Явно опасаясь переворота, Сулейман отправил Баязида и Селима руководить удаленными от столицы провинциями. Селима перевели из Манисы в Конью, подальше от Стамбула. Баязида, занимавшего пост военного начальника Эдирне, перевели в Амасью, где до него служил принц Мустафа. Он стал последним принцем-губернатором, назначенным на службу в этой провинции, так как в конце XVI столетия была приостановлена практика передачи будущему султану опыта царствования посредством управления провинцией. Баязид понимал, что уже началась борьба за трон Сулеймана, и по дороге в расположенную на севере Малой Азии Амасью он привлек на свою сторону целую армию недовольных (всадников из провинций, подразделения нерегулярных войск, а также кочевников юго-восточной Малой Азии) общей численностью в несколько тысяч человек, многие из которых были сторонниками его брата Мустафы.
Опасаясь того, что Баязид может привлечь на помощь Иран, Сулейман стремился получить фетву (правовую оценку), которая давала законную возможность убить сына, и приказал губернаторам малоазиатских провинций мобилизовать свои войска и оказать поддержку Селиму. Он обещал значительное повышение жалования и быстрое продвижение по службе любому, кто будет завербован в армию. Армии противоборствующих сторон сошлись неподалеку от Коньи, причем войска Селима имели численное превосходство и были лучше вооружены. На второй день Баязид бежал с поля битвы в направлении Амасьи, где он еще мог рассчитывать на поддержку.
Несмотря на мирный договор, заключенный с султаном в 1555 году, шах Тахмасп предложил ему убежище в Иране. Услышав об этом, Сулейман направил губернаторам пограничных провинций приказ взять Баязида под стражу, но чтобы добиться от них сотрудничества, ему снова пришлось использовать побуждающий стимул. В июле 1559 года Баязид и четыре его сына бежали на восток, в Иран. До последнего он надеялся получить прощение, но Сулейман остался равнодушен к его мольбам. В отчаянии Баязид обратился к великому визирю Рустем-паше:
Именем Всевышнего великого и милостивого, клянусь, что я с самого начала взял на себя обязательства и присягнул Его Превосходительству, прославленному и удачливому падишаху, который является защитником государства, что я не буду поднимать мятежей, оказывать противодействие, причинять вред и разорение его государству; я уже раскаялся и от всего своего сердца попросил у Всевышнего прощения, признавая свое преступление, совершенное в приступе злобной ярости; я неоднократно направлял покаянные письма, в которых просил прощения и благоволения, а потом брал на себя обязательство и давал клятву не противиться благородной воле.
Предоставление убежища Баязиду при дворе Тахмаспа казалось шаху подходящим способом отомстить Сулейману за то, что в 1547 году он использовал против него брата, Алкаса Мирзу. Селим принимал непосредственное участие в попытках вернуть Баязида, и в течение следующих трех лет семь османских делегаций совершили поездки ко двору Сафавидов, чтобы убедить Тахмаспа отказаться от принца. В 1562 году он наконец уступил, согласившись обменять Баязида и его сыновей на большое количество золотых монет и роскошных подарков, из которых великолепно украшенные клинок, кинжал и пояс, а также гнедая лошадь и пять арабских жеребцов ему должны были вручить после того, как Селим получит известие о том, что Баязид и его сыновья переданы под опеку его посланников. Но прежде чем это случилось, они были убиты в столице Тахмаспа, Казвине, доверенным лицом Селима, и посланникам были переданы их тела. В отличие от старшего брата Мехмеда, которому хотя бы после смерти была оказана благосклонность, мятежник Баязид и его сыновья были похоронены за стенами провинциального малоазиатского города Сивас.
Достигнутое благодаря Амасийскому договору 1555 года равновесие в отношениях между Османской империей и Сафавидами продолжалось до 1578 года, и даже предложение шаха Тахмаспа предоставить убежище принцу Баязиду не смогло его нарушить. Турки могли урегулировать свои отношения с иностранными державами, заключая с ними договоры, но у себя дома они никогда не могли полностью искоренить недовольство и беспорядки, будь то волнения на религиозной почве или волнения, вызванные другими причинами.
