Баранов оставил Медведникову обширные письменные наставления, где, в частности, указывалось и то, как вести себя по отношению к индейцам. Александр Андреевич напоминал, что "сии народы от создания мира пользуясь естественною свободою, никогда не мыслили и не знают угождать чужой воле, и ни малейшего огорчения сносить не могут без мщения." Баранов умел понять психологию аборигенов, прекрасно ориентировался в положении дел на Ситке, знал, как следует обращаться с индейцами и чего можно ожидать от каждого из их предводителей. Советы просты, конкретны и разумны:
"Ни малейшей вещи от них без торгу, а кольми паче без заплаты брать или присваивать всемерно удерживаться и никому не позволять … рекомендую еще в дополнение тойонов Хварова и его брата, также новоизбранного всеми Михайла (Скаутлелт был избран верховным вождём Ситка-куана - атлен-анкау) и нашего прежнего Схатеса (Скаатагеч) с братом, а также почетных мужиков: шамана с Кекурной бухты с … тестем и ближней бухты богатого и хлебосола племянника Михайлы тойона (Катлиан) с братьями Шадровитым мужиком и отцом парня, кой хотел идти на Кадьяк, приемом отличать, а когда что случится, кормить … а иногда и маленькими подарками приласкивать … во множестве и с пляскою их в казармы отнюдь не впущать … иметь неприметное им примечание, нет ли в байдарках огнестрельных и других вредоносных орудий и при них под одеждою скрытых копий (кинжалов)."
В отличие от Ситхи и земли чинуков на Кадьяке война только разгоралась. Вопреки пожеланию Баранова иметь "согласное братство" на деле всё обстояло наоборот. По возвращении на Кадьяк он застал там настоящую смуту. Воспользовавшись его отсутствием, подпоручик Талин, переводчик Осип Прянишников и монахи-миссионеры фактически захватили власть у приказчика Бакадорова. Они решили остановить все работы и отправку промышленных партий. Но мятежники просчитались по времени, Баранов вовремя прибыл в Павловскую Гавань и тут же взял бразды. Он немедленно послал байдарщика Михаила Кондакова объехать весь остров, переписать туземцев и, "обдарив их тойонов и лучших мужиков", уговорить отправиться со всеми сородичами на промыслы. Одновременно Правитель с помощью штрафов и угроз ликвидировал саботаж промышленных. На любые оправдания ответ у него был один: "Отказы от трудов и работ не означают ничего больше, как возмутительный, ябеднический, к развратам преклонный дух. Ежели и есть болезни твои, то не иные какие, как от гнусной распуты и празднолюбства происходящие".
Были правда и хорошие новости. Ещё зимой 1799г. Бакадоров получил известие, что в Бристольском заливе, близь устья реки Квичак, что течёт из озера Илямна, встали на зимовку какие-то корабли. Устроились крепко. Поставили пять домов. Были это суда Беломорской экспедиции, о которой ещё в позапрошлом году писал Яков ван-Майер, или британские и бостонские капитаны решили осесть на этих негостеприимных, но богатых самым дорогим, тёмным бобром землях?
Вопрос разрешился 29 апреля, когда три коча вошли в гавань.
Поморы привезли также известия о судьбе поселения на Илямне. Не считая кадьякских каюров, там обитало всего трое русских - иркутский крестьянин Петр Машнин, "томский ясашный Артемий Маматев" и глава фактории, "бийской округи Пятковой деревни крестьянин Александр Лиханов". Последние известия, полученные с Илямны на Кадьяке, относились к лету 1799 г. и содержали рассказ о бродящих вокруг артели военных отрядах, один из которых угнал у русских лодку. Лиханов полагал, что- то были убийцы миссионера иеромонаха Ювеналия, погибшего в этих краях ещё в 1796 г. А 11 марта 1800 г. на Кадьяк было доставлено послание Василия Малахова, извещавшее о гибели илямнинской артели: "Лиханова и Мошнина убили, а товарищ их Маметев с двумя кадьяцкими каюрами остался один и находится под укрывателством тайона Суздала". Малахов послал им на выручку союзных кенайцев, но помощь несколько запоздала - Суздал не мог защитить Маметева и отправил его с каюрами в зимовье к поморам, с которыми он уже затеял торговлю.
Встретили их как родных, как-никак третий год в одиночестве, любой новой роже рад будешь. Передохнувшему проводнику загрузили нарты подарками для тоёна: 5 лавтаков и 10 пуд ворвани, а на словах передали, что теперь торг будет здесь, в Архангельском остроге. Это уж Маметев придумал острог, хоть он и остался сам третий и по людям более чем на одиночку не выходил. Чем возвращаться на илямское пепелище или в Павловскую Гавань, где будет он хорошо если байдарщиком, лучше остаться здесь. Зимние строения поморам ни к чему, до Кадьяка рукой подать. А ему, после сырых казарм, в такой избе, из до звона высушенного архангельского леса, жить, не нарадоваться. А баня у этих мореходов просто царская, даже та, что в Павловской Гавани ни в пример хуже.
Старостин разрешил оставить одну избу, магазин и баню и наготовил со своими людьми рогаток достаточно, чтобы окружить новый острог.
На Кадьяк поморы кроме 1100 пуд ворвани, 1500 песцов, 23 ушкуев и 62 пуд моржового клыка привезли 271 речного бобра, 35 выдр, 28 рысей и другого земляного зверя, наменянного в новом остроге.
