Изменившаяся обстановка на Балканах потребовала уточнения тактики местных компартий. Уже 20 августа 1940 г. ИККИ утвердил резолюцию о положении в Венгрии и задачах КПВ, согласно которой основной угрозой являлось сближение Венгрии с Германией на основе ревизии венгерских границ. Перед венгерской компартией ставилась задача бороться за независимую внешнюю политику страны и сохранение мира, что было возможно только на "основе добрососедских, честных и безусловно дружественных отношений с великой соседней социалистической державой, Советским Союзом"704. 5 сентября 1940 г. в ИККИ была выработана директива румынской и венгерской компартиям по Трансильванскому вопросу, в которой Венский арбитраж прямо назывался империалистическим диктатом. Перед компартиями ставилась задача активизировать борьбу с реакционными правящими режимами, за пролетарскую солидарность трудящихся обеих стран и за сближение с СССР705.
Решения Венского арбитража вызвали недовольство в Москве, и, когда 31 августа Шуленбург уведомил Молотова об их содержании, последний указал, что Германия своими действиями нарушила статью 3 договора о ненападении, "не проконсультировавшись с советским правительством в вопросе, который не может не затрагивать интересы СССР, т. к. дело идет о двух пограничных Советскому Союзу государствах". Кроме того, по мнению Молотова, эти действия Германии противоречат ее заявлению от июня 1940 г., что "вопросы Балкан и Юго-Востока Европы должны совместно разрешаться СССР, Германией и Италией". Шуленбург обещал передать это заявление в Берлин, предположив, что "отсутствие консультации с СССР в данном вопросе может быть объяснено только большой поспешностью в его решении"706.
9 сентября Шуленбург передал Молотову ответ германского правительства, согласно которому, поскольку ни в ходе Московских переговоров, ни позднее СССР не ставил Берлин в известность об имеющихся интересах относительно Венгрии и других территорий Румынии, кроме Бессарабии, то "о существовании обоюдных интересов в смысле Московского пакта о ненападении говорить не приходится". Выдвинув контрпретензии относительно советских действий в ходе присоединения Прибалтики и Бессарабии, Германия указала, что тем не менее поддержала советские требования к Румынии. Германское правительство заявляло, что его действия "в отношении Румынии и Венгрии были направлены на сохранение мира в Дунайском регионе, чему серьезно угрожала имевшаяся напряженность между обеими странами, что было возможно лишь при быстром дипломатическом вмешательстве", поэтому времени для извещения Москвы не осталось707. Выслушав это сообщение, Молотов заявил, что позднее передаст послу письменный ответ советского правительства, а пока он лишь констатирует, что "точка зрения советского правительства расходится с точкой зрения германского правительства", и вновь повторил свои доводы относительно нарушения Германией статьи 3 договора о ненападении. Кроме того, Молотов отметил, что вопрос о Южной Буковине остался открытым и германские "гарантии Румынии расходятся с этим пожеланием" СССР, и вновь настаивал на необходимости консультаций708.
21 сентября Молотов передал Шуленбургу ответную памятную записку советского правительства на германский меморандум от 9 сентября, в которой указывалось, что своими действиями в Вене Германия все же нарушила статью 3 договора о ненападении, так как не подлежит "сомнению, что принятые в Вене решения о передаче значительной части Трансильвании и о гарантиях со стороны Германии и Италии государственной территории Румынии относятся именно к тем вопросам, которые затрагивают общие интересы наших стран и в силу этого обязывают к консультации, предусмотренной в ст. 3 Договора от 23 августа 1939 г." СССР оказался поставлен перед свершившимся фактом, а германские гарантии новых границ Румынии дают повод для утверждений, что они направлены против СССР. Этого можно было бы избежать, если бы оба правительства заранее проконсультировались. Советское правительство "подтверждает свои заявления о признании особых экономических интересов Германии в Румынии, особенно в области нефтяных и зерновых поставок", но отмечает, что заявление германского правительства о том, что после решения Бессарабского вопроса СССР признает исключительные интересы Германии в Румынии, неправильно. Советское правительство отвело упреки Германии относительно отсутствия консультаций по вопросам Прибалтики и Бессарабии, указав на их необоснованность.
