Отделы состояли из двух основных отделений: внешней и антипартизанской разведки, кроме них были введены должности специальных офицеров-вербовщиков агентуры.
Разведывательно-резидентские области были подчинены отделам по национальному признаку. Штат каждой разведывательно-резидентской области после реорганизации состоял из главного резидента-начальника области, трех помощников и нескольких курьеров для связи с районными резидентами. В областной аппарат также входили вербовщик агентуры и несколько штатных агентов. В подчинении каждой разведывательно-резидентской области было от 8 до 20 районных резидентур.
Осенью 1943 года резидентам было предложено срочно выявить из их агентуры специалистов. радистов и связистов, а также других подходящих лиц, которых можно было бы направить в школу разведчиков-радистов.
Для обучения радистов были организованы курсы в м. Миттенгайде, близ города Алленштайна в Восточной Пруссии. На курсах обучалось около 30 агентов. Начальником курсов был лейтенант Гресс, преподавателем разведдела. немец Лейдер.
Еще одна спецшкола размещалась в м. Обераммергау (Бавария). Здесь готовили радистов для отрядов УПА. Школой руководил полковник П. Дьяченко. По неподтвержденной информации здесь же скрывался от немецких репрессий руководитель Варшавского восстания Бур-Коморовский.
Для активизации зафронтовой разведки начальники резидентских областей с рабочим аппаратом были передислоцированы ближе к фронту и должны были постоянно находиться при штабах тылов немецких армейских групп. Их помощники по внешней разведке были прикомандированы к разведывательным абверкомандам, дислоцировавшимся на территории резидентской области. К штабам армий были прикомандированы по 3 офицера разведки и связи из разведывательно-резидентских областей, которые должны были осуществлять заброску агентуры и руководство ею.
Особое внимание уделялось созданию разведывательных резидентур на освобождаемой советскими войсками территории. Осенью 1943 года главным и районным резидентам были направлены несколько директив по этому вопросу, в одной из которых предлагалось: «…В случае оставления пункта по причине отвода германских войск, резидентуре вменяется в обязанность оставлять на месте прежней дислокации своих агентов для разведывательной работы в тылу противника».
Оставляемые на оседание подбирались из пожилых людей и инвалидов, не подлежавших мобилизации в армию или на трудовые работы. Эти агенты должны были собирать данные о численности и технической оснащенности воинских частей Красной Армии, политическом настроении военнослужащих и местного населения.
Конкретные задания агенты получали из отделов 1Ц немецких воинских частей, действовавших на близлежащем участке фронта. Резидент «Зондерштаба Р» представлял намеченных для оставления агентов работникам отдела 1Ц для получения задания и паролей. Кроме того, резидент оставлял агентам пароль для связи с резидентурой. При отступлении вермахта резидент должен был передвигаться вместе с комендатурой, которая ранее дислоцировалась в районе его действий, и возобновлять работу в новых местах ее дислокации.
Для связи с агентами, оставленными на советской территории, резидент создавал явочные пункты. Полученные от агентуры разведматериалы начальник явочного пункта передавал своему резиденту, а тот должен был срочно доставить их в «Зондерштаб Р».
Агент, перейдя линию фронта на сторону немецких войск, должен был явиться в отдел 1Ц, которому был передан. Если этого отдела на участке перехода не было, агент передавал добытые сведения в отдел 1Ц ближайшей воинской части.
Если позволяла обстановка, агент должен был явиться на обусловленный явочный пункт.
В 1943 году численность зафронтовой агентуры возросла более чем в 40 раз. Только на южном крыле советско-германского фронта территориальные контрразведывательные органы СССР выявили свыше 700 разведчиков-зондерштабистов. Успехи были и у другой стороны. Так, в 1943 году ведомство Гелена издало секретный сборник «Ведомости партизанской войны», в котором весьма подробно и с явным знанием предмета излагались сведения об организационно-структурном строении советского партизанского движения, его тактике, вооружении и пропаганде. Кроме этого, геленовской разведке удалось выявить практически всех руководителей движения и места подготовки личного состава.
В 1943 году разведывательные структуры Смысловского устанавливают контакт с различными антисоветскими формированиями в тылах Красной Армии, включая Армию Крайову (АК), волынских повстанцев полковника Т. Боровца (Бульбы), остаточные группы власовцев и каминцев. Контакт был использован для последующего использования личного состава этих формирований в разведке и проведении диверсий. В состав этих тайных армий засылались подготовленные в учебных батальонах военные кадры, офицеры связи и специалисты.
