В октябре 1941 года Особая группа в связи с расширенным объемом работ была реорганизована в самостоятельный 2-й отдел НКВД по-прежнему в непосредственном подчинении Берии" (затем — 4-е Управление — Ю. Н.).
В состав ОМСБОН вошли:
— управление;
— 1-й и 2-й мотострелковые полки трехротного состава (в каждой роте три мотострелковых и пулеметный взводы);
— минометная и противотанковая батареи; инженерно-саперная рота;
— рота парашютно-десантной службы;
— рота связи;
— автомобильная рота и подразделения материально-технического обеспечения. Личный состав бригады комплектовался сотрудниками аппарата НКВД — НКГБ, в том числе из Главного управления пограничных войск, курсантами Высшей школы НКВД, личным составом органов милиции и пожарной охраны, добровольцами-спортсменами Центрального государственного института физической культуры, ЦДКА и общества «Динамо», а также мобилизованными по призыву ЦК ВЛКСМ комсомольцами. Небольшая, но очень важная часть, бригады была укомплектована иностранными коммунистами, состоявшими в Коминтерне. Первым командиром ОМСБОН стал полковник М.Ф. Орлов, ранее занимавший должность начальника Себежского военного училища войск НКВД. Для личного состава бригады разработали специальную программу боевой подготовки. В задачи ОМСБОН вошли устройство минно-инженерных заграждений, минирование и разминирование особо важных военных объектов, парашютно-десантные операции, проведение диверсионных и разведывательных рейдов. Кроме общей программы, бригада проводила подготовку специалистов для выполнения на передовой и за линией фронта особых задач.
По своей штатной организации бригада фактически являлась обычным мотострелковым соединением, каких в рядах войск НКВД в начале войны было много. Во время битвы за Москву ОМСБОН в составе 2-й мотострелковой дивизии войск НКВД особого назначения использовалась на передовой, но и в этот период в ее составе формировались боевые группы, предназначенные к заброске во вражеский тыл. В типовой состав группы входили командир, радист, подрывник, помощник подрывника, снайпер и два автоматчика. В зависимости от выполняемых задач боевые группы могли объединяться или дробиться.
В критический период боев за Москву, зимой 1941/1942 годов, мобильные отряды ОМСБОН провели множество дерзких рейдов и налетов в тылу немцев. Некоторые группы использовались для ведения разведки и диверсий в интересах штабов общевойсковых армий. Большинство рейдов закончилось успешно, но диверсанты понесли большие потери.
С 1942 года основной задачей бригады стала подготовка отрядов для действий в тылу противника. К началу осени в тыл врага было заброшено 58 таких отрядов. Как правило, выведенная в немецкий тыл разведгруппа становилась ядром для образования партизанского о гряда. Рост численности последнего был обусловлен притоком отставших в 1941 — 1942 голах от своих частей военнослужащих РККА, совершивших побег военнопленных, просто местных жителей, недовольных немецким оккупационным режимом. В конечном итоге многие отряды превратились в крупные партизанские соединения, достаточно уверенно контролировавшие обширные районы в глубоком немецком тылу. За время войны сформировано 212 отрядов и групп общей численностью 7316 человек. Всего же кадры ОМСБОН подготовили по различным специальностям свыше 11 000 командиров и красноармейцев. Основную часть из этого количества составляли подрывники (5255 человек) и десантники-парашютисты (более 3000 человек). В числе других военно-учетных специальностей числились радисты, инструкторы-подрывники, снайперы, минометчики, водители, санинструкторы и химики. Кроме того, инструкторы специальных опергрупп, действовавших в тылу противника за два-три года из гражданских лиц и партизан подготовили еще 3500 подрывников. На базах ОМСБОН диверсионно-разведывательную подготовку прошло 580 стажеров из личного состава гвардейских частей РГК (в основном десантников).
Парашютно-десантная служба бригады занималась материально-техническим и учебно-методическим обеспечением операций в тылу противника, а также снабжением находящихся за линией фронта групп. За всю войну самолетами Ли-2 и С-47 проведено 400 боевых вылетов, на оккупированные территории доставлено (с посадкой на партизанские аэродромы или на парашютах) 1372 человека, перевезено порядка 400 тонн спецгрузов.
