В 1487 году московский государь снова обратился на Казань и на этот раз удачнее, чем прежде. Партия вельмож, недовольная своим царем Алегамом, обратилась к московскому великому князю. Она хотела возвести на престол меньшого брата Алегамова Махмет-Аминя, которого мать Нурсалтан, по смерти своего мужа, казанского царя Ибрагима, вышла за крымского хана Менгли-Гирея, друга и союзника Иванова. По приказанию московского государя русские после полуторамесячной осады взяли Казань и посадили там Махмет-Аминя. Это подчинение Казани, еще далеко не полное, сопровождалось со стороны московского государя жестокостями; он приказал передушить князей и уланов казанских, державшихся Алегама; самого плененного Алегама с женой заточил в Вологде, а мать его и сестер сослал на Белоозеро.
Овладевая новыми землями, Иван Васильевич продолжал добивать Новгород. Там составился заговор против наместника Якова Захарьевича; подробности его неизвестны, но по этому поводу множество лиц было схвачено: иным отрубили головы, других повесили, а затем более семи тысяч житых людей было выведено из Новгорода. На другой год вывели и поселили в Нижнем еще до тысячи житых людей. Иван Васильевич вывел с новгородской земли тамошних землевладельцев и раздавал им поместья в Нижнем, Владимире, Муроме, Переяславле, Юрьеве, Ростове, Костроме, а в новгородскую землю переводил так называемых детей боярских с московской земли и там раздавал им поместья. Первоначально дети боярские были действительно потомки бояр, обедневшие и лишенные возможности поддерживать значение, какое имели их предки, но помнившие свое знатное происхождение, и потому вместо того, чтобы по примеру предков называться боярами, назывались только детьми их. Впоследствии этим именем стали называться служилые люди, получавшие земли с обязанностью нести службу; такое получение земли называлось "испомещением". Этою системою испомещений Иван Васильевич устроил новый род военного сословия; получавшие земли от великого князя приобретали их не в потомственную собственность, а пожизненно, с условием являться на службу, когда прикажут. Учреждение поместного владения не было новостью: по своему основанию оно существовало издавна, но Иван Васильевич дал ему более широкий размер, заменяя таким образом господство вотчинного права господством поместного. Мера эта была выгодна для его самодержавных целей: помещики были обязаны куском хлеба исключительно государю; земля их каждую минуту могла быть отнята; и они должны были заботиться заслужить милость государя для того, чтобы избежать несчастья потерять землю; дети их не могли по праву наследства надеяться на средства к существованию, и, подобно своим отцам, должны были только в милости государя видеть свою надежду. В 1489 году окончательно присоединена была Вятка. Сначала митрополит написал вятчанам грозное пастырское послание, в котором укорял их за образ жизни, несообразный с христианской нравственностью; потом великий князь отправил туда войско под начальством Данила Щени (из рода литовских князей) и Григория Морозова. Они взяли Хлынов почти без сопротивления. Иван Васильевич приказал сечь кнутом и казнить смертью главных вятчан, которые имели влияние на народ и отличались приверженностью к старой свободе; с остальными жителями московский государь сделал то же, что с новгородцами: он вывел с вятской земли землевладельцев и поселил в Боровске, Алексине, Кременце, а на их место послал помещиков московской земли; вывел он также оттуда торговых людей и поселил в Дмитрове.
Иван Васильевич щадил Псков, потому что Псков боялся его. Не раз испытывал он терпение псковичей и приучал их к покорности. Перед покорением Новгорода псковичи были очень недовольны московским наместником князем Ярославом Васильевичем: "От многих времен, - говорит местный летописец, - не бывало во Пскове такого злосердого князя". Четыре года тяготились им псковичи, умоляли Ивана Васильевича переменить его: долго все было напрасно: Иван Васильевич то нарочно тянул дело и откладывал свое решение, то брал сторону своего наместника. Когда вражда к этому наместнику во Пскове дошла наконец до драки между его людьми и псковичами, тогда великий князь обвинил псковичей, хотя и видел, что виноват был наместник. Вслед за тем он вывел этого наместника и положил на него свой гнев, но давал псковичам знать, что делает это по своему усмотрению, а не по просьбе псковичей. После покорения Новгорода Иван Васильевич обещал псковичам держать их по старине; "а вы, наша отчина, - прибавил он, - держите слово наше и жалование честно над собою, знайте это и помните". И действительно, псковичи старались помнить это и заслужить милость великого князя. Братья великого князя, призванные псковичами для защиты от немцев, прибыли во Псков со своими ратями. Вдруг псковичи узнали, что они поссорились со старшим братом. Тогда псковичи не только просили их удалиться, но даже не позволили оставить во Пскове их жен и детей. Иван, однако, не выказал псковичам большой благодарности за такое послушание: псковичи жаловались на бесчинные поступки великокняжеских послов, а Иван Васильевич сделал псковичам же за эту жалобу строгий выговор и оправдал своих послов.
