Война в Западной Европе потребовала от Румынии пересмотра внешней политики в пользу большего сближения с единственным возможным в то время противником СССР - Германией. Уже 28 мая 1940 г. между Румынией и Германией был подписан новый торговый договор, согласно которому предполагалось увеличить поставки нефти Берлину на 30% в обмен на обеспечение румынской армии современным вооружением. Румынское руководство стало настойчиво предлагать Германии сотрудничество в любой области по ее желанию. На новые румынские запросы о действиях Германии в случае "агрессии советской России", 1 июня 1940 г. последовал ответ, что проблема Бессарабии Германию не интересует - это дело самой Румынии644 . В тот же день Румыния предложила СССР расширить товарооборот, но советская сторона не поддержала это предложение. Одновременно был улажен инцидент с советским самолетом, залетевшим в воздушное пространство Румынии на 62 км645 . 20 июня германскому посланнику в Бухаресте было передано заявление румынского правительства, в котором отмечалось, что "идентичность интересов, которая связывала оба государства в прошлом, определяет также сегодня и определит еще сильнее завтра их взаимоотношения и требует быстрой организации этого сотрудничества, которое предполагает сильную в политическом и экономическом отношении Румынию, ибо только такая Румыния явится гарантией того, что она сможет выполнять свою миссию стража на Днестре и в устье Дуная"646 . Однако Берлин не торопился с ответом.
С апреля 1940 г. началась переброска советских войск с финского фронта к местам постоянной дислокации. Одновременно происходило усиление Киевского особого (КОВО), Одесского (ОдВО) и Закавказского военных округов (ЗакВО). Эти передислокации были замечены германскими дипломатами в Москве, о чем 21 мая 1940 г. было доложено в Берлин647 . 11-14 мая оперативный отдел штаба КОВО приказал военно-топографическому отделу начать набор мобилизационных комплектов карт пограничной зоны Румынии648 . 25 мая германский посол в Москве граф Ф.В. фон Шуленбург обратился к Молотову за разъяснением слухов о концентрации советских войск на границе с Румынией. "Молотов ответил, что все эти слухи лишены оснований, - докладывал Шуленбург в Берлин. Несомненно, пожалуй, что советские войска в южной части России, в Крыму и на Кавказе усиливаются", но эти меры не выходят за рамки оборонительных649 . Расширение войны в Западной Европе в мае-июне 1940 г. позволило СССР активизировать свою политику в отношении Прибалтики и Румынии.
К сожалению, подавляющая часть документов о подготовке и осуществлении Бессарабской кампании Красной Армии все еще секретна, поэтому невозможно всесторонне исследовать эти проблемы. Однако доступные материалы позволяют все же рассмотреть эти события более подробно.
Конкретные советские военные приготовления к решению Бессарабского вопроса начались 9 июня 1940 г., когда Военные советы КОВО и ОдВО получили директивы наркома обороны ОУ/583 и ОУ/584, согласно которым им была поставлена задача привести войска в состояние боевой готовности по штатам мирного времени без подъема приписного состава, сосредоточить их на границе с Румынией и подготовить операцию по возвращению Бессарабии. Для руководства операцией на базе управления КОВО было создано управление Южного фронта (командующий - генерал армии Г.К. Жуков, член Военного совета - корпусной комиссар В.Н. Борисов, начальник штаба генерал-лейтенант Н.Ф. Ватутин), включавшего 5-ю (командующий на время операции - генерал-лейтенант В.Ф. Герасименко), 12-ю (командующий генерал-майор Ф.А. Парусинов) армии КОВО и 9-ю армию (командующий генерал-лейтенант И.В. Болдин), формировавшуюся из войск ОдВО.
13 июня с 13.20 до 14.30 часов в Кремле состоялось совещание высшего военно-политического руководства, на котором присутствовали Сталин, Молотов, нарком обороны маршал С.К. Тимошенко, начальник Генштаба маршал Б.М. Шапошников, его заместитель генерал-лейтенант И.В. Смородинов, начальник Политуправления армейский комиссар 1 ранга Л.З. Мехлис, командующие войсками и члены Военных советов КОВО - генерал армии Г.К. Жуков, корпусной комиссар В.Н. Борисов и ОдВО - генерал-лейтенант И.В. Болдин и корпусной комиссар А.Ф. Колобяков, нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов, начальник Главного морского штаба адмирал Л.М. Галлер и командующий Черноморским флотом контр-адмирал Ф.С. Октябрьский650 . К сожалению, материалы этого совещания все еще секретны, однако совершенно очевидно, что речь на нем шла о подготовке операции против Румынии. В частности, был решен вопрос о создании оперативного объединения Черноморского флота на реке Дунай - Дунайской флотилии, создание которой началось четыре дня спустя.
