В 1804 г. антитурецкое восстание вспыхнуло в Сербии. Грубый произвол турецкой администрации, в особенности бесчинства янычар, стали в Сербии настолько ненавистны, что восстание быстро распространилось по всей стране. Возглавил его вожак гайдуков Карагеоргий. Повстанцам удалось захватить в свои руки ряд городов. В 1805–1806 гг. султанские войска не раз терпели поражения от повстанцев. В конце декабря 1806 г. отряды Карагеоргия заняли Белград. А вскоре началась русско-турецкая война (1806–1812), позволившая сербам получить поддержку России.
Антитурецкие выступления происходили не только в балканских провинциях империи. В 1805 г. против османского наместника выступили жители Каира, антитурецким движением были охвачены некоторые районы Центральной Аравии.
В таких условиях Селим III и его сподвижники еще раз попытались увеличить численность и повысить боеспособность новых воинских формирований. В своих планах султан опять опирался на Францию, дружественные отношения с которой были восстановлены после неудачи египетской экспедиции Наполеона Бонапарта. В 1806–1807 гг. французский посол в Стамбуле генерал Гораций Себастиани был едва ли не главным советником Селима III в вопросах реформ. Французский офицер Жюшеро де Сен-Дени стал главным инспектором саперных войск в турецкой армии. В разных правительственных ведомствах работали французские военные эксперты, инструкторы, инженеры и мастера.
В 1805 г. султан пошел на неожиданную меру – распорядился начать принудительный набор солдат для новых войсковых контингентов, что сразу же вызвало резкий отпор населения. Высокой Порте пришлось отказаться от этого новшества.
Весной 1806 г. султанское правительство начало перебрасывать в Румелию подразделения новых регулярных войск, а в июле того же года туда прибыл большой их контингент под командованием Кади-паши. Общая численность армии Кади-паши, в которую влились формирования, ранее отправленные в Румелию, составляла около 30 тыс. человек. Когда эта армия приблизилась к Эдирне, местные янычары подняли мятеж против султана и Порты, преградив новым войскам путь к городу и потребовав сместить чиновников – сторонников реформ. Мятежники даже установили артиллерийские батареи на дороге, ведущей к Эдирне. Известие о янычарском бунте и о его поддержке в других районах Румелии вызвало панику в Стамбуле. Султан пошел на уступки реакционерам, отозвав в столицу из Румелии контингент новых войск. Слабость правительства использовали противники реформ. Улемы стали открыто проповедовать, что реформы противоречат установлениям Корана и шариата.
Позиции султана и его сторонников резко ослабила начавшаяся осенью 1806 г. Русско-турецкая война. Армию по традиции возглавил великий везир – сторонник реформ Хильми Ибрагим-паша. Обязанности великого везира были возложены на Кесе Муса-пашу, который был тайным врагом султана и противником реформ. Вместе с группой других реакционно настроенных сановников он организовал заговор против Селима III. Опираясь на поддержку ямаков – солдат вспомогательных войск, заговорщики 25 мая 1807 г. выступили против султана. Нерешительность Селима III лишь подогрела пыл мятежников. 29 мая Селиму пришлось отречься от престола, на трон был возведен султан Мустафа IV, устраивавший реакционеров как безвольностью, так и консервативностью. Начались казни министров и приближенных низложенного султана, отличившихся в проведении реформ. Янычары разыскали скрывшегося активного сторонника реформ, главу нового финансового ведомства, созданного Селимом III, Хаджи Ибрагим-эфенди. Ему отрубили голову на стамбульской площади Баязид. Был схвачен и личный секретарь бывшего султана Ахмед Фаиз-эфенди. Он также был убит. На Этмейдан (Мясную площадь) янычары одну за другой доставляли отрубленные головы реформаторов из числа сподвижников Селима III.
Многие внутренние и внешние причины предопределили неудачу реформаторской деятельности Селима III. В числе наиболее значительных причин были крайне узкая социальная база реформаторов, сила и сплоченность реакции, безраздельное господство идеологии феодального клерикализма, слабость центральной власти в условиях феодального сепаратизма, рост антитурецких национально-освободительных движений и сложная международная обстановка.
После драматических событий 29–30 мая ямаки стали подлинными хозяевами столицы. Они и янычары контролировали все действия султана и Порты. Ситуацию хорошо иллюстрирует такой случай. Когда Мустафа IV сместил шейх-уль-ислама Атауллу-эфенди, фактического патрона янычарской вольницы, янычары взбунтовались и в течение 36 часов принудили султана восстановить его в должности. После этого с султаном просто перестали считаться. Янычары вели себя в столице, по образному выражению турецкого историка, писавшего о янычарском корпусе в 20-х годах XIX в., «как горячие скакуны, носившиеся на воле по лугам беспорядка».