Горячие объятия Ледового моря не пощадили их кочи. "св.Николай" и "св.Варвара" нуждались в ремонте, их Баранов отправил на Лесной остров. А счастливицу "св.Марфу", у которой всех-то повреждений, пара царапин на шубе, пристроил к делу.
Поморы подошли вовремя. Правитель оказался в сложной ситуации конфликт с оппозицией в лице монахов и Талина и, если штурманом двигало чувство сословного превосходства и склочный характер, то главной причиной конфликта для членов духовной миссии было отношение к туземцам. Сказывалась тут и борьба за влияние на местное население. В своих донесениях синоду монахи жаловались, что Баранов, "обременивший весь народ обоего полу в своих компанейских работах безмерными трудностями, не менее же и по зависти от великой от народов к нам любви, почему то за подрыв его великой над ними власти и начальства возымел на нас сильный гнев…". Этот гнев направлен был прежде всего против отца Германа, назначенного архимандритом Иоасафом на время его болезни главой Кадьякской духовной миссии. Баранов, в ответ, писал о своих противниках: "Духовные с чиновными вышли вовсе из пределов своих должностей, вооружились против нас всесильными нападениями, до половины зимы старались всячески, но не явно, растраивать многих из промышленых, а более островитян к мятежу и независимости".
Баранов не был намеренно жесток, в чем его нередко упрекают наши современники, он был суровым и требовательным начальником, соответствующим времени и условиям в которых он жил. Расширяя и укрепляя, по мере сил, Российские владения в Новом Свете и защищая людей, находившихся под его опекой, он не щадил ни себя ни других.
Его принцип "народ для империи, а не империя для народа". Подобные представления вообще характерны для российского общества, а Баранов был большим патриотом. Труд, здоровье, жизнь отдельных людей и целого поколения туземных и русских работников, своей жены, сына и дочерей были принесены им в жертву интересам государства. Баранов был сыном своего времени и общества и точно выполнял возложенные на него этим обществом обязанности. Он писал: "Что же до моего об общем благе, выгодах компании и пользах Отечества старании, кое последнее принял я за главный предмет, с самого начала моего вступления в правление предпочтительно пекся, нежели о частных и того меньше собственных моих выгодах, не обнадеживал я ни языком, ни бумагами, но доказал и доказываю поднесь прямою деятельностью".Он не цеплялся за свой пост. Ему настолько надоели все эти дрязги что летом 1800 года он просил Ларионова сменить его на посту главы колоний, но тот отказался, ссылаясь на отсутствие полномочий.
Перед рождеством оппозиция бросила Баранову открытый вызов. Во время собрания промышленников иеромонах Афанасий (как старший по чину принявший у Германа руководство миссией после смерти Иоасафа), Талин и Прянишников явившись туда, стали угрожать правителю "кнутом и оковами" за его реальные и мнимые прегрешения. Затем они потребовали от Баранова не посылать больше туземцев на промыслы, а собрать немедленно в Павловской Гавани для присяги императору Павлу I (тут Александр Андреевич грешен, всё ему было недосуг) Правитель предложил провести присягу весной, перед отправкой партий, т.к. в поселении не было продовольствия на 2000 конягов, да и путешествие их зимой весьма опасно из-за холодов и бурь. За это Афанасий назвал его "изменником государю" и развернул среди туземцев агитацию, обещая в случае принятия присяги "прежнюю свободу во всём жить по старому".
Деятельность монахов возымела своё действие, тойоны пяти селений на переговорах с правителем отказались послать своих людей в партии и даже рассчитаться по старым долгам. В церкви они были приведены монахами к присяге, хотя более чем смутно представляли себе её значение. Ситуация сложилась настолько серьёзной, что правитель распорядился учредить ночные дозоры в Павловской Гавани, взять под стражу тойонов принявших присягу и выдачи от селений на южной стороне Кадьяка аманатов, распущенных ещё в 1794г. "в надежде дружеских расположений". Монахи же продолжали публично поносить Баранова и его приближённых "провозглашая изменниками, бунтовщиками, еретиками, разбойниками и неминуемо кнут и каторгу сулили". Барановцы отвечали им тем же, особо отличились поморы-староверы, обещавшие, по словам монахов, "сжечь нас прямо во храме". Насколько правитель присоединялся к этим угрозам неясно, но понять его можно: выслушивать нелепые обвинения в измене государству, служению которому он посвятил свою жизнь. Ведь не столько для личного обогащения и даже не для выгод Компании, сколько ради интересов Империи он взвалил на себя нелёгкое бремя руководства российскими колониями в Новом Свете. Хотя гуманные цели монахов были очевидны их реализация могла иметь непредсказуемые последствия. Дело могло закончиться не только экономическим крахом РАК, но и восстанием подчинённых народов. Баранов ясно представлял себе перспективы: "Возмущение последует и спознают (туземцы) по дальним нашим занятиям в Кинаях, Чугачах, Якутате, Ситхе и Ванькувер-Квадре- неминуемо последуют гибельные и кровавые происшествия, народ российский весь погибнуть должен, и все занятия уничтожатся, и компания вся испровергнуться должна, а с нею и все Отечества выгоды, чего ни в 15 лет поправить и привесть в теперешний вид и положение будет невозможно"