Итогом боевой деятельности ОМСБОН за четыре года войны стало уничтожение 145 единиц танков и другой бронетехники, 51 самолета, 335 мостов, 1232 локомотивов и 13 181 вагона. Бойцы бригады осуществили 1415 крушений воинских эшелонов противника, вывели из строя 148 километров железнодорожных путей, провели около 400 иных диверсий. Кроме того, 135 опергрупп ОМСБОН передали 4418 разведывательных донесений, в том числе 1358 — в Генштаб, 619 — командующему Авиацией дальнего действия и 420 — командующим фронтами и Военным советам. В начале 1943 года ОМСБОН была переформирована в Отряд особого назначения при НКВД — НКГБ СССР (ОСНАЗ). Эта войсковая часть была более четко ориентирована на решение разведывательно-диверсионных задач. В конце 1945 года ОСНАЗ расформирован. Некоторые его функции перешли к спецотрядам МВД-МГБ, которые вели тяжелую «лесную войну» с отрядами прибалтийских и украинских националистов. Эти силы сосредоточили в своих рядах самый отборный личный состав: еще в разгар войны, при анализе тяжелых потерь, понесенных резведгруппами СД, Вальтер Шелленберг отметил "трудность противодействия специальным силам НКВД, чьи части почти на
100 % укомплектованы снайперами".
В 30-е годы в диверсанты были зачислены и служебные собаки. Зимой 1934 — 1935 годов в районе подмосковного городка Монино специалисты РККА провели ряд испытаний собак, обученных для осуществления диверсионных актов. Принцип их применения почти не отличался от использования в 40-е годы на фронте собак — истребителей танков. На спине, в устройстве седельного типа, каждый четвероногий диверсант перевозил заряд взрывчатки (общая масса седла с зарядом достигала 6 кг). Дот ставив груз к объекту диверсии, специально обученное животное с помощью челюстей приводило в действие устройство, которое освобождало шпильки крепления и сбрасывало седло. После отхода собаки часовой механизм приводил в действие подпружиненный боек, ударявший по капсюлю, и производил подрыв заряда. Таким образом, дорогостоящая служебная собака не погибала вместе с противником, а была готова к выполнению новых задач. Стремительно перемещавшиеся и небольшие по размерам собаки, к тому же не боящиеся погибнуть от огня охранения, по мысли руководства РККА, должны были заменить при проведении диверсий людей. В случае массовой заброски в места расположения, например, крупных авиабаз, собаки могли нанести серьезный урон вражеским ВВС. В тыл противника собаки должны были сбрасываться на парашютах — в этом случае животные находились внутри специальных контейнеров (после приземления последние автоматически раскрывались).
Во время упомянутых выше испытаний (конец декабря, — начало января) собаки были десантированы на Монинском аэродроме с целью проведения учебной атаки против самолетов-мишеней. Их действия подробно описывались в рапорте: «Две собаки породы немецкая овчарка, сброшенные с 300 метров, после раскрытия коробов уверенно пошли на цель. Альма немедленно сбросила седло рядом с целью, Арго не сумел сбросить из-за неисправности механизма». На следующий день испытания были продолжены: с 300-метровой высоты вновь были сброшены две овчарки, которые сбросили подрывные заряды на рельсы железной дороги. При этом собаки преодолели 400 метров по рыхлому снегу за 35 секунд; одна из них волокла в зубах седло, свалившееся с ее спины при раскрытии парашютного контейнера.
Результаты испытаний были признаны успешными. 4 января 1935 года заместитель начальника Штаба ВВС РККА Лавров направил на имя главкома авиации Я. Алксниса и Маршалов Советского Союза М. Тухачевского и А. Егорова доклад, в котором изложил следующие тезисы: "Проведенные испытания показали пригодность программы подготовки собак… для выполнения следующих актов диверсионного порядка в тылу противника:
— подрывы отдельных участков железнодорожных мостов и железнодорожного полотна, разных сооружений, автобронетанковых средств и т. д.;
— поджоги строений, складов, хранилищ жидких горючих веществ, нефтяных приисков, железнодорожных станций, штабов и правительственных учреждений; — отравление при помощи сбрасывания устройств с отравляющими веществами водоемов; скота и местности, когда сама собака является источником заразы, возможное распространение эпидемий.
Полагал бы целесообразным… организовать в 1935 г. школу Особого Назначения, доведя количество подготовленных людей до 500, а собак до 1000-1200… В целях предварительной охраны наших объектов оборонного значения от диверсионных собак теперь же дать директивные указания приграничным округам уничтожать собак в любом месте их появления, особенно в районе аэродромов, складов, железнодорожных линий и бензохранилищ…"