В 7 ч. 45 мин. канонерка № 2 и сторожевое судно № 3 прошли южнее острова Калг на прибрежный фарватер. В это время на канонерке № 2 кормовое орудие, из которого было выпушено около 200 снарядов, до того накалилось, что дальнейшая стрельба из него стала невозможна, а 76-мм пушка Лендера была подбита, так что от гидросамолетов, которые, снижаясь до 30 м, сбрасывали бомбы и одновременно обстреливали канонерку из пулеметов, пришлось отстреливаться только из пулеметов. В 8 часов канонерка № 2 получила подводную пробоину в кормовой части, а другой бомбой было выведено из строя носовое орудие и перебита его прислуга.
В 8 ч. 10 мин. катера-истребители белых подошли на дистанцию 12 кабельтовых и начали расстреливать сторожевое судно № 3 почти в упор. Судно получило две пробоины в кормовой части и одну — в носовой, обе его пушки были выведены из строя.
В 8 ч. 15 мин. у канонерки № 2 корма так сильно осела, что командир, убедившись в невозможности продолжать бой, повернул к берегу, чтобы спасти команду. Канонерка № 6, шедшая восточным фарватером вдоль острова Хэд, все время отражала атаки английских гидросамолетов. Увидев терпящую бедствие канонерку № 2, она обогнула мель южнее острова Калг и подошла к ней для поддержки.
В 8 ч. 20 мин. сторожевое судно № 3, имея сильный крен, выкинулось на камни около деревни Обежи, а через несколько минут выбросилась на берег на милю южнее сторожевого судна и канонерка № 2 («Сильный»), Команды обоих судов вплавь добрались до берега и убежали в лес.
Канонерка № 6, расстреляв почти все снаряды, повернула и стала уходить на юг, преследуемая до деревни Кузаранда катерами-истребителями.
Одновременно с нападением на дозор Онежской флотилии семь катеров белых, дойдя к деревне Падмозеро, обстреляли позиции красных и в деревне Толвуй высадили с катеров десант в количестве 200 человек. В результате белые завладели северной частью полуострова Заонежье до параллели деревни Кузаранда, а через несколько дней в их руках оказался и весь полуостров, за исключением Великой Губы, где сосредоточились красные части.
Занятие белыми Заонежья и продвижение их на юг по восточному побережью вынудило красных оттянуть судовой дозор к югу, к Климецкому острову. После занятия Великой Губы и устройства там белыми базы авиации и катеров, линия дозора была перенесена к северу от Климецкого маяка так, чтобы дозорные суда все время могли быть в районе видимости Ивановского маяка, соединенного с Петрозаводском телефонной линией.
Одновременно красные установили дозор сторожевых судов в Лижемской Губе, в районе деревни Лижма, чтобы воспрепятствовать переброске белых десантов. После занятия белыми Лижмы дозор был перенесен на параллель Сарь-Нос.
5 августа английские самолеты впервые бомбили Петрозаводск. Четыре гидросамолета сбросили 20 бомб на восточную и городскую пристани, где стояли суда Онежской флотилии. 7 августа налет повторился. Осколками сброшенных бомб были ранены несколько моряков.
В ночь с 8 на 9 августа суда Онежской флотилии без всякого с противления со стороны белых высадили десант у Песчаного Погоста.
18 августа английские гидросамолеты во время налета на Петрозаводск сбросили до 20 бомб, одна из которых весом более 100 кг сделала воронку около 8 м в диаметре и 4 м глубиной.
Белые сняли с мели канонерку № 2 «Сильный», отремонтировали и ввели ее в состав своей флотилии.
10 сентября канонерка «Сильный» и три катера-истребителя обстреляли части красных на островах Кижи и Климецкий, а красная флотилия получила приказание высадить на остров Климецкий подкрепление. В этот же день флотилия в составе заградителя «Березина» (под флагом командующего), канонерок № 1, № 4, № 5, № 6 и № 8, конвоируя пароход с 80-ю десантниками, вышла к Климецкому острову. Десант был высажен без сопротивления со стороны белых в деревне Сенная Губа. После высадки суда отошли к Климецкому монастырю.
Через несколько часов стало известно, что белые под прикрытием «Сильного» и четырех катеров-истребителей тоже высадили десант в Сенную Губу и принудили красный десант отступить к Климецкому монастырю. По требованию начальника отряда красный десант и ранее находившиеся на Климецком острове части 12 сентября погрузились на суда и отправились в Петрозаводск.
1 июля в состав Онежской флотилии был введен эсминец «Сторожевой», переведенный с Балтийского флота. Водоизмещение его составляло 350 т. Длина 64 м; ширина 6,3 м; осадка 2,5 м. Машина мощностью 3800 л.с. позволяла развивать скорость 21 узел, но фактически скорость эсминца не превышала 12 узлов. Корабль был вооружен двумя 75/50-мм зенитными пушками и одним пулеметом.
