Борису приписывают устранение этого подрастающего наследника, который после смерти Федора мог сделать его судьбу ужасной. В мае 1591 года распространился слух, что царевич убит в Угличе. Дело об убиении царевича Дмитрия летописцами (которые всю вину возлагают на Бориса) представлено в таком виде:
«Сначала хотели отравить Димитрия: давали ему яд в пище и питье, но понапрасну. Тогда Борис призвал родственников своих, Годуновых, людей близких, окольничего Клешнина и других, и объявил им, что отравой действовать нельзя, надобно употребить другие средства. Один из Годуновых, Григорий Васильевич, не хотел дать своего согласия на злое дело, и его больше не призывали на совет и чуждались. Другие советники Борисовы выбрали двух людей, по их мнению, способных на дело, – Владимира Загряжского и Никифора Чепчюгова; но эти отреклись. Борис был в большом горе, что дело не удается; его утешил Клешнин. „Не печалься, – говорил он ему, – у меня много родных и друзей, желание твое будет исполнено“.
И точно, Клешнин отыскал человека, который взялся исполнить дело: то был дьяк Михайла Битяговский. С Битяговским отправили в Углич сына его Данилу, племянника Никиту Качалова, сына мамки Димитриевой, Осипа Волохова; этим людям поручено было заведовать всем в городе. Царица Марья заметила враждебные замыслы Битяговского с товарищами и стала беречь царевича, никуда от себя из хором не отпускала. Но 15 мая, в полдень, она почему-то осталась в хоромах, и мамка Волохова, бывшая в заговоре, повела ребенка на двор, куда сошла за ними и кормилица, напрасно уговаривавшая мамку не водить ребенка. На крыльце уже дожидались убийцы; Осин Волохов, взявши Димитрия за руку, сказал: „Это у тебя, государь, новое ожерельице?“ Ребенок поднял голову и отвечал: „Нет, старое“. В эту минуту сверкнул нож; но убийца кольнул только в шею, не успев захватить гортани, и убежал; Димитрий упал, кормилица пала на него, чтоб защитить, и начала кричать: тогда Данила Битяговский с Качаловым, избивши ее до полусмерти, отняли у нее ребенка и дорезали. Тут выбежала мать и начала кричать. На дворе не было никого, все родственники ее разошлись по домам; но соборный пономарь, видевший с колокольни убийство, заперся и начал бить в колокол; народ сбежался на двор и, узнавши о преступлении, умертвил старого Битяговского и троих убийц; всего погибло 12 человек. Тело Димитрия положили в гроб и вынесли в соборную церковь Преображения, а к царю послали гонца с вестию об убийстве брата. Гонца привели к Борису; тот велел взять у него грамоту, написал другую, что Димитрий сам зарезался, по небрежению Нагих, и велел эту грамоту подать царю: Феодор долго плакал. Для сыску про дело и для погребения Димитрия посланы были в Углич князь Василий Иванович Шуйский, окольничий Андрей Клешнин, дьяк Елизар Вылузгин и крутицкий митрополит Геласий. Посланные осмотрели тело, погребли его и стали расспрашивать угличан, как, по небрежению Нагих, закололся царевич? Им отвечали, что царевич был убит своими рабами – Битяговским с товарищами – по приказанию Бориса Годунова и его советников. Но, приехавши в Москву, Шуйский с товарищами сказали царю, что Димитрий закололся сам. Нагих привезли в Москву и пытали крепко; у пытки был сам Годунов с боярами и Клешниным; но с пытки Нагие говорили, что царевич убит. Царицу Марью постригли в монахини и заточили в Выксинскую пустишь за Белоозеро; Нагих всех разослали по городам, по тюрьмам; угличан – одних казнили смертию, иным резали языки, рассылали по тюрьмам, много людей свели в Сибирь и населили ими город Пелым, и с того времени Углич запустел».
Летописец прямо называет имя главного убийцы – Годунов.
