Деятельность монахов возымела своё действие, тойоны пяти селений на переговорах с правителем отказались послать своих людей в партии и даже рассчитаться по старым долгам. В церкви они были приведены монахами к присяге, хотя более чем смутно представляли себе её значение. Ситуация сложилась настолько серьёзной, что правитель распорядился учредить ночные дозоры в Павловской Гавани, взять под стражу тойонов принявших присягу и выдачи от селений на южной стороне Кадьяка аманатов, распущенных ещё в 1794г. "в надежде дружеских расположений". Монахи же продолжали публично поносить Баранова и его приближённых "провозглашая изменниками, бунтовщиками, еретиками, разбойниками и неминуемо кнут и каторгу сулили". Барановцы отвечали им тем же, особо отличились поморы-староверы, обещавшие, по словам монахов, "сжечь нас прямо во храме". Насколько правитель присоединялся к этим угрозам неясно, но понять его можно: выслушивать нелепые обвинения в измене государству, служению которому он посвятил свою жизнь. Ведь не столько для личного обогащения и даже не для выгод Компании, сколько ради интересов Империи он взвалил на себя нелёгкое бремя руководства российскими колониями в Новом Свете. Хотя гуманные цели монахов были очевидны их реализация могла иметь непредсказуемые последствия. Дело могло закончиться не только экономическим крахом РАК, но и восстанием подчинённых народов. Баранов ясно представлял себе перспективы: "Возмущение последует и спознают (туземцы) по дальним нашим занятиям в Кинаях, Чугачах, Якутате, Ситхе и Ванькувер-Квадре- неминуемо последуют гибельные и кровавые происшествия, народ российский весь погибнуть должен, и все занятия уничтожатся, и компания вся испровергнуться должна, а с нею и все Отечества выгоды, чего ни в 15 лет поправить и привесть в теперешний вид и положение будет невозможно"
После очередной ссоры Баранов приказал огородить жилище монахов высоким частоколом, а у единственной калитки поставил охрану, получившую приказ выпускать сидельцев только в церковь для службы. Лично же предупредил миссионеров, что "ежели они не уймутся вышлет главных затейщиков на Уналашку". Лишь благодаря столь жёстким и решительным мерам правитель смог к весне 1801г. мобилизовать и отправить на промыслы все партии.*(2)
Отправив промысловые партии правитель поручил Филиппу Кашеварову свою "Ольгу" с целью доставить туда припасы, товары и 20 китайских работников. Плавание на новом судне не обещало Кашеварову ничего хорошего. Дело в том, что излюбленная Барановым "Ольга" была одним из худших судов компании. Шильц выстроил её из елового леса, а "известно, что еловый лес весьма неудобен к обшивке судов "Ольга" может послужить тому доказательством. Когда Баранов пошел на ней в первый раз, то беспрестанно должно было отливать воду, так что после морские растения выкачивались помпами, а наконец судно затонуло на отмели. Но и после сего на оное положили еще обшивку, потом третию и не перестают посылать в море. Суденышко сие никогда не удаляется от берегов, а при противном ветре стоит где-нибудь на якоре". Тем не менее, под умелым командованием Кашеварова "Ольга" без особых приключений доставила новых компанейских работников на Уналашку и в сентябре благополучно вернулась обратно. К сожалению самому мореходу повезло меньше. На обратном пути разболтало плохо закреплённый в трюме груз,. а сильное волнение ещё более ухудшило положение. Филипп смог взять ситуацию под контроль, но в разгар аврала шестипудовая бочка ворвани притиснула Кашеварова к борту. Тот смог довести работу до конца и лишь затем закрепил повреждённую, левую руку в самодельный лубок.
Сам же Баранов на "св.Марфе" "дабы опробовать новоприобретенные суда", направился в Кенайский залив, откуда пришло известие о начавшейся среди индейцев междоусобной войне, в которой они перебили уже более 100 своих сородичей и устраивали заговоры с целью истребления всех русских на Кенае. Правда, ещё весной управляющему Николаевским редутом Василию Малахову удалось схватить двух главарей-заговорщиков и выслать их в кандалах на Кадьяк. Однако здесь они вскоре были освобождены заступничеством монахов и содержались свободно под покровительством Прянишникова. При допросе, учинённом Барановым, они признались, что намеревались перебить всех русских "ради грабежа их имущества, кое было загодя распределено меж главными участниками". Услышав такое, правитель, невзирая на протесты монахов, выслал обоих на Ситху в качестве каюров, т.к. опасался, что они могут при помощи монахов сбежать на материк и наделать немало бед.
