Как бы то ни было, Михаил был избранник мирских людей и потому должен был держать их сторону, сторону братств. Патриарх действовал в том же смысле. В Вильне 1589 года он издал окружную грамоту епископам о низвержении из сана священников двоеженцев и троеженцев, с выговором, что пинский епископ Леонтий утаил таких в своей епархии. В грамоте этой патриарх говорит, что он слышал от многих благоверных князей, панов и всего христианства и сам глазами своими видел, как позволялось священнодействовать двоеженцам и троеженцам. Тогда же Иеремия благословил учредить братство в Вильне у церкви св. Троицы, которое обязывалось раздавать милостыню по госпиталям, тюрьмам и нищим по улицам два раза в год – на Светлое воскресенье и на Рождество Христово; обязывалось в школе даром учить детей братских и других убогих сирот языкам: русскому, греческому, латинскому и польскому; для науки школьной содержать людей ученых, печатать книги церковные и школьные на языках греческом, славянском, русском и польском. Иеремия же подтвердил прежние постановления и права Львовского братства, а также и новые: 1) Не быть другому общественному училищу во Львове, кроме училища братского, в нем одном учить православных детей священному писанию, славянскому и греческому языкам. 2) Братство имеет право печатать не только церковные книги: часословы, псалтири, апостолы, минеи, триоди, требники, синаксари, евангелия, метафрасты, торжественники, хроники или летописцы и прочие богословские книги, но и другие нужные для училища, именно грамматику, пиитику, риторику и философию. 3) Священника, избранного братством к церкви Успения, епископы львовские должны благословлять без всякой отговорки и противоречия; братство же и удаляет от должности священника, если он станет жить неприлично.
Но, согласившись на поставление Рагозы по представлению мирских людей, Иеремия, спустя немного времени, в знак ласки и благоволения своего, дал старшинство над всеми епископами, экзаршество – должность, старшую в духовных делах, – епископу луцкому, Кириллу Терлецкому, видя в нем мужа искусного, ловкого и ученого. Экзаршество, или наместничество патриаршее, состояло в том, что Терлецкий имел право исправлять всех епископов, блюсти за порядком между ними, негодных извергать. Что побудило Иеремию на установление такой важной должности подле митрополичьей, отнять у митрополита почти все значение и передать епископу луцкому? Успел ли Терлецкий разными средствами подбиться к патриарху, представить ему неспособность Рагозы, опасную силу мирских людей, выразившуюся при назначении Михаила, свою собственную обиду при этом? Действительно ли патриарх, признавая неспособность Михаила в такое опасное и бурное время, спешил облечь властию своего наместника – человека более ловкого и деятельного? А быть может, и сами мирские люди, знатные паны, видя, что обидели Терлецкого, обойдя его митрополией и не желая лишиться помощи такого деятельного и ученого человека, содействовали или, по крайней мере, нисколько не мешали назначению его экзархом? Источники не отвечают на эти вопросы, и потому, оставя все предположения в стороне, заметим одно, что назначение Терлецкого экзархом было странно и вредно.
Смуты начались еще прежде, чем патриарх успел выехать из пределов Западной России. Терлецкий наговаривал патриарху на других епископов, Мелетий владимирский уличал Терлецкого в насильственном поступке с посланцем патриаршим; Иеремия послал сказать митрополиту, чтобы созвал собор для решения этих дел и заплатил ему, патриарху, пятнадцать тысяч аспр (250 талеров) за поставление, ибо если бы Рагоза должен был за этим поставлением ехать в Константинополь, то дороже бы ему стало; митрополит, недовольный патриархом, который поставил его митрополитом, давши всю власть другому, подчиненному епископу, отвечал посланному: «Не обязан я ничего давать патриарху, и собора теперь созвать не могу». Митрополит был недоволен учреждением экзархата в пользу Терлецкого; Терлецкий был недоволен тем, что, несмотря на звание экзарха, не пользовался полною доверенностью патриарха, который велел созвать на него собор; Гедеон Балабан львовский был сильно недоволен тем, что патриарх подтвердил права ненавистного ему братства; тем же самым должны были быть недовольны все вообще епископы, которых ставили под цензуру мирских людей. Между привилегированным Братством Успенским во Львове и другими – непривилегированными, меньшими братствами встала рознь: в 1590 году четверо граждан львовских с другими потаковниками своими, принадлежа к братствам Никольскому, Федоровскому и Богоявленскому, соединились с епископом Гедеоном и стали вооружаться против Успенского братства и его школы, уговаривая многих не посещать ее. Митрополит Михаил, заступаясь за Успенское братство, отлучил их от церкви.
В таком положении находились дела, когда в июне 1590 года созван был собор в Бресте, на котором присутствовали митрополит Михаил, Мелетий Хребтович, епископ владимирский, Кирилл Терлецкий, епископ луцкий, Леонтий Пельчинский – пинский, Дионисий Збируйский – холмский, Гедеон Балабан – львовский; были приглашены также Адам Потей, каштелян брестский, и все крилошане соборные. Отцы рассуждали о великих притеснениях, которым подвергается православная церковь, о великом нестроении в духовенстве, о разврате, несогласиях, непослушании и бесчинствах между некоторыми христианами. Для предотвращения подобного нестроения и своевольств, для установления порядка, для рассуждения о школах, науках, госпиталях и других благочестивых делах отцы постановили собираться ежегодно в Бресте Литовском в июне 24 числа; кто не явится на собор, должен заплатить 50 коп грошей литовских на общие потребы духовные; кто поставит причиною отлучки болезнь, тот, приехавши на собор следующего года, должен присягнуть, что действительно был болен; если же кто и на другой год не приедет и присяги не даст, тот будет лишен епископии. Архиереи обязались привозить на собор всех архимандритов, игуменов, протопопов и других пресвитеров, в св. писании знающих; обязались не позволять, чтоб простые люди держали монастыри; обязались не вступаться в чужие епархии, не ставить недостойных пресвитеров под пенею ста коп грошей литовских; кто же не заплатит, тот подпадает проклятию. На соборе явилось семеро депутатов Львовского братства (из них двое греков) с жалобою на епископа Гедеона, который не исполняет постановлений патриарших относительно братств Львовского и Рогатинского, уже после уговора и примирения своего с ними. На эти жалобы Гедеон отвечал одно: «Братство не хочет воздавать мне надлежащей епископской чести, потому я и сержусь на него». Но собор решил дело в пользу братства: так как Гедеон никогда не соглашался благословлять священников для братства, почему церковь братская бывала без службы к соблазну христианам, то братство передано в непосредственную зависимость киевского митрополита, который и благословляет священников братских, братством избранных.
После собора Кирилл Терлецкий занемог и поехал в Сендомир лечиться; потом пришла весть, что он при смерти. Тогда один из урядников замковых острожских, Боровицкий, по давнему обычаю, вошел в дом епископа и захватил его пожитки. Но Терлецкий выздоровел и, возвратясь из Сендомира, обратился с жалобою к князю Острожскому в надежде на большую любовь этого вельможи к себе. Но Боровицкий пользовался также сильным расположением князя, вследствие чего успешно защищался, и когда Терлецкий уехал из Острога, то Боровицкий стал обносить его перед князем и так успел очернить Кирилла, что князь вместо прежней любви стал оказывать презрение к нему. Легко понять теперь положение луцкого епископа, разладившего с самым могущественным вельможею своей епархии и столпом православия! С одной стороны, разлад с своими в лице самого сильного из своих, с другой – поднимается ожесточенное преследование от чужих. Секретарь королевский Мартын Броневский напал с толпою вооруженных людей на церковное владение Фалимичи, завладел церковным и епископским имением; староста луцкий, Александр Семашко, сделавшийся из православных католиком, наложил подать за вход в соборную луцкую церковь; в апреле 1591 года, в Страстную субботу и Светлое воскресенье, Семашко велел впустить в замок, где находилась церковь, только одного епископа с слугою, без духовенства, почему в соборной церкви не было в эти дни богослужения, а епископ два дня не пил и не ел, между тем как пьяный Семашко в притворах соборной церкви заводил танцы и игры и приказывал гайдукам своим стрелять в купол и крест церковный.
В июне, по приговору, епископы съехались на собор в Брест, определили жаловаться королю, что урядники и землевладельцы Великого княжества Литовского вступаются в дела духовные, судят священников, разводят браки. Но Терлецкий с некоторыми товарищами решился избавиться от всех бед, грозящих как от своих, так и от чужих, прямым средством, на которое давно уже было указано иезуитами – униею. Король Сигизмунд получил следующую грамоту: «Мы, нижеподписавшиеся епископы, желаем признавать пастырем нашим и главою наместника св. Петра святейшего папу римского, от чего ожидаем великого умножения хвалы божией в церкви его святой; но, желая быть в повиновении у святейшего отца папы, мы желаем, чтоб оставлены были нам все церемонии, службы и порядки, какие издавна церковь наша св. восточная держит, и чтобы его королевская милость вольности нам грамотами обеспечил, и артикулы, которые нами будут поданы, утвердил; а мы обязуемся быть под властию и благословением отца папы, и лист этот с подписью наших собственных рук и приложением печатей дали мы брату нашему старшему, отцу Кириллу Терлецкому, экзарху и епископу луцкому и острожскому. Подписали: Кирилл луцкий, Гедеон львовский, Леонтий пинский и Дионисий холмский».