Поскольку советско-румынский конфликт был разрешен мирным путем, войска Южного фронта получили приказ осуществить операцию по второму варианту плана. В Бессарабию и Северную Буковину вводилась лишь часть сосредоточенных войск: от 12-й армии — 4-й кавкорпус с 23-й танковой бригадой, 2-й кавкорпус с 5-й танковой бригадой (1-й эшелон), 60-я, 58-я, 131-я стрелковые и 192-я горнострелковая дивизии (2-й эшелон). От 5-й армии — 36-я, 49-я танковые бригады (1-й эшелон), 80-я, 169-я стрелковые дивизии (2-й эшелон). От 9-й армии — 5-й кавкорпус, 4-я танковая бригада, 15-я мотострелковая дивизия (1-й эшелон), 95-я, 25-я, 74-я, 140-я стрелковые дивизии (2-й эшелон). Кроме того, предусматривалось использование 201-й и 204-й воздушно-десантных бригад фронтового подчинения. Все остальные войска оставались на старой границе в полной боевой готовности682. 28 июня войска получили указание Политуправления Красной Армии, которое требовало разъяснить всему личному составу, что, "благодаря мудрой сталинской внешней политике, мы избавили от кровопролитной войны трудящихся Бессарабии и Северной Буковины и решили вопрос о возвращении Бессарабии в могучую семью Советского Союза мирным путем"683. Войскам приказывалось сохранять бдительность и вести активную политработу среди местного населения.
В 14.00 28 июня войска Южного фронта перешли старую границу и в тот же день заняли Черновицы, Хотин, Бельцы, Кишинев и Аккерман. Советские войска продвигались практически вслед за арьергардами румынских войск, а подвижные соединения обогнали их и раньше них вышли к реке Прут. Форсирование нижнего течения Днестра войсками 9-й армии заняло слишком много времени, поскольку понтонеры оказались слабо обученными. Задержка с продвижением войск в юго-западные районы Бессарабии и поступившие сведения о мародерстве эвакуировавшихся румынских частей привели к тому, что было решено высадить десанты в южной части Бессарабии. 29 июня в районе Болград было десантировано 1 372 бойца 204-й воздушно-десантной бригады. В 4.55 утра 30 июня был отдан приказ о переброске в Измаил частей 201-й воздушно-десантной бригады, и в 9.35–12.15 44 самолета ТБ-3 с 809 десантниками на борту взяли курс на цель. Первоначально предполагалось, что самолеты приземлятся на измаильском аэродроме, но оказалось, что аэродром слишком мал для столь крупных самолетов, и после посадки 12 ТБ-3 было решено остальной десант выбросить на парашютах. Всего было высажено 240 и десантировано с парашютами 509 человек, а из трех самолетов десантирование не было произведено. К вечеру десантники заняли Измаил и взяли под охрану границу. В ходе этих десантных операций погибли 3 человека, 7 получили переломы, а 25 — легкие травмы. По мнению командования Южного фронта, десанты "полностью себя оправдали и заставили румынские части считаться с соглашением"684.
Несмотря на столь высокую оценку действий десантников, командование воздушно-десантных бригад было настроено в отношении проведенной операции достаточно критично. Как сообщал в своем донесении от 19 июля 1940 г. Военному совету КОВО и Управлению боевой подготовки РККА командующий 204-й бригадой полковник Губаревич, 28 июня 1940 г. бригада была приведена в состояние боевой готовности и в 20.00 через командира 29-й тяжелобомбардировочной авиабригады получила боевую задачу, поскольку штаб фронта всю подготовку перепоручил штабу ВВС. С 4.00 утра 29 июня личный состав бригады был выведен к самолетам и находился там до отлета, имея на себе один боекомплект патронов и две сутодачи мясоовощных консервов, концентратов и сухарей. Подготовка операции командованием ВВС фактически не производилась: не была осуществлена разведка места выброски, отсутствовала организация связи, а подготовка авиаполков для десантирования оказалась низкой, что привело к рассеянию десанта на большой территории. В 8.00-9.30 был произведен вылет 99 самолетов ТБ-3, а в 12.30–14.30 десантирование в 10 км севернее Болграда. Полностью бригада сосредоточилась к 16.30, но еще до этого два батальона были отправлены в Болград и на станцию Троянов вал, которые они заняли в 18.30. В 18.15 был получен приказ Южного фронта о занятии городов Рени и Кагул, находящихся в 40–50 км от места выброски десанта. В ночь на 30 июня рота десантников на автомашинах заняла Рени, где произошла перестрелка с румынами. Рано утром 1 июля был занят Кагул. Появление десантников приостановило грабеж населения румынскими солдатами. К 4 июля подошли части 25-й стрелковой дивизии. 204-я бригада была отведена в Болград, оттуда по железной дороге переброшена в Бендеры, где и оставалась до 16 июля685.
