1 марта флагман, узнав о награждении его алмазными знаками ордена Святого Александра Невского осенью 1798 года, в письме благодарил Кушелева за поздравление и изложил сложившуюся на Средиземном море обстановку. Он сообщал, что Нельсон с кораблем в Палермо, его корабли блокируют Мальту, Александрию и в Венецианском заливе их нет. О состоянии эскадры флотоводец писал, что после долгих плаваний и боев большинство судов имеет течь, на некоторых из-за ржавых гвоздей спадают доски обшивки. Как минимум 4 корабля и 4 фрегата требовали кренгования. Не было необходимых материалов, и Ушаков направил ведомость о потребностях эскадры в Адмиралтейств-коллегию и контору главного командира.
Русские эскадры требовались сразу в нескольких местах, и Ушаков пытался хотя бы частично удовлетворить запросы, посылая отдельные суда и отряды. Сам он намеревался выйти с половиной своей и турецкой эскадрой к берегам Италии, чтобы не допустить французов утвердиться в Апулии и Отранто, а вторую половину под командованием Пустошкина оставлял для ремонта на Корфу. Он жаловался на недостаток людей, в том числе мастеров, на перебои с продовольствием из-за трудностей его доставки по бурному зимнему морю.
Не зная, пришли ли войска для Мальты в Зару, он рассчитывал на возвращение Сорокина, который с фрегатом «Михаил» и турецким корветом вышел 14 марта в Бриндизи и далее в Триест и еще не возвратился. Также еще не вернулись фрегат «Счастливый» и турецкое судно, посланные в Бриндизи для доставки принцесс и тетушек бывшего французского короля в австрийские владения. Ушаков остался без десантных войск, которые занимали крепость Корфу. Флагман просил прислать матросов и солдат, ибо для содержания крепости с 600 пушками требовалось не менее полка.
5 марта Ушаков писал Томаре, что свою задачу видит в наблюдении берегов Италии от Венецианского залива до Мессины для помощи королю Неаполя и защиты берегов Турции, и считал бесполезным посылать часть сил к Кандии (Криту), что требовал Сидней Смит; он полагал, что за немногочисленными французскими силами в Тулоне может наблюдать Нельсон. Адмирал вновь жаловался на недостаток провизии и всего необходимого для эскадры.
Неаполитанцы ожидали, что на эскадре до 12 тысяч войск, но так как их не было, то посланный королем кавалер Мишеру просил хотя бы для ободрения жителей послать эскадру к городам Апулии, Бриндизи и Отранто, а затем направиться в Сицилию, чтобы помешать неприятельским войскам пройти в Мессину. Ушаков после получения провианта намеревался с четырьмя кораблями и тремя-четырьмя фрегатами идти к Бриндизи и Отранто, а оттуда — к Мессине, по пути забрав в Заре войска для гарнизона Мальты.
Но Мальту англичане еще не взяли… Томаре Ушаков заявлял 5 марта, что англичане стремятся держать русские силы раздельно. Сиднею Смиту он дипломатично писал, что недостаток провизии, ремонт кораблей и другие задачи не позволяют ему послать корабли к Кандии (Криту). Адмирала беспокоило, что в Анконе стояли, вместе с «Женерё», четыре французских линейных корабля, тогда как в Тулоне — не более одного-двух кораблей.
12 марта Ушаков обратился к Кадыр-бею с предложением, снабдив довольствием войска Али-паши, отправить их обратно, ибо вскоре французский гарнизон отправлялся в Тулон и необходимости в таких силах не было. Только после такого демарша албанцы начали покидать остров. На следующий день адмирал в рапорте Павлу I писал, что для гарнизона Корфу требуются регулярные войска, не менее полка русской пехоты, ибо, если французы вновь возьмут остров и оставят на нем большой гарнизон, вернуть его будет очень сложно.
13 марта 2931 человек французского гарнизона были посажены на наемные суда. С ними Ушаков послал акат «Святая Ирина», бригантину «Феникс» и трофейный бриг. Его беспокоило, кто оплатит перевозку. Флагман отметил благодарность французов за гуманное отношение.
В эти дни Ушаков продемонстрировал гуманность и к своим подчиненным. На эскадре состояли матросами разжалованные за участие в краже пороха мичманы А. Олешев и К. фон Икскуль. Сначала командующий дал им возможность отличиться, послав вместе с мичманом Метаксой на турецкую эскадру для связи. Прошли месяцы, и 13 марта Федор Федорович обращался к Г. Г. Кушелеву с просьбой о восстановлении их в прежних чинах, сообщая о том, что они не только выполняли свою службу, но и проявили храбрость в вылазках и на штурме Корфу. В ответ на доклад Кушелева Павел I разрешил вернуть им чины.
Тем временем австрийское правительство, действуя через посланника графа А. К. Разумовского и A. B. Суворова, просило, чтобы Ушаков выделил часть войск для наблюдения за Анконой и охранения перевозок продовольствия для итальянской армии. 23 марта Разумовский писал об этом Ушакову и сообщал, что в Анконе «Женерё» с несколькими мелкими судами готовится к выступлению, вероятно, для действия на коммуникациях. О необходимости выслать отряд судов на высоту Анконы писал и Суворов.
Нельсон со своей стороны в письме от 23 марта поздравлял Ушакова с победой, сообщал, что Мальта вскоре падет и что английская эскадра отправляется для блокады Неаполя до прибытия русской эскадры, которая, как надеялся Нельсон, восстановит короля Неаполя на троне.
Павел I наградил Ушакова и решил усилить его эскадру. 26 марта он предписал контр-адмиралу П. К. Карцову с отрядом из трех кораблей и фрегата идти на Средиземное море в распоряжение Ушакова и крейсировать у берегов Сицилии или Сардинии.
30 марта Ушаков писал Томаре о том, что Али-паша, задержав донесение о взятии Корфу, присвоил себе честь победы и требует часть трофеев, сообщал о болезнях из-за недоброкачественных продуктов, поставляемых турками, и о необходимости наладить снабжение провизией, о недостатке денег и материалов для ремонта, что препятствовало продолжению операций.
Павлу I от 30 марта Ушаков рапортовал, что от него ожидают высадки у Манфредонии и освобождения от французов Апулии. Адмирал готовил половину своей и турецкой эскадр, но не располагал войсками и надеялся получить два-три батальона из войск генерала Германа, которые должны были прибыть в Италию. Не зная, где эти войска, Ушаков мог только предполагать план своих действий: идти ли ему к Манфредонии, Анконе или Неаполю? Он намеревался оставить контр-адмирала Пустошкина на Корфу с ремонтируемыми четырьмя кораблями и несколькими фрегатами. В случае, если бы главные силы действовали в направлении Мессины и Неаполя, Пустошкину предстояло идти в сторону Зары, где будут русские полки.
1 апреля Ушаков дал ордер A. A. Сорокину с отрядом из двух русских фрегатов, двух турецких корветов идти с неаполитанским фрегатом, на котором находился Мишеру, в Бриндичи (Бриндизи), и стараться очистить берега Апулии от неприятельских судов, от французов и бунтовщиков, а прочих ласковостью утвердить в подданстве королю. Отряд отправился 3 апреля. 7 апреля, узнав о появлении в Бриндизи французского отряда во главе с фрегатом, адмирал направил в подкрепление Сорокину бригантину и три турецкие канонерские лодки, чтобы с наличными силами стараться очистить город от французов.
Получив указ Павла I от 22 января об отправке контр-адмирала Пустошкина с эскадрой не менее четырех кораблей и соответствующим числом фрегатов к Сардинии, чтобы действовать с английским и неаполитанским флотами, адмирал 8 апреля рапортовал Императору о своих действиях. Сам он не мог выступить, пока продолжался ремонт кораблей, но по готовности намеревался идти к Бриндизи и Манфредонии, очистить места эти от неприятеля, а затем отправиться к Мессине и Неаполю для взаимодействия с Нельсоном. Он рассчитывал получить прибывшие из России войска и писал: «Его неапольское величество нетерпеливо ожидает меня с десантными войсками и спасение всей Италии надеется получить от войск российских».
Тем временем ситуация в Италии изменилась. A. B. Суворов, начав 10 апреля 1799 года наступление, разбил французов при Адде и занял 17 апреля Милан. К середине мая его войска овладели всей Ломбардией. Армия Макдональда была вынуждена из Неаполя направиться навстречу Суворову. В Центральной и Южной Италии оставались лишь несколько французских гарнизонов. Эти обстоятельства способствовали действиям сил Ушакова.
Высадившийся 4 мая в Бриндизи, занятом русскими еще в апреле, отряд капитан-лейтенанта Г. Г. Белле (550 человек) за четыре дня очистил от неприятеля побережье до Манфредонии и направился к Неаполю. 25 мая отряд соединился с отрядами кардинала Руффо; 2 июня соединенные силы подошли к Неаполю с юго-востока, тогда как с юга и севера подходили отряды из «армии веры», организованной кардиналом.
Попав под обстрел канонерок республиканцев, Белле развернул на берегу батареи, которые после перестрелки потопили две лодки и отогнали остальные. 3 июня русский авангард прорвался в предместья Неаполя. 8 июня почти весь город был освобожден от французов и республиканцев, через четыре дня после обстрела капитулировали крепости Капуя и Гаэта. Лишь замок Кастель-Эльмо с трехтысячным гарнизоном продержался до 29 июня, когда был занят союзными войсками.