В августе 1800г. Баранов удачно провёл в Николаевском редуте переговоры с вождями танана, а затем присутствовал на мирных переговорах на Сахнине и вернулся на "Рейнджере" с грузом мехов в Павловскую Гавань лишь в октябре. Сезон выдался на редкость удачным, взяли более 7000 бобров. Но не обошлось без серьёзных потерь, при переходе с Кадьяка на острове Семиди из тугидакской партии потонуло в шторм 32 байдарки с 64 охотниками. Плохо было также, что подкрепления из Охотска после всех этих потерь почитай не было. Лишь Мухоплев на "св.Михаиле" завёз Ларионову на Уналашку 27 новых промышленников(на обратном пути он потерпел крушение возле Большерецка). Прислать людей на Кадьяк по просьбе Баранова Ларионов не смог, т.к. было у него на все Алеутские и Прибыловы острова 55 русских. Однако предложил обменять своих людей на китайцев, если у правителя найдётся десятка два. Свободных китайцев у Баранова тоже не нашлось но он обещался прислать их весной, суда из Макао должны привезти не менее 50. В замен людей Баранов получил золотую медаль на Владимирской ленте, пожалованную ему императором Павлом I "За усердную службу". Привёз её титулярный советник Иван Иванович Баннер. Датчанин по происхождению, до поступления на службу РАК он служил земским исправником в Зашиверске Иркутской губернии. Помимо исполнения приятной миссии награждения, Баннеру было поручено основать торговую факторию в Беринговом проливе. Однако, из-за повреждения судна он вынужден был зазимовать на Курильских островах, а на Уналашке здешний правитель Ларионов вообще отменил эту северную экспедицию, сочтя её бесполезной для компании. Баннеру пришлось добираться до Кадьяка тремпами и лишь в 1800 г. прибыл он, наконец, в Павловскую Гавань. Тяготы долгого пути разделяла с ним и его жена Наталья Петровна.
Теперь Баранова тревожили слухи о том, что Испания в союзе с Францией собираются разорить российские владения в Америке. К счастью страхи были напрасны. Ни у той ни у другой стороны на это не было достаточной морской мощи на Тихом океане. Кстати, испанцы сами опасались агрессии со стороны российских поселений, не зная об их реальных возможностях.
Эти политические новости правитель узнал от бостонского капитана Джеймса Скотта, который 24 апреля привёл свой "Энтерпрайз" в Павловскую Гавань. Бизнес капитана был не слишком удачным, у него остался большой запас нераспроданных товаров и подошло к концу продовольствие. Ранее он побывал в Михайловской крепости и пытался купить там провизию и меха, но Медведников не имел полномочий вступать в торговые сношения с иноземцами и посоветовал идти на Кадьяк.
Недостатка в европейских товарах у Баранова не было но и упускать хорошую возможность он не намеревался. Пользуясь тяжёлым положением капитана Скотта он купил все его товары за 12 тыс. руб. отсроченным векселем и на год зафрахтовал "Энтерпрайз". Получить дополнительное 14-типушечное судно с опытным экипажем было очень кстати.
7 мая, оставив в залог уже наменянные меха, "Этерпрайз" с 76-ю партовщиками и приказчиком Кашеваровым на борту снаряжён был на промысел. Его сломанная рука срослась плохо и начала сохнуть. Служить как мореход Филипп не мог и правитель перевёл его в приказчики.
За неделю до "Этерпрайз" в море вышли поморские кочи. Исполняя ясные указания директоров из С.Петербурга, да и своё собственное давнее желание, 5 апреля правитель отправил их на поиски прохода в Атлантический океан. Срока службы поморских мореходов осталось полтора года. Опыты, проведённые прошлым летом, показали, что "…кочи добротны однако не слишком пригодны в дальние вояжы окиянские, тихоходны и валки."
"св.Николай" и "св.Анна" были уже починены. Увидев лес, что предложили им на ремонт, мореходы сперва удивились, затем долго ругались. Даже богобоязненный Иван Старостин прошёлся по матушке, за что потом исправно отмолил перед иконой "Николы". В конце концов поморы плюнули и натесали брус и распустили доски из брёвен последнего архангельского магазина. Дерево не лучшее, но единственно пригодное из того что нашлось.
Тогда же правитель получил тревожную весть из Константиновского редута. Его начальник письмом от 9 мая извещал, что двое индейцев танайна, участники прошлых заговоров на Кенае, бежали и, добравшись до Медной, собрали там воинов атна и чугачей для набега на его редут.*(3) Баранов срочно отправился на "Рейнджере" в Кенайский залив, в Николаевский редут, чтобы вторично "успокоить" танайна, а затем посетил Константин. редут в Чугачском заливе. На Кадьяк правитель возвратился в сентябре и узнал о рекордном промысле: в этом году было добыто партовщиками и скуплено более 10000 бобров. Вскоре из Охотска мореход Мухоплев привёл свежепостроенный галиот "св.Петр и Павел". По его словам в Америку вскорости должен был выйти также "св.Александр Невский" под командованием иркутского мещанина Степана Полуектова, но сведения о нём пришли только зимой. Неопытный мореход с трудом довёл свой галиот до острова Атха и зазимовал там. Экипаж судна потерял 15 человек от свирепствовавшей на борту болезни, которую они занесли из Охотска на Атху и заразили местных алеутов. Баранов тут же наложил на Атху карантин и "св.Александр Невский" прибыл в Павловскую Гавань лишь в октябре 1802г., когда последний покойник был похоронен, а последний больной поправился.