Таким образом, из уроков дипломатии Петр пришел к выводу, что незавидное международное положение России, ее относительная изолированность от европейской политики обусловлены отсутствием у России мощного военно-морского и торгового флота. В целом можно отметить, что курс дипломатии, пройденный царем в Немецкой слободе и Посольском приказе, помог ему сформировать верное представление о международных отношениях Европейского континента конца XVII в.
Обучение Петра государственному делу и его становление как политического деятеля проходило в ожесточенной борьбе за власть с кланом Милославских. Отношения между Преображенским двором и Кремлем в первые годы правления Софьи носили индифферентно корректный характер. Однако, по мере взросления Петра, они стали приобретать оттенок враждебности и подозрительности. В окружении «младшего» царя возмущались, когда видели имя правительницы в титулатуре официальных актов и ее изображения на гравюрах в шапке Мономаха — короне русских царей. Не остались незамеченными и участившиеся появления Софьи в различных церемониях. Первое публичное столкновение по этому поводу произошло в июле 1689 г., когда Софья совершила невиданный на Руси поступок — она осмелилась вместе с царями участвовать в соборном крестном ходе, что вызвало резкий протест Петра, потребовавшего удаления правительницы. Однако Софья наотрез отказалась покинуть церемонию, и тогда Петр в состоянии крайнего возбуждения умчался в Коломенское.
Это событие, до предела накалившее взаимоотношения между двумя линиями дома Романовых, подтолкнуло царевну Софью к идее правительственного переворота. Сторонники Милославских стали усиленно распространять среди стрельцов слухи о намерении Нарышкиных «извести» царя Ивана и царевну Софью, призывая их к решительным действиям. В близком окружении фаворита Софьи начальника Стрелецкого приказа Ф. Шакловитого составлялись планы физического устранения царя Петра и возведения на престол правительницы. Однако привлечь стрельцов к заговору Шакловитому не удалось. Большинству из них предложение фаворита повторить «хованщину» показалось рискованным, и под благовидными предлогами стрельцы отказались содействовать планам Милославских.
Полным провалом закончилась и попытка Софьи заручиться поддержкой среди участников второго Крымского похода. При этом царевна решила сыграть на негативной оценке его результата, данной Петром, который к тому же отказался утвердить манифест о наградах и принять руководителей похода. Но ни щедрые денежные раздачи, ни стремление выдать военную неудачу похода за триумф ее внешнеполитического курса не принесли Софье желанных результатов. Стрельцы оказались глухи к призыву правительницы добыть ей силой оружия царский венец.
Таким образом, основная идея царевны Софьи подготовить широкомасштабный и хорошо организованный в глубокой тайне стрелецкий заговор осталась нереализованной, что с необходимостью заставило ее искать иные пути осуществления дворцового переворота.
Опыт истории внутриполитической борьбы подсказывал ей, казалось, единственно правильный вариант: используя ложную информацию, спровоцировать стрельцов на расправу с кланом Нарышкиных и по трупу своего кровного брата взойти на русский престол. 7 августа 1689 г. Милославские распространили слух о том, что «потешные» полки Петра ночью ворвутся в Кремль и побьют царя Ивана, его сестер и стрелецкую охрану. Поднятые по тревоге Шакловитым, стрелецкие полки вошли в Кремль, а также заняли другие ключевые позиции в столице. Но до вооруженных столкновений, к чему и стремилась Софья, дело не дошло. Узнав о выступлении стрельцов, Петр немедленно ускакал в Троице-Сергиевский монастырь, куда на следующий день прибыли «потешные» батальоны и стрельцы Сухарева полка. Образование военного лагеря в Троице и отказ московского дворянства поддержать правительницу, говорили о провале заговора Милославских. Военные силы, на которые рассчитывала опереться Софья, таяли с каждым днем. Осознание поражения заставило ее искать примирения с Петром, но все было напрасно. После казни Шакловитого и ареста В. В. Голицына Софья была взята под стражу и в конце сентября заточена в Новодевичий монастырь.
