Намного лучше было положение синоби, поступивших на службу к сёгуну и объединенных в особые «шпионские отряды» (синоби-гуми) –Ига-гуми, Кога-гуми, Нэгоро-гуми. Отряду Кога-гуми была доверена охрана трех главных ворот замка Эдо, а отряд Ига-гуми охранял внутренние покои самого князя. По сообщениям источников, оба отряда включали приблизительно по 200 синоби, но, возможно, численность их изменялась во времени. Так в материалах проверки строительного персонала во время работ по расширению замка Эдо в июне 1636 г. содержится запись о Тодо Такацугу из города Уэно провинции Ига, в которой он назван «Начальником над 500 синоби». Отсюда мы можем заключить, что к тому времени количество солдат в Ига-гуми увеличилось до 500 человек. Что касается Нэгоро-гуми, третьего отряда синоби, то он выполнял полицейские функции в столице.
Такое большое количество синоби в столице привело к тому, что сёгунское правительство (бакуфу) было вынуждено предоставить им землю для расселения. В результате в Эдо появились кварталы Ига-тё и Кога-тё. Все воины из синоби-гуми получали солидное жалование и находились на привилегированном положении. В их функции входили сопровождение и охрана сёгуна во время парадных и ритуальных выездов.
Впрочем, неплохое денежное содержание в условиях отсутствия войн не способствовало сохранению шпионских навыков синоби, которые все больше превращались в обычных солдат-асигару. Для примера, можно сказать, что во время последовавшей через несколько лет осады замка Осака воины из синоби-гуми Токугавы не совершили никаких особых подвигов, в отличие от знаменитых невидимок из Ига и Кога, служивших Санаде Юкимуре, который сражался на стороне Тоётоми Хидэёри.
В промежутке между битвой при Сэкигахара и осадой замка Осака в 1615 г. произошло одно любопытное событие –мятеж ниндзя из Ига-гуми. Дело было так. Хаттори Хандзо Ивами-но Ками Масанари, наследник знаменитого дзёнина Хаттори Хандзо, возглавивший Ига-гуми после смерти своего отца, оказался весьма буйным и своенравным человеком. Не прошло и 10 лет со дня смерти Хандзо, как Масанари из-за своего недостойного поведения попал в немилость к сёгуну и был отдан на поруки дедушке по материнской линии Мацудайре Садакацу. Но беспокойный синоби не угомонился и уже на следующий год учинил большой скандал. Он жестоко притеснял синоби Ига-гуми и эксплуатировал их словно прислугу. Например, во время строительства собственного дома он заставлял их выполнять различные хозяйственные работы, начиная со штукатурки и кончая рубкой леса. А если кто-то из солдат не подчинялся его приказам, Масанари уменьшал им жалование. Тогда 200 синоби, возмущенные таким обращением, послали тайный донос Главному управляющему. Вооружившись луками и ружьями, они затворились в храме и отказались повиноваться. Однако бакуфу арестовало и приговорило к смертной казни десятерых предводителей стражников. Жены и дети тех, кто сумел бежать, были взяты в качестве заложников. Были и такие, кто явился с повинной или совершил харакири. Судьба еще двух солдат осталась неизвестной.
Масанари же в гневе бродил по городским улицам с намерением зарубить любого стражника из Ига-гуми, попавшегося ему на глаза. Случайно он наткнулся на слугу из сопровождения Ина Кумадзо Тадацугу и, по ошибке приняв его за солдата из своего отряда, зарубил среди бела дня. Слуга скончался на месте. Поскольку Ина Кумадзо Тадацугу был губернатором 8 провинций Канто и пользовался большим доверием Токугавы, кара за это преступление была неотвратима. Хотя в то время случаи пробы нового меча на случайных прохожих на улицах Эдо были страшной реальностью, убийство слуги столь высокопоставленного человека обернулось для Масанари потерей должности и видного общественного положения. Более того, Масанари лишился самурайского звания.
Командование же над стражниками Ига-гуми было разделено между четырьмя военачальниками асигару (асигару-тайсё): Окубо Таданао, Кумэ Сигэкацу, Хаттори Накаясу и Като Масацугу. Отряд Ига получил свободные земли в Ёцуя (квартал Эдо), где появились так называемые Южный и Северный кварталы Ига.
Изгнание даймё Цуцуи. Ига –владение Тоды Такаторы
После Тэнсё Ига-но ран провинция Ига по распоряжению Оды Нобунаги перешла во владение Вакасаки Дзинная, который в 1584 г. после смерти Оды по распоряжению его преемника Тоётоми переехал в провинцию Авадзи, где ему был предоставлен новое поместье. А провинция Ига перешла в руки Цуцуи Садацугу, ранее владевшего замком в горах Ига. Цуцуи управлял Ига на протяжении 23 лет до 1607 г., когда Токугава Иэясу, разозленный его неповиновением, сослал его в Ивасиро, что на самом севере Хонсю.
