К 1589 году неблагоприятные последствия обесценивания аспера привели к мятежу янычар, похожему на тот, который разразился в 40-е годы пятнадцатого столетия, во время первого царствования Мехмеда II, который тогда пытался манипулировать денежной массой. Янычары, которые заручились поддержкой шейх-уль-ислама, обвинили губернатора Румелии и директора казначейства в том, чго они выплачивали им жалованье обесцененными монетами. Султан Мурад III пожертвовал этими чиновниками, отдав их мятежникам. Это был первый из множества эпизодов, когда напуганный султан оказался во власти соперничавших группировок, которые его окружали. Судя по всему, ни Селим И, ни Мурад III не разделяли зловещих предчувствий Сулеймана, связанных с приближением исламского тысячелетия. С другой стороны, интеллектуалы того времени рассматривали этот связанный с насилием эпизод как символ крушения сложившейся к тому времени системы власти. Дворцовая кавалерия возложила вину за продолжавшуюся в последние годы столетия финансовую нестабильность на фрейлину матери султана Мехмеда, Эсперанцу Молши, женщину, которая поддерживала связь валиде-султан с внешним миром. В 1600 году она была убита одним из дворцовых кавалеристов. Многие ведущие политики XVII столетия стали козлами отпущения, на которых свалили вину за продолжавшийся в самом сердце государства кризис, и ни один султан не мог позволить себе поссориться с военными. Еще более затрудняло положение дел то, что два главных элитных подразделения султана, янычарская пехота и дворцовая кавалерия, чаще всего оказывали поддержку соперничавшим друг с другом группировкам. В 1582 году расточительные празднования в честь обрезания будущего султана Мехмеда III закончились кровопролитным столкновением этих двух групп, в результате которого несколько человек погибло, а потом они еще долго не выпускали принца Мехмеда с Ипподрома.
Финансовые затруднения и социальная напряженность, которые были вызваны обесцениванием денег, по времени совпали с тем моментом, когда затраты на войну достигли беспрецедентного уровня, так как методы ведения боевых действий изменились. В эпоху, когда военные действия преимущественно носили оборонительный характер, а основным методом ведения войн стала осада, малоэффективными оказались сформированные в провинциях кавалерийские части, которые финансировались за счет налогов, выплачиваемых производителями сельскохозяйственной продукции взамен обязательства принимать участие в боевых действиях. По мере того как империя расширяла свои границы, кавалеристы из провинций все больше теряли свой боевой дух: не успели они восстановить свои силы после изнурительной войны с Ираном 1578–1590 годов, как их снова задействовали, сначала для участия в боевых действиях на границе с Австрией, а потом снова на иранском фронте. В 1597 году Мустафа-эфенди из Солоник писал, что они уже двадцать лет не видели мирной жизни. В новых условиях ведения войны пехота (которая в османской армии преимущественно состояла из вооруженных мушкетами янычар) оказалась более полезной, чем кавалерия, и поэтому ее численность увеличивалась. Если в 1527 году она насчитывала почти 8000 человек, то к 1574 году (когда умер султан Селим II) ее численность возросла до 13 500 человек, а к 1609 году составляла почти 40 000. Как и другим государственным служащим, получавшим твердые оклады (численность которых также неуклонно возрастала), им приходилось платить наличными и, чтобы не доводить дело до беды, платить надо было своевременно.
Правительство оказалось в затруднительном положении. Стремительный рост численности получавших жалованье войск не мог продолжаться до бесконечности, и правительство стало искать другие источники живой силы. Решением, которое оказалось привлекательным по причине своей дешевизны, стал призыв в армию крестьян (главными требованиями к призывникам были: мусульманское вероисповедание и умение обращаться с мушкетом), продолжительность службы которых зависела от продолжительности войны, после окончания которой их должны были демобилизовать. Это нововведение публично опровергло домыслы, согласно которым крестьяне лишены права служить в боевых частях армии и что они используются только для решения различных вспомогательных задач в районах расположения элитных боевых частей султана и провинциальной кавалерии. Однако вскоре стало ясно, что даже если до призыва эти крестьяне и не были смутьянами, то уже были недовольны чрезмерными налогами и своей неспособностью сводить концы с концами, а после демобилизации они становились главными подрывными элементами. Они сохраняли свое оружие и не возвращались к прежнему роду занятий. Преданность этих людей мог купить любой, кто мог им за нее заплатить, будь то главарь бандитской шайки или честолюбивый государственный чиновник. В эпоху, когда средства коммуникаций находились в зачаточном состоянии, местные связи, как правило, оказывались более прочными, чем преданность центральному правительству и его чиновникам в далеком Стамбуле, а те тяготы, которые испытывали местные жители, удовлетворяя требования центрального правительства по уплате налогов и призыву в армию, едва ли вызывали у них большую радость, чем затруднения, связанные с так называемыми бунтовщиками, бок о бок с которыми они жили. Призыв в армию крестьян главным образом производился в Малой Азии, и именно Анатолия испытала на себе самые ужасные последствия этого призыва, которыми стали бандитизм и открытый бунт. Обнаружив, что провинциальная кавалерия не соответствует новым методам ведения войны, и, как всегда, пытаясь изыскать недостающие денежные средства, правительство приказало многим кавалерийским подразделениям вместо участия в боевых действиях платить налог. Это стало причиной того, что и они приняли участие в беспорядках.