В октябре 1689 г. под звон колоколов московских церквей Петр торжественно вернулся в столицу. Отстранение Софьи от власти, однако, мало что изменило в поведении Петра. Он по-прежнему всецело отдавался военному делу, ремеслу, целыми днями пропадал на «учебе» в Немецкой слободе. Военные маневры на суше чередовались с боевыми забавами на воде. Зимой 1692 г. царь отправился в Переяславль для строительства кораблей. В августе корабли пустились в плавание по Плещееву озеру, но его акватория и глубина ограничивали размеры судов и возможность маневрировать ими. Поэтому Петр принимает решение отправиться на Белое море в Архангельск — единственный тогда морской порт России, открывавший на летний период путь в Европу.
Беломорское путешествие царя в 1693–1694 гг. имело решающее значение в принятии Петром исторического решения о начале немедленной борьбы за превращение России в морскую державу. По свидетельству Лефорта, Петр, хотя и указывал на необходимость строительства русского флота на севере, главное внимание сконцентрировал на идее выхода России к незамерзающему Черному морю.
Помимо экономических аспектов на решение царя действовать в южном направлении оказали влияние внешнеполитические традиции и международное положение Русского государства. Следует напомнить, что детство и юношество Петра протекали в условиях русско-турецкой войны. Антиосманская духовная атмосфера, охватившая правящие и церковные круги России, оказала на него сильное психологическое воздействие, сформировав в нем комплекс будущего героя борьбы с турецкой экспансией. Царь позднее рассказывал, что, читая в юности повесть Нестора о походе князя Олега на Царьград, он загорелся мечтой повторить его подвиг. Кроме того, Петр ознакомился с работой стольника А. И. Лызлова «Скифская история», пронизанной патриотическими призывами к борьбе против турецких и крымских захватчиков. Недаром царь в эти годы неоднократно заявлял, что он «отомстит туркам и татарам за все обиды, которые они нанесли Руси». И слова юного царя не были лишь данью его литературному увлечению. В 1692 г. татарская конница совершила набег на Украину, выжгла предместья Немирова и увела в Крым большое количество пленных. Русско-турецкая война начала разгораться с новой силой.
В это же время союзники России по Священной лиге Австрия и Польша настойчиво требовали от русского правительства активизации военных действий в Причерноморье. К этому призывала Петра и голландская дипломатия, рассчитывая облегчить положение своего союзника по Аугсбурской коалиции — Австрии.
Все эти соображения и обстоятельства побудили Петра к решительным действиям. При подготовке к летней кампании 1695 г. было решено нанести удар не по вассалу Турции — крымскому хану, а непосредственно по туркам, их крепости Азову. Этот план принципиально отличался от задач крымских походов, носивших в целом лишь отвлекающий характер. Взятие Азова резко ухудшило бы позиции Османской империи в Причерноморье, что, возможно, сказалось бы на исходе всей войны. Кроме военных аспектов при выборе момента и направления борьбы против Турции учитывалась и международная обстановка. Русские представители в Риме и в Варшаве сообщили о возможности одностороннего выхода из войны Австрии и Польши, что развязало бы руки Турции для вторжения на Левобережную Украину и южные области России. Военный же успех России, как полагал Петр, устранил бы эту опасность и способствовал бы укреплению единства антитурецкой коалиции.
Весной 1695 г. русская армия двинулась под Азов. Но овладеть турецкой крепостью в кампании этого года не удалось. Отсутствие флота лишало возможности блокировать Азов с моря, что позволяло туркам беспрепятственно доставлять в крепость подкрепление, боеприпасы и продовольствие. В результате турецкому гарнизону удалось отбить все атаки русских войск. Убедившись в бесперспективности дальнейших боевых действий, Петр принял решение снять осаду и отвести армию в глубь страны.
Неудача под Азовом не привела Петра в уныние и не заставила его отказаться от своих замыслов. Напротив, вскрыв причины провала кампании 1695 г., царь со свойственной ему энергией приступил к подготовке нового азовского похода, в котором важная роль отводилась флоту. Для его строительства на верфях Воронежа было собрано 25 тысяч крестьян и работных людей, которые под непосредственным руководством Петра в небывало короткий срок спустили на воду 2 корабля, 23 морские галеры и несколько десятков мелких судов. Учитывая пагубные последствия того, что под Азовом не было инженеров, царь приказывает вызвать из Австрии и Пруссии специалистов по взятию крепостей.