Антагонизм двух британских корон питался глубокими различиями обеих стран. Ввиду более сурового климата, возвышенного рельефа, менее обширных и плодородных пахотных земель значение скотоводства в Шотландии было выше. В противоположность Англии, феодально-клановый уклад Королевства скоттов как в горной (Highlands), так и равнинной (Lowlands) его частях оставался почти незыблемым, с весьма слабыми признаками зарождения новых форм производства и торговли и новых социальных слоев. Города (бурги) заметно уступали английским по числу, населенности и благосостоянию. О большей однородности и консерватизме общественного строя свидетельствует однопалатный парламент Шотландии, в котором рядом с титулованной знатью заседали представители духовенства, горожан, среднего и мелкого дворянства (лэрдов), причем присутствие последних постепенно расширялось. Самобытная шотландская судебно-юридическая система основывалась не на праве прецедента, а в значительной мере на римских нормах. В законодательстве, делопроизводстве и литературных сочинениях использовался народный язык (Scots), который к этому времени значительно отдалился от английского, а добрая половина страны говорила на гэльском, родственном ирландскому. В эту эпоху авторитет королей из дома Стюартов заметно укрепился, хотя нередкие случаи ранней или насильственной смерти монарха приводили к регентству и временному упадку центральной власти, которая, располагая ограниченными возможностями, так и не пришла к абсолютизму.
В 1542 г. после смерти Якова V корону унаследовала правнучка Генриха VII Тюдора малолетняя Мария Стюарт, которую в детстве отправили во Францию (где позднее она станет женой короля Франциска II), в то время как Шотландией правила ее мать — регентша Мария Лотарингская, из рода Гизов. Она опиралась на французские войска, расквартированные в Шотландии, французы занимали ключевые посты при дворе, что вызывало недовольство местных лордов и дворянства. Стала усиливаться проанглийская партия, ее влияние возросло в связи с начавшейся в стране Реформацией. В середине века в Шотландии получили распространение кальвинистские идеи. Вдохновителем Реформации был Джон Нокс (ок. 1512–1572), с 1549 г. живший в Англии, а в период правления Марии Тюдор эмигрировавший в Женеву. По его инициативе был создан союз кальвинистов — Ковенант, выступивший за свержение королевы-католички, изгнание французов и союз с Англией. В 1559 г., после пылкой проповеди Нокса, по стране прокатилась волна иконоборческих погромов и бунтов. Разгорелась война между кальвинистами и католическим дворянством, поддерживаемым французами. Елизавета I оказывала помощь шотландским протестантам, а затем открыто вступила в войну. Кандидатуру Марии Стюарт, имевшей права на английский престол, поддерживали папа римский и католические государи, считавшие Елизавету незаконнорожденной узурпаторшей. В 1559 г. Мария и Франциск II официально приняли титул английских королей, но это лишь подстегнуло англичан, чей флот помог шотландским протестантам одержать решительную победу. Триумф протестантов увенчался в 1560 г. подписанием Эдинбургского договора, по которому французские и английские войска покидали Шотландию, а управление страной перешло к Совету из 12 высших лордов королевства. Кальвинисты, получив свободу вероисповедания, приступили к секуляризации церковных имуществ, санкционированной «Реформационным парламентом», хотя его легитимность была сомнительна и католическая церковь какое-то время сосуществовала с пресвитерианской. Последствия Реформации, как и всюду, были противоречивы: с одной стороны, более «демократическая» организация церкви и рост уровня образования прихожан, с другой — религиозная нетерпимость, гонения на изобразительное искусство, музыку и театр.
Мария Стюарт не признала ни Эдинбургского договора, ни актов Реформационного парламента и не отказалась от своих прав на английский престол. Когда после смерти мужа она вернулась в Шотландию, ей пришлось заискивать и перед пресвитерианами, и перед Елизаветой I в надежде, что бездетная Елизавета объявит ее своей наследницей. Этому должен был способствовать и ее брак с англичанином лордом Дарили, родственником Тюдоров. Борьба католиков и протестантов обострилась до крайности, когда Дарили был убит при участии фаворита Марии Стюарт графа Ботуэлла (Ботвелла, Босуэлла), а ее обвинили в связях с убийцами. В 1567 г. началось восстание кальвинистов, вынудившее шотландскую королеву отречься от престола в пользу малолетнего сына, Якова VI, и бежать. Она прибыла в Англию, где вскоре была заключена под стражу, на и как пленница она была опасна для английской королевы. Католическое дворянство северных графств было готово возвести Марию на престол. Франция, Испания и Рим обещали свою поддержку. Католические державы втайне обсуждали планы высадки десанта в Ирландию и интервенции в Англию.
