Судя по весьма малочисленным костным остаткам диких птиц, люди эпохи Дзёмон лакомились птичьим мясом довольно редко. Вероятно, это объясняется несовершенством приемов и методов их ловли. Тем не менее, утки, гуси, соколы, фазаны, журавли и некоторые другие виды птиц все же попадали в семейный котел.
В кьёккенмёдингах сохранилось огромное количество костей рыб. Как правило, они принадлежат породам рыб, которые несложно поймать в неглубоких бухтах, особенно во время прилива: это окунь, кефаль, луциан и морской лещ. Кости рыб, обитающих в более глубоких местах — тунца, акулы, ската дазиатиса, а также кита, — встречаются крайне редко, что, учитывая высокий уровень развития рыболовства, кажется довольно странным. Небольшой процент раковин в кьёккенмёдингах составляют раковины моллюсков, обитающих на глубине от одного до 4 метров.
Рыболовные крючки из кости и гарпуны попадаются в раковинных кучах равнины Канто и вокруг залива Сендай сравнительно часто (фото 4). В кьёккенмёдингах самого раннего периода эпохи Дзёмон крючки встречаются редко, и, как это ни удивительно, они почти полностью отсутствуют в периоды Ханадзуми, Секияма и Мороисо раннего Дзёмон, а в период Кацусака и позднее их становится все больше и больше. Гарпуны были изобретены только в среднем периоде Дзёмон, примерно тогда, когда получили распространение выдолбленные из стволов деревьев лодки. Вероятно, широкое использование лодок-долбленок объясняется совершенствованием орудий труда, которые в период Кацусака сначала имели несколько другое предназначение — для строительства жилищ. Судя по всему, люди быстро обнаружили, что с их помощью значительно проще и быстрее делать лодки. Длинные гарпуны с несколькими зубцами по бокам свидетельствуют о том, что люди позднего периода Дзёмон отваживались выходить в море довольно далеко. Самый длинный из этих гарпунов имеет 5 пар зубцов; гарпуны с меньшим количеством зубцов могли быть как длинными, напоминающими копья, так и изогнутыми. Наличие острых наконечников означает, что люди взяли на вооружение новые методы ловли рыбы. Хвостовые шипы скатов иногда использовали в качестве игл для шитья.
В реках северных районов Японии и вдоль побережья было много лосося; в наши дни он водится и южнее, включая реку Тоне. Нет сомнения, что к концу неолита он стал одним из основных видов пищи для северных народов, поэтому его изображения часто вырезали на камне. Несколько таких изображений — можно предположить, что они были своего рода фетишами, — сохранилось в Тохоку. Всего известно шесть камней с высеченными рисунками. Наиболее четкие и похожие на оригинал найдены в городе Ядзима, префектура Акита: на камень нанесены силуэты 12 лососей различных размеров, каждый примерно вполовину меньше реальной величины; головы рыб обращены в разные стороны; иногда их силуэты перекрывают друг друга. Точно датировать изображение не представляется возможным, поэтому, судя по обнаруженной рядом с ним керамике эпохи Дзёмон, было решено относить его к этому же времени.
В Японии одомашненная собака сопровождает человека с самых ранних периодов истории страны. Не вызывает сомнения, что она была сторожем и любимцем семьи. Возможно, ее также обучали для помощи на охоте. Сохранились многочисленные костные остатки собак: например, в кьёккенмёдинге Йосиго в префектуре Айти рядом с захоронением трех человек были обнаружены останки десяти собак (трех кобелей и семи сук). Кости Canis familiaris japonica — собаки небольшого размера, прародительницы современной породы тиба, — были найдены в двадцати разных местах раковинной кучи, относящейся еще к периоду Ханадзуми раннего Дзёмон. Этот кьёккенмёдинг расположен рядом с деревней Тойохару, префектура Сайтама. В кьёккенмёдинге Нитигаято в префектуре Иокогама безымянный любитель животных периода Хоринути похоронил своего друга в овальной ямке длиной около метра и шириной около полуметра прямо под слоем раковин. Археологи обнаружили прекрасно сохранившийся скелет. В раковинных кучах Убаяма специальных захоронений собак не встречается. Наоборот, характерные царапины на костях животных вполне могли появиться там в процессе отделения мяса. Если мясо предназначалась для использования в пищу, то это могло означать одно — люди находились в очень сложной экономической ситуации.
