На его место избран и поставлен (в феврале 1581 г.) игумен Хутынского монастыря Дионисий. Этому первосвятителю выпал жребий постричь царя Иоанна пред самою его смертию в монашество под именем Ионы и погребсти его (? 18 марта 1584 г.), а потом венчать и миропомазать на царство Феодора Иоанновича (31 мая). Вскоре по воцарении Феодора в Москве созван был (20 июля) Собор знатнейшего духовенства под председательством митрополита Дионисия, точно такой же, какой был в 1580 г., по тем же самым побуждениям и с тою же целию. Этот новый Собор, обдумывая средства, как бы пособить государству в его нуждах, прежде всего подтвердил все постановления Собора 1580 г. относительно церковных вотчин. Затем, приняв во внимание, что митрополит, владыки и монастыри, по силе тарханных грамот, не платят с своих земель никаких государственных податей и земских сборов, а земли те оплачивают служилые воинские люди, отчего и терпят великие убытки, и что крестьяне от служилых людей переходят на церковные земли, чтобы, по тем же тарханным грамотам, пользоваться льготою, отчего еще более оскудевают воинские люди, определил: а) отселе, и именно с 1 сентября, остановить на время действие тарханных грамот ради оскудения воинского чина до государева указа, пока земля не поустроится, и платить царские подати и земские сборы со всяких тарханных земель, и церковных, и боярских, и княжеских, наравне со всеми земскими и служилыми людьми; б) платить оброк впредь до государева указа и за право торговли как всяким людям, так и имеющим тарханы (следовательно, и церковным), чтобы государевой казне убытку не было; в) людей торговых, с которых идут царские дани, в закладчиках у себя не держать никому - ни из духовных лиц, ни из мирских. Соборная грамота о всем этом, подобно грамоте Собора 1580 г., была утверждена печатью государя, печатями всех владык и подписями как владык, так и всех присутствовавших на Соборе настоятелей монастырей и старцев.
Митрополит Дионисий слыл в свое время за человека очень умного и образованного, почему и назван в летописи "премудрым грамматиком". Обладал он и силою воли и характера, как показывают его действия по отношению к шурину царя Феодора Борису Годунову. Облеченный неограниченным доверием монарха и заправляя всеми делами государства с неограниченною властию, Борис тем самым возбуждал к себе зависть и неприязнь между другими боярами, во главе которых стояли Шуйские. По долгу пастыря и в видах общественной пользы митрополит старался примирить Шуйских с Борисом и действительно примирил в своем доме. Но когда оказалось, что Борис примирился притворно и вслед за тем сослал неизвестно куда двух купцов, приверженных к Шуйским, тогда митрополит не устрашился перейти на сторону Шуйских с целию отдалить Бориса от государя и лишить власти. Для этого в 1586 г. митрополит и Шуйские вместе с другими боярами и московскими купцами письменно условились между собою бить челом царю Феодору, чтобы он развелся с сестрою Борисовою Ириною как бесплодною, а женился на другой, от которой мог бы иметь наследника себе для блага России. К счастью Бориса, он вовремя узнал о замысле против него и словами кротости убедил митрополита оставить это дело, объясняя, что Ирина при своих молодых летах может еще иметь детей, и обещаясь не мстить никому из участвовавших в замысле. Митрополит поверил и был обманут. Скоро по наущению Бориса слуга Шуйских подал на них извет, будто бы они с своими друзьями и некоторыми купцами затеяли изменить государю. Началось расследование, и хотя клевета не подтвердилась ничем, но Шуйские и другие бояре были разосланы в отдаленные места на заточение, а несколько купцов обезглавлены. Тогда митрополит вместе с Крутицким архиепископом Варлаамом смело явились пред лицо Феодора, говорили ему о неправдах Годунова, называли его клеветником и тираном, обличали и самого царя в слабости и излишней доверенности к честолюбцу. Напрасно: хитрый Борис сумел извернуться пред государем, действительно в высшей степени слабым, и еще оболгал пред ним самого митрополита и Крутицкого владыку. Оба они были лишены своих кафедр (1587) и сосланы в новгородские монастыри: Дионисий - в Хутын, а Варлаам - в Антониев, где и скончались. На кафедру митрополитскую был возведен Ростовский архиепископ Иов, который, впрочем, недолго носил имя митрополита и вскоре начал собою ряд Русских патриархов.
ГЛАВА III
По разделении Русской Церкви на две митрополии за Московскою митрополиею остались только те епархии, которые находились во владениях Московского, или собственно Русского, государства. Это были кроме митрополичьей, Московско-Владимирской, следующие восемь епархий: Новгородская, Ростовская, Суздальская, Рязанская, Тверская, Сарская, Коломенская и Пермская. С течением времени Московская митрополия более и более расширяла свои пределы: частию чрез распространение святой веры в самой России, на северных ее окраинах, в епархиях, уже существовавших, Пермской и Новгородской, а частию чрез распространение святой веры в новых областях, какие приобретала Россия своим оружием на востоке и западе, чрез учреждение в них новых епархий и чрез возвращение прежних.