На протяжении первых столетий своего существования Османское государство множество раз могло лишиться своей власти, угрозу которой представляли и сопротивление малоазиатских княжеств территориальному контролю империи, и борьба османских принцев за престолонаследие, и мятежи сторонников секты кызылбашей, направленные против официально принятого ортодоксального суннизма, и слишком откровенные оценки священнослужителей и проповедников, и мятежи расквартированных в Стамбуле элитных воинских частей, добивавшихся смены монарха. Первые годы второго тысячелетия по исламскому календарю были отмечены глубоким кризисом, поскольку недовольство османской властью наблюдалось во всех уголках империи.
В то самое время, когда османская армия сражалась и на востоке и на западе, члены курдского рода Канбулад, являвшиеся потомственными правителями северной Сирии, воспользовались случаем заявить о своей независимости. Чтобы объявить о своем суверенитете, Канбуладоглы Али-паша, который в 1606 году был назначен османским губернатором Алеппо, добился того, что на пятничной молитве стали упоминать его имя. Помимо этого, он, вероятно, стал чеканить и собственную монету. Канбуладоглы Али пользовался поддержкой антиправительственных мятежников в Малой Азии и, кроме того, ему оказывал содействие герцог Тосканский, Фердинанд I, оценивший коммерческое значение Алеппо как перевалочного пункта для иранского шелка и других товаров, которые пользовались спросом на европейских рынках, и надеявшийся вместе с Канбуладоглы Али извлечь пользу из удачно сложившихся обстоятельств. В 1607 году против Канбуладоглы Али была направлена большая армия во главе с великим визирем Куйюку («Копатель колодцев») Мурад-пашой. Пренебрегая протестами Канбуладоглы Али, заявлявшего о том, что он является верным слугой султана, Куйюку Мурад продолжал двигаться на юг, чтобы встретиться с мятежным губернатором в решающей битве. Канбуладоглы Али сумел спасти себе жизнь и впоследствии получил помилование и был назначен губернатором отдаленной венгерской провинции Темешвар. И все-таки Куйюку Мурад-паша сумел совершить свою месть. В 1610 году он казнил Канбуладоглы Али в Белграде.
Бывший союзник Канбуладоглы Али, вождь друзов Факр аль-Дин Маан контролировал большую часть района, включавшего в себя территории современного Ливана и северного Израиля, и был столь же честолюбив. В 1608 году Факр аль-Дин заключил договор с герцогом Тосканским, а в 1611 году преемник Куйюку Мурада на посту великого визиря, Насух-паша, собрал армию, чтобы сдержать его растущую мощь. В 1613 году Факр аль-Дин бежал в Тоскану, но через пять лет вернулся. К этому времени его брат Юунус уже достиг договоренности со своими османскими хозяевами. Вплоть до своей казни в 1635 году Факр аль-Дин с пренебрежением относился к центральному правительству в Стамбуле и расширял подконтрольные ему территории.
Центральному правительству Османской империи пришлось иметь дело и со многими менее крупными мятежами, направленными на подрыв его власти. Часто местом волнений становился Египет: после того, как 1589 году вспыхнул бунт недовольных губернатором Кара Ювейс-пашой, в 1598 году было совершено нападение на тогдашнего губернатора Египта, Шерифа Мехмед-пашу; в 1601 году войска ворвались в зал заседаний губернаторского совета и убили нескольких чиновников. В 1604 году был убит Хаки Ибрагим-паша, ставший первым губернатором Египта, закончившим свои дни таким образом. Стамбулу пришлось направить в провинцию третьего визиря, Хадима («Евнуха») Мехмед-пашу, который и положил конец имевшим место в те годы волнениям военных. За это он получил прозвище «Молот, сокрушивший войска». В европейских провинциях голод стал поводом для убийства губернатора Буды, совершенного в 1590 году, а в Северной Африке мятежами были охвачены Триполи и Тунис: если бы в 1592 году египетские войска не были направлены в Триполи, чтобы восстановить там порядок, Османская империя лишилась бы этой провинции, а губернатор Туниса был убит толпой, собравшейся вокруг человека, объявившего себя Махди.