В конце 1943 года Смысловский отказался подписать Смоленское воззвание Русского Комитета. Вскоре он был обвинен немцами в поддержке АК, НТС и УПА. Также в вину ему был поставлен отказ выдать Гестапо посетившего штаб полковника Бульбу-Боровца. Смысловский был арестован, дивизия расформирована. При этом немцы лишились потока разведывательной информации. В конце 1943 года комендант 585-го армейского тылового района сообщал в штаб 4-й танковой армии про ослабление агентурной работы в результате реорганизации «Зондерштаба Р»: «Большую роль в разведывательной работе против банд играют теперь группы тайной полевой полиции, команды абвера и разведывательные команды СД».
Пытаясь наверстать упущенное, в 1944 году в Белоруссии полицией безопасности и СД на базе резидентур «Зондерштаба Р» был создан и непродолжительное время действовал контрразведывательный орган. штаб «Ингвар». Штаб дислоцировался в Минске под прикрытием немецкой строительной фирмы «Эрбауэр» («Восстановитель»). Во главе «Ингвара» стоял бывший резидент «Зондерштаба Р» в Минске, член НТС, Игорь Юнг, впоследствии сотрудник «Предприятия «Цеппелин».
«Ингвар» состоял из пяти отделов: 1-й. разведывательный (аналог 1-го отдела «Зондерштаба Р»). В отделе работали эмигранты из НТС Родзевич, Мичанов, Евреинов. 2-й. контрразведывательный. Занимался в основном сбором сведений о настроениях населения и деятельности националистических партий. В отделе работали сотрудники Соколовский, Денисенко, Вишенко и Богатырев. 3-й отдел. хозяйственный. В него входил так называемый торговый отдел, который изыскивал денежные средства для органа. Начальником отдела был Зеленский, сотрудники. Изместьев, Кондырев. 4-й отдел. функции не установлены. Возглавлял бывший начальник отделения внешней разведки русского отдела «Зондерштаба Р» Цуканов. 5-й отдел. кадровый. Руководитель. Залесский.
В Барановичах, Минске, Борисове действовали районные резидентуры «Ингвара».
Летом 1944 года, во время разгрома немцев под Минском, значительная часть сотрудников «Ингвара» ушла в бригаду Каминского.
Тем временем Смысловский полгода находился под следствием, которое вел генерал-фельдмаршал В. Кейтель. После его окончания руководитель «Зондерштаба-Р» был полностью реабилитирован и награжден орденом Германского Орла. Исправляя свою ошибку, отдел Генштаба «Иностранные армии Востока» во главе с Р. Геленом предложил Смысловскому вновь возглавить зафронтовую работу. Тот поставил перед немецким руководством условия, при выполнении которых согласился занять пост командира дивизии:
1. Расширение русских военно-разведывательных формирований.
2. Санкция на их существование от политического руководства Германии.
3. Предоставление всех прав и средств для организации антисоветского партизанского движения на территории Советского Союза.
4. Деятельность ограничивается только Восточным фронтом и ведется только против СССР.
Верховное командование приняло эти условия и сформировало штаб особого назначения при ОКХ, передав Смысловскому 12 учебных батальонов.
Выбывший в распоряжение штаба «Валли» основной руководящий состав «Зондерштаба Р» из русских белоэмигрантов в августе 1944 года находился в районе города Вайгельсдорф (Верхняя Силезия). Там Смысловский возглавил «Русскую объединенную разведшколу». В ней обучались агенты, отчисленные из бывшей Варшавской и других школ немецкой разведки (в основном из школ «прибалтийской группы». из м. Летсе, Стренчи и пр.) В это же время люди Смысловского вели разведывательную работу против частей Красной Армии на территории Польши. В подчинении органа было несколько переправочных пунктов (мельдекопфов).
В январе – феврале 1945 года штаб Смысловского вместе с «Русской объединенной разведшколой» выбыл в район г. Эшенбаха (Бавария), где объединился с контрразведывательной школой РОА, прибывшей из г. Хиршберга. В конце марта 1945 года бывший руководитель контрразведывательной школы РОА полковник Тарасов («Соболев») по заданию Смысловского завербовал в лагерях военнопленных в районе города Циттау (Саксония) около 200 агентов. Все они прошли двухнедельный курс обучения в школе. 2 февраля 1945 года в местечке Бад-Эльстер Смысловский получил приказ о переименовании «1-й русской национальной дивизии» в «Зеленую армию особого назначения» (Die Gruene Armee Z. b. V.). Тогда же ее главком сменил псевдоним на «Артур Хольмстон». После переговоров с ОКХ его части стали именоваться «1-я Русская национальная армия» (1-я РНА). Это военное объединение получило статус союзника Вермахта, сохраняло нейтралитет по отношению к армиям США и Великобритании и имело право на использование трехцветного русского флага. По информации советской разведки, немцы не разрешили Хольмстону-Смысловскому направить свою «зеленую армию» в тыл советских войск.
