Только 30 декабря 1799 года эскадра контр-адмирала Пустошкина прибыла к Корфу. Получив это подкрепление, Ушаков мог усилить крейсерство. 3 января он послал Пустошкина с его линейными кораблями, фрегатами «Казанская Богородица», «Счастливый» и 2 турецкими за остров Фано до Авлона, чтобы обнаружить французские корабли (о которых сообщали ранее шкиперы торговых судов) и стараться их взять или уничтожить.
На ночь принимали особые меры предосторожности. От каждого корабля Ушаков требовал вооруженную шлюпку с офицером; эти гребные суда до утра патрулировали стоянку эскадры. Дальше в море направляли трофейные полугалеры. С кораблей на смену посылали новых десантников для обслуживания батарей, направляли продовольствие.
Тем временем албанцы заявили, что если их не обеспечат провиантом, то они оставят батареи; примеру албанцев собирались последовать турки. Ушакову пришлось 7 января обратиться к Кадыр-бею с требованием навести порядок. Чтобы уменьшить нехватку продовольствия, пришлось передать албанцам запас муки, подготовленный из турецкого зерна для матросов российской эскадры. Ушаков предложил Кадыр-бею потребовать, чтобы паши доставляли своим людям провиант и пули. Паше Янинскому Ушаков выразил неудовольствие тем, что тот еще не прислал необходимое число войск. Вице-адмирал требовал, чтобы французов на Корфу не снабжали провизией, и выражал удивление, что албанские части стоят вдали от крепости и ему не доложили, кто ими командует.
Одновременно осложнилась обстановка на Аппенинском полуострове. В. В. Мусин-Пушкин-Брюс 6 января сообщал о том, что неаполитанская армия, направленная против французов, быстро растаяла и Неаполь заключил перемирие с французским генералом Шампионе. Он писал также, что Нельсона отозвали в Англию и во главе эскадры оставлен Кейт.
11 января Ушаков получил письма В. В. Мусина-Пушкина-Брюса и министра иностранных дел короля Фердинанда IV с просьбой доставить в Триест французских принцев. В тот же день вице-адмирал приказал Пустошкину с эскадрой идти к Бриндичи (Бриндизи), взять там маркиза де Галло, принцев и доставить их в Триест. По пути туда и обратно следовало производить поиск французских кораблей в районе островов Лисса, Лезина и Купкули и по возможности их истребить. Если бы корабли укрылись в Анконе, действия против них откладывались до более удобного времени. В этом ордере видно стремление вице-адмирала сочетать политические действия с военными, чтобы успеть все выполнить своими малыми силами.
В тот же день Ушаков приказал Сенявину усилить блокаду, чтобы французы не могли ни нападать на деревни, ни запасаться провизией со стороны моря. Он вновь собирался атаковать остров Видо. Но прошло еще немало времени, прежде чем этот замысел осуществился.
Причинами явились все те же неувязки с Али-пашой. 17 января Ушаков писал Кадыр-бею о том, что албанские войска не выполняют приказ блокировать крепость и расположились далеко от нее, в деревнях, заставляя жителей опасаться за свои дома. Флагман предлагал выдвинуть албанцев к крепости, чтобы воспрепятствовать набегам неприятеля. Он собирался начать действия против Корфу после возвращения Пустошкина и предлагал отобрать тысячу лучших албанцев; вместе с турками этот отряд мог способствовать началу действий. 18 января вице-адмирал вновь обращается к Али-паше о необходимости прислать его войскам пули и провиант.
Не имея свободных судов, Ушаков не мог часто сообщать в Константинополь о своих действиях, а посланные им с оказией письма, видимо, не доходили вовремя до адресата. 24 января Томара жаловался, что уже два месяца не получает известий прямо от Ушакова. Он сообщал, что предложение вице-адмирала создать отряды из албанцев для действий против берегов Италии одобрены Портой, и рекомендовал для обороны Ионических островов жителям создавать вооруженные отряды.
Томара сообщал также, что Турция посылает войска и канонерские лодки для блокады Египта, и передал пожелание Нельсона и Смита направить для тех же целей по два корабля и по два фрегата от российской и турецкой эскадр; турки обещали обеспечить их продовольствием, однако бурная погода не позволяла судам с провизией дойти до цели.
Оповещая Ушакова о том, что турки считают себя вправе поступать с французами вероломно, Томара рекомендовал, чтобы во всех сомнительных случаях турки сами подписывали документы. В частности, турки предлагали, чтобы Ушаков разрешил выпустить из гавани французские корабли, а турецкая эскадра взяла их в море. Конечно, не должно было быть умаления чести России. С другой стороны, турецкое вероломство и жестокость могли все более разрушать прежнюю франко-турецкую дружбу, что было выгодно российской дипломатии. Томара писал: «…не наше дело уговаривать турков держаться других правил».