В период войны при Сэкигахаре Цуцуи Садацугу воевал на стороне Токугавы, но в самом решающем сражении участия не принимал. Дело в том, что в это время на провинцию Ига напал Синдзё Суруга-но Ками, представитель старинного рода ниндзя и один из военачальников Исиды Мицунари. В это время старший брат Цуцуи Гэмбаносукэ бросил свой замок и бежал на гору Коя. Из-за этого Садацугу пришлось развернуть свои войска, двигавшиеся на восток, и вернуться в замок Уэно, где он и оборонялся до самого конца войны.
После разгрома врага Токугава Иэясу решил, что этот даймё, назначенный Тоётоми Хидэёси, попросту вел двойную игру, рассчитывая на победу антитокугавской коалиции, и сослал его в край Дэва. Понимая, что силы Осаки окончательно еще не подорваны, и продолжение военных действий неминуемо, Токугава решил, что очень важно установить полный контроль над Ига, через которую проходила дорога, соединявшая восток и запад Хонсю. К тому же, Ига была замечательным источником прекрасно подготовленных шпионов, которыми комплектовалась секретная служба семьи Токугава. Для решения этой задачи Иэясу решил передать провинцию в ведение какого-нибудь преданного вассала, но для этого сначала надо было разделаться с Садацугу. Для того, чтобы найти повод для его устранения, была проведена замечательная операция, разработанная на основе известной уловки ниндзя миномуси-но дзюцу –«метод червя в теле». В разработке ее активное участие принял Хаттори Хандзо Масанари.
По плану, разработанному ниндзя, следовало организовать мятеж среди вассалов Садацугу и обвинить его в небрежном отношении к обязанностям правителя. К участию в операции было решено привлечь одного из главных вассалов Цуцуи по имени Наканобо Хида-но Ками, который доводился родственником Иэясу. Наканобо был опытным интриганом. Известно, что еще до битвы при Сэкигахаре он поссорился с Симой Саконом, одним из главных вассалов семьи Цуцуи, и добился его отставки. Поэтому, начав действовать по сценарию Хаттори Масанари, он легко сумел сколотить группу заговорщиков, в которую вошли такие вассалы Цуцуи как Наканиси Корэясу, Ии-но Ками Дзюро и Фусэ Магобэй. Когда все приготовления были окончены, Наканобо устроил ссору с Аитой Окасивой, самым главным вассалом семьи Цуцуи. Скандал едва не перерос в прямое военное столкновение, и пока Цуцуи пытался решить, кто прав, а кто виноват, Наканобо выехал в Нару и подал жалобу бакуфу на беззакония Садацугу. Садацугу и Окасива были вызваны в суд, где, как и было задумано, Наканиси Корэясу, Ии-но Ками Дзюро и Фусэ Магобэй выступили с обличительными речами против них. В итоге Цуцуи Садацугу был признан виновным и приговорен к ссылке. По некоторым данным, в краю Дэва он покончил с собой, выстрелив из мушкета в живот, но точных данных на этот счет нет. А «черви», подточившие власть Садацугу, были щедро награждены Токугавой. Так, Наканобо, Наканиси и Ии-но Ками получили по 3000 коку, а последний еще и новое имя –Вакаса-но Ками. Фусэ Магобэй получил 800 коку. Этот эпизод прекрасно иллюстрирует тактику Иэясу в отношениях с даймё, в которой принцип «разделяй и властвуй» занимал главное место.
После устранения Цуцуи Иэясу подарил замок в Ига Уэно своему верному вассалу Тодо Такаторе, передал ему всю провинцию Ига и часть провинции Исэ с годовым доходом в 220000 коку (позже доходность увеличилась до 323000 коку) и приказал укрепить замок Уэно и установить контроль за семьями ниндзя.
Выполняяприказы Иэясу, Такатора сильно укрепил Уэно и составил списки ниндзя из Ига. Он назначил своим советником Ясуду Унэмэ, родственника знаменитого Хаттори Хандзо. Ясуде была пожалована фамилия Тодо. Он был возведен в самурайское сословие (а вслед за ним и все остальные ниндзя из Ига), назначен главным вассалом (дзюсин) и стал активно участвовать в управлении провинцией.
Ниндзя пользовались огромным вниманием со стороны Тодо и самого Иэясу, которые делали все возможное, чтобы привлечь их на свою сторону. Ниндзя низшего уровня, гэнины, были прикреплены к тюнинам, ставшим вассалами семьи Тодо, и поселены в особом квартале Синоби-тё в призамковом городке Уэно. По требованию бакуфу, все они были занесены в специальный реестр «Ига-цуки сасидаси-тё» и служили основным источником агентов для тайной службы сёгуната.