Еще больше, чем Селим II, Мурад III и Мехмед III предпочитали проводить время в своих личных покоях, а не в зале заседаний совета, где обсуждались государственные дела, но в своих собственных апартаментах они были более восприимчивы к влиянию фаворитов, на которых бюрократический аппарат управления государством не оказывал почти никакого воздействия. Несмотря на ограничения, навязанные ему дворцовыми функционерами и фаворитами, Соколлу Мехмед-паша сумел править империей в условиях самых грубых нарушений законности, допускаемых фракциями, которые процветали в тот период слабой султанской власти. Ему удалось поставить на многие важные посты своих протеже и членов собственной семьи. После его смерти соперничество между теми, кто находился в ближайшем окружении султана, только усилилось.
Со времени правления Сулеймана, который открыто проявлял благосклонность к своей жене Хюррем Султан, возвысив ее из наложниц собственного гарема, статус старших жен правящей династии изменился. В продолжение традиции, начатой Хюррем, их существование стало более заметным, а память о них сохранялась дольше, благодаря построенным ими общественным зданиям. Кроме того, некоторые из них стали играть новую и весьма значительную роль валиде, то есть вдовствующей султанши или матери правящего султана. Хюррем умерла еще до того, как ее сын, Селим, взошел на трон, зато наложница Селима Нурбану Султан оказывала доминирующее влияние на своего собственного сына, Мурада III, после его вступления на престол и до самой своей кончины, случившейся спустя почти десять лет. Нурбану была валиде-султан (королевой-матерью) в самом полном значении этого слова. Она первой стала официально пользоваться этим титулом. Издавна считалось, что она родилась в семье венецианских аристократов и еще в детстве была захвачена главным адмиралом флота Барбароссой, который передал ее в имперский гарем, но, по-видимому, она была гречанкой с Корфу. Хюррем играла лишь скромную роль в дипломатии, благодаря тому, что она от имени Сулеймана вела переписку с королем Польши и сестрой шаха из династии Сафавидов, зато Нурбану оказывала более явное воздействие на международные отношения Османского государства. Посланники иностранных государств знали, насколько важно было добиться ее расположения. Джакобо Соранцо, посетивший Стамбул в свите венецианского посла, который в 1582 году был приглашен на торжества по случаю обрезания принца Мехмеда, отметил, что «всем правила жена… с валиде-султан… приходилось зависеть от них или, по крайней мере, не настроить их против себя».
При Мураде III дом правящего султана стал еще больше напоминать «королевскую семью». Вступив на престол, он сразу же перевез в Стамбул своих домочадцев, которые находились в Манисе, где, будучи принцем-губернатором, он жил со своей супругой Сафийе Султан и детьми. В Стамбуле Нурбану снова оказалась подле своего сына, переселившись из Старого дворца, куда она удалилась после смерти Селима, в гарем дворца Топкапы. Как валиде-султан, она заботилась о том, чтобы в гареме не возникало никаких затруднений, и находилась на вершине его иерархии. Ее ежедневное жалованье было самым высоким в империи, оно в три раза превышало жалованье самого султана. Переезд Нурбану Султан из Старого дворца в Новый дворец было отмечено торжественным шествием через весь Стамбул. Не прошло и десяти лет после вступления Мурада на престол, как число женщин в гареме (наложниц и служанок) удвоилось и превысило сотню. Покои гарема были перестроены для того, чтобы предоставить матери султана более роскошные апартаменты и обеспечить дополнительное место для растущего числа живших там женщин. Для себя Мурад построил двухэтажную опочивальню с балдахином и куполом, внутренние стены которой были покрыты изящнейшими изразцами, сделанными в Изнике. Помимо этого он построил купальни и тронный зал под куполом, находившийся рядом с его опочивальней.
Если Селим, как и Сулейман, жил в отдельной резиденции, находившейся в третьем дворе его дворца, и только время от времени посещал гарем, то Мурад был полностью погружен в семейную жизнь, что в достаточной степени свидетельствовало о тех значительных переменах, которые произошли как в поведении самого султана, так и в жизни империи. Мурад не входил в число тех воинственных султанов, которые стремились лично вести свою армию на войну. Он был правителем, который предпочитал вести жизнь в компании женщин. Лет десять он, вместе с Сафийе Султан, которая была его единственной сексуальной партнершей, и тремя детьми (старшим из которых был будущий Мехмед III), прожил в Манисе, находясь на содержании у своих родителей. Однако сестра Мурада, Эсмахан, и его мать считали эти моногамные отношения недостаточными для того, чтобы в будущем было гарантировано наличие законного претендента на трон. Поэтому, по всей вероятности в начале 50-х годов XVI века, они добились того, что Мурад завел наложниц. Он умер, оставив после себя 49 детей.
Увеличение численности и значимости гарема, а также усиление власти и влияния валиде-султан расширило сферу ответственности стража гарема, которым являлся самый старший среди черных евнухов, который осуществлял надзор за жившими там женщинами.[25] Вскоре после вступления на престол султан Мурад ввел должность главного черного евнуха (а если она уже существовала, то он несомненно расширил круг возложенных на него обязанностей) и поручил занимавшему этот пост осуществлять надзор за пожертвованиями на содержание священных для мусульман мест, что прежде входило в сферу ответственности главного белого евнуха дворца, надзиравшего за пажами, выполнявшими функции, схожие с теми, которые выполняли обитательницы гарема. Огромные пожертвования прежних султанов, Мехмеда II, Баязида И, Селима I и Сулеймана I, вскоре также оказались под присмотром главного черного евнуха, и он стал еженедельно отчитываться о положении дел в этой области. Под его контролем находились значительные финансовые потоки, и он пользовался той властью, которую ему это давало. Великий визирь и другие министры правительства проиграли от перераспределения власти, которое произошло в результате усиления роли гарема и его главного стража. В своем отчете о правлении Мурада III интеллектуал и бюрократ Мустафа Али из Гелиболу указывал на опасное воздействие развивавшихся тогда тенденций, отмечая, что из-за близости к султану евнухи и наложницы гарема получили возможность вмешиваться в политический процесс, а значит и оказывать влияние на назначения на должности. Они даже стали продавать назначения на должности. Но это не пугало султана, который несомненно был удовлетворен первыми плодами введенного им плана расширения властных полномочий дворца. Мустафа-эфенди из Салоник сообщает нам о том, что вскоре после того, как в 1579 году был убит Соколлу Мехмед-паша (который по крайней мере до правления Мурада III являлся олицетворением всемогущего великого визиря), султан даже подумывал о том, чтобы вообще обойтись без этого поста.
Наряду с миром гарема, в котором Мурад III проводил гораздо больше времени, чем его предшественники, существовал и мир его фаворитов. Среди них были люди, которые находились рядом с ним еще со времен его пребывания в Манисе: его воспитатель Хока Садеддин-эфенди, его главный бухгалтер Кара («Черный») Ювейс Челеби и его духовный наставник, член секты Халвети, шейх Шука. Отец Хока Садеддина был наперсником Селима I, а сам он являлся помощником шейх-уль-ислама Абуссууда, находившегося на этом посту при Сулеймане и при Селиме. Сегодня он известен как автор Османской истории, которую он посвятил Мураду. В свое время его сын, Эсад-эфенди, стал шейх-уль-исламом, сохранив за своим семейством место в самом верхнем эшелоне государственного аппарата. Вскоре после вступления Мурада на престол, Соколлу Мехмед перешел в оппозицию к этому кругу приближенных, обвинив Кара Ювейса в финансовых нарушениях. Задуманная Соколлу Мехмедом интрига привела к обратному результату, и всем стало понятно, что он лишился своего авторитета: под контроль Кара Ювейсу было передано управление финансами империи и он получил место в правящем совете, тогда как протеже Соколлу Мехмеда были сняты со своих должностей, а их имущество конфисковано. Самым болезненным ударом стало то, что его кузена, Соколлу Мустафа-пашу, оказавшегося весьма способным губернатором Буды, казнили, а на его место назначили Кара Ювейса. И хотя Кара Ювейс не был доволен назначением на этот пост, находившийся вдали от центра власти, ничего другого ему не оставалось. Позднее он был назначен губернатором Египта, и во время его пребывания на этом посту в провинции вспыхнул мятеж, вызванный введенным им жестким контролем за финансированием армии. Мятежники ворвались в зал заседаний совета и разграбили его личные покои. Он сам подвергся нападению, во время которого были убиты члены его свиты.
