Зосима недолго мог скрываться. Ревнители благочестия скоро разгадали его, соблазнились его поведением, его двусмысленными выходками, о которых слух расходился в народе, и стали обличать его. Митрополит, прежде проповедовавший милость ко всем, теперь сам стал жаловаться великому князю на своих врагов, и великий князь подверг некоторых заточению; но в 1493 году смело и решительно поднялся против Зосимы Иосиф Волоцкий, написавший в самых резких выражениях послание к суздальскому епископу Нифонту, призывая его со всеми товарищами, русскими иерархами, стать за православную веру против отступника митрополита. "В великой церкви Пречистой Богородицы, на престоле Св. Петра и Алексия, - писал он, - сидит скверный, злобесный волк в пастырской одежде, Иуда Предатель, бесам причастник, злодей, какого не было между древними еретиками и отступниками". Затем, изобразивши развратное поведение митрополита и упомянувши о соблазнительных речах, которые он произносил в кругу приближенных, Иосиф убеждал всех русских иерархов свергнуть отступника и спасти церковь. "Если не искоренится этот второй Иуда, - писал он, - то мало-помалу отступничество утвердится и овладеет всеми людьми. Как ученик учителя, как раб государя, молю тебя: поучай все православное христианство, чтоб не приходили к этому скверному отступнику за благословением, не ели и не пили с ним". Это послание, вероятно, написанное заодно с Геннадием, произвело свое действие. В 1494 году митрополит, увидевши, что вся церковь против него вооружается, добровольно отказался от митрополии, всенародно положил свой омофор на престол в Успенском соборе, объявил, что по немощи не может быть митрополитом, и удалился сначала в Симонов, а потом в Троицкий монастырь. Великий князь не стал его преследовать, быть может, потому, что считал его только пьяницей, но человеком, безвредным для веры по удалении своем от управления делами церкви. Не ранее, как на следующий год, в сентябре следующего года, избран был новый митрополит Симон, бывший игуменом Троицко-Сергиевого монастыря. Геннадий и на этот раз не участвовал в поставлении нового митрополита. Достойно замечания, как вел себя великий князь в этом случае: предшествовавшие события показали ему, что церковь, так сильно содействовавшая усилению верховной мирской власти, способна была, однако, заявлять свою независимость против этой власти. Мысль эта уже тяготила Ивана, и этим-то, должно быть, пользовались приближенные к нему еретики, отклоняя его от слишком ревностного преследования вольнодумцев. Иван был отчасти доволен: охлаждение к духовенству, распространявшееся в народе, могло содействовать видам Ивана. Во-первых, он видел в этом средство поставить свою власть выше всякого противодействия со стороны представителей церкви; во-вторых - возможность осуществить со временем свое тайное желание овладеть церковными имуществами, желание, которое уже давно он выказал своими поступками, отнявши у новгородского владыки и у новгородских монастырей значительную часть их имений: в дополнение к прежнему, он в последнее время запретил Геннадию приобретать куплею новые земли. Чтобы приучать русских к мысли о первенстве государя над церковью, после наречения Симона митрополитом, Иван в Успенском соборе всенародно взял нового митрополита за руку и "предал его епископам", знаменуя тем, что соизволение государя дает церкви первопрестольника. Подобное повторилось и при посвящении: государь громогласно "повелел" митрополиту "принять жезл пастырства и взойти на седалище старейшинства". Это был новый, невиданный до сих пор обряд, имевший тот ясный смысл, что поставление митрополита, а тем самым и всех духовных властей, исходит от воли государя.
При таком настроении Ивана Васильевича, еретикам удобно было подделываться к нему и пользоваться его покровительством, уверяя, что все обвинения в ереси есть не что иное, как следствие изуверства духовных. Иван Васильевич давно уже не любил Геннадия; Иосифа Волоцкого он уважал, но когда последний начал докучать ему просьбами об отыскании и преследовании еретиков, государь и ему велел замолчать. Еретическое направление в особенности укрепилось тогда, когда государь охладел к своему сыну Василию и оказывал расположение к своей невестке и ее сыну. В это время Курицын вместе со своим братом Волком, назло ненавистному Геннадию, упросили государя послать в Юрьевский новгородский монастырь архимандритом своего единомышленника Кассиана. В Новгороде, благодаря Геннадию, ереси совершенно было замолкли: теперь, после прибытия Кассиана, Юрьев монастырь сделался средоточием всякого рода отступников от церкви. Там происходили еретические совещания и совершались поругания над священными предметами, и Геннадий не в силах был преследовать их. Московские еретики, а вместе с ними и бояре Патрикеевы, благоприятели Елены и ее сына, подстрекали великого князя присвоить себе церковное имущество, что было очень по душе Ивану Васильевичу, и государь начал с имений новгородского владыки: он отнял у Геннадия часть архиепископских земель и отдал своим детям боярским.