24 января русская и турецкая эскадры охватывали Корфу с севера. В этот день прибыли требакул № 1 и «Панагия Апотуменгана». Местный грек сообщил Ушакову, что французское командование намерено послать в Анкону небольшое судно. Ночью действительно заметили трехмачтовое судно, направившееся из-за Видо к материку. Ушаков послал в погоню «Захарий» и «Богоявление», а также вооруженный катер с флагманского корабля. Корабли вышли только через час после первого сигнала. Ушаков делал сигналы «гнать за бегущим неприятелем, бить и брать в плен его корабли». Но было уже поздно. Катер вернулся, и мичман Богданов доложил, что найти судно ночью не смог. Всю ночь продолжалось патрулирование вооруженных шлюпок. Вечером следующего дня на патрулирование к востоку вышли полугалеры.
Вероятно, прорыв в ночь на 24 января был пробой прочности русской линии блокады. Через два дня прорыв повторился большими силами.
Вечером 26 января флагман по обыкновению приказал собрать по вооруженной шлюпке с каждого корабля для ночного патрулирования; в крейсерство к востоку, между островом Видо и албанским берегом, вышли полугалеры майора Маниота и гардемарина Драгиевича. Ничто не предвещало необычного. Но в исходе двадцать первого часа четыре ракеты, пущенные с одного из дозорных судов, сообщили о выходе больших судов. Ушаков немедленно приказал отправиться в погоню кораблям «Захарий и Елисавета» и «Богоявление»; те направились к Южному проливу, где началась пальба. Вскоре появился сигнал полугалеры о бегстве крупных кораблей. Ушаков послал мичмана Метаксу на турецкий контр-адмиральский корабль, но турок отказался идти, и пришлось отправить турецкий фрегат и фрегат «Панагия Апотуменгана». Вернувшийся после полуночи Драгиевич сообщил, что видел два судна, одно из них большое, которые шли к северному проливу без огней. Утром на обычных местах не увидели «Женерё», бриг и галеру.
В тот же день, 27 января, Ушаков писал о бегстве «Женерё» Томаре. Он надеялся, что крейсирующая эскадра контр-адмирала Пустошкина перехватит неприятеля. Вице-адмирал сокрушался, что не может взять остров. По-прежнему не хватало войск, а те, что уже прибыли, оказались без запаса пороха, пуль и провизии. Не было осадной артиллерии. Истощался запас снарядов к существующим пушкам, и ради экономии приходилось редко стрелять по крепости. Почти все труды по осаде лежали на эскадре. После отправки в крейсерство Пустошкина, а также русского и турецкого фрегатов к Бриндизи, флагман располагал столь небольшими силами, что не мог осуществлять серьезные предприятия и с трудом обеспечивал блокаду и деятельность батарей. Вице-адмирал, опасаясь обвинений в бездействии, вполне резонно писал, что никто не может вообразить взятие такой крепости только силами флота, но все же он продолжает работы и намечает скоро атаковать Видо.
Ушаков располагал всего двумя тысячами российских солдат против трех тысяч французских в крепости; албанских войск к тому времени насчитывалось всего три-три с половиной тысячи, вчетверо меньше обещанного. Как человек предусмотрительный, вице-адмирал полагал, что этого недостаточно.
Тревогу вызывало положение Неаполитанского королевства. Разгром его армии грозил выходом французов к Корфу по суше. Возрастала опасность высадки десанта. Подкрепление гарнизону Корфу сделало бы штурм крепости невозможным.
Верховный визирь Юсуф Зия-паша в письме рассыпался в похвалах вице-адмиралу, сообщал, что султан выделил Ушакову на расходы тысячу червонцев, и надеялся на успех во взятии Корфу. Адресат его был менее любезен и в ответном послании писал, как мало войск выделили паши, о нехватке пороха, свинца, провизии и о том, что недостаток войск препятствует взятию острова. О том же он вновь напоминал Али-паше и морейскому губернатору.
Тем временем появилась новая задача. Томара 29 января направил Ушакову копию письма Кушелева; тот поручал доставить на Мальту гарнизон из войск генерал-поручика Германа, который направлялся по суше к берегам Адриатического моря. Ввиду особого беспокойства за судьбу Неаполитанского королевства следовало одно-два судна держать в Отранто для доставки известий из Неаполя. Кроме того, коммодор Смит опять приглашал русско-турецкую эскадру, правда, уже не к Александрии, а к восточной стороне Кандии (Крита). Все это грозило дальнейшим дроблением сил. Единственным утешительным стало сообщение, что из 3 французских кораблей, предназначенных для действий против Корфу, два со штормовыми повреждениями вернулись в Анкону, а судьба третьего оставалась неизвестной.