Когда Сулейман взошел на трон, он объявил, что его правление будет эпохой правосудия, но в 1526–1527 годах в Малой Азии вспыхнуло массовое восстание. Главной причиной этих беспорядков стала перепись, проводившаяся с целью определения количества доходов от налогообложения в Киликии. Местное население считало эту перепись пристрастной. Вооруженных сил, которыми располагала провинция, оказалось недостаточно для того, чтобы подавить беспорядки, и из Диярбакыратуда были направлены подкрепления, но мятеж уже охватил всю восточную Малую Азию и приобрел явное религиозно-политическое звучание, когда с призывом взяться за оружие обратился Календер-шах, дервиш из секты Каледери и духовный последователь почитаемого мистика XIII века Хаки Бекташа. Распорядившись, чтобы пути отхода в Иран были перекрыты, Сулейман послал усмирять мятежников самого великого визиря, Ибрагим-пашу. Пока он скакал на восток, османские силы сумели рассеять мятежников. Это стоило жизни нескольким помощникам губернаторов провинций, которые были среди убитых в перестрелке, имевшей место 8 июня 1527 года, неподалеку от города Токат, расположенного в центральной части северной Малой Азии. В конце июня Ибрагим-паша и его войска столкнулись с мятежниками и разбили их.
Подавлялись и менее активные формы несогласия. В 1527 году фетва шейх-уль-ислама[20] Кемальпашазаде, обладавшего высшей религиозной властью в империи, стала причиной смертной казни ученого Молла Кабиза, приводившего доводы из Корана и из устных преданий, в которых Пророку приписывалось утверждение, что в духовном отношении Иисус превосходит Мухаммеда. Слушая предварительный допрос Кабиза из-за ширмы, установленной в зале заседаний имперского совета, султан Сулейман высказал Ибрагим-паше свое недовольство тем, что какого-то еретика привели туда, где находится сам султан. Кабиз не стал отказываться от своих убеждений, и после еще одного допроса его казнили. Такую же фетву Кемальпашазаде дал в 1529 году, когда рассматривалось дело молодого проповедника по имени шейх Исмаил Мушаки, идеи которого пользовались популярностью и находили поддержку. Среди этих идей была мистическая доктрина «единства бытия», согласно которой человек был Богом — доктрина, которую за сто лет до этого, в годы гражданской войны, поддерживал шейх Бедреддин. Султан Мехмед I считал ее крайне разрушительной, такое же беспокойство она вызывала и у высшего духовенства во времена правления султана Сулеймана. Как и шейха Бедреддина, Мушаки обвинили в ереси и вместе с двенадцатью единомышленниками казнили на Ипподроме. Согласно расхожему мнению, он был мучеником, и даже спустя тридцать лет деятельность его последователей все еще раздражала османские власти.
То, насколько далеко духовное самовыражение может отклоняться от канонов поддерживаемой властями веры, и способы определения того, что является ересью, решали не сами «еретики», а власть предержащие. Османское государство относило определенные верования к «еретическим», возлагая на них ответственность за неблагоприятные политические последствия, и в то же самое время оно могло проявлять к ним снисходительность, когда политические последствия считались незначительными. Поэтому, когда территориальные споры между Османской империей и державой Сафавидов на некоторое время затихли, «ересь» кызылбашей перестала быть проблемой, которая требовала применения военной силы против своего соседа, и постепенно стала рассматриваться как исключительно внутренний вопрос. После окончания проведенной Сулейманом в 1533–1535 годах восточной кампании имела место значительная миграция кызылбашей в Иран, а те из них, кто остался в пределах Османской империи, подверглись преследованиям. Фетва шейх-уль-ислама Абуссууда, который с 1545 по 1547 год был преемником Кемальпашазаде, утверждала, что они являлись отступниками. Каноническим наказанием за это была смерть. Между прочим, среди тех, кто поддержал фетву, данную Кемальпашазаде в отношении проповедей Мушаки, был и Абуссууд-эфенди. В своем стремлении навязать официально принятую форму ислама правящие круги Османской империи не щадили своих инакомыслящих.
В ранний период своего правления султан Сулейман полагался исключительно на советы Ибрагима-паши и Хюррем Султан. После казни Ибрагима-паши Хюррем по-прежнему оставалась ближайшим доверенным лицом своего мужа. Таким же доверенным лицом стала и их дочь, Михримах, являвшаяся супругой Рустем-паши, который с 1544 по 1561 год почти непрерывно занимал пост великого визиря. Благодаря тому, что Рустем-паша был зятем султана, он получил огромную власть, но и нажил множество врагов. Он лучше, чем Ибрагим-паша, понимал придворные обязанности, и хотя он, как и Хюррем, был причастен к тому, что принц Мустафа был казнен, это стоило ему лишь кратковременного отстранения от своих обязанностей, что было сделано для того, чтобы утихомирить сторонников покойного принца. Вскоре он был восстановлен в должности. Рустем-паша еще больше укрепил свой авторитет тем, что умело манипулируя монетной системой, зерновым рынком и продавая должности, увеличивал доходы государства. Он скопил огромное личное состояние, и, согласно утверждениям современников, в период его пребывания в должности взяточничество стало нормой. Когда Рустем умер, его похоронили в храмовом комплексе Шехзаде, построенном в память о сыне Сулеймана Мехмеде, что было явным признанием того высокого мнения, какого был о нем Сулейман.
