Наполеон велел оккупировать старые торговые приморские города — Гамбург, Бремен, Любек. Французские войска шли берегами Немецкого и Балтийского морей, занимая города и прибрежные села, арестовывая попадавшихся англичан, конфискуя английские товары, ставя всюду сторожевые пикеты и разъезды для ловли английской контрабанды. До сих пор Пруссия, Саксония и другие германские государства должны были доставлять средства для содержания французской великой армии, стоявшей в завоеванной стране. Теперь ганзейские города должны были содержать еще и французских таможенных чиновников и береговых стражников, поставленных по берегу Немецкого моря для борьбы против английского ввоза. Одновременно Наполеон энергично подготовлял вторжение в Польшу и новое выступление претив русских, двигавшихся уже к границам восточной Пруссии.
Выступление Александра диктовалось на этот раз более существенными мотивами, чем в 1805 г. Во-первых, на этот раз Наполеон грозил уже довольно явственно русским границам: его войска уже двигались от Берлина на восток. Во-вторых, одна делегация поляков за другой являлась в Потсдам к Наполеону, прося его о восстановлении самостоятельности Польши, и император французов, король Италии, протектор Рейнского союза явно не прочь был прибавить к своим трем титулам еще четвертый, связанный с Польшей. А это грозило отнятием у России Литвы и Белоруссии, а может быть, и Правобережной Украины. В-третьих, ясно было, что после декрета о континентальной блокаде Наполеон не успокоится, пока так или иначе не заставит Россию примкнуть к числу держав, выполняющих этот декрет, а разрыв торговли с Англией грозил разорительными последствиями для всего сбыта русского сельскохозяйственного сырья в Англию и для устойчивости тогдашней очень шаткой русской валюты. Словом, причин к войне против Наполеона нашлось достаточно даже и помимо желания как-нибудь отплатить за аустерлицкий разгром и позор. Готовились гораздо более серьезно, чем в аустерлицкую кампанию. С тревогой учитывали неслыханно быструю гибель Пруссии, сознавали, с каким сильным противником приходится иметь дело. Ни на чью реальную помощь при этом рассчитывать не приходилось: Пруссия как держава в тот момент, в конце 1806 г., уже почти не существовала.
В Петербурге было решено отправить против Наполеона в первую очередь 100 тысяч человек с главной массой артиллерии и с несколькими казачьими полками. Гвардия должна была тронуться из Петербурга несколько позже. Наполеон решил предупредить русскую армию. Уже в ноябре французы вступили в Польшу. Польское дворянство и немногочисленная торгово-ремесленная буржуазия встретила их появление с большим восторгом, уже наперед приветствуя в Наполеоне восстановителя польской самостоятельности, погибшей при трех разделах Польши в конце XVIII в. Но Наполеон относился к идее самостоятельности Польши довольно прохладно. Поляки были ему нужны в его громадной игре только как некоторый аванпост или буфер при столкновении с Россией и Австрией на востоке Европы (Пруссию он уже ни во что не считал). Но для этого необходимо было, чтобы Наполеон в своей внешней политике последовательно проводил революционные традиции буржуазной Франции. Между тем он никогда не ставил себе такой задачи, а разгромить царскую империю он тогда и не собирался. В данный момент Польша ему была нужна как источник пополнения и снабжения армии. Первого он добился использованием распространенных в польском мелком дворянстве и городской буржуазии симпатий к Франции как носительнице идей национальной свободы. Посредством строго проводимых реквизиций он сумел выкачать из страны довольно большие местные ресурсы.
Впоследствии Тильзитским миром Наполеон разрешил «польский вопрос», вновь переделив Польшу, отдавая своему новому союзнику, саксонскому королю, бо́льшую часть завоеванной прусской Польши в виде так называемого Великого герцогства Варшавского. Это была северная половина этнографической Польши, кроме Белостокского округа, переданного Александру. Пока что, при неопределенном положении, создавшемся в период до Тильзитского мира. Наполеону удалось создать французскую партию среди польских магнатов, которые раскачивались медленно, боясь репрессий России против их родственников — крупных помещиков в Литве, Белоруссии и на Украине. Военный министр временного правительства Польши, князь Иосиф Понятовский, получивший впоследствии звание французского маршала, заявил себя сторонником Наполеона не сразу.
Внутренняя политика Наполеона в Польше должна была означать шаг вперед по пути ее буржуазного развития. Параграф первый обнародованной им конституции Великого герцогства Варшавского гласил: «Рабство отменяется. Все граждане равны перед законом». Однако это была только фразеология, ибо «свободный земледелец», уезжающий из деревни, в которой он находился, должен был вернуть помещику земельную собственность. Среди крепостного крестьянства прусской Польши под влиянием свободных граждан — солдат французской армии — стали появляться признаки движения против помещиков. Но это движение и здесь не получило развития. Формальное «освобождение» крестьян не лишало помещиков власти.
Благодаря воскресшим надеждам на освобождение Польши от прусского господства, а в будущем и от австрийского владычества при перспективе «воссоединения» Литвы, Белоруссии и Украины французскую армию принимали в Польше с распростертыми объятиями. В Познани маршалу Даву устроили триумфальный прием. Всюду в этой провинции, даже там, куда еще не проникали французские войска, прусские власти были смещены и заменены поляками. Руководящую роль в начале движения против Пруссии сыграл вернувшийся из Франции участник восстания Костюшко, Выбицкий.
Движение в стране против пруссаков начало постепенно подниматься. Сначала среди формируемых войск преобладает дворянское ополчение, но уже в конце января 1807 г. на фронте на путях к Данцигу появились регулярные полки, «легия», генерала Домбровского, возвратившегося из Италии. В феврале 1807 г. насчитывалось уже 30 тысяч регулярных войск с кадрами из бывших унтер-офицеров и офицеров «польских легионов», созданных Бонапартом во время итальянской кампании 1796–1797 гг.
Но, вообще говоря, никакого общего вооруженного движения страны на помощь французам не произошло, и маршал Ланн писал Наполеону в Берлин из Польши, что особого толка от поляков ждать не приходится, они склонны к анархии и ничего прочного у них создать невозможно.
В конце ноября Наполеон получил известие, что передовые части русской армии вошли в Варшаву. Наполеон приказал Мюрату и Даву идти немедленно на Варшаву. Мюрат 28 ноября вошел с кавалерией в город, накануне оставленный пруссаками, ушедшими за Вислу и сжегшими за собою мост. Наконец и сам Наполеон появился в Польше, сначала в Познани, потом в Варшаве. Он заявил дворянству, явившемуся к нему на поклон, что сначала нужно заслужить право восстановления Польши. Он хотел было выписать в Польшу из Парижа знаменитого Тадеуша Костюшко, национального героя тогдашней Польши, борца против разделов Польши при Екатерине. Но Костюшко ставил условия, имевшие целью оградить будущую свободу Польши от самого Наполеона, которого Костюшко считал деспотом. Фуше, ведший переговоры с польским патриотом, почтительнейше вопрошал императора, что же сказать Костюшко. «Скажите ему, что он дурак!» — ответил император. Он решил обойтись собственными силами, не надеясь уже на всеобщее восстание в Литве и Белоруссии против царской России.