Поскольку смерть царевича не могла не вызвать кривотолков, Борис, действительно, назначил сыскную комиссию, которая и была отправлена в Углич для розыску. Комиссия приехала в Углич 19 мая и первым же делом вызвала на допрос Михаила Нагого. Приезжих интересовали любопытные действия, которые были произведены в Угличе сразу после того, как распространилась весть о смерти Дмитрия. Почему сразу после этого Михаил приказал убить Михайлу Битяговского, его сына Данилу, Никиту Качалова, Данилу Третьякова, Осипа Волохова, посадских людей, слуг Битяговского и Волохова? Почему он велел собрать ножи, пищали, железную палицу, сабли и положить их на убитых людей? Почему тут же были собраны посадские и сельские люди? Почему Нагой заставил целовать крест и привел к присяге городского приказчика Русина Ракова и почему требовал от него давать заранее обговоренные показания? Все это записано в сыскном деле. Но удивительно, что комиссия начинает допрос Нагого, зная уже некие порочащие его факты, хотя она как бы только-только въехала в город и не видела ни тела царевича, ни места преступления! Следовательно, комиссия уже многое знала, ее перехватили по дороге и кое-что рассказали. И встретил эту комиссию не кто иной, как упомянутый Русин Раков. Свидетели, вызванные на допросы, путались и противоречили друг другу. Михаил Нагой говорил, —
«…что царевич зарезан Осипом Волоховым, Никитою Качаловым и Данилою Битяговским, что убийц побили черные люди, без его, Михайлова, приказа, что оружие на убитых положил Русин Раков сам, также без его ведома, и к присяге городового прикащика он, Михайла Нагой, не приводил».
Русин Раков потребовал позвать брата Михаила Григория Нагого и слугу Бориса Афанасьева. Те подтвердили: оружие положено по приказу Михаила. Вызвали сторожа дьячей избы Евдокима Михайлова, тот показал, что к нему приходил человек Михаила Тимофей, он принес с собой живую курицу, зарезал ее, этой кровью и вымазали оружие, которое потом положили на трупы убитых. Вызвали снова Бориса Афанасьева, но тот сказал, что Тимофей еще во вторник куда-то убежал. Тимофея так и не нашли. Дело запутывалось. Оказалось вдруг, что сам Михаил не видел, убили царевича или он сам себя зарезал. В момент смерти мальчика рядом его не было, а когда раздались крики, он решил сперва, что горит дворец. Григорий же упорно говорил, что мальчик сам накололся на нож, когда играл и упал в припадке, и у него припадки и прежде бывали. Сам он тоже не видел, прибежал позже, но царевич умер уже при них. Кормилица подтвердила, что мальчик умер у нее на руках. Андрей Нагой подтвердил, что сам он находился в доме и сидел за столом, когда вдруг закричали, что царевича зарезали. Сам он момента происшествия не видел, но знал, что мальчик играл с ребятами на заднем дворе, кидая ножик через черту. Вызвали мамку Волохову, та дала такие показания:
«…царевич играл с детьми ножом и в припадке падучей болезни покололся сам в горло; тогда царица Марья сбежала на двор и начала ее, Василису, бить поленом, не слушая никаких оправданий, пробила ей голову во многих местах, приговаривая, что Димитрия зарезали сын ее, Василисин, Осип, вместе с Данилою Битяговским и Никитою Качаловым; потом царица велела бить ее, Василису, брату своему, Григорию Нагому, после чего бросили ее замертво. Потом начали звонить у Спаса в колокола, сбежались посадские люди, и царица Марья велела им опять взять ее, Василису; мужики взяли ее, ободрали и простоволосу держали пред царицею; прибежал на двор Михайла Битяговский и начал уговаривать посадских людей и Михайлу Нагова; но царица и Михайла Нагой велели убить Битяговского».
Она добавила, что вместе с ней тогда были кормилица Ирина и постельница Марья Самойлова. Позвали и этих. Женщины в один голос сказали: играл с ребятами в ножик и сам накололся. Позвали детей, с которыми Дмитрий играл: те подтвердили, что он упал и сам накололся. Нашелся еще свидетель – Семейка Юдин, стряпчий – он тоже подтвердил, что мальчик накололся сам.
