Вслед за изгнанием из Испании многие итальянцы относились к евреям как к врагам из-за их связей с Оттоманской империей. Это было еще одной причиной для сегрегации с помощью гетто. Были, например, широко распространены подозрения в том, что евреи пытались помочь туркам захватить Мальту во время великой осады 1565 года. Однако главным фактором, повлиявшим на судьбу евреев в Европе XVI века, явилась Реформация. По большому историческому счету, рост протестантизма был чрезвычайно выгоден евреям. Он разрушил монолитное единство католической Европы. В результате христианское общество не могло больше претендовать на единоверие. При этом было покончено с положением евреев как единственной неконформистской группы. В обширных районах Европы реформаторский процесс привел к устранению с исторической арены монашеских орденов, злейших врагов евреев, и ослаблению и уничтожению таких институтов, как безбрачие духовенства и монастырская жизнь, существование которых работало против еврейских интересов.
Реформация, опиравшаяся на труды ученых-богословов Возрождения, возродила интерес к иудаистским исследованиям, в особенности Ветхому Завету. Многие апологеты католицизма обвиняли евреев, а еще того более марранос, в том, что они вдохновляли протестантских мыслителей и помогали им. Сами евреи распускали слухи относительно того, что ряд влиятельных христиан, вплоть до испанского короля, ведет свое происхождение от марранос и тайно работает на упадок христианства; их летописцы, например, прямо приписывали марранос заслугу в росте протестантизма в королевстве Наваррском. Правда, существует совсем немного примеров того, чтобы интерес реформаторов к Ветхому Завету сделал их юдофилами. Такие христианские специалисты по иудаизму, как Пико делла Мирандола (1463—1494), Иоганн Рейхлин (1455—1515), Себастьян Мюнстер, преподававший иврит с 1528 года в Базеле, и Филип Меланштон (1497—1560) были столь же ярыми противниками иудаизма, как и любой доминиканец, хотя Меланштон, например, критиковал обвинения евреев в кровавых преступлениях и другие антисемитские эксцессы. Они отвергали Мишну и Талмуд, а также, разумеется, все еврейские комментарии, кроме части каббалы. Эразм, самый видный из всех их, отвергал каббалу тоже и считал еврейскую теологию исключительно опасной – даже опаснее для веры, чем обскурантизм средневековых схоластов: «Нельзя найти ничего более противного и враждебного Христу, чем эта чума». Он писал кельнскому инквизитору: «Есть ли среди нас кто-либо, кто не питал бы ненависти к этой расе?… Если нужно быть христианином, чтобы ненавидеть евреев, тогда мы все более чем христиане».
Является истиной, что евреи с самого начала приветствовали Реформацию, поскольку она разделила их врагов. Правда также и то, что Лютер, в частности, обратился к евреям за поддержкой своих усилий в новом толковании Библии и в критике нацистских ее трактовок. В своем памфлете 1523 года «Das Jesus Christus ein geborener Jude sei» он утверждал, что в настоящее время нет никаких причин, в силу которых евреи не могли бы прийти к Христу, и доверчиво ждал массового добровольного обращения. Когда же евреи возразили, что Талмуд дает лучшее понимание Библии, и отвергли приглашение креститься, Лютер первым обвинил их в упрямстве (1526), а в 1543 году стал нападать на них буквально с яростью. Его памфлет «Von den Juden und ibreu Lugen» («О евреях и их лжи»), опубликованный в Виттенберге, можно назвать первым трудом в жанре современного антисемитизма и огромным шагом вперед по пути к Холокосту. «Первым делом, – требовал он, – следует предать огню их синагоги, а то, что останется, – втоптать в грязь, дабы никто более не смог бы увидеть ни камня их, ни пепла». Еврейские молитвенники должны быть уничтожены, а раввинам следует запретить проповедовать. После этого следует заняться еврейским народом, снести их дома, а жильцов «согнать под одну крышу, в стойло, как цыган, и втолковать им, что они – не хозяева нашей страны». Евреев следует изгнать с дорог и рынков, их имущество изъять, после чего самих «ядовитых червей» принудить к труду и заставить зарабатывать свой хлеб так, чтобы «у них пот тек с носа». А в конечном итоге их следует просто вышвырнуть «на вечные времена». В своей тираде против евреев Лютер сделал главный упор на их ростовщической деятельности и настаивал, что их богатство им не принадлежит, поскольку они «узурпировали его у нас». Ростовщик, подчеркивает Лютер, «есть завзятый вор и убийца… Тот, кто пожирает, гноит и крадет пищу другого, тот совершает такое же убийство (поскольку он к этому расположен), как и тот, кто морит человека голодом. Именно таков ростовщик, но он восседает себе преспокойно на своем стуле, вместо того, чтобы болтаться на виселице, когда его будут расклевывать столько ворон, сколько он награбил гульденов… Поэтому нет на земле большего врага человечества, после дьявола, чем алчный ростовщик, ибо он хочет быть Богом над людьми… Ростовщичество – страшное и огромное чудовище, вроде вервольфа… И коль скоро мы колесуем и обезглавливаем грабителей с большой дороги, убийц и взломщиков, то тем более нам нужно колесовать и истреблять… выслеживать, проклинать и обезглавливать всех ростовщиков!»
Лютер не ограничивался словесными проклятиями. Еще до того, как он написал свой антисемитский памфлет, он добился изгнания евреев из Саксонии в 1537 году, а в 40-е годы он выжил их из многих немецких городов. В 1543 году он пытался (безуспешно) убедить электорат изгнать их из Бранденбурга. Его последователи продолжали агитацию против евреев; в 1572 году они закрыли Берлинскую синагогу, а на следующий год довели свое дело до конца, и проживание евреев было запрещено по всей стране. С другой стороны, Жан Кальвин был более расположен к евреям, потому, в частности, что был склонен соглашаться с ними в вопросе о ссудах под проценты; в своих трудах он объективно излагал аргументы евреев, за что был даже обвинен своими врагами из лютеран в юдофильстве. Тем не менее, евреи были изгнаны из кальвинистских городов и из кальвинистского Палатината.
Враждебность протестантов толкнула евреев в объятия императора. Карл V в своей испанской ипостаси другом им не был. Он добился от папы организации инквизиции в Португалии в 1543 году, семью годами позже вышвырнул многих марранос из Лисабона, изгнал в 1541 году евреев из Неаполя, а затем со многих своих территорий во Фландрии. Однако в Германии он нашел в лице евреев полезных союзников, и в парламентах Аугсбурга (1530), Шнейера (1544) и Регенсбурга (1546) именно его покровительство помешало их изгнанию. Католические князья-епископы также сочли полезным иметь евреев союзниками против бюргеров-протестантов, хотя и не готовы были признаться в этом публично. В результате из основного текста аугсбургского мирного соглашения был устранен принцип cuius regio, eins religio (религия следует за верой князя), что позволило евреям оставаться в Германии. Носель из Росгейма, главный раввин Эльзаса, который в этот напряженный период выступал выразителем интересов евреев, обозвал Лютера хулиганом и провозгласил императора Карла «ангелом Господним»; евреи молились за победу армии императора в своих синагогах и снабжали ее деньгами и провиантом, разрабатывая и формируя таким образом новую важную стратегию выживания своей нации.
Тем не менее, наступившая затем контрреформация привнесла в обращение с евреями не меньше суровости, чем протестанты. Традиционно папы, подобно другим князьям, использовали евреев и покровительствовали им. К моменту изгнания из Испании в Италии проживали 50 000 евреев, и это число быстро увеличивалось за счет беженцев. Этот приток вызывал проблемы, как в Венеции, но в целом политика папства оставалась неизменной. Павел III (1534—1549) даже поощрял поселение евреев, изгнанных из Неаполя (1541) и шесть лет спустя принял и марранос, пообещав защиту от инквизиции. Его преемник Юлиан III возобновил эти гарантии. Однако в мае 1555 года кардинал Караффа, Великий Инквизитор и бич евреев, диссидентов и еретиков, стал папой под именем Павла IV и немедленно изменил политику на 180 градусов. Не только в Анконе, но и во многих других итальянских городах, как находящихся под властью папы, так и других, христиане и евреи свободно перемешивались, но папа принял точку зрения Эразма, что влияние иудаизма несет смертельную угрозу христианской вере. Через два месяца после своего избрания буллой «Cum nimis absurdam» он приложил к Риму венецианское решение, и евреи были вытеснены на левый берег Тибра и окружены стеной. В это же время в Анконе он организовал изгнание марранос, причем двадцать пять человек из их числа были публично сожжены. Гетто стали возникать во всех городах, находящихся под папской юрисдикцией, и с 1562 года это слово стало официальным термином, употребляющимся в антиеврейских законах. Запылали костры из еврейских книг, причем не только в Риме и Болонье, но и во Флоренции. Пий V (1566—1572) был еще более свиреп, а его булла «Hebraeorum Gens» (1569) изгонял еврейские общины, в том числе такие, которые существовали еще с античных времен. В дальнейшем папы менялись, но папская политика удерживать евреев в пределах гетто в городах, находящихся под папской властью, и побуждать других правителей действовать таким же образом оставалась неизменной. Таким образом, гетто были введены в Тоскане (1570—1571), в Падуе (1601—1603), в Вероне в 1599 году и в Мантуе (1601—1603). В Ферраре герцоги отказались следовать этой линии, но согласились запретить евреям печатать книги. В конце концов единственным городом, который не создал у себя гетто, остался Леггорн.