В XVI в. чешские города кишели "еретиками". За короткое время Чешский Брод, Литомержицы (Лейтмериц), Труднов, Тешнев, Колин и другие стали центрами протестантизма.
Для борьбы с еретическим движением папа еще в середине XVI в. направил в Чехию партию иезуитов, которым был отведен Пражский монастырь св. Климента. Тогда же ордену дано было право выдавать университетские дипломы, и в Ольмюце, Брюнне и так далее открылись иезуитские школы. Фактически дело образования перешло в руки иезуитского ордена.
Однако Чехия с ее почти 150-летним гуситским движением, враждебным папству, представляла собою слишком далеко отошедшую от католицизма страну, чтобы в ней можно было сразу искоренить все следы ереси. Из 2,5 млн. населения в Чехии насчитывалось всего 300-350 тыс. католиков. Поэтому умеренные гуситы (утраквисты) должны были оставаться вне пределов преследования; ими иезуиты пользовались даже для нанесения удара протестантам и так называемым "братьям", имевшим много последователей среди ремесленников и крестьян. Утраквисты (калликстинцы, чашники) - название умеренных гуситов, требовавших частичной реформы католической церкви и в особенности причащения всех верующих и хлебом и вином.
В других областях габсбургских владений папство настаивало на более решительной политике, чем в Чехии. Оно добилось в 1578 г. запрещения протестантской службы во всех городах Нижней Австрии, обязав в то же время всех горожан присутствовать на католических церемониях и причащаться по католическим обрядам. Те же начала восторжествовали в Верхней Австрии, в Штирии, Каринтии и Крайне, где будущий император Фердинанд II в качестве правителя этих областей с большой жестокостью подавлял всякую ересь и запретил даже дворянам занимать государственные должности, если они не исповедовали католическую религию. Особые полувоенные комиссии разъезжали по стране и не желавшим вернуться в католичество предписывали немедленно распродать имущество и, уплатив 10% с вырученной суммы государству, покинуть его пределы.
Католическая политика Габсбургов распространилась и на Венгрию. Здесь, однако, ввиду вспыхнувшего в 1605 г. восстания и угрозы совместного выступления венгров с турками католицизму пришлось идти на уступки. В 1606 г. Габсбурги предоставили венгерскому дворянству свободу вероисповедания, исключительное право на занятие государственных должностей и право выбирать палатина, то есть наместника короля.
В 1608 г. в Агаузене по инициативе курфюрста Пфальцского Фридриха была образована уния для защиты интересов протестантизма. В ответ на это в 1609 г. в Мюнхене была создана католическая лига, организовавшаяся по инициативе иезуитов и задавшаяся целью уничтожить протестантов во всей империи и желавшая видеть на императорском троне воинствующего католика. Так как наиболее энергичным в деле насильственного насаждения католицизма был Фердинанд Штирийский, то иезуиты прилагали все старания к тому, чтобы именно он был избран в императоры.
Царствовавший с 1612 г. его двоюродный брат бездетный Матвей Габсбургский был безвольным человеком, лишенным всякой инициативы и самостоятельности. Папа Павел V (1605-1621) открыто посылал упреки по его адресу и выражал негодование, что в такое тяжелое время, когда протестантизм сильно свирепствует во всей империи, императорский трон занимает столь нерешительный и неавторитетный правитель, как Матвей. "Бесполезно избирать вместо умирающего императора больного; необходимо избегать кризисов, быстро следующих один за другим" - таков был лозунг католической лиги.
По инициативе папы Павла V все противники протестантов стали требовать признания наследником императора Матвея ярого католика Фердинанда Штирийского. Деятельность Фердинанда в Штирии и Каринтии, пятилетний курс обучения, пройденный им в "бульваре религии", как называли иезуитский университет в Ингольштадте, его покорность Григорию Валенсийскому, этому "ревностнейшему и ученому защитнику папской непогрешимости", и его увлечение "молотом еретиков" иезуитом Гретцером, чьи многочисленные выступления были резюмированы в знаменитой фразе: "Когда мы говорим о евангелии, мы имеем в виду папу",- все это служило достаточной гарантией, что Фердинанд Штирийский в качестве германского императора будет проводить политику, угодную Риму и католической лиге, и осуществит широкий план папско-иезуитской партии по борьбе с протестантами.