Соловьев, рассматривая это следственное дело XVI века, пришел к выводу, что следствие было произведено из рук вон как плохо. Показания с показаниями просто не стыкуются. Противоречий множество. Например, кто приказал бить в колокол, и когда это произошло? Михаил и Григорий говорят, что прибежали на колокольный звон. Волохова говорит, что Григорий уже был при царевиче и бил ее, Волохову, поленом до всякого звона. Григорий говорит, что в колокол бил пономарь Огурец. А пономарь Огурец говорит, что сидел дома, а звонил сторож Кузнецов, а он, «Огурец, от себя с двора побежал в город, и, когда прибежал к церкви к Спасу, встретился ему кормового дворца стряпчий, Суббота Протопопов, и велел ему звонить в колокол у Спаса, да ударил его в шею и заставил силою звонить, говоря, что царица Марья приказывает». И это он утверждал на очной ставке с Григорием Нагим. Григорий на это ответил: «Того он не слыхал, что тому попу Федоту велел звонить Суббота Протопопов; а сказывал ему тот же поп Федот, что велел ему звонить Суббота и что прибегал к нему Михайла Битяговский, и он заперся, на колокольню его не пустил». Вызвали указанного Субботу, тот сказал: «Как приехал на двор Михайла Нагой и велел ему, Субботе, звонить в колокола для того, чтобы мир сходился, то он и приказал пономарю Огурцу звонить». Но если звонили по приказу Нагих, удивлялся Соловьев, то как они сами узнали о несчастье (пусть о том, что прибежали по звону, и врут)? Если Огурец утверждал, что прибежал на звон колокола, а звонил сторож Кузнецов, то зачем же тогда Суббота Протопопов, встреченный им по дороге, велел звонить в колокол и дал ему по шее – ведь в колокол уже звонили? Кузнецова никто на допрос даже не вызвал. Священник Богдан, вызванный на допрос, показал, что обедал у Михаила Битяговского, когда зазвонили в колокол, Битяговский тут же послал своих людей узнать, почему звонят, и они донесли, что царевича не стало, «Михайла тотчас приехал на двор к царевичу, начал уговаривать посадских людей и был ими убит; а сын Михайлы Битяговского, Данила был в то время у отца своего на подворье, обедал». Но вызвали углицких рассыльщиков, и те показали, что «Михайла Битяговский, услыхав шум, пошел вместе с сыном в дьячью избу; здесь сытник Моховиков сказал ему, что царевич болен падучею болезнию, и Битяговский отправился к царице, а сын его остался в дьячьей избе». «Какое же из этих двух показаний справедливо? – недоумевал Соловьев. – Если справедливо показание священника Богдана, то Михайле Битяговскому, извещенному, что царевича не стало, не за чем было сначала идти в дьячью избу: он должен был прямо спешить во дворец. Разумеется, для объяснения этого противоречия нужно было спросить сторожа дьячьей избы, Евдокима Михайлова: он должен был знать, был ли Михайла Битяговский в избе, и как попал туда сын его, Данила, как вместе с последними очутился там и Качалов? Но сторожа Евдокима спросить об этом не заблагорассудили. Спрашивали Кирилла Моховикова, который, по объявлению рассыльщиков, первый дал знать Битяговскому о болезни царевича; и Моховиков не сказал ни слова о том, давал ли он об этом знать Битяговскому, и объявил только, что когда царевич покололся ножом и начали звонить, то Михайла Битяговский прибежал к двору, к воротам, а ворота были заперты, и он, Моховиков, побежал к Михайле к воротам и ворота отпер; когда Михайла вошел на двор и начал посадских и всяких людей уговаривать, то Моховикова начали бить и забили насмерть, руки и ноги переломали. Но каким образом ворота были заперты, когда толпа народа находилась уже на дворе, когда нарочно велено было звонить, чтоб народ собирался на двор; и за что били Моховикова? На эти обстоятельства следователи не обратили никакого внимания; упустили из виду и слова пономаря Огурца, что Михайла Битяговский прибегал к нему на колокольню, но что он заперся».
