Поражение турок было столь ошеломляющим, что известие о нем вызвало уныние в султанском дворце и в Порте.
После этого события части Ибрагим-паши были эвакуированы из Греции, а на берегах Морей появились французские войска. В конце декабря 1827 г. Османская империя объявила войну России. Султан и Порта видели в России главного виновника гибели своего флота и неудач в Греции. В апреле 1828 г. русское правительство ответило объявлением войны Османской империи. В конце апреля 150-тысячная русская армия форсировала Прут и заняла Дунайские княжества.
Осенью 1828 г. русский флот блокировал Стамбул, нарушив снабжение столицы. В это же время вновь усилилась борьба греческих патриотов против турок в Морее. В марте 1829 г. Англия, Франция и Россия подписали соглашение с греческим государством, признав, правда, над ним сюзеренитет султана. Махмуд II не признал это соглашение. Судьбу Греции решили победы русского оружия на балканском и кавказском театрах военных действий весной 1829 г.
20 августа 1829 г. русская армия овладела Эдирне (Адрианополем), открыв себе дорогу на Стамбул. На Кавказском фронте русские войска также одержали ряд побед, заняв такие крупные города, как Эрзурум, Байбурт и Муш. И все же русские войска не двинулись к турецкой столице, ибо этот шаг был чреват опасным для России столкновением с коалицией европейских держав, которые имели в Османской империи свои интересы. 2 (14) сентября 1829 г. в Эдирне был подписан мирный договор между Россией и Турцией. Он закрепил присоединение к России тех грузинских и армянских земель, которые были освобождены русскими войсками. Договор обеспечил предоставление автономии Греции и Сербии, а также вывод войск султана из Дунайских княжеств. Автономные права Молдовы и Валахии были существенно расширены: турки были лишены права здесь жить и владеть недвижимым имуществом.
Русско-турецкая война 1828–1829 гг. и ее последствия сыграли исключительно важную роль в судьбах балканских народов. «А кто решил исход борьбы во время греческого восстания? – писал Ф. Энгельс. – Не янинский паша Али со всеми его заговорами и мятежами, не битва при Наварине, не французская армия в Морее, не лондонские конференции и протоколы, а русская армия Дибича, перешедшая Балканы и вступившая в долину Марицы». В феврале 1830 г. было достигнуто русско-англо-французское соглашение о полной независимости Греции. Султан и Порта признали его только под усиленным нажимом держав. 24 апреля независимость Греции была объявлена указом султана. Не меньшую роль русско-турецкая война сыграла и в исторических судьбах Сербии. 26 августа 1830 г. Махмуд II вынужден был специальным указом предоставить Сербии статус автономного княжества. Все эти события укрепили и в Болгарии дух антитурецкой борьбы и усилили надежду болгар на национальное освобождение.
Война с Россией крайне ослабила Османскую империю. Это проявилось, когда вскоре возник конфликт между Махмудом II и его формальным вассалом – наместником Египта Мухаммедом Али. Поводом для открытого столкновения послужило требование Махмуда II о выплате денег в счет египетской дани. Могущественный вассал не только отверг это требование, но и стал претендовать на управление Сирией.
Осенью 1831 г. Мухаммед Али начал военные действия против султана. Его войска заняли всю Сирию и Киликию. Затем они вторглись в Анатолию. Турецкая армия вдвое превосходила по численности силы Ибрагим-паши, но была плохо подготовлена к боям. В результате разгоревшаяся 21 декабря на заснеженной равнине у Коньи битва через семь часов закончилась полным поражением турецкой армии. Командовавший ею великий везир был взят в плен. Реальной стала угроза движения египетских войск на Стамбул и падения османской династии.
В такой ситуации Махмуд II решил принять предложенную российским императором Николаем I военную помощь. В феврале 1833 г. в Босфор вошла русская эскадра. Четыре линейных корабля, пять фрегатов и два корвета под общим командованием адмирала М. П. Лазарева встали на якорь перед летней резиденцией российского посольства в Бююкдере под Стамбулом. Около 10 тыс. русских солдат расположились лагерем в долине Хюнкяр-Искелеси на азиатском берегу Босфора. Русские войска в буквальном смысле слова преградили египетской армии марш на Стамбул.
В мае 1833 г. в Кютахье было подписано турецко-египетское соглашение, предусматривавшее сохранение за Мухаммедом Али власти над Египтом, Сирией и Палестиной, Киликией. Добившись таких выгод, египетский наместник обещал по-прежнему признавать сюзеренитет султана. После этого русские войска покинули турецкую территорию. Политические позиции России в Османской империи были серьезно укреплены подписанием 8 июля 1833 г. русско-турецкого союзного договора. Турецко-египетский конфликт, угасший на некоторое время, обострился в 1838 г., когда египетский наместник вновь перестал платить дань и потребовал придать его власти наследственный характер.
