Моджаддеди родился в 1921 году. Он принадлежит к одному из самых влиятельных семейно-родовых кланов Афганистана — потомственных хазратов, которые считаются наследниками пророка. Клан Моджаддеди обладает прочными и разветвленными связями, в том числе и родственными, с богатейшими семействами арабского Востока, прежде всего в Саудовской Аравии, а также имеет обширные и тесные личные знакомства в политических и деловых кругах стран Западной Европы и США. За пределами Афганистана проживает более 800 членов клана, значительная часть которых принимает активное участие в политической деятельности исламских фундаменталистов.
Известными религиозными и политическими деятелями Афганистана были Мухаммед Масуд Моджаддеди — отец Сибхатуллы Моджаддеди, и его дед, Фазль Мухаммед Моджаддеди. Эти ортодоксальные исламисты проявляли жесткую непримиримость к любым попыткам приспособления своей религии к современным условиям. По традиции участвуя в политической деятельности, они опирались прежде всего на реакционное исламское духовенство и состоятельную интеллигенцию.
Трудно переоценить влияние членов этого клана на течение общественной жизни страны. Например, Мухаммед Садек Моджаддеди — еще один дед Сибхатуллы — с 1929 по 1953 год был послом Афганистана в Египте, где установил и передал своим родственникам прочные и широкие связи с рядом семей арабских шейхов, которые сегодня входят в правящую верхушку Саудовской Аравии.
После того, как Сибхатулла Моджаддеди с отличием окончил медресе в Кабуле, в 1947 году он выехал в Египет, где шесть лет обучался на факультете мусульманского права каирского университета Аль-Азхар и получил диплом с отличием магистра теологии.
После возвращения на родину Моджаддеди занялся преподавательской деятельностью в нескольких кабульских лицеях и в столичном университете. В своих регулярных выступлениях перед верующими в мечетях и во время лекций студенчеству он то и дело призывал к изменению существовавшего в Афганистане строя, к созданию «истинно исламского государства». В это время Моджаддеди написал несколько работ, а также обращений, воззваний к мусульманам.
За антиправительственную деятельность и попытку организовать покушение на советскую делегацию, находившуюся в то время в Кабуле, в 1960 году Моджаддеди был осужден на четыре года. Однако в тюрьме он просидел лишь несколько недель и вскоре был освобожден из-под стражи. Некоторое время числился переводчиком в посольстве Саудовской Аравии в Кабуле и в этом качестве совершил шестимесячную поездку в США.
В 1964 году Моджаддеди на два года эмигрирует за границу и целиком переключается на общественно-политическую деятельность. В это же время он становится широко известен в Афганистане как ученый-теолог и великолепный оратор, владеющий к тому же пятью иностранными языками. В эмиграции Моджаддеди подготовил к публикации несколько своих трудов — «Политика в исламе», «Логика и философия», «Единство и основа веры», — в которых доказывал необходимость «возрождения ислама в истинном виде и придания ему наступательного (другим словом, воинствующего. — Б. Г.) характера».
После возвращения через два года в страну при его непосредственном участии и руководстве в Афганистане была создана реакционная исламская организация «Братья-мусульмане», а чуть позже и ее филиал — «Мусульманская молодежь», в руководство которой по рекомендации С. Моджаддеди был введен Г. Хекматияр.
Являясь ярым противником проводимых королевским правительством реформ, С. Моджаддеди резко выступал и против самого короля. В 1971 году, после убийства сотрудниками королевской службы безопасности одного из его сподвижников, Моджаддеди бежал в Пакистан, затем в США, где некоторое время преподавал исламоведение. Во время свержения королевской династии находился в Лондоне, где и начал резкую критику только что установленного режима Дауда за его «неисламский характер».
Через три года после падения королевской династии, уже находясь в Пакистане, из членов умеренного крыла «Братьев-мусульман» Моджаддеди создал «Общество мусульманских богословов».
До Апрельской революции в Кабуле Моджаддеди проживал в Нидерландах. Нередко выезжал в Данию для решения проблем, возникавших при создании «Скандинавского мусульманского центра». Лично содействовал созданию филиалов центра и строительству мусульманских мечетей во многих Скандинавских странах. Читал лекции по истории ислама в ряде высших учебных заведений Дании и Нидерландов.
Находясь за пределами Афганистана, Моджаддеди не прекращал и политическую деятельность. В декабре 1978 года он публично призвал оппозиционные государственной власти в ДРА силы к объединению для борьбы против НДПА.
В начале 1979 года по распоряжению X. Амина в Кабуле был расстрелян двадцать один родственник Моджаддеди. Это послужило причиной возвращения Сибхатуллы в Пакистан, где он сначала вошел в состав руководства, а потом и возглавил контрреволюционную организацию «Национальный фронт спасения Афганистана» (НФСА).
В марте 1979 года Моджаддеди опубликовал воззвание к мусульманам Афганистана, призывая их к «джихаду» — «священной войне с безбожным коммунистическим режимом». Весной того же года в качестве одного из представителей афганской контрреволюции посетил Соединенные Штаты, где был принят высокопоставленными сотрудниками американской администрации.
В кругах афганской контрреволюции Моджаддеди завоевал репутацию сторонника «западного варианта» решения афганской проблемы. В подготовленной им программе своей организации указывалось, что целью Фронта является объединение всех контрреволюционных сил для свержения режима НДПА и создание государства, основанного на учении ислама и собственных демократических принципах.
В ноябре 1981 года из-за разногласий с Хекматияром, который к этому времени уже набрал немалый политический вес, и его сторонниками во взглядах на формы, методы и конечные цели ведения борьбы с правительством Афганистана Моджаддеди создал группировку «Исламское единство моджахеддинов Афганистана» (ИЕМА), в которую вошли Гилани, Наби, Дост Мухаммед и другие. В мае 1985 года под давлением США, Пакистана и некоторых мусульманских режимов Моджаддеди распустил ИЕМА и вошел со своей организацией в «альянс семи».
С. Моджаддеди неоднократно публично отвергал возможность своего участия в коалиционном правительстве совместно с НДПА, подчеркивая, что членом нового афганского правительства может быть только «мусульманин — спаситель своей родины и ислама».
Весьма показательным является высокое социальное положение, которое занимают члены клана Моджаддеди. Сибхатулла имеет тринадцать братьев. Причем только шесть из них являются сыновьями его матери, остальные были рождены двумя другими женами отца.