12 сентября «Сторожевой» впервые принял участие в боевых действиях — в повторной высадке десанта на остров Климецкий.
Эсминец «Сторожевой», пять канонерок, два заградителя и три транспорта с десантом в 410 человек 12 сентября в 1 час ночи вышли из Петрозаводска. Подойдя к острову Климецкий, заградители «Березина» и «Яуза» отделились и подошли к Гарницкому маяку, откуда они должны были по сигнальной ракете открыть огонь по Сенной Губе. Остальная часть флотилии с транспортами отправилась в Вой-Губу. Десант был высажен на южную оконечность мыса Вой-Наволок, что стало полной неожиданностью для белых. В первый момент они попытались оказывать слабое сопротивление, но после первых же выстрелов с судов бежали в деревню Коссельга, откуда открыли ружейный и пулеметный огонь, а также стрельбу из 37-мм пушек.
В это же время заградители вели обстрел Сенной Губы. Белая батарея открыла огонь по заградителям, которые при падении первых же снарядов снялись с якоря и вышли за Гарницкий маяк.
Красный десант встретил сильное сопротивление только при занятии деревни Коссельга, но после обстрела дивизионом канонерок деревня была взята, и наступление десанта продолжилось, почти не встречая сопротивления. 14 сентября уже весь остров был занят красными, а белые отступили на полуостров Ледиковский.
Для обстрела деревни Вегрукса (у входа в Уницкую Губу), где находилась белая батарея, 15 сентября был послан заградитель «Яуза», подошедший ночью к группе островов Сосковцы и застопоривший машину. «Яуза» с дистанции 15 кабельтовых открыла огонь из 102-мм орудий и заставила замолчать батарею противника, при этом был взорван склад боеприпасов. Деревню Вегрукса из-за плохой видимости обстрелять не удалось, и заградитель вернулся в Петрозаводск.
На следующий день эсминец «Сторожевой», имея задание обстрелять деревню Вой-Наволок (в Лижемской Губе), проходя мимо группы островов Сосковцы, был обстрелян батареей белых, но благополучно проскочил на полном ходу. Выполнив задание, эсминец на обратном пути также успешно проскочил батарею, при этом интенсивно обстреливая ее из своих орудий.
17 сентября отряд в составе заградителей «Яуза» и «Березина», а также транспорта «Роза Люксембург» с 26-ю десантниками на борту, вышел из Петрозаводска для ликвидации батареи на островах Сосновиы. После непродолжительного обстрела батарея замолчала, и транспорт, подойдя к острову, высадил десант. Однако орудийные расчеты белой батареи уже успели на шлюпке перебраться на мыс Лиж-Наволок. Тогда десантники взорвали орудия на острове, замки, ручное оружие и другое имущество белых погрузили на суда, после чего отряд вернулся в Петрозаводск. Во время этой операции английские самолеты несколько раз пытались нападать на отряд, но каждый раз отгонялись артиллерийским огнем заградителей.
В начале сентября англичане начали передавать свои самолеты белым и обучать их летчиков. «Под занавес» англичане произвели несколько налетов с химическими бомбами на железнодорожные станции большевиков. Особого эффекта это не дало, да и не могло дать, поскольку отравляющие вещества эффективны лишь при массированном применении. 29 сентября англичане совершили свой последний боевой вылет на Онежском озере. Капитан Парк и русский летчик лейтенант Моторин в качестве наблюдателя летали на разведку и бомбардировку судов красных в заливе Лима.
Английские гидросамолеты на Онеге налетали в общей сложности 616 часов, сбросили 1014 бомб общим весом 28 тонн, 321 химическую бомбу, 25 тысяч листовок и расстреляли 47,5 тысяч патронов. В разведывательных полетах они произвели фотографирование позиций общей площадью 250 квадратных миль.
16 сентября белые части заняли железнодорожную станцию Лижма, поэтому командование Онежской флотилии было вынуждено перенести корабельный дозор отЛижмы в район Сарь-Носа.
24 сентября приказом начальника 1-й стрелковой дивизии на Онежскую флотилию была возложена задача высадить в деревне Лижма в тыл белым десант. Командующий Онежской флотилией Э. С. Паниержанский, сменивший Федотова еще в ноябре 1918 г., разработал план большой десантной операции. Во исполнение плана флотилия в составе заградителей «Яуза» и «Березина», плавбатареи № 1, дивизиона канонерских лодок № 1, № 4, № 5, № 6, № 7 (под флагом командующего) и № К, сторожевых судов № 2 и № 4, сторожевых катеров № 5 и № 6, эсминца «Сторожевой», четырех транспортов с десантом (около 500 десантников) и трех буксиров вышла ночью 25 сентября из Петрозаводска.