Между тем Геннадий, ведя неутомимую войну против еретиков, первый понял, что православию нельзя бороться с ересями только теми средствами насилия, какие до сих пор употреблялись. В ереси уходило из православия то, что по умственному развитию стояло выше общего уровня; еретики были все люди начитанные и книжные. Глубокое невежество господствовало между духовенством. Во всяком свободном споре еретика с православным первый всегда мог взять верх. Геннадий понял это и требовал заведения училищ. Несколько раз бил он об этом челом великому князю, просил ходатайствовать и митрополита Симона. В своем любопытном послании к митрополиту Геннадий изложил тогдашнее состояние просвещения духовенства. "Вот, - пишет он, - приведут ко мне мужика на посвящение: я ему дам читать апостол, а он и ступить не умеет; я ему дам псалтырь, он и тут едва бредет. Я его прогоню, а на меня за это жалуются. Земля, говорят, такова; не можем достать человека, который бы грамоте умел: всю землю, видишь ты, излаял, нет человека на земле, кого бы избрать на поповство. Бьют мне челом: пожалуй, господин, вели учить! Я прикажу ему учить ектеньи, а он и к слову не может пристать. Ты говоришь ему то, а он тебе иное. Велю я ему учиться азбуке, а он поучится мало азбуке, да просится прочь. Не хотят учиться азбуке, а иные учатся, да не от усердия, и долго дело идет. Меня бранят за их нерадение, а моей силы нет. Вот я и бью челом государю, чтоб велел училище устроить, чтоб его разумом и грозою, а твоим благословением это дело исправилось. Попечалуйся, господин отец, перед государями нашими великими князьями, чтоб велели училища устроить. Мой совет таков, чтоб учить в училище сперва азбуку с истолкованием, потом псалтырь со следованием хорошенько, чтобы потом могли читать всякие книги; а то мужики невежды ребят учат, только портят; первое, выучат его вечерне; за это мастеру принесут кашу и гривну денег, потом заутреню - за это еще поболее; а за часы особенно; да кроме того магарыч, как рядятся. А от мастера отойдет ничего не умеет, только по книге бредет! Такое нерадение в землю вошло; а как послышат, что государь укажет учить все, что выше писано, и сколько за это брать, так и учащимся будет легко, и никто не посмеет отговариваться, и с усердием примутся за учение..." Мы не знаем, в какой степени приняты были эти советы.
Вместе с тем Геннадий видел необходимость распространения Св. Писания. До этих пор книги Ветхого Завета составляли редкость. Геннадий собрал разные части Ветхого Завета, существовавшие в древних переводах, и присовокупил к ним новые переводы других частей. Таким образом, кроме внесенных в его свод книг древних переводов, переведены были вновь с латинской Vulgata две книги Паралипоменон, три книги Эздры, Неэмии, Товита, Иудифь, Соломонова Премудрость, Притчи, Маккавейские книги; четыре книги Царств носят на себе следы нового перевода с греческого, а книга Есфири прямо переведена с еврейского. Равным образом, в древних переводах, где были пропуски, встречаются новые переводы. Главными сотрудниками Геннадия в этом деле были: переводчик великого князя Димитрий Герасимов и доминиканец, принявший православие, по имени Веньямин. Библия эта носит на себе сильный отпечаток влияния латинского текста. Несмотря на недостатки этого перевода, Геннадий совершил очень важный подвиг в деле умственного развития на Руси, так как во всех христианских странах переводы священного писания на язык страны и распространение его имели более или менее важное влияние на дальнейший ход умственной деятельности. Хотя, при малограмотности русского народа, священное писание очень долго еще оставалось достоянием немногих, но эти немногие, после Геннадия, имели возможность познакомиться со Священным Писанием в его целом объеме, приобретали сравнительно большую широту и правильность взгляда на отвлеченные предметы и получали средства к возбуждению работы мысли.
