С 8 по 14 июня 1916 года в районе Зонгулдака крейсировала подводная лодка «Тюлень», но из-за поломки румпеля носовых горизонтальных рулей была вынуждена возвратиться досрочно. С 19 по 25 июня 1916 года в районе Босфор – Зонгулдак действовала подводная лодка «Нерпа». 21–30 июня 1916 года в море находилась подводная лодка «Морж», выходившая в последующие два дня в торпедные атаки по пароходам близ Шиле и о. Кефкен. С 8 по 19 июля 1916 года в этом же районе действовала «Тюлень», торпедировшая в устье реки Агве каботажный пароход «Hale». На следующий день подводная лодка там же захватила, а затем уничтожила двухмачтовую шхуну. Так же был атакован и вынужден выброситься на берег еще один паром – «Neveser». 16–18 июля подводная лодка «Нерпа» выходила к Босфору, 20 – 27 июля 1916 года совместно с подводной лодкой «Кит» обеспечивала проведение флотом очередной минно-заградительной операции в том же районе. С 26 июля по 2 августа 1916 года ее на позиции сменила подводная лодка «Морж», которой удалось 31 июля у острова Кефкен потопить шхуну. 5–6 августа подводная лодка «Тюлень» в подводном положении выполнила разведку болгарского порта Варна. Полученные разведданные были использованы командованием флота для подготовки авиационного удара по Варне и постановки 1 сентября 1916 года заграждения подводным минным заградителем «Краб».
С 5 по 15 августа 1916 года в районе Босфора действовала подводная лодка «Нерпа», обеспечивающая минную постановку эсминцами 1-го дивизиона «Дерзкий» и «Пронзительный». Днем, находясь в надводном положении близ Варны, подводная лодка была атакована германской подводной лодкой UB7, выпустившей две торпеды. От одной из них «Нерпа» уклонилась, вторая же угодила в правый борт между рубкой и третьим торпедным аппаратом Джевецкого. Оставаясь в районе, «Нерпа» 10 и 12 числа у входа в Босфор потопила артиллерией две шхуны. 13 августа 1916 года подводная лодка «Морж» потопила у входа в Босфор парусник. На позицию к Босфору 3 -13 сентября пришла «Нерпа», а затем в очередное крейсерство вышла «Тюлень». В ночь на 29 сентября 1916 года «Тюлень» близ о. Кефкен обнаружила и после артиллерийского боя захватила вооруженный пароход «Rodosto».
Действуя с 21 по 29 октября 1916 года в районе о. Кефкен – Босфор, «Тюлень» 23 октября захватила и уничтожила шхуну «Lutfi СеШ», обстреляла из орудий каботажный пароход «Tutsak». 27 октября у о. Кефкен подводная лодка захватила парусник «Sfatos» и привела его в качестве приза в Севастополь. 22 – 25 октября 1916 года подводная лодка «Морж» производила разведку побережья в районе Сакария – о. Кефкен. «Морж» 13 декабря 1916 года в районе м. Кара – Бурну безуспешно атаковала торпедами турецкие паромы «Ihsan» и «Sutludce», 21–30 декабря 1916 года подводная лодка «Нерпа» в устье р. Агве перехватила и обстреляла артиллерийским огнем каботажные паромы «Nusret» и «Eser-і Merhamet», которые вели на буксире по одной парусной барже. Оба парусника были брошены и уничтожены подводной лодкой.
В 1917 году Боевые действия Бригады Подплава Черноморского флота на коммуникациях противника свелись к одиночным выходам подводных лодок. С 3 по 7 января «Морж» обеспечивала у Босфора минную постановку, проводившуюся эсминцами и тральщиками. 23 января 1916 года «Морж» захватила и уничтожила в районе м. Мидия три шхуны. 2 марта 1916 года у о. Кефкен подводная лодка потопила шхуну №-268, но затем была обстреляна огнем береговой батареи. 6 марта 1916 года у Босфора «Нерпа» потопила одну шхуну. С 1 по 11 апреля 1916 года у Босфора патрулировала «Морж», потопившая в две шхуны. 11 апреля 1916 года «Нерпа» в районе Окне – Шары обстреляла буксирный пароход «ВеЬек» и буксируемый им барк. Поврежденному буксиру удалось уйти, а трехмачтовый барк был потоплен.
В последний Боевой поход «Морж» ушла из Севастополя вечером 27 апреля 1917 года, направившись на смену в районе Босфора подводной лодке «Кашалот». Посланные на поиски миноносцы захватили пленных которые показали что первого мая видели бой подводной лодки «Морж» с гидроаэропланами у р. Эрегли. Вследствие этого является предположение, что подводная лодка во время боя погибла. Вместе с подводной лодкой пропали без вести 42 подводника. 6 июня 1917 года в район восточнее Босфора выходила подводная лодка «Нерпа». С 15 по 27 июля 1917 года в район Босфора впервые после затянувшегося ремонта выходила подводная лодка «Тюлень». В конце июня «Тюлень» направлялась в Севастополь, но выскочила на песчаную отмель и вынуждена была возвратиться в Николаев. 18 июня 1917 года близ устья р. Мелен-Су потопила шхуну, через два дня – две шхуны у о. Кефкен, а 23 июля – еще 2 шхуны. 24 июня потопила каботажный пароход «Intizam». 1 августа 1917 года подводная лодка «Нерпа» ушла в Николаев, в нем была разоружена и поставлена в завод для проведения капитального ремонта, который затянулся на шесть лет.
Последний Боевой выход в море совершила подводная лодка «Тюлень» с 20 по 24 сентября 1917 года. Подводная лодка потопила у входа в Босфор парусник, а в ночь на 23 сентября 1917 года захватила пароход «Kozlu» и привела его в Севастополь в сопровождении двух вызванных для этого эсминцев.
Из числа строившихся для Черного моря новых подводных лодок тип «Лебедь», в Боевых действиях успела принять участие только подводная лодка «Гагара», вступившая в строй 20 июня 1917 года. «Гагара» дважды ходила к Босфору, потопила шесть парусников и вынудила выброситься на берег пароход «Vatan».
3 декабря 1917 года в силу подписанного между русским и германо-турецким морским командованием перемирия Боевые действия на Черном море прекратились.
В результате октябрьского переворота 1917 года в Петрограде Черноморский флот разделился на белых и красных, и перемешался, невзирая на приказы командования и проведение митингов. В конце концов, моряки Русского флота завладели остатками кораблей флота и всем, что полагалось для их эксплуатации, а красные, потопив у Новороссийска то, что досталось им, сошли на берег и, пополнив ряды пехотинцев, воевали на суше. На море наступило затишье.
В начале 1918 года вступила в строй подводная лодка «Буревестник». 14 января 1918 года подводная лодка «Нерпа» вошла в состав красных Морских Сил. В этом же году была введена в строй подводная лодка АГ-21 и в Николаеве спущена на воду подводная лодка АГ-22.
С 1 февраля в красной России перешли на григорианский календарь, вместо действовавшего ранее юлианского. После 31 января 1918 года последовало не 1 февраля, а сразу 14 февраля 1918 года. Однако на кораблях Русского флота счет дней вели по старому стилю, в лучшем случае записывая двойную дату через дробь. В марте 1918 года на подводной лодке «Нарвал» по неизвестной причине функционировал судовой комитет, хотя на Балтике Центробалт и судовые комитеты были распущены еще в феврале как органы, дезорганизующие управление и разлагающие судовые команды. На Черном море комитеты продолжали разваливать флот. 3 марта был заключен Брестский мир. Территория Украины отторгалась от России. Взяв Перекоп, германские войска двинулись к Севастополю, чтобы захватить корабли Черноморского Флота. Красные части с трудом сдерживали германские войска. Германское военное командование, маскируя свои истинные намерения, потребовало передать Черноморский флот «украинской державе». Немцы обещали не трогать корабли флота, если они поднимут украинские флаги и подчинятся украинскому командованию гетмана Скоропадского. 12 марта подводная лодка №-3 была оставлена на реке Дунай в районе г. Рени и захвачена австро-венгерскими войсками. В силу технической недозрелости противника, или, скорее всего, за ненадобностью, подводная лодка не была приведена в боевое состояние. Позже она досталась румынским войскам и исчезла. 17 марта подводная лодка «Нерпа», находящаяся в капитальном ремонте в Николаеве, также была захвачена австро-германскими войсками. В апреле 1918 года на подводной лодке «Орлан» судовой комитет продолжает функционировать. 29 апреля три линейных корабля Черноморского флота подняли «жовто-блакитные» флаги. Но, и после подъема на них украинских флагов германские войска не остановили наступление на Севастополь. Узнав об этом обмане, команды линкоров сорвали желто-голубые флаги, подняли красные и ночью 1 мая ушли вслед за миноносцами в Новороссийск. В мае 1918 года подводные лодки «Налим», «Скат», «Лосось», «Судак», «Карп», «Карась», «Тюлень», «Краб», «Кашалот», «Кит», «Нарвал», «Буревестник», «Гагара», «Орлан» и «Утка» были оставлены в Севастополе и, являясь собственностью красных, в соответствии с принятым соглашением поступили в управление Германского Адмиралтейства «до заключения всеобщего мира». Таково было официальное заявление германского командования. На самом деле оно просто захватило почти все корабли флота, а новейшие подводные лодки «Буревестник», «Орлан», «Утка» и «Гагара» ввело в состав своих сил, переименовав в US1, US2, US3 и US4 соответственно. Вскоре подводные лодки «Утка» и «Буревестник» передали Морским Силам Юга России, а подводную лодку «Гагара» укомплектовали подводниками с германской подводной лодки UB14.