В неолите кошка еще не была одомашнена. В кьёккенмёдинге Нодзима в Канагаве, относящемся к раннему периоду Дзёмон, был найден череп, а в кьёккенмёдинге Итиодзи в Аомори — нижняя челюсть дикой кошки, подобной той, что обитает в Корее и на острове Цусима. Возможно, судя по сходству черепа, эта кошка была предком одомашненной кошки Хонсю. Тем не менее, справедливым вполне может оказаться и широко распространенное мнение, что домашняя кошка была привезена в Японию из других мест.
Свиньи были завезены в более поздние времена из Китая; в Дзёмон на основных островах Японии их еще не было, однако на островах архипелага Рюкю их останки встречаются.
Принято считать, что лошадь появилась в Японии в эпоху Яёй, однако довольно большое количество костей этого животного в кьёккенмёдингах эпохи Дзёмон явно опровергает это утверждение. Не исключено, что люди эпохи Яёй использовали лошадь в качестве ездового животного и привели коней с собой, но их потребность в лошадях была достаточно ограниченной, а их зависимость от лошади не может быть подтверждена такими аргументами, как рисунки на бронзовых колокольчиках и керамических изделиях. Популярность лошади ясно проявляется в период могильных курганов: в захоронениях обнаружено множество глиняных фигурок лошадей, настенных рисунков и изображений на металлических предметах. Кости небольшой лошади были найдены в кьёккенмёдинге Атака в Кумамото на острове Кюсю. В непосредственной близости от них находилась керамика, датируемая не позднее, чем средним периодом Дзёмон. К немного более раннему периоду относятся кости из Идзуми в Кагосиме. Костные остатки лошадей, обнаруженные в кьёккенмёдингах более поздних периодов (Ангё и Камегаока) в Хоми (префектура Айти), Коздахара (префектура Нагано), Обора (префектура Мияги) и Адзусава (префектура Токио), вполне могут иметь самое непосредственное отношение к более мобильным людям эпохи Яёй, пришедшим на южные японские острова. Кости из Оборы по своим характеристикам ничем не отличаются от костей современных лошадей. В основной массе лошади эпохи Дзёмон были низкорослыми, похожими на пони. Умирали они от старости, ни одной раздробленной кости найдено не было. Останки низкорослых лошадей эпохи Яёй были обнаружены в Тайюи (префектура Нагасаки) и Уриго (префектура Айти), однако в целом лошади Яёй — это животные покрупнее, ростом до полутора метров, и похожие больше на корейских лошадей каменного века. Они считаются лошадьми среднего размера, причем явно существует такая закономерность: чем дальше от Корейского полуострова, тем лошади Яёй становились крупнее. Низкорослые лошади жили на протяжении всей эпохи до буддизма; лошадь из Хираиде периода Хэйдзи тоже была невысокой, не сильно отличающейся от своего предка эпохи Дзёмон.
Без сомнения, контакты с пришлой культурой Яёй способствовали дальнейшему развитию культуры периода неолита. Одним из результатов таких контактов, возможно, стало появление скотоводства: на это указывает наличие костных остатков одомашненной короткорогой коровы в кьёккенмёдингах Окадайра в префектуре Ибараки и Хоми на полуострове Адуми в префектуре Айти.
В сезон созревания дикорастущих овощей, фруктов и ягод, в том числе и дикого винограда, люди собирали их плоды. Тем не менее, такие факты, как существование общин, наличие пригодных для обработки почвы каменных орудий и керамических сосудов, в которых можно было хранить съестные припасы, указывают на то, что в период после среднего Дзёмон люди, по крайней мере в определенной степени, зависели от земледелия. Вероятно, оседлости населения также заметно способствовали такие факторы, как плодоношение каштанов и грецких орехов в тех местах, где люди селились. Скорее всего, зарождалось и овощеводство. Однако свидетельства существования в те времена земледелия в той или иной форме обнаруживаются только в археологических памятниках более поздних периодов. В отдельных местах выращивали просо; более распространенными культурами были гречиха, кунжут и фасоль обыкновенная, чьи семена были найдены в слое торфа в кьёккенмёдинге Симпукудзи, префектура Сайтама. В кьёккенмёдинге Йояма в префектуре Тиба непосредственно под слоем раковин была обнаружена конопля. Возможно, в конце концов эти культуры и приобрели бы широкое распространение, если бы на остров Кюсю не попал рис. Это событие имело революционное значение для сельского хозяйства страны.
Не упомянув о густых лесах Корекавы, нельзя завершить обзор биологических ресурсов, использовавшихся для удовлетворения разнообразных нужд древнего человека. В лесах росли такие породы деревьев, как каштан, вяз, кипарис, береза, вишня и ель.