Кроме того, было указано, что вопросы территориального урегулирования между Румынией и Венгрией ранее обсуждались на переговорах в Зальцбурге, и, следовательно, германское правительство имело достаточно времени, чтобы вступить в контакт с СССР. Поэтому спешка не может служить оправданием невыполнения германским правительством ст. 3 договора о ненападении, точное выполнение которого и является условием для умиротворения Дунайского бассейна. В заключение советское правительство предлагало, "если ст. 3 Договора о ненападении представляет с точки зрения Германского правительства известные неудобства и стеснения, Советское правительство готово обсудить вопрос об изменении или отмене этой статьи Договора"709. 13 октября в своем письме Сталину Риббентроп объяснял действия Германии в венгеро-румынском споре необходимостью недопущения расширения сферы войны на Балканы и утверждал, что германо-итальянские гарантии Румынии вовсе не направлены против СССР. При этом он вновь сослался на нехватку времени для консультаций с Москвой и сообщал, что посланная несколько дней назад в Румынию германская военная миссия имеет целью помочь обучению румынской армии и охранять нефтяные источники от возможных действий Англии710.
Усиление германского и ослабление английского влияния на Балканах привело к тому, что по инициативе Германии было созвано совещание экспертов по определению режима судоходства на Дунае в обход существовавших Дунайских Комиссий. Не будучи приглашенным на это совещание, СССР 9 сентября обратился к Германии с уведомлением о своей заинтересованности в его работе. Германия попыталась отклонить советские претензии, ссылаясь на то, что предстоящее совещание намерено сосредоточиться на рассмотрении вопроса судоходства в районе Железных Ворот. В этом духе был выдержан и официальный ответ из Берлина от 12 сентября, в котором отмечалось, что Германия признает "вступление СССР в Европейскую Дунайскую Комиссию… само собой разумеющимся". Этот ответ не удовлетворил Москву, и 13 сентября в прессе было опубликовано сообщение, что СССР "надеется получить от германского правительства соответствующую информацию о совещании экспертов в Вене по международным дунайским вопросам"711. 14 сентября советская сторона заявила, что одобряет ликвидацию Международной и Европейской Дунайских Комиссий и выступает за создание новой Дунайской Комиссии и заинтересована в разрешении вопросов судоходства на Дунае от Братиславы до его устья712.
13 октября Германия обещала учесть советские пожелания в вопросах о режиме Дуная, а 17 октября уведомила СССР о согласии с его предложением "об образовании единой Дунайской Комиссии, но считает необходимым участие Италии в этой комиссии". Советская сторона указала на необходимость обсуждения этого вопроса713. 15 октября СССР опроверг слухи о том, что он ведет переговоры с Англией, Югославией, Грецией и Турцией "по вопросу о продвижении Германии на Восток"714, а 19 октября выразил готовность "впредь до образования указанной Дунайской Комиссии присоединиться к "Временному соглашению" от 12 сентября 1940 г." и "принять участие в совместных переговорах между уполномоченными экспертами СССР, Германии, Румынии и Италии в г. Бухаресте для рассмотрения, в порядке временного решения, тех задач, которые до сих пор выполняла Европейская Дунайская Комиссия"715. 28 октября начались переговоры по проблемам режима устья Дуная, но Румыния с молчаливого согласия Германии и Италии заняла столь непримиримую в отношении СССР позицию, что в итоге 21 декабря 1940 г. бесплодные переговоры были отложены на неопределенный срок. Со своей стороны, Англия 29 октября обратилась к СССР с нотой, в которой квалифицировала советское участие в работе этой конференции как нарушение нейтралитета. 2 ноября СССР отклонил английскую ноту и указал, что участие в конференции является лишь восстановлением исторических прав СССР716. 1 ноября ТАСС опровергло слухи о поставках советских военных самолетов Греции717.
Еще одним дестабилизирующим фактором в Юго-Восточной Европе стало нападение 28 октября 1940 г. Италии на Грецию, которая обратилась к Англии с просьбой о поддержке в силу английских гарантий 1939 г. 1 ноября 4 английские эскадрильи прибыли на Крит, а 12 ноября английская авианосная авиация нанесла удар по итальянскому флоту в Таранто. События на итало-греческом фронте развивались вяло, уже 7 ноября итальянское наступление заглохло, а 14 ноября греки нанесли по противнику контрудар и вынудили его с 21 ноября начать отступление. Активизация Англии в Восточном Средиземноморье потребовала от Германии создания гарантий безопасности нефтеносных районов Плоешти и военной безопасности на Балканах. Хотя самодеятельность Италии вызвала недовольство Берлина, Германия не могла допустить поражения союзника, и 12 ноября 1940 г. Гитлер подписал директиву № 18, предусматривавшую подготовку к тому, "чтобы в случае необходимости наступлением с территории Болгарии овладеть континентальной Грецией севернее Эгейского моря". Это позволило бы германским ВВС действовать в Восточном Средиземноморье и отразить угрозу английских налетов на румынские нефтепромыслы. Соответственно, требовалось привлечь Болгарию на свою сторону и нейтрализовать Турцию718.
