Заповедник расположен на западных склонах Баргузинского хребта, одного из наиболее высоких в Забайкалье. Отдельные его вершины поднимаются более чем на 2800 м над уровнем моря. Хребет сильно расчленен и труднодоступен. Он задерживает осадки, которых на его западных склонах выпадает почти в два раза больше, чем за хребтом. Ученый и натуралист О. Гусев пишет: „Горы в заповеднике грандиозны. Их вершины, едва не достигающие трех тысяч метров, почти полностью лишены растительности, их называют гольцами. Ими занято около половины территории заповедника. Осенью и зимой вершины хребта ярко сверкают на солнце. Снег на горах лежит почти все лето, особенно долго задерживаясь под гребнями гор с южной и юго-восточной сторон, а также в каровых впадинах и распадках…“ Кроме гор, заповедник представлен тайгой, долинами горных рек и ручьев, альпийскими лугами, гольцами, скалами, ледниковыми цирками. Много горячих ключей с целебными водами.
Климат заповедника относительно суровый, так как испытывает большое влияние Байкала. Температура воды в Байкале обычно не поднимается выше 10–12°, с января по май озеро находится подо льдом. На побережье среднегодовая температура -4,6° (зимняя -20,8°, летняя 10,3°). Последние снегопады на территории заповедника бывают еще в середине июня, а первый снег выпадает в конце августа. Лето солнечное, но часто ветреное.
Наиболее крупные реки заповедника — Большая, Езовка, Давша, Биракан, Туркулик, Сосновка, Кудалды, Шумилиха.
В заповеднике есть горячие источники с выходом на поверхность. Температура воды в этих источниках достигает 75°. Деревья около таких горячих ключей вырастают до гигантских размеров, а трава — в рост человека. Здесь образовался маленький оазис с уникальными животными и растениями.
Самым ценным термальным источником считается большереченский: он дает около 200 куб. м горячей воды в сутки, благодаря чему даже зимой не замерзает плес длиной до 200 м и шириной 5–6 м. Вот какими увидел термальные источники реки Большая зимой биолог О. Гусев: „…В большие морозы над ключами густыми белыми клубами поднимается пар. Он оседает на окружающих источник снегах, на тончайших ветках кустарников, на махровых хвойных лапах. Постепенно все окружающие предметы покрываются ажурным куржаком, напоминающим тонкую кружевную филигрань морозной оконной живописи.
…Белый пар особенно обилен и хорошо виден ранним утром, задолго до восхода солнца. В это время клубы его так велики и так белы, что склон хребта Зародного лишь слегка виднеется в их восходящем, струящемся мареве Запах газов, выделяемых ключами, также бывает значительно резче по утрам.
…Зимой береговой пляж реки в местах истечения горячих ключей и газов покрывается шарообразными снежными образованиями. Выделяемые вместе с газами пары воды на сильном морозе быстро превращаются в иней и откладываются в виде плотного снежного кома: их в середине зимы вырастает по всему пляжу множество, причем наросты на поверхности придают шару очертания, напоминающие тюленя или нерпу, так что вся панорама приобретает издали сходство с лежбищем морского зверя“.
На территории Баргузинского заповедника есть еще один горячий ключ, расположенный вблизи устья реки Давши. Температура воды в нем круглый год держится в пределах 39–40°, он дает около 100 куб. м горячей воды в сутки, поэтому его используют как баню.
Флора Баргузинского заповедника представлена 600 видами растений, среди них встречаются эндемики и реликты, например произрастающие рядом с горячими ключами.
В заповеднике хорошо выражены высотные пояса растительности. Самый верхний, безлесный пояс занимают гольцы (они составляют более половины территории заповедника). На высокогорных плато расположена самая настоящая тундра, она переходит в заросли кедрового стланика. Еще ниже простирается тайга. В тайге среднего пояса гор растут преимущественно кедр и пихта, встречаются лиственница, сосна.
В поймах произрастают сосны, березы, осины, пихты, гигантские кедры. Встречаются заросли красной и черной смородины, черемухи, спиреи, жимолости, рябины, бузины, шиповника. Среди сплошной тайги, на южных склонах тянутся довольно широкой полосой вдоль реки луга — елаканы. Идущего по траве человека не видно: он оказывается закрытым травой с головой. В этих зарослях можно обнаружить борщевик высотой в полтора человеческих роста, фиолетовую саранку, венчик у которой расположен на уровне лица. Как лианы, оплетают травы вика и желтая чина.
Леса лиственниц обычно с примесью сосны и кедра, почвы покрыты мхом, лишайником и багульником. В прибрежной полосе обильно растут толокнянка, брусника. Здесь почти не встретишь желтого прострела, но повсюду цветет весной синий прострел.
