В то время как церковно-дворянская контрреволюция подготовляла свою разбойничью интервенцию, Законодательное собрание заменило присягу духовенства общей гражданской присягой, в которой говорилось лишь о повиновении конституции 1791 г. "Мы тем самым,-заявил депутат Франсуа из Невшателя,- поставили священников в положение обычных граждан. Если они теперь будут отказываться дать обязательство благонадежности, то мы спросим: каковы мотивы? И мотивами, ответим мы сами, являются не их религиозные убеждения, не веления их совести, не отдельные пункты богословия и не вопросы веры. Их единственным мотивом является ненависть к французской конституции".
Контрреволюционное духовенство ответило на это мероприятие удвоенной агитацией, и тогда Законодательное собрание присоединилось к заявлению депутата-жирондиста Иснара, что "религия является инструментом, позволяющим действовать на людей по усмотрению ее служителей,- поэтому пользующиеся религией в целях разжигания гражданской войны должны подвергаться наказанию пропорционально степени опасности, вызываемой этим инструментом". Во Франции начались репрессии против провокационно действовавшего духовенства, возлагавшего надежды на иностранную интервенцию и на фанатичную крестьянскую массу в отдельных департаментах.
Еще до объявления войны Франции союзом феодально-монархических государств Пий VI обратился с личным письмом к Екатерине II, убеждая ее создать монархическую солидарность в деле защиты неприкосновенности территории всех государей. При этом папа не забыл напомнить, что он "вопреки всякому божескому и человеческому закону" сам лишился Авиньона и Венессена и во имя "легитимности" требовал возвращения церкви этих двух областей. За письмом к Екатерине последовали послания к австрийскому императору и сардинскому королю. Папа умолял их "держаться друг за друга" и не допускать "никакой узурпации" прав законных королей; он намекал на ошибки "философов-монархов", недостаточно ценивших важное значение монархической солидарности. Деятельность Пия VI побудила Конвент потребовать от папы "сложить шпагу", а появление эскадры вице-адмирала Трюге у берегов Папской области свидетельствовало, что республиканское правительство Франции решило принудить Пия VI прекратить сколачивание единого контрреволюционного фронта. В этот момент Пий обратился с мольбой о спасении принципа легитимизма к главам двух некатолических держав - к Екатерине II и к Георгу III. Россия и Англия в этот момент угнетали две католические страны - Польшу и Ирландию, которые обращали взоры к Пию VI в то самое время, когда он протягивал руку их угнетателям.
Активная участница иностранной интервенции, католическая церковь во Франции, естественно, должна была поплатиться за свою антипатриотическую и контрреволюционную деятельность. Наступил период дехристианизации, провозглашения культа Разума и Верховного существа.
Антирелигиозная политика якобинцев вызвала недовольство среди отсталых слоев крестьянства, подстрекаемых клерикалами. Стремясь предотвратить использование этого недовольства в интересах контрреволюции, якобинцы несколько смягчили антикатолическую и антицерковную политику, хотя и не прекратили преследование той части духовенства, которая сотрудничала с внешней и внутренней контрреволюцией.
После контрреволюционного переворота 9 термидора 1794 г. и падения якобинцев к власти пришла "новая" буржуазия, которая не была клерикальной и даже враждебно относилась к старой привилегированной церкви. Тем не менее общая реакция сказалась и на церковной политике Конвента. Уже закон о свободе культов, принятый в феврале 1795 г. и предоставлявший право богослужения и не присягавшим священникам, показал, что Конвент сделал сильный крен вправо.
