Св. Троицы; затем он похвастался, что может, если бы захотел показать себя нечестивым, разрушить это учение еще боле серьезными аргументами.
Смелость этих легкомысленных богословов, проникая в священную область догмы, увеличилась, когда во второй половине XIII в. в Европе появились труды арабского философа Аверроеса, умершего в 1198 г. Согласно Аверроесу, материя существовала всегда, что делает невозможным учение о творении мира. Вселенная представляет иерархию вечных, первоначальных, управляемых собственными законами и неопределенно связанных с высшим единством принципов. Одним из этих принципов является активный Интеллект, постоянно проявляющий себя и составляющий вечную совесть человечества. В нем — единственная форма бессмертия. Так как душа человека есть обломок коллективного всего, временно отделившийся, чтобы одухотворить тело, то эта душа после смерти снова поглощается в активном Интеллекте Вселенной. Поэтому после смерти нет ни воздаяний, ни наказаний. Тленное тело обретает материальное бессмертие в своих потомках; но только коллективное человечество бессмертно. Аверроес писал: «Специальная религия философов состоит в том, чтобы изучать то, что существует, ибо самое тонкое почитание, которое можно оказать Богу, есть созерцание Его творений, которое ведет нас к познанию Творца во всей его реальности. Это в глазах Бога одно из самых славных действий, тогда как самое худшее действие — это осуждать в заблуждении или в предубеждении того, кто воздаст Богу это почитание, более славное, чем какое-либо другое, того, кто почитает Бога согласно этой религии, лучшей из всех религий». В то же время он смотрел на официальные религии как на прекрасное средство для морализации.
Предание, однако, приписывает ему слова о Моисее, Иисусе Христе и Магомете: «Это три обманщика, обольстившие человеческий род». Это заявление Церковь приписывала всем противникам, которых хотела дискредитировать; Фома Брабантский — Симону Турнэ; Григорий IX в 1239 г. — Фридриху II.
Около 1260 г. Альфонс X, король Кастилии, делит ереси на два главных разряда, из которых наиболее опасен аверроизм, отрицающий бессмертие души и награды и наказания в будущей жизни. В 1291 г. Таррагонский собор приказал карать всякого, кто не верит в загробную жизнь. Михаил Скот из Толедо принес ко двору Фридриха II свои переводы Аристотеля и Аверроеса. Он нашел самый радушный прием у императора, которого ненасытная жажда знаний влекла к этим источникам новой философии. Эти переводы Фридрих распределил между университетами Италии. Герман Алеманн продолжал в Толедо дело Скота и принес другие переводы Манфреду, наследнику Фридриха, так что около середины XIII в. главные труды Аверроеса стали известны ученым Европы.
Уже в 1243 г. епископ Парижа и магистры университета осудили ряд схоластических заблуждений, которые испытали влияние аверроизма. К 1247 г. епископ Фраскати, папский легат, осудил Жана де Брескена за еретические умозрения относительно света и материи; Жана изгнали из Парижа и запретили преподавать, вступать в споры или жить там, где было учебное заведение. Отныне было запрещено логикам заниматься богословием, а богословам — логикой. Альберт Великий и Фома Аквинский употребили всю свою ученость и авторитет, чтобы помешать распространению опасных учений. Бонавентура также обличал отрицание бессмертия души и утверждение единства разума и вечности материи; францисканцы и доминиканцы объединились, чтобы бороться против общего врага. В 1270 г. парижский епископ осудил тринадцать заблуждений, связанных с аверроизмом и нашедших защитников среди схоластиков. Эти учения утверждали, что разум всех людей тождествен и один во множестве, что человеческой волей руководит необходимость, что мир вечен, что никогда не было первого человека, что душа погибает одновременно с телом и недоступна материальному огню, что Бог не знает вещей, свойственных отдельным личностям, что он знает только одну свою сущность и не может дать бессмертие и нетление тому, что смертно и тленно. В 1277 г. парижский епископ осудил девятьсот девятнадцать заблуждений, по большей части тождественных тем, которые были уже осуждены до этого или вытекали логически из этих положений и стремились создать систему материализма и фатализма. Смелые успехи свободной мысли сказались в ясно определившемся антагонизме между философией и теологией. В силу этого учения философ, действительно, должен отрицать сотворение мира, так как он основывается только на естественных фактах, но верующий может признавать сотворение, так как он обращается к явлением сверхъестественным.