Для избрания нового митрополита съехались в Москву три архиепископа: Леонид Новгородский, Корнилий Ростовский и Антоний Полоцкий, семь епископов: Макарий Вологодский, Варлаам Суздальский, Сильвестр Смоленский, Сергий Рязанский, Савва Тверской, Давид Коломенский и Герман Сарский, множество архимандритов и игуменов. Но прежде нежели собравшиеся приступили к своему главному делу, царь Иоанн Васильевич пригласил их к себе, бил пред ними челом и просил у них прощения и разрешения по случаю своего четвертого брака, в который он уже вступил самовольно. "Первую мою жену, - говорил царь, - Анастасию, с которою я жил тринадцать с половиною лет, злые люди отравили; вторую, Марию, после семилетней супружеской жизни также отравили, третью, Марфу, испортили еще до венца, и хотя я женился на ней в надежде ее выздоровления, но чрез две недели она скончалась, сохранив ненарушимым свое девство. В глубокой скорби я хотел было облечься в иноческий образ, но, видя бедствия государства и еще несовершенный возраст моих детей, дерзнул приобщиться четвертому браку. И ныне умиленно прошу святительский Собор простить меня и разрешить и молиться о грехе моем". Речь Иоанна и его смирение и скорбь глубоко тронули и прослезили слышавших. И они немедленно сделали соборное заседание в храме Успения Пресвятой Богородицы, прочитали и обсудили церковные правила относительно троеженцев и четвероженцев и постановили: благоверного царя ради его теплого умиления и покаяния простить и разрешить, но для очищения грехов наложить на него трехлетнюю епитимию. В первый год ему совсем не входить в церковь до Пасхи (это соборное определение состоялось 29 апреля, следовательно, вскоре после Пасхи); на Пасху духовник разрешит ему войти в церковь, подойти к принятию антидора и вкушать пасху. Во второй год царю стоять в церкви с припадающими, а на Пасху духовник разрешит ему вкушение и антидора, и пасхи. На третий год стоять царю в церкви с верующими, и, когда уже придет третья Пасха, духовник совершенно разрешит его и удостоит приобщиться Святых Христовых Тайн. Но если государь пойдет войною против неверных за святые церкви и за православную веру, в таком случае епитимия ему разрешается, а примут ее на себя на три года его богомольцы, весь освященный Собор. Из прочих же людей, кто бы они ни были, никто да не дерзнет сочетаваться четвертому браку; в противном случае будет предан проклятию. Надобно еще удивляться, как присутствовавшие на Соборе, зная характер Иоанна, осмелились если не расторгнуть его своевольный четвертый брак, то наложить на царя такую тяжкую епитимию и на три года отлучить его от святейшего таинства Евхаристии. Впрочем, Иоанн хотя и подчинился было соборной епитимии, но только на самое короткое время. Через месяц отправившись в Новгород и заехав (31 мая) в Хутын монастырь, он действительно не входил в церковь, а стоял у церковных дверей, пока царевичи слушали в церкви молебствие. Но 7 августа, получив в Новгороде известие о победе, одержанной нашими войсками над крымскими татарами неподалеку от Москвы, отправился в Софийский собор на молебен, а 15 августа присутствовал в том же соборе и за литургиею. Этого мало: прошло два-три года, и царь развелся с своею четвертою женою, отпустив ее в монастырь, а сам женился на пятой жене (около 1575 г.) и вскоре потом на шестой и на седьмой (в сентябре 1580 г.), и все это делал без всякого разрешения со стороны церковной власти, и не считал нужным даже просить у нее прощения и молитв, как просил по вступлении в четвертый брак.
Решив вопрос о четвертом браке царя Иоанна, Собор немедленно занялся избранием митрополита, и в мае 1572 г. избран и поставлен на Русскую митрополию один из присутствовавших на Соборе, именно архиепископ Полоцкий Антоний. При этом митрополите снова поднят был вопрос о церковных имуществах. Мы уже знаем, что Стоглавый Собор, оградив неприкосновенность прежних владений духовенства, постановил только, чтобы ни владыки, ни монастыри не покупали себе новых владений и никто им не продавал владений без доклада царю. А жертвовать владыкам или на монастыри вотчины, даже без доклада царю. Собор никому не запрещал. Теперь по приказу государеву митрополит Антоний и весь освященный Собор и все бояре в 9-й день октября 1573 г. приговорили следующее: "В большие монастыри, где вотчин много, впредь вотчин не жертвовать и не записывать за монастырями; но вотчин, прежде пожертвованных на монастыри, вотчичам не выкупать. Если же будут давать вотчины малым монастырям, у которых земель мало, те вотчины записывать за монастырями только не иначе как с доклада государю и по приговору боярскому". Чрез шесть лет царь нашел нужным потребовать от духовенства новых уступок. С наступлением 1580 г. в Москве открылся Собор, на котором присутствовали под председательством митрополита Антония все русские архиереи, множество настоятелей монастырей и других старцев. Иоанн объявил Собору, что отечество в опасности, что против него совокупились многочисленные враги - турки, крымцы, ногаи, Литва, Польша, немцы и шведы и угрожают потребить само православие; что для защиты веры и отечества от этих врагов необходимы средства, которые поистощились в предшествовавшие войны, между тем как у владык и монастырей много вотчин, много излишнего богатства, нередко употребляемого только на недостойную жизнь. Отцы Собора, поболев с благочестивым государем о затруднительных обстоятельствах отечества и выразив желание, чтобы воинский чин крепче ополчился на брань против врагов Креста Христова, определили: "а) отчин, какие доселе состояли при архиерейских домах и монастырях, не отнимать и никому не выкупать; но б) от сего дня (15 января) вотчинникам своих вотчин в помин души уже не раздавать по монастырям, а давать за них в монастыри только деньги, сколько какое село будет стоить; самые же вотчины передавать родовым наследникам, хотя бы и дальним; а если у кого не окажется и дальних родственников, тогда вотчины брать на государя за денежное вознаграждение из казны; в) митрополиту, и владыкам, и монастырям не покупать себе земель и не принимать их под залог; а если кто и после сего уложения купит землю или начнет держать под залогом, то земли те брать на государя безденежно, даже и те земли, которые ныне состоят в залоге за владыками и монастырями, отобрать на государя; а в деньгах ведает Бог да государь, как своих богомольцев пожалует; г) равно и в вотчинах княжеских, которые прежде сего жертвованы были владыкам и монастырям, волен Бог да государь, как своих богомольцев пожалует; а впредь княжеских вотчин не принимать; если же кто возьмет без ведома государева, те вотчины отобрать безденежно на государя, даже и те княжеские вотчины, которые были доселе куплены, взять на государя; а в деньгах ведает Бог да государь, как своих богомольцев пожалует; д) вперед митрополиту, владыкам и монастырям земель себе не прибавлять никаким образом, жить только на тех землях, что ныне за ними; а у кого место убогое, земли будет мало или вовсе не будет, тот пусть бьет челом государю, и государь, приговоря с митрополитом соборне и с боярами, устроит тот монастырь землею, как будет пригоже, чтобы он мог существовать". Соборная грамота была утверждена печатью государя, печатями и подписью митрополита и владык, наконец подписью настоятелей и старцев, присутствовавших на Соборе. Спустя один год после этого Собора митрополит Антоний скончался.
На его место избран и поставлен (в феврале 1581 г.) игумен Хутынского монастыря Дионисий. Этому первосвятителю выпал жребий постричь царя Иоанна пред самою его смертию в монашество под именем Ионы и погребсти его (? 18 марта 1584 г.), а потом венчать и миропомазать на царство Феодора Иоанновича (31 мая). Вскоре по воцарении Феодора в Москве созван был (20 июля) Собор знатнейшего духовенства под председательством митрополита Дионисия, точно такой же, какой был в 1580 г., по тем же самым побуждениям и с тою же целию. Этот новый Собор, обдумывая средства, как бы пособить государству в его нуждах, прежде всего подтвердил все постановления Собора 1580 г. относительно церковных вотчин. Затем, приняв во внимание, что митрополит, владыки и монастыри, по силе тарханных грамот, не платят с своих земель никаких государственных податей и земских сборов, а земли те оплачивают служилые воинские люди, отчего и терпят великие убытки, и что крестьяне от служилых людей переходят на церковные земли, чтобы, по тем же тарханным грамотам, пользоваться льготою, отчего еще более оскудевают воинские люди, определил: а) отселе, и именно с 1 сентября, остановить на время действие тарханных грамот ради оскудения воинского чина до государева указа, пока земля не поустроится, и платить царские подати и земские сборы со всяких тарханных земель, и церковных, и боярских, и княжеских, наравне со всеми земскими и служилыми людьми; б) платить оброк впредь до государева указа и за право торговли как всяким людям, так и имеющим тарханы (следовательно, и церковным), чтобы государевой казне убытку не было; в) людей торговых, с которых идут царские дани, в закладчиках у себя не держать никому - ни из духовных лиц, ни из мирских. Соборная грамота о всем этом, подобно грамоте Собора 1580 г., была утверждена печатью государя, печатями всех владык и подписями как владык, так и всех присутствовавших на Соборе настоятелей монастырей и старцев.