Реакционное духовенство воспользовалось этим и стало выступать еще более смело. В разных местах Франции организовывались контрреволюционные террористические общества, из которых "Компания Иисуса", одновременно религиозная и монархическая, пользовалась наиболее печальной известностью. Депутат Шенье характеризовал в Конвенте "иисусников" как притон эмигрантов, сосланных священников и мерзавцев, готовых продать себя первому авантюристу. По его словам, вооруженные кинжалами монархисты и горящие жаждой мести фанатики открыли на юге республики эру Варфоломеевской ночи. Новая Вандейская война побудила даже термидорианскую буржуазию, сохранившую принцип отделения церкви от государства, усилить надзор над священниками и наказать тех, которые вне стен церквей ведут антифранцузскую, контрреволюционную пропаганду. Вандейские войны - войны, которые вела революционная Франция в конце XVIII в. против контрреволюционных мятежников (дворянство, часть крестьян), сосредоточенных главным образом в департаменте Вандея и других районах Западной Франции. В организации контрреволюционных мятежей духовенство принимало самое активное участие. Под новой Вандейскои войной подразумевается восстание, вспыхнувшее летом 1795 г. в связи с высадкой отряда эмигрантов английским флотом на побережье Наполеон верил в легкое превращение папизма из феодального орудия в орудие господства буржуазии. Несмотря на интриги Пия VI и церковной верхушки, Наполеон был готов идти на соглашение с католицизмом. Но церковь истолковывала всякую уступку Наполеона как проявление его слабости. В самом конце 1797 г. в Риме вспыхнуло народное восстание против светской власти папы. Во время столкновения папских войск с республиканцами был убит французский генерал Дюфо. Это убийство было использовано французским командованием для вмешательства в развернувшуюся борьбу. Войска Пия VI были разбиты, французские войска заняли Рим, папа был лишен светской власти, и в феврале 1798 г. была провозглашена Римская республика. Пий пытался скрыться в Тоскане, но был настигнут и отправлен во Францию, в крепость Валанс, где он и умер в 1799 г.
Кардинальская коллегия лихорадочно искала поддержки у монархов Европы. Она уверяла Павла I, что покойный Пий VI считал русского императора лучшим защитником церкви, а потому ему следует взять в руки осиротевшую церковь. Императору Францу I писали, что враги церкви являются и его врагами, намекая, что слишком много коронованных голов могло убедиться, как быстро рушится мощь монархов и как стремглав падает авторитет религии. Бродившему по Европе в поисках короны брату казненного Людовика XVI говорили, что те самые руки, которые обагрились королевской кровью, причинили только что смерть святому отцу, а потому Бурбон должен помнить, что трон крепок лишь тогда, когда крепка церковь. Опираясь на помощь антифранцузской коалиции, католическая иерархия добилась изгнания французских войск из Рима, уничтожения Римской республики и восстановления в июле 1799 г. светской власти папы. Вскоре Наполеон снова завоевал Италию. Избранный конклавом в Венеции в 1800 г. новый папа Пий VII (1800- 1823), вступив во владение Папской областью, фактически оказался игрушкой в руках Наполеона.
Наполеон видел в религии не тайну воплощения, а тайну социального порядка: "религия связывает идею равенства с небом, что мешает бедняку убивать богатого". Ради этого "богатого" можно было идти навстречу "какому угодно папе", и Пий VII не составлял исключения. Он должен был лишь внушать "беспокойным элементам" Франции мысль о небесном равенстве, доставляющем вечное блаженство, а не мимолетные радости. Такое внушение тем важнее, что общество, по мнению Наполеона, не может существовать без неравенства богатства, а это неравенство не может существовать без религии. Стремясь использовать в своих политических целях католическое духовенство во Франции, Наполеон искал соглашения с Пием. Он отправил к нему уполномоченного для переговоров, дав инструкцию: говорить так, как будто Пий распоряжается армией в 200 тыс. человек.
15 июля 1801 г. между Наполеоном и Пием VII был заключен конкордат "как для блага религии, так и для охраны внутреннего спокойствия" Франции. Конкордат состоял из 17 статей. Введение гласило: "Правительство признает, что католическая, апостолическая, римская религия является религией значительного большинства французских граждан. Его святейшество признает, что эта религия получила и надеется получить величайшее благо и блеск от установления католического культа во Франции и особенной веры в него консулов республики". Конкордат превратил духовенство во Франции в полицейский орган, обязанностью которого было не только охранять "общественное спокойствие", но и доносить на тех, которые его нарушали. Как всякий другой охранительный орган, церковь была принята на содержание государства, гарантировавшего обеспечить ее "подобающим образом" с правом получать дотации от всех граждан при содействии властей. Жалованье духовенству, выплачивавшееся государством, должно было в какой-то мере возместить утрату церковных имуществ, конфискованных и распроданных во время революции. Эти имущества были признаны законной собственностью их новых владельцев.