К 17 июня Военный совет Южного фронта разработал план операции, который был 22 июня представлен на утверждение наркому обороны. 19 июня в Проскурове были проведены специальные занятия с Военными советами армий и командирами корпусов с целью ознакомить их с характером и планом операции. Были даны указания об особенностях боевой подготовки войск и тылов к предстоящей операции. 22-23 июня Военные советы армий проработали на местности с командирами корпусов и дивизий вопросы занятия исходного положения, организации предстоящего наступления, взаимодействия родов войск, управления, связи, устройства тыла и действий на ближайший этап операции. С остальным комначсоставом эти вопросы были проработаны за день до начала операции.
Для выполнения правительственного задания было разработано два варианта операции. Первоначально оперативный план предусматривал ситуацию, когда Румыния не пойдет на мирное урегулирование территориального вопроса и потребуется ведение полномасштабных военных действий. На этот случай предполагалось нанесение охватывающих ударов войсками 12-й армии из района севернее Черновиц вдоль реки Прут на Яссы и 9-й армии из района Тирасполя южнее Кишинева на Хуши с целью окружения румынских войск в районе Бельцы Яссы. Для завершения окружения и дезорганизации тылов противника предусматривалось во взаимодействии с ВВС и Конно-механизированной группой (КМГ) использовать 201-ю, 204-ю и 214-ю воздушно-десантные бригады, из состава которых предполагалось высадить 2 040 человек в районе Тыргу-Фрумос. Десантированию с 120 самолетов ТБ-3 под прикрытием 300 истребителей должен был предшествовать авиаудар по аэродромам и войскам противника. Задачи по борьбе с румынским флотом получил приведенный 15 июня в состояние боевой готовности Черноморский флот. Позднее был разработан второй вариант оперативного плана, предусматривавший мирное разрешение конфликта. В этом случае отход румынских войск на реку Прут должен был сопровождаться быстрым выходом подвижных советских частей на новую границу и контролем за эвакуацией Бессарабии.
Войска были приведены в боевую готовность и 10 июня получили директивы по сосредоточению, которое началось под видом учебного похода с 11 июня и должно было завершиться 24 июня. Однако этот процесс встретил ряд трудностей. Серьезной проблемой для войск стало приведение их в боевую готовность без призыва приписного состава, что потребовало перераспределения военнослужащих для формирования необходимых тыловых и вспомогательных частей. Для этого привлекалось почти 35 тыс. солдат из строевых частей, слабо подготовленных к выполнению возложенных на них новых обязанностей. Нехватка начальствующего состава тыловых специальностей и медицинского персонала восполнялась их призывом из запаса. Было сформировано 16 полевых госпиталей, 6 отделений полевых эвакуационных пунктов, 4 инфекционных госпиталя, 2 автосанроты, 5 автохирургических отрядов, 12 санитарных поездов, к приему раненных были подготовлены госпиталя в Львове, Тарнополе и Проскурове. Для обеспечения боевых операций войск было развернуто 34 различных склада, 5 хлебопекарен, 7 полевых подвижных госпиталей, 3 эвакуационных и 8 полевых ветеринарных лазарета, 9 рабочих рот. Недостаток транспорта привел к тому, что выступившие в поход войска не имели возможности сразу взять необходимое вооружение и имущество, что приводило к задержке сосредоточения, ибо требовало нескольких рейсов имевшихся автомашин. Для пополнения на случай убыли имелось 17 маршевых батальонов, назначенных Генштабом, 10 маршевых батальонов, сформированных в КОВО и ОдВО, 5 запасных саперных рот и 225 танковых экипажей.
Все эти трудности привели к тому, что войска не успели сосредоточиться к 24 июня, а завершили развертывание только к 27 июня. Войска 12-й армии, находившиеся в Предкарпатье, были развернуты на юго-восток. Штаб армии передислоцировался из Станислава в Коломыю, где ему были подчинены 8-й, 13-й, 15-й, 17-й стрелковые корпуса и Армейская кавгруппа (командующий генерал-лейтенант Я.Т. Черевиченко) в составе 2-го и 4-й кавкорпусов. Часть войск 5-й армии, развернутой на Волыни, была переподчинена 6-й и 12-й армиям. Штаб 5-й армии был переброшен из Луцка в Дунаевцы, где он объединил 36-й и 49-й стрелковые корпуса. Из войск ОдВО, пополненных за счет КОВО, ХВО и СКВО, была развернута 9-я армия (штаб в Гроссулово - ныне: Великая Михайловка) в составе 7-го, 35-го, 37-го, 55-го стрелковых и 5-го кавалерийского корпусов. Часть войск перебрасывалась по железной дороге, часть - пешим порядком. Причем определенные трудности возникли при железнодорожных перевозках войск, поскольку отсутствовал план перевозок. Распоряжение Генштаба о перевозках было получено только в 18.30 12 июня, хотя перевозки должны были начаться с 18.00 этого дня. Несогласованная работа Управления военных сообщений и НКПС привела к тому, что вместо необходимых 709 эшелонов войска получили примерно на треть меньше. Но, несмотря на все эти трудности, к началу операции все войска были подтянуты и развернуты в соответствии с планом651 .