Вот каким увидел Баргузинский заповедник летом О. Волков, автор книги „Чур, заповедано!“: „…На реке Давше мне пришлось побывать в разгар короткого прибайкальского лета, в пору, особенно красочную и поражающую быстротой, с которой все, распустившись, торопится пышно и ярко зацвести, дивя контрастами. Поистине поразительны эти лесные дебри, еще накануне стывшие в холодных туманах, еле расставшиеся с глубокими снегами, а назавтра густо зазеленевшие, засверкавшие крупными яркими цветами, зазвеневшие птичьими голосами и до краев заполнившиеся свежейшими запахами сочной зелени…
Не наглядишься на полянки в оранжевых головках жарков, запылавших под темной стенкой елей; на хоронящиеся в тени кустов крапчато-розовые орхидеи, на изредка попадающиеся в заповедных лесах рододендроны, покрывающие кручи лиловыми волнами. Луч солнца, невзначай легший на проталину в молчаливом листвяннике, осветил филигранные листья хвощей, таких легких и светлых, словно нежная дымка, легшая между вековых стволов. У ручьев и в болотцах расстелились розово-голубые ковры незабудок.
Лес отгораживает от холодного дыхания Байкала, и по-настоящему жарко, на припеках множество бабочек и шмелей. В немногих километрах от озера забываешь о его постоянных промозглых туманах и почти непрекращающихся ветрах. В гуще леса лето, настоящее лето!“
Богата и фауна заповедника. Здесь проживает около 40 видов млекопитающих, 240 видов птиц, 4 вида рептилий и 2 вида амфибий.
Обитает наиболее ценный баргузинский соболь с шелковистой блестящей темно-шоколадной, почти черной шкуркой. Ученые выделили соболя Баргузинского хребта в отдельный подвид.
Соболь относится к семейству куньих, которое включает таких представителей, как горностай, калан, выдра. Все они обладают ценным и дорогим мехом. Но мех соболя поистине уникален: почти невесомый, густой, шелковистый, теплый, прочный.
На всей территории заповедника обитает 700–800 соболей. Когда наступает пора высоких снегов, соболи, живущие высоко в горах, спускаются в долины рек.
В отличие от других соболей, баргузинский большую часть года кормится в основном растительной пищей. Любит полакомиться орехами кедра и кедрового стланика, ягодами, особенно рябиной, а также брусникой, черникой. На Дальнем Востоке он питается плодами лимонника и дикого винограда. Лишь летом охотится на красно-серых и красных полевок, реже на белок, иногда бурундука и сеноставку. Однако соболь может добыть зайца-беляка или глухаря, а также рыбу. На подкормочных пунктах заповедника зверьки охотно едят варенье и сахар, не отказываются и от мяса. При недостатке одного корма соболь легко переключается на другой и редко испытывает недостаток в пище.
Гон у соболей бывает в июне-июле (в феврале-марте бывает ложный гон, в который самцы не спариваются с самками), но развивается зародыш на ранних стадиях очень медленно. Детеныши появляются в апреле — начале мая. Маленькие (25–30 г, длина тела 100–115 мм), покрытые белесой шерстью, слепые, с закрытыми слуховыми отверстиями соболята быстро растут, через месяц прозревают, еще через две недели начинают выходить из гнезда, а в середине августа становятся почти взрослыми. На второй-третий год жизни у соболя наступает половая зрелость. В неволе соболь живет 15–18 лет.
Зверек крайне осторожен, и увидеть его в тайге, особенно летом, почти невозможно. Он имеет одно постоянное гнездо, в котором проводит большую часть светлого времени суток. Свое убежище он покидает в сумерках, и то ненадолго. В результате исследовательской работы ученые пришли к выводу, что необходимо сохранять его естественные укрытия в таежных дебрях.
С помощью разведения соболя в питомниках удалось восстановить численность этого зверька в Сибири до уровня, который был более 200 лет назад.
К моменту организации заповедника на его территории сохранилось не более 20–30 соболей, исключительно в верхней части лесного пояса, в непроходимом кедровом стланике и на каменистых россыпях. Однако уже в 1934 году число зверьков возросло в 8-10 раз, хотя плотность их не превышала одной особи на 10 кв. км. Еще через 10 лет соболь занял все лесные угодья Баргузинского хребта и даже те места, где его никто из старожилов раньше не встречал: появился на восточных склонах хребта, а на западных склонах ареал его значительно приблизился к Байкалу. К 1934 году соболь заселил уже все пригодные для обитания места. Через 20 лет в заповеднике можно было встретить одного зверька на 2 кв. км. А к 1960 году на каждом квадратном километре тайги находилось по одному зверьку. Такая плотность населения считается очень высокой.