В 1485 году возникло во Пскове волнение между черными и большими людьми. Наместник великого князя князь Ярослав Владимирович с посадниками составил грамоту, как кажется, определявшую работу смердов. Грамота эта не понравилась черным людям. Они взволновались, убили одного посадника, на лиц, убежавших от народной злобы, написали мертвую грамоту, т.е. осуждавшую их на смерть, опечатали дворы и имущества своих противников, а несколько человек посадили в тюрьму. Иван Васильевич, по жалобе больших людей и своего наместника, рассердился за такое самовольство, приказал немедленно уничтожить постановления веча, состоявшего из черных людей, и всем велел просить прощения у наместника. Черные люди не поверили, что действительно такое решение дал великий князь, и отправили к нему посольство со своей стороны. Иван Васильевич не хотел слушать никаких объяснений, требовал, чтобы псковские черные люди немедленно исполнили его волю и просили прощения у наместника. Псковичи сделали все угодное князю, а потом послали в Москву просить у него прощения. Дело это тянулось целых два года и стоило Пскову до тысячи рублей. Таким образом, Иван давал чувствовать псковичам, как разорительно для них ослушиваться распоряжений московских наместников. После того - псковичи приносили жалобы на великокняжеского наместника и на наместников последнего, которых тот рассадил по пригородам и волостям. Жалоб этих было такое множество, что, по словам летописца, и счесть их было невозможно. Иван Васильевич не принял этих жалоб, а сказал, что пошлет бояр разузнать обо всем. Великокняжеский наместник вслед за тем умер от мора, свирепствовавшего во Пскове, и дело это прекратилось само собою; но с тех пор великий князь назначал и сменял наместников уже не по просьбе псковичей, а по своей воле, и псковичи не смели на них жаловаться; так было до самой смерти великого князя. Во всей русской земле единственно в одном Пскове существовало еще вече и звонил вечевой колокол, но то была только форма старины: она была в сущности безвредна для власти Ивана над Псковом. Псковичам дозволялось совещаться об одних внутренних земских делах, но и то в своих решениях они должны были сообразоваться с волею наместников. Присылаемые против воли народа, эти наместники и их доверенные по пригородам позволяли себе разные насилия и грабительства, подстрекали ябедников подавать на зажиточных людей доносы, самовольно присваивали одним себе право суда, вопреки вековым местным обычаям, обвиняли невинных с тем, чтобы сорвать что-нибудь с обвиненных, при требовании с жителей повинностей обращались с ними грубо; их слуги делали всякого рода бесчинства, и не было на их слуг управы. Даже те, которые были менее нахальны в своем обращении с жителями, не приобретали их любви. Псковичи не могли освоиться с московскими приемами, но с болью терпели тяжелую руку Ивана Васильевича.
Утверждая свою власть внутри русской земли, великий князь заводил первые дипломатические сношения с немецкой империей. Русская земля, некогда известная Западной Европе в дотатарский период, мало-помалу совершенно исчезла для нее и явилась как бы новооткрытою землею, наравне с Ост-Индией. В Германии знали только, что за пределами Польши и Литвы есть какая-то обширная земля, управляемая каким-то великим князем, который находится, как думали, в зависимости от польского короля. В 1486 году один знатный господин, кавалер Поппель, приехал в Москву с целью узнать об этой загадочной для немцев стране. Но в Москве не слишком любили, чтоб иноземцы наезжали туда узнавать о житье-бьтье русских людей и о силах государства. Несмотря на то, что Поппель привез грамоту от императора Фридриха III, в которой Поппель рекомендовался как человек честный, ему не доверяли и выпроводили от себя. Через два года тот же Поппель явился уже послом от императора и сына его римского короля Максимилиана. На этот раз его приняли ласково, хотя все-таки не совсем доверчиво. Поппель облекал свое посольство таинственностью, просил, чтобы великий князь слушал его наедине, и не мог добиться этого. Иван Васильевич дал ему свидание не иначе, как в присутствии своих бояр: князя Ивана Юрьевича Патрикеева, князя Данила Васильевича Холмского и Якова Захарьича.
