8 сентября 1942 г. флотилия была расформирована, а ее корабли и части вошли в состав Новороссийской и Керченской ВМБ.
3 февраля 1943 г. Азовская военная флотилия была сформирована вновь. В ее состав были включены 384-й и 369-й отдельные батальоны морской пехоты.
Одной из основных задач флотилии являлась высадка морских десантов для поддержки частей Советской Армии.
Десанты Азовской военной флотилии, высаженные в апреле — сентябре 1943 г. с целью содействия приморским флангам Южного и Северо-Кавказского фронтов, сыграли важную роль в освобождении Северного побережья Азовского моря и Таманского п-ова.
Осуществленные в одном оперативном периоде и в одном районе военных действий морские десанты имели ряд характерных черт. Высадка десантов производилась исключительно с малых боевых кораблей из-за отсутствия в составе флотилии специальных десантно-высадочных средств. В составе десантов высаживались одни и те же батальоны морской пехоты, что способствовало совершенствованию навыков личного состава, и в известной степени, компенсировало недостаточное количество времени, выделяемого на подготовку. Десанты высаживались в условиях использования противником значительных морских сил, главным образом быстроходных десантных барж, но при господстве в районе высадки авиации Черноморского флота, а также Южного и Северо-Кавказского фронтов. Следует отметить, что противник создал противодесантную оборону побережья, основными узлами сопротивления которой являлись порты Таганрог, Мариуполь, Осипенко, Темрюк, Геническ и ряд крупных прибрежных населенных пунктов.
Одновременно были укреплены десантно-доступные участки побережья, главным образом косы и низменности (коса Вербяная, Пересыпь, район Темрюка и др.), которые противник оборудовал как основные опорные пункты противодесантной обороны. Созданные укрепления по своему характеру являлись инженерными сооружениями с развитой системой пулеметных и артиллерийских ДЗОТ и огневых позиций артиллерии.
Низменные участки, удаленные от крупных опорных пунктов, и сами опорные пункты в большинстве случаев имели проволочные заграждения и минные поля. При этом противодесантная оборона противника, как правило, глубины не имела.
В портах (на молах и пристанях) были установлены орудия в железобетонных дотах для стрельбы прямой наводкой.
Стационарная береговая артиллерия имелась только в Мариуполе и на Арабатской стрелке. На участке Таганрог, Мариуполь противодесантную оборону обеспечивали части немецкой 111-й ПД и 111-го ПБ и до двух полков других формирований; на участке Мариуполь, Молочное озеро — 4-я румынская ПД, а на участке Молочное озеро, о. Бирючий, Геническ — 1-я словацкая моторизованная дивизия. Всего на северном побережье Азовского моря находились три дивизии противника.
На Южном побережье Азовского моря на участке косы Вербяная — Темрюк противодесантную оборону занимали части 50-й ПД, 4-го охранного полка и отряда морской пехоты, на участке Темрюк — м. Ахиллеон — кавалерