Когда в Берлин пришли одно за другим известия о боях при Шлейце и при Заальфельде и о смерти принца Людвига, все были потрясены. Даже странно было, что два первых, хотя бы и неудачных, но сравнительно незначительных, боя могли до такой степени круто изменить общественную атмосферу. Не только утихло непомерное самохвальство, но как-то слишком уж быстро сменилось растерянностью и страхом. Только королева Луиза не падала духом и восторгалась вместе с окружающими геройской смертью принца Людвига и убеждала в том, что ожидаемое генеральное сражение сразу все исправит.
Наполеон предполагал, что главная масса прусской армии сосредоточивается в районе Веймара, чтобы продолжать отход к Берлину, и что генеральное сражение произойдет у Веймара 15 октября. Он послал маршала Даву к Наумбургу и далее на тылы прусской армии, Бернадотт получил приказ присоединиться к Даву, но выполнить его не мог. Наполеон с маршалами Сультом, Неем, Мюратом двинулся на Иену. К вечеру 13 октября Наполеон въехал в г. Иену и, смотря с высот окружающих гор, увидел крупные силы, отходившие по дороге в Веймар. Князь Гогенлоэ знал, что французы вошли в Иену, но он понятия не имел, что и сам Наполеон с несколькими корпусами находится тут же. В ночь с 13-го на 14-е Гогенлоэ остановился по дороге и неожиданно для Наполеона решил принять бой.
Еще перед рассветом Наполеон объехал ряды своей армии. Он говорил солдатам, что наступающее сражение отдаст всю Пруссию в руки французской армии, что император надеется на их обычную храбрость, и объяснил солдатам, как он это всегда делал, в самых общих чертах, главное содержание своего плана на предстоящий день.
Наконец рассвело. Наступило 14 октября 1806 г. — день, решивший участь Пруссии. Бой начался в первые же часы после рассвета; он был долгий и упорный, но уже в начале французам удалось добиться такого успеха, что никакие усилия неприятеля не могли вырвать победу из их рук. Сначала пруссаки и саксонцы отступали медленно, упорно обороняясь, но, искусно сосредоточив и введя в бой лучшие части корпусов маршалов Сульта, Ланна, Ожеро, Нея и кавалерию Мюрата, Наполеон в точности осуществил свой план. Когда прусская армия дрогнула и ударилась в бегство, преследование оказалось еще более губительным для побежденных, чем под Аустерлицем. Остатки прусской армии бросились к г. Веймару, преследуемые до города и в самом городе кавалерией Мюрата. Здесь их пало особенно много; разгоряченные французские всадники рубили, не слушая криков о пощаде, не беря в плен сдающихся. Прусская армия была разгромлена полностью. Ничтожные остатки спаслись и сохранили вид солдат, остальные были перебиты или взяты в плен, или (огромное большинство) пропали без вести.
Гогенлоэ с толпой бегущих успел уйти и стремился попасть к Наумбургу, где рассчитывал найти нетронутую главную часть армии, единственную, на которую теперь можно было рассчитывать. При этой второй части армии, шедшей под командованием герцога Брауншвейгского, находился и сам король Фридрих-Вильгельм. И вдруг к беглецам, убегающим из-под Иены, вечером и ночью совсем неожиданно стали присоединяться другие беглецы, рассказывавшие о том, какое новое несчастье обрушилось на Пруссию. Оказалось, что герцог Брауншвейгский, не дойдя до Наумбурга, остановился близ Ауэрштедта, в двух с небольшим десятках километров от Иены. Здесь и произошло столкновение с маршалом Даву, и сюда во время битвы до сражавшихся все время долетали отдаленные, тогда еще непонятные во всем их значении, звуки артиллерийской пальбы. Несмотря на недостаток сил (Даву имел всего один корпус, так как поддержки Бернадотта он не получил), главная часть прусской армии была наголову разбита. Сам герцог Брауншвейгский пал, смертельно раненный, в разгаре боя. Так остатки этой армии, как сказано, смешались в своем бегстве с беглецами первой армии, убегавшими из-под Иены и Веймара.
Король узнал, таким образом, от беглецов из-под Иены, что в один этот день, 14 октября, разгромленная в двух сражениях Наполеоном и маршалом Даву, почти вся прусская армия перестала существовать. Этого решительно никто в Европе, даже из злейших врагов Пруссии, не ожидал так скоро — через шесть дней после вторжения Наполеона.
Совсем неслыханная и никогда ранее не испытанная паника овладела беглецами, когда они, поделившись вестями, узнали теперь, что все погибло и что никакой армии больше нет.
Бегство остатков прусской армии происходило в еще большем смятении. Французы продолжали преследование и собирали по пути громадные обозы с провиантом, экипажи, лошадей, артиллерию, вполне годную к употреблению, — все, что беглецы бросали по дороге. Наполеон шел прямо на Берлин. По пути он приказал занять герцогство Гессен-Кассель, объявил тамошнюю династию, низложенной, занял Брауншвейг, занял Веймар и Эрфурт, Наумбург, Галле, Виттенберг. Князь Гогенлоэ уходил от него на север, собрав под своей командой около 20 тысяч солдат разных корпусов, почти безоружных, деморализованных, не повинующихся офицерам.
Убегая на север, армия с каждым днем уменьшалась в числе — за нею гнался Мюрат с кавалерией. За Пренцлау, на дороге в Штеттин, Гогенлоэ был окружен со всех сторон и должен был капитулировать. За несколько дней до того маршалу Ланну без сопротивления по первому требованию сдалась сильная крепость Шпандау с огромными военными припасами, а спустя несколько дней после сдачи Гогенлоэ генерал Ласаль во главе гусар подошел к Штеттину, грозной крепости с прекрасной артиллерией и большим гарнизоном (больше 6 тысяч человек), причем съестных припасов в крепости было в изобилии. Могучая твердыня, защищаемая обильной артиллерией, без единого выстрела сдалась по первому требованию гусарскому генералу, при котором не было ни одной пушки. Паника, самая беспросветная, как-то сразу и повсеместно овладела генералитетом, офицерами, солдатами погибающих остатков прусской армии. От хваленой дисциплины не осталось и следа, прусские солдаты тысячами шли сдаваться французам. Но и генералы и офицеры проявили такой упадок духа, который даже их победителям казался чем-то совсем небывалым. Как будто это были не те люди, которые всего за две недели до этого так гордо и самоуверенно собирались покончить с Наполеоном.
27 октября 1806 г., через 19 дней после начала войны и через 13 дней после битвы при Иене и Ауэрштедте, Наполеон в сопровождении четырех маршалов, конных гренадер и гвардейских егерей торжественно въехал в Берлин. Бургомистр города сдал Наполеону ключи от столицы и просил пощадить Берлин. Наполеон приказал, чтобы магазины были открыты и чтобы жизнь шла нормально. Население встречало императора боязливо, с почтительными поклонами и оказывало беспрекословное подчинение.