Святой Стефан, просветитель и первый епископ Перми, положил в ней прочные основания христианства. Но епархия его обнимала одну так называвшуюся Старую Пермь и вообще селения зырян, лежавшие по рекам Вычегде и Выми, в нынешних уездах Сольвычегодском, Яренском, Усть-Сысольском и отчасти Мезенском. А Великая Пермь, простиравшаяся по рекам Вишере, Каме и Чусовой в нынешних уездах Чердынском, Соликамском и отчасти Верхотурском и Оханском, оставалась еще в язычестве. Не сохранилось известий о первых двух преемниках святого Стефана, Исаакии и Герасиме, продолжали ли они распространять веру между племенами зырянскими или заботились только охранить и утвердить то, что сделано Стефаном. Но два последующие Пермские епископа, Питирим и Иона, оставили о себе память и своими благовестническими подвигами. Первый, известный уже нам как составитель канона святителю Московскому Алексию и краткого жития его, часто обозревая свою обширную епархию и преодолевая бесчисленные препятствия, успел обратить к святой вере вогуличей, кочевавших по притокам Печоры. Это возбудило против него сильную злобу в князе вогуличей Асыке. Пылая мщением, Асыка сделал внезапное нападение на город Усть-Вымь, в то время когда Питирим вместе с жителями города после Божественной литургии совершал крестный ход и молебствие на мысе при слиянии рек Выми и Вычегды. Безоружные богомольцы поспешили разбежаться, и святитель был замучен и умерщвлен дикарями в 19-й день августа 1455 г. Еще более успеха имел святой епископ Иона (1455 - 1470). Он обратил к христианству всю Великую Пермь и, по выражению летописца, "добавне крести" ее, поставил в ней церкви и священников. В числе обращенных находился и сам князь Великой Перми, названный в крещении Михаилом, который своим влиянием весьма много мог способствовать успеху проповеди между его подданными. Но, приняв христианскую веру, зыряне, подобно другим новопросвещенным язычникам, не вдруг усвоили себе самый ее дух и оставили свои прежние верования и обычаи. Преемник святого Ионы Филофей (1471 - 1501) хотя целые тридцать лет старался искоренить между ними остатки язычества, нарочно изучил зырянский язык, чтобы удобнее поучать их, писал к ним окружные пастырские послания, не мог, однако ж, достигнуть вполне своей желанной цели, так как самые священники мало ему в том содействовали. Спустя около трех месяцев после оставления Филофеем своей кафедры и удаления на покой митрополит Симон писал (от 22 августа 1501 г.) пермскому духовенству: "Слышу о вас, что вы о церковном исправлении нерадите, о своих духовных детях небрежете, душевной пользы не ищете, многие новокрещеные люди, ваши дети духовные, смотря на вас, соблазняются и творят то же: едят и пьют в праздники до обеда, да и женятся незаконными браками в племени и совершают другие богомерзкие дела по древнему обычаю; а вы им накрепко того не возбраняете. И прежде неоднократно посылал вам о том свои грамоты епископ Пермский Филофей, поучая вас, чтобы вы воздерживались от раноедения и питья, а детей своих духовных, новокрещеных христиан, учили закону Божию, вере христианской; но вы о всем этом небрегли и не слушались поучений своего епископа". Затем митрополит убеждал пастырей Церкви обратиться к благочестию, управлять себя по заповедям Христовым, заботиться о своих духовных детях и учить их, чтобы они жили по закону великого православия, не творили беззаконных браков и престали от всех древних богоненавидимых дел. В то же время митрополит писал ко всем жителям Перми и князю их Матфею Михайловичу как к людям новокрещеным, наставлял их держать веру христианскую "честно, твердо и неподвижно", посещать храмы Божии, чтить своих отцов духовных, соблюдать посты и убеждал, чтобы они "кумирам не служили, и Воипелю болвану не молились по древнему обычаю, и всех вообще тризн не творили идолам, и незаконных браков не чинили", а женились бы по закону христианскому. Естественно также, если и между пермяками, как случалось между другими язычниками, обращавшимися к христианству, находились люди, которые не хотели следовать общему примеру и долго упорствовали в своей прежней вере. "Доселе еще между ними встречаются кое-где в лесах многие идолопоклонники, - писал Герберштейн уже после 1526 г., - но монахи и пустынники, отправляясь туда, не перестают обращать их от заблуждения и ложного культа".