Весной 1839 г. султан стал готовиться к войне. В конце мая турецкие войска начали военные действия против египтян. 24 июня произошла решающая битва под Низибом в Северной Сирии. Турецкая армия под командованием Хафиз-паши насчитывала около 40 тыс. солдат, силы египтян под водительством Ибрагим-паши превосходили ее на 10 тыс. солдат. Кроме того, в войсках султана почти не было квалифицированных офицеров. Похоже было, что турецкий главнокомандующий больше полагался на астрологов, которых держал при своем штабе для предсказания дня победной битвы. Как и следовало ожидать, звезды не помогли. Ибрагим-паша умело произвел обходной маневр, зашел в тыл турецким войскам и 24 июня навязал им бой в выгодной для себя позиции. Турецкая армия была полностью разгромлена. Флот султана в результате предательства его командующего перешел на сторону Ибрагим-паши.
Однако Мухаммеду Али не было суждено воспользоваться плодами победы. В июле 1839 г. в конфликт вмешались великие державы. Длительные дипломатические переговоры привели к решению о военных санкциях держав против египетского паши. Летом 1840 г. началась военная интервенция Англии и Австрии в Сирии. Войска Мухаммеда Али потерпели здесь ряд поражений. В декабре 1840 г. в Лондоне Османская империя подписала соглашение с союзными державами, которое стало для нее гарантией покорности египетского вассала.
В таких условиях европейским державам удалось навязать султану выгодную для них систему торговых отношений. В 1838 г. Англия заключила с Османской империей торговый договор, который освобождал английских купцов от внутренних торговых пошлин и предоставлял им право покупать и продавать товары во всех владениях султана по рыночным ценам. В 1838–1846 гг. подобные договоры заключили с Османской империей Франция, Голландия, Пруссия, Испания, Швеция и Россия.
Обстоятельства сложились так, что Махмуд II не узнал о разгроме своих войск под Низибом: он умер спустя шесть дней после этой битвы. На трон вступил Абдул Меджид I, которому суждено было продолжить реформаторские мероприятия Махмуда II.
После завершения первого этапа турецко-египетского конфликта Махмуд II решил воспользоваться военной передышкой для того, чтобы продолжить начатые реформы. Их необходимость доказали начальные результаты столкновения с Мухаммедом Али. В 1831 г. была проведена перепись населения с целью выявления числа возможных новобранцев, а также числа налогоплательщиков. Последнее обстоятельство было весьма важно, ибо создание и оснащение нового войска требовали весьма значительных средств. Набор рекрутов вызвал недовольство крестьянских масс. Новое войско длительное время оставалось весьма немногочисленным. В конце 20-х годов в столице и провинциях было не более 15 тыс. солдат нового регулярного войска. При этом их экипировка и вооружение были весьма далеки от европейских образцов.
Важным мероприятием в системе военных реформ Махмуда II стала организация пехотных редифных (территориальная милиция) войск. В августе 1834 г. был издан специальный указ о создании этих частей во всех провинциях, по одному батальону в каждом санджаке. Предусматривалось, что эти формирования будут использоваться только в военный период. Новые регулярные части, султанская гвардия и редифные подразделения составили новый контингент сухопутных войск Османской империи. В середине 30-х годов постепенно стали формироваться и регулярные кавалерийские части. В 1836 г. общая численность турецкой регулярной армии достигла примерно 70 тыс. человек. Махмуд II начал строить новый флот, чтобы восполнить потери в Наваринском сражении, но не достиг значительных результатов.
В числе важных реформ Махмуда II была и ликвидация тимарной системы, которая в конце XVIII – начале XIX в. находилась в состоянии полного упадка, превратившись в тормоз развития страны. По указу султана реформу тимарной системы, лишившую феодалов-ленников их наделов – тимаров и зеаметов, начали осуществлять в 1831 г. Она была завершена в конце 30-х годов. Во всех провинциях у прежних владельцев-ленников было изъято около 2500 наделов. Управление этими землями и сбор налогов в них стало на основе откупной системы осуществлять государство. Примечательно, что султан и Порта пошли на большие затраты, чтобы сгладить недовольство бывших ленников. Казна ежегодно выплачивала последним в виде пенсий 60 млн. пиастров, что в 3,5 раза превышало сумму расходов на содержание новых воинских формирований.