И ближайшие к его времени потомки сознавали это. При его сыне Василии, который так последовательно продолжал отцовское дело, русский человек Берсень сказал греку Максиму: "Как пришла сюда мати великого государя, то наша земля замешалася". Грек заметил, что София была особа царского происхождения. Берсень на это сказал: "Максиме господине, какая бы она ни была, да к нашему нестроению пришла; а мы от разумных людей слыхали: которая земля переставляет свои обычаи, и та земля не долго стоит, а у нас князь великий обычаи переменил". Главная сущность таких перемен в обычаях, как показывают слова того же Берсеня, состояла во введении самодержавных приемов, в том, что государь перестал по старине советоваться со старейшими людьми, а запершись у постели, все дела сам-третей делал. Позже Берсеня, спустя столетие после брака Ивана Васильевича с Софиею, Курбский, ненавидевший самовластие внука этой четы, приписывал начало противного ему порядка вещей Софии, называл ее чародейницею, обвинял в злодеяниях, совершенных над членами семьи великого князя. Несомненно, что сама София была женщина сильная волей, хитрая и имела большое влияние как на своего мужа, так и на ход дел в Руси.
Одним из важнейших событий после брака с Софиею была окончательная расправа с Новгородом. Иван воспользовался давним правом княжеского суда, чтоб лишить Новгород некоторых лиц, в которых видел противников своих самодержавных стремлений. В 1475 году он отправился в Новгород и был принят там с большим почетом. В Новгороде, как всегда бывало, происходили несогласия, и не было недостатка в таких лицах, которые готовы были своими жалобами возбуждать великого князя к производству суда над новгородскими людьми. Явились жалобщики (старосты Славковой и Никитиной улицы и два боярина); случилось, что они жаловались на тех именно лиц, которые были особенно ненавистны великому князю по прежней его ссоре с Новгородом. Великий князь, как будто уважая новгородскую старину, давши на обвиняемых своих великокняжеских приставов, велел дать на них же еще приставов от веча и, назначив день суда на Городище, приказал быть при суде своем новгородскому владыке и посадникам. Иван Васильевич признал тех, которых противная сторона обвиняла, виновными в наездах на дворы, в грабежах и убийствах и приказал своим боярам взять под стражу из числа обвиненных четырех человек (Василья Онаньина, Богдана Есипова, Федора Борецкого и Ивана Лошинского), противников Москвы, какими они показали себя в 1471 году. Великий князь тут же приказал присоединить к ним еще двух человек, не подвергавшихся его суду (Ивана Афанасьева и сына его Елевферия), припомнивши им, что они затевали отдать Новгород польскому королю. Но на этом суде только для вида присутствовали посадники, и только по форме суд этот был, сообразно старине, двойственным, то есть и княжеским и вместе народным; на самом деле суд этот был судом одного только великого князя, как видно из того, что впоследствии и владыка, и посадники несколько раз просили московского великого князя, чтобы он выпустил задержанных новгородцев. Великий князь был неумолим: шестерых взятых под стражу приказал отправить в Москву, а оттуда на заточение в Муром и Коломну; прочих же обвиненных этим судом отдал на поруки, наложивши на них в уплату истцам и себе за их вину большую сумму в полторы тысячи рублей. Затем Иван Васильевич пировал у новгородцев, и эти пирушки тяжело ложились на их карманы: не только те, которые устраивали пиры для великого князя, дарили его деньгами, вином, сукнами, лошадьми, серебряною и золотою посудою, рыбьим зубом; даже те, которые не угощали его пирами, приходили на княжеский двор с подарками, так что из купцов и житых людей не осталось никого, кто бы тогда не принес великому князю от себя даров. По возвращении Ивана Васильевича в Москву, в конце марта 1476 года, приехал к нему новгородский архиепископ с посадниками и житыми людьми бить челом, чтоб он отпустил задержанных новгородцев. Иван Васильевич взял от них дары, но не отпустил взятых в неволю новгородцев, о которых они просили. Великокняжеский суд, произведенный на Городище, естественно понравился тем, которые были оправданы этим судом; это побуждало некоторых новгородцев явиться в Москву и также искать великокняжеского суда на свою братию. Издавна одним из важнейших прав новгородской вольности было то, что великому князю нельзя было вызывать новгородца из его земли и судить не в новгородской земле. Это право теперь нарушалось. Великий князь выслушивал новгородских истцов в Москве и отправлял в Новгород своих московских, а не новгородских приставов за ответчиками. В числе таких челобитчиков и ответчиков было двое чиновников новгородского веча: подвойский (чиновник по поручениям) по имени Назар и дьяк веча (секретарь) Захар Овинов. В Москве их разумели как послов от веча. Вместо того, чтобы по старине назвать великого князя и его сына (которого имя уже ставилось в грамотах как имя соправителя) господами, они назвали их государями. Великий князь ухватился за это, и 24 апреля 1477 года отправил своих послов спросить: какого государства хочет Великий Новгород, так как об этом государстве говорили в Москве приехавшие от всего Великого Новгорода послы.
Новгородцы на вече отвечали, что не называли великого князя государем и не посылали к нему послов говорить о каком-то новом государстве: весь Новгород, напротив, хочет, чтоб все оставалось без перемены по старине.
Еще послы великого князя не успели уехать из Новгорода, как там поднялось волнение: 31 мая вече казнило троих лиц - Василия Никифорова, Захара Овинова и брата его Козьму. Услыхавши об этом, великий князь испросил благословения у митрополита Геронтия, заступившего место умершего Филиппа, и в начале октября 1477 года двинулся с войском наказывать Новгород огнем и мечом. И Тверь, и Псков должны были посылать свою рать на Новгород. К ополчению московского великого князя пристали люди из новгородских волостей, бежечане, новоторжцы, волочане (жители Волока-Ламского),так как в этих пограничных волостях были в чересполосности владения неновгородские. Неприятельские отряды распущены были по всей новгородской земле от Заволочья до Наровы и должны были жечь людские поселения и истреблять жителей. Для защиты своей свободы у новгородцев не было ни материальных средств, ни нравственной силы. Они отправили владыку с послами просить у великого князя мира и пощады.
Послы встретили великого князя в Сытынском погосте близ Ильменя. Великий князь не принял их, а велел своим боярам представить им на вид вину Великого Новгорода: "Сами новгородцы послали в Москву послов, которые назвали великого князя государем, а теперь Новгород отрекается от этого!" В заключение бояре сказали: "Если Новгород захочет бить челом, то он знает, как ему бить челом".
Вслед за тем великий князь 27 ноября переправился через Ильмень и стал за три версты от Новгорода в селе, принадлежавшем опальному Лошинскому, близ Юрьева монастыря. Новгородцы еще раз послали послов своих к великому князю, но московские бояре, не допустивши их, как и прежде, до великого князя, сказали им все те же загадочные слова: "Если Новгород захочет бить челом, то он знает, как ему бить челом".
Великокняжеские войска, захвативши подгородные монастыри, окружили весь город; Новгород очутился замкнутым со всех сторон.
Опять отправился владыка с послами. Великий князь и на этот раз не допустил их к себе; но бояре теперь не говорили им загадок, а объявили напрямик; "Вечу и колоколу не быть, посаднику не быть, государство новгородское держать великому князю точно так же, как он держит государство в Низовой земле, а управлять в Новгороде его наместникам". За это их обнадеживали тем, что великий князь не станет отнимать у бояр земель и не будет выводить жителей из новгородской земли.
Шесть дней прошло в волнении. Новгородские бояре, ради сохранения своих вотчин, решились пожертвовать земскою свободою, хотя, в сущности, с потерею этой свободы не оставалось никакого ручательства в целости достояния частных лиц. Народ не в силах был защищаться оружием; не у кого было просить помощи, и не могла она ниоткуда прийти к Новгороду: город был отрезан от всего.
Владыка с послами снова поехал в стан великого князя и объявил, что Новгород соглашается на все. Послы предложили написать договор в этом же смысле и утвердить его с обеих сторон крестным целованием. Но бояре сказали, что великий князь не станет целовать креста.
"Пусть бояре поцелуют крест", - сказали новгородские послы. "И боярам не велит государь целовать креста", - отвечали бояре, доложивши прежде об этом великому князю.
"Так пусть наместник великого князя поцелует крест", - говорили новгородцы.
"И наместнику не велит государь целовать креста", - отвечали бояре.
Новгородские послы с таким ответом хотели идти в Новгород, но их задержали, не сказавши причины, за что задерживают.
