Многие сохэи из Нэгоро и бойцы из Сайга, подобно уцелевшим ниндзя из Ига, стали поступать на службу к разным даймё по всей Японии. Например большой отряд Нэгоро-сю во главе с Ивамуробо нанялся к семье Мори. Находившийся в то время в замке Хамамацу Токугава Иэясу тоже решил извлечь пользу из этой ситуации и пригласил к себе на службу Нэгоро Окаси и еще около 200 монахов-воинов, нашедших убежище в провинции Исэ (по другим источникам, в 1585 г. на службу к Токугаве поступило лишь 16 человек, а на следующий год –еще 25; возможно, здесь идет речь лишь о предводителях сохэев). Монахи из Нэгоро были отправлены в Эдо, где из них был сформирован отряд Нэгоро-гуми из 20 всадников и 100 пехотинцев, вооруженных мушкетами. Его командиром стал Нарусэ Хаято Тадаси Масасигэ, вскоре превративший буйных сохэев в образцовых солдат, после чего Нэгоро-гуми вошел в состав гвардии Токугавы Иэясу.
Среди спасшихся предводителей Сайга-икки был и Сайга Магоити Сигэтомо, основатель школы Сайга-рю нин-дзюцу. Сайга Магоити был сыном мелкого феодала Судзуки Садаю из поместья Сайга, что в уезде Умабэ провинции Кии, и имел небольшую крепость в поместье Киси в деревушке Хираи. С детских лет он стремился стать великим полководцем и долгие часы посвящал воинским упражнениям. Известно, что как только Цуда Кэммоцу начал обучать братию из Нэгоро-дзи стрельбе из ружей Сайга Магоити стал одним из его первых учеников. А у брата Цуды Сугинобо Мёсана он изучил премудрости шпионской науки.
Поскольку Магоити был последователем учения Икко-икки и даже построил собственный буддийский храм, в котором был настоятелем, он стал полководцем Исияма Хонган-дзи и сражался на стороне лиги против Оды Нобунаги. По преданию, в одном из сражений с войсками Оды он с успехом использовал сяки-но дзюцу –«способ сбрасывания флагов», переодев своих ниндзя в союзников диктатора. В 1585 г., когда Тоётоми Хидэёси направил в Кии карательную экспедицию против Нэгоро-дзи и Сайга, Магоити сначала командовал одним из отрядов Нэгоро, но позже перешел на сторону Хидэёси и был назначен командиром отряда аркебузиров. Благодаря тому, что он прекрасно знал условия местности и возможности других отрядов Сайга и Нэгоро, Магоити внес немалый вклад в подавление мятежных лиг. Позже он сражался в битвах при Комаки и Нагахисатэ на стороне Токугавы, а во время похода армии Тоётоми против Одавары, родового замка Ходзё, командовал отрядом кавалерии в 150 человек.
В 1600 г., во время борьбы между Токугавой и антитокугавской коалицией во главе с Исидой Мицунари, он поначалу примкнул к антитокугавской коалиции и руководил отрядом синоби при нападении армии Исиды Мицунари на замок Фусими –оплот Токугавы в районе Кансай –и собственноручно обезглавил коменданта крепости Тории Хикоэмона. Однако в важнейшем сражении этой войны –в битве при Сэкигахаре –Сайга Магоити сражался в составе войска Датэ Масамунэ уже на стороне Токугавы. В 1606 г. он поступил на службу непосредственно к сёгуну Токугаве Иэясу, а позже служил другому представителю семьи Токугава –Ёрифусе из княжества Мито и даже стал одним из его главнейших вассалов, получавшим 3000 коку жалования.
Поскольку Сайга Магоити получил основную воинскую подготовку в монастыре Нэгоро-дзи, школа Сайга-рю была во многом похожа на Нэгоро-рю. В ней также основное внимание уделялось использованию огнестрельного оружия. Однако, из-за того, что в Сайга было много небольших бухточек, рыболовецких и торговых поселков, ниндзя из Сайга довели до высокого уровня и искусство боя на воде, что они с блеском продемонстрировали во время обороны Исияма Хонган-дзи. Другой оригинальной особенностью школы Сайга-рю, было то, что в ее программу вошла особая традиция изготовления шлемов и доспехов, поскольку сам Сайга Магоити был замечательным оружейником.
К периоду властвования Тоётоми Хидэёси относятся и первые сведения об использовании шпионов и в войнах с другими государствами. Так, во время так называемого Корейского похода своими подвигами прославился некий Ёдзиро (корейское Ёсира), вассал Кониси Юкинаги.
Японцам очень сильно досаждал мощный корейский флот, которым командовал гениальный флотоводец Ли Сунсин. Превосходство корейцев на море было столь велико, что японцам нечего было и надеяться на победу в открытом бою. Поэтому они решили прибегнуть к «темным» методам ниндзя, чтобы устранить Ли Сунсина и разгромить корейскую флотилию.
За осуществление этого замысла взялся Кониси Юкинага, находившийся с войсками в укрепленном районе Пусана и ожидавший прибытия огромной экспедиционной армии, чтобы начать новое наступление на Сеул. В начале января 1597 г., по его распоряжению, Ёдзиро проник в расположение войск Ким Ынсона, военачальника правой полупровинции Кёнсан, и заявил ему, что прибыл по поручению своего господина, чтобы сообщить корейскому командованию сведения чрезвычайной важности (по некоторым сведениям, Ёдзиро был двойным шпионом и одновременно служил и японцам, и корейцам. Этим объясняется совершенно беспрепятственное общение его с представителями корейского военного командования.). По словам Ёдзиро, Кониси велел передать корейской стороне следующее: «Лицом, которое всячески препятствует заключению мира, является Като Киёмаса. В ближайшее время он прибывает из Японии. Корея имеет явное превосходство на море; если немедленно направить военные корабли в район Киджа и предпринять совместные действия с военачальником левой полупровинции Кёнсан, можно будет перехватить войска Като, а его, негодника, убить. Сейчас представился самый подходящий случай, который нельзя упустить».
Ким Ынсон поверил этому сообщению и тут же направил соответствующее донесение корейскому царю. Двор тоже без тени сомнения внял словам Ёдзиро и решил действовать так, как предлагал Кониси Юкинага.
Во второй половине января специальный королевский посланец прибыл в провинцию Чолла и передал Ли Сунсину высочайший приказ, в котором говорилось, что двор и правительство располагают неоспоримыми доказательствами, что в скором времени Като Киёмаса с войсками прибудет в Корею, а посему флотилии под командованием Ли Сунсина предписывается нанести противнику внезапный удар на море в районе Пусана.
Ли Сунсин выразил сомнение в целесообразности таких действий. Он заявил, что не верит в искреннюю заботу Кониси о скорейшем окончании войны и считает абсурдным, чтобы одна воюющая сторона добровольно предоставляла в распоряжение другой воюющей стороне секретные сведения о планируемых военных операциях с той только целью, чтобы избавиться от неугодного военачальника. Вернее всего, убежденно сказал он, речь идет о заговоре, «имеющем целью устроить засаду нашему флоту и одним ударом уничтожить его». При этом Ли Сунсин резонно доказывал нелепость задержки крупных кораблей в прибрежных водах, где их легко могут атаковать даже небольшие силы противника.
Однако все его доводы не принимались во внимание, от него требовали неукоснительного исполнения приказа. И тем не менее Ли Сунсин, убежденный в своей правоте, не подчинился приказу, и благодаря этому спас корейский флот от полного разгрома, на что надеялось японское командование, составившее коварный план использования дезинформации.
Вскоре войска Като, которые переправлялись совсем не тем путем, на который указывал Ёдзиро, благополучно высадились на корейском побережье. Спустя некоторое время Ёдзиро вновь появился у ворот военного лагеря Ким Ынсона и, изображая себя и своего господина обиженными и оскорбленными тем, что корейское командование не воспользовалось предоставленной ему ценной информацией, произнес такую тираду: «Почему вы не атаковали Като Киёмаса на море? Дать ему высадиться на берег все равно что выпустить кровожадного тигра в поле. Теперь японская армия, следуя его воле, вынуждена вопреки своему желанию начать второй корейский поход. Добрые намерения Кониси рассыпались прахом».
Нужно отметить, что в корейских высших кругах в то время шла острая борьба между двумя фракциями, постоянно нападавшими одна на другую. Особенно усердствовала так называемая западная группировка, которая плела интриги против Ли Сунсина, добиваясь отстранения его от командования корейским флотом и назначения вместо него бездарного Вон Гюна, примыкавшего к этой фракции. Вместе с тем удар направлялся и против премьер-министра, который в свое время назначил Ли Сунсина на этот пост. Поэтому, когда Ким Ынсон, ссылаясь на слова Ёдзиро, вновь донес двору на Ли Сунсина, обвиняяего в неповиновении приказу вана, этот донос был использован западной группировкой как главный козырь в политических интригах. Ей удалось навязать царскому двору решение о вынесении Ли Сунсину смертного приговора. Однако восточная фракция все же сумела добиться сохранения его жизни. В конце концов флотоводца разжаловали в рядовые, а Вон Гюна назначили командующим корейским флотом. Как показал ход событий, это была одна из самых роковых ошибок правящих кругов Кореи, которая привела, в сущности, к полному уничтожению, а точнее говоря, к самоуничтожению некогда могущественного корейского флота.