В 1569 г. в Северной Англии началось восстание под лозунгом восстановления «истинной веры». Его лидеры намеревались освободить Марию Стюарт и возвести ее на престол. Правительственная армия разгромила повстанцев, многие из которых были казнены. Религиозный мир, который Елизавете долгое время удавалось поддерживать, был нарушен. Папа Пий V издал буллу о низложении королевы Англии и призвал ее подданных к сопротивлению. После того как была перехвачена переписка шотландской королевы, в которой та соглашалась с планами интервенции в Англию и свержения Елизаветы, Мария Стюарт была предана суду и казнена в 1587 г. Это решение восторженно приняло протестантское население, в глазах которого Елизавета I была защитницей истинной веры и символом национальной независимости Англии.
С конца 70-х годов XVI в. англо-испанские отношения неуклонно ухудшались вследствие пиратских рейдов англичан и их негласной помощи восставшим Нидерландам. Казнь Марии Стюарт переполнила чашу терпения Филиппа И. В 1588 г. он снарядил огромный флот — Армаду из 130 кораблей. Испанцы хотели высадить в Англии сильную армию из Нидерландов, англичане стремились не допустить этого. Несколько морских сражений в Ла-Манше не выявили победителя, но затем неблагоприятный ветер унес Армаду в Северное море. При возвращении Армады в Испанию в штормах у берегов Шотландии и Ирландии погибли 28 кораблей. Поражение «Непобедимый армады» способствовало утверждению Англии в роли новой морской державы. В 80-е годы XVI в. она превратилась в европейского лидера протестантских государств.
В конце 80—90-е годы в английской экономике начался спад под влиянием ряда внешних факторов. Дороговизну продуктов, вызванную «революцией цен», усугубили неурожаи и нехватка зерна вследствие конверсии пахотных земель. Отрицательно сказался на экономике и англо-испанский конфликт: резко возросло налоговое бремя, казна была пуста, а пиратские экспедиции тех лет не принесли ожидаемых прибылей. Нестабильная ситуация на торговых путях, утрата традиционных рынков сбыта сукна в Испании, Португалии, Италии и католических землях Германии, острое торговое соперничество с политическим союзником — Нидерландами привели к кризису перепроизводства. Представители торгово-промышленных кругов видели выход в отказе от государственного регулирования и введении свободы торговли, однако робкие эксперименты правительства в этом направлении не дали ощутимых результатов.
В сфере внутренней торговли государство в фискальных целях увеличило количество частных монополий, распространившихся на большинство товаров повседневного спроса, что также вело к росту цен. Интересы экономики приносились в жертву казне и аппетитам придворных. Однако в условиях финансового дефицита королева сократила пожалования и придворным аристократам, и профессиональным военным, что обострило борьбу политических группировок — «партии мира», в которую входили государственные деятели, выступавшие за прекращение конфликта с Испанией, и «партии войны», возглавляемой фаворитом королевы маршалом Эссексом, которого поддерживало офицерство. В 1601 г. он поднял мятеж, чтобы отстранить своих противников от власти. Мятеж был подавлен, а зачинщики казнены, но выступление группы придворных, близких к трону, было симптомом серьезного политического кризиса.
На рубеже XVI–XVII вв. острой критике в нижней палате подверглась религиозная политика Елизаветы I, а увеличение налогов и рост числа частных монополий в торговле встретили единодушный отпор парламентариев. Поскольку власти пытались пресекать дискуссии по этим вопросам, в парламенте стало громче звучать требование свободы слова. В то же время депутаты подчеркивали свою лояльность короне и желание сотрудничать с ней, видя себя «оппозицией Ее Величества».
Под давлением парламента Елизавете I пришлось отменить ряд частных монополий и пообещать упразднить остальные. Это был первый политический успех оппозиции, хотя королева и не выполнила обещания. Борьба против монополий продолжилась в парламентах Якова I Стюарта, унаследовавшего английский престол после смерти Елизаветы в 1603 г.