Начальник Управления боевой подготовки Красной Армии генерал-лейтенант В.Н. Курдюмов, докладывая 24 июля 1940 г. наркому обороны о ходе воздушно-десантной операции в Бессарабии, отметил, что она была "выполнена исключительно плохо", поскольку "отсутствовала всякая подготовка к операции".
"Выброска 204-й бригады 29 июня, — читаем в его докладной, — была совершена с запозданием на 1 час 30 минут вследствие несвоевременной отдачи распоряжения о вылете. Вылет 201-й бригады вместо 9.00 был произведен в 14.00 30 июня по той же причине, а также из-за необеспеченности бензозаправщиками аэродрома Скоморохи. Воздушная переброска десанта проводилась по мирному — без прикрытия боевой авиации и предварительной разведки района выброски (высадки). Строи и высота полета не соблюдались. Выброска проводилась неорганизованно, на различных высотах и очень растянуто. В результате этого бригады разбрасывались на площади 10 х 10 км, а сбор после приземления производился в течение двух часов, что для боевой обстановки недопустимо. Полет десанта проходил днем, в условиях наибольшей болтанки в воздухе, отсюда лишь в одной 204-й бригаде было возвращено на аэродромы вылета 50 человек, оказавшихся не в состоянии прыгать (укачало). Воздушные бригады выбрасывались и высаживались, не имея никаких задач и указаний о характере действий. Пункты выброски командованию десантных бригад стали известны лишь от командиров летных частей. Со стороны штафронта никакого руководства бригадами не было и лишь спустя 5 часов после выброски в 204-ю бригаду прибыл представитель фронта с весьма общим распоряжением о занятии новых пунктов, но опять-таки без упоминания о характере действий бригад.
При использовании бригад не учитывалась степень их состояния и подготовленность". Так, 204-я бригада, имевшая 42,2 % "состава из людей, прибывших в бригаду в июне месяце и наспех совершивших 1–3 прыжка, была сброшена на парашютах в сложных условиях при ветре 8–9 м/с. В то же время наиболее подготовленная для парашютной выброски 214-я бригада не была использована совсем. Время на подготовку к операции от момента получения распоряжения и до вылета исчислялось 4-мя часами, и то за счет лишения необходимого отдыха личного состава бригады. Пополнение выброшенных бригад огнеприпасами и продовольствием по воздуху, а также эвакуация раненых и больных предусмотрена не была. После многих запросов лишь 5 июля (спустя пять дней) в расположение 204-й бригады прибыл санитарный самолет. Перечисленные недочеты в боевой обстановке неизбежно привели бы к провалу воздушно-десантной операции и к напрасной гибели людей и самолетов"686.
29 июня войска первых эшелонов вышли на реку Прут, где заняли переправы и установили порядок осмотра отходящих румынских частей с целью изъятия захваченного имущества местного населения. Эти меры, наряду с активной политической пропагандой, личное участие в которой приняли прибывшие в Бессарабию С.К. Тимошенко, Г.К. Жуков, Л.З. Мехлис и первый секретарь ЦК КП(б)У Н.С. Хрущев, поддерживали энтузиазм населения в связи с приходом Красной Армии. В ходе Бессарабской операции для издания газет и листовок на русском, украинском и румынском языках использовался поезд-типография, общий объем продукции которого составил 2 120 тыс. экземпляров. Газеты, изданные в уездах, позволили широко охватить прессой местное население, для развлечения которого привлекались киноустановки и театры УССР и КОВО. Общий объем отпечатанных книг, брошюр, листовок, карт и т. п. составил 2 539 тыс. экземпляров687. В ходе занятия Бессарабии советскими войсками имели место факты "барахольства" — покупок советскими военнослужащими различных промтоваров, что активно пресекалось командованием и политорганами.
К исходу 1 июля новая граница была полностью занята войсками, а с 14.00 3 июля граница была закрыта, и не успевшие переправиться румынские военнослужащие были разоружены и задержаны. Тем самым "войска Южного фронта выполнили поставленную перед ними задачу и обеспечили нашему Правительству возможность мирным путем освободить БЕССАРАБИЮ и БУКОВИНУ и своими действиями быстро закрепили их за СССР… Граница надежно обеспечена. Главные силы приступили к нормальной боевой учебе в занимаемых ими районах"688. С 5 июля 1940 г. войска были переведены в состояние обычной готовности мирного времени, и с 8 июля началось их рассредоточение по местам постоянной дислокации. 7 июля было расформировано управление Южного фронта, а 10 июля — управление 9-й армии689. Отсутствие боевых действий не исключало мелких стычек румынских и советских войск, потери Красной Армии в которых, а также от несчастных случаев за период с 11 июня по 6 июля 1940 г., по неполным данным, составили 119 человек (убито — 29, самоубийств 12, ранено — 69, членовредительство — 6, утонуло — 3)690.