Для гуситской Чехии перспектива оказаться под властью иезуитского воспитанника Фердинанда Штирийского была особенно тягостна. Правда, свобода религии гарантировалась "грамотой величества", данной в 1609 г. императором Рудольфом II, напуганным венгерскими событиями 1605-1606 гг. Но гарантия потеряла значение со смертью в 1612 г. Рудольфа II, которому наследовал Матвей. Бездетность Матвея делала несомненным переход императорской короны к Фердинанду Штирийскому, и курфюрсты постановили еще при жизни Матвея, что все земли Габсбургов, в частности и Чехия, должны войти в состав империи. Гуситы, боясь воцарения Фердинанда, вели переговоры с кальвинистом-курфюрстом Пфальца Фридрихом относительно передачи ему чешской короны. Во избежание этого Фердинанд дважды заверял представителей Чехии, что он будет в точности соблюдать все уступки, сделанные некогда чешским гуситам. Эти заверения оказали свое действие, и 19 июня 1617 г. Фердинанд был чешским сеймом избран в чешские короли. Однако уже в ноябре 1617 г. последовал ряд нарушений прав гуситов. Чешские дворяне собрались на сейм протеста, но многие представители городов не были допущены на заседание. 21 мая 1618 г. вторично состоялся съезд с целью протестовать против политики Фердинанда, и когда представители власти явились в сейм с намерением, как предполагали, разогнать его, они были выброшены через окно в ров, окружавший здание сейма. Сейм избрал директорию из 30 членов: решено было немедленно организовать армию, иезуиты были изгнаны из Чехии, их имущество, как и имущество некоторых виднейших католиков, было конфисковано. Хотя император Матвей готов был вести переговоры с чехами, но Фердинанд, опираясь на поддержку Испании, настаивал на военных мерах против "неискоренимых еретиков".
Чешские протестанты вступили в переговоры с немецкими и венгерскими противниками католического абсолютизма. События вскоре приняли международный характер. В начале военных действий умер император Матвей, и Фердинанд занял его трон. Чешский сейм отказался признать Фердинанда и избрал чешским королем кальвиниста Фридриха Пфальцского. Началась так называемая Тридцатилетняя война (1618-1648).
Победа императора Фердинанда II при Белой горе (1620 г.) означала конец самостоятельного существования Чехии: отныне законодательная власть была передана королю, немцы заняли господствующее положение в стране; протестантизм должен был быть с корнем вырван. В побежденных Фердинанд II видел одновременно еретиков и врагов абсолютной власти и преследовал их самым жестоким образом. Главные участники восстания были казнены. Имущество всех лиц, в той или иной степени замешанных в событиях, приведших к разрыву с Габсбургами и провозглашению чешским королем Фридриха Пфальцского, подлежало конфискации в пользу казны. Фактически оно было роздано крупным немецко-католическим землевладельцам и различным военным и гражданским чиновникам. Уже 6 февраля 1620 г., то есть в момент вступления габсбургских войск на чешскую территорию, главнокомандующему войсками Фердинанда II были пожалованы отнятые у магната Швамберга обширные земли, а ради привлечения польского короля Сигизмунда III к борьбе с протестантизмом ему были обещаны силезские поместья, которые принадлежали врагам "истинной" религии. Вскоре очень значительная часть чешских земель перешла в руки немцев. В Баварии говорили, что тот, кто в чешском восстании не приобрел 30 тыс. гульденов, является негодным воякой. После того как у всех участников событий 1618 г. было конфисковано их имущество, в 1622 г. была обнародована всеобщая амнистия, в силу которой участники восстания должны были добровольно сознаться в своей вине, если хотели сохранить честь, жизнь и имущество. "Амнистия" достигла цели: многие, поддавшись обману, поспешили "сознаться", что повлекло за собою бесчисленное множество новых земельных конфискаций. Одновременно с конфискацией имущества шли аресты и изгнания из Чехии. В 1623 г. страну покинули около 12 тыс. человек, а в 1628 г.- 36 тыс. семейств. Большой частью владений "еретиков" воспользовалась церковь: пражский архиепископ кардинал Гаррах получил поместья Молдавтейн, Гневковиц, Клетечну, Захотин, Червена-Речицу, Новый Рыхнов и Рожмиталь. Одновременно были одарены конфискованными землями все монастыри и главнейшие церкви. Некий каноник Платейс за энергичные розыски "божьих врагов" получил 12 тыс. гульденов. Львиная доля награбленного имущества досталась иезуитам. Пражская и Куттенбергская иезуитские школы получили 11 больших феодальных поместий, а также обширные земельные участки, принадлежавшие "еретическим" городам. Кроме того, им досталось 45283 талера наличными, 13 домов в Праге и знаменитая типография, принадлежавшая университету. Общая сумма, "пожертвованная" духовенству и императорским фаворитам, исчисляется в 5 млн. гульденов. Особенно сильно увеличили свои приобретения иезуиты, когда в Праге появился папский нунций Караффа, а иезуиты всецело овладели Фердинандом II.