Сторонники реформ, которым удалось уцелеть во время бунта ямаков, не потеряли надежды вернуть трон Селиму III. Их возглавил аян Рущука (Русе) Мустафа-паша Байрактар. В прошлом янычар и провинциальный помещик, не принадлежавший поначалу к числу активных сторонников реформ, Байрактар был приближенным влиятельного в Румелии аяна Рущука Исмаила Терсеникли-оглу. Последний сделал свой округ фактически независимым от Порты, хотя и проявлял к султану верноподданнические чувства. К реформам Селима III он относился двойственно, признавая необходимость военных преобразований, но выступая против жесткой централизации, которой хотел добиться султан-реформатор. После смерти Терсеникли-оглу Селиму III удалось постепенно наладить хорошие отношения с Байрактаром, ставшим рущукским аяном и обладавшим значительным собственным войском.
После майского переворота Байрактар защитил от янычар сторонников реформ в Силистре. Вскоре ставка Байрактара в Русе стала местом сбора всех оставшихся в живых сторонников Селима. Под руководством Байрактара здесь была создана тайная группа, участники которой вознамерились вернуть престол Селиму. Им благоприятствовала обстановка на русско-турецком фронте, где летом 1808 г. было длительное затишье. В июле 1808 г. 15-тысячная армия, собранная Байрактаром, двинулась из Русе на Стамбул.
Ранним утром 13 июля 250 всадников под командованием Хаджи Али-аги скрытно подошли к босфорскому форту Румели-Фанар, где находилась резиденция Кабакчи Мустафы – главаря ямаков. Воины Хаджи Али-аги внезапно ворвались в гарем Кабакчи и убили его. Отрубленную голову всесильного предводителя ямаков отвезли Байрактару. Налет произвел ошеломляющее впечатление на Мустафу IV и его министров. 21 июля в столицу прибыл сам Байрактар. Он был ласково принят султаном, а шейх-уль-ислам Атаулла-эфенди даже нанес ему визит. В тот же день Байрактар посетил Порту, причем вместо обычной пышной свиты его сопровождал вооруженный до зубов военный отряд. По настоянию Байрактара султан сместил Атауллу, сослав в отдаленные уголки империи ряд улемов – его единомышленников, убрал ряд неугодных повстанцам реакционных сановников.
28 июля в Стамбул вошло все войско Байрактара. В тот же день Байрактар занял здание Высокой Порты и сместил великого везира Челеби Мустафа-пашу. Затем Байрактар и его воинские части двинулись ко дворцу султана, намереваясь восстановить Селима на троне. Но по приказу Мустафы IV его приближенные зверски убили Селима. Султан велел убить и последнего отпрыска династии, своего брата Махмуда, но тому удалось спастись. Поэтому, когда сторонники Селима III захватили султанский дворец, им оставалось только одно – возвести на престол Махмуда II, которому со временем суждено было энергично продолжить реформы Селима III.
После переворота в руках Байрактара сосредоточилась вся военная и гражданская власть, на все ключевые посты были назначены его сторонники. Виновников гибели Селима III постигла участь казненных недавно сторонников реформ. Сотни активных участников майского мятежа ямаков также были преданы казни.
Байрактар и его единомышленники продолжили военные реформы Селима III. В частности, было решено восстановить рекрутский набор для новых воинских формирований. Власти энергично наводили порядок в столице и в Эдирне – очаге янычарского своеволия. Новый янычарский ага – ставленник Байрактара – ежедневно казнил в Эдирне по 50-100 янычар из числа замешанных в недавних бунтах.
Однако недолго было суждено Байрактару пребывать у власти. В ночь с 14 на 15 ноября 1808 г. в столице вспыхнул бунт янычар. Для Байрактара это оказалось полнейшей неожиданностью. Впрочем, он сам помог своим врагам, ибо был крайне жесток не только с сановниками, но и с простым народом, не соблюдал скромности в личном поведении, окружал себя роскошью. Более 12 часов героически защищался Байрактар, забаррикадировавшись в каменной башне. Он сам взорвал башню, выстрелив в бочку с порохом, когда сопротивление стало бессмысленным. После этого озверевшие толпы янычар расправились почти со всеми единомышленниками погибшего Байрактара. Утром 16 ноября мятежники и примкнувшие к ним горожане двинулись к султанскому дворцу, чтобы восстановить на престоле Мустафу IV. Лишь решительные действия Махмуда II и нескольких верных ему сановников, в числе которых был и сторонник Байрактара капудан-паша Рамиз, спасли положение. Махмуд II приказал немедленно казнить Мустафу. Таким образом, Махмуд остался единственным представителем османской династии. Это обстоятельство могло сохранить ему трон и в случае победы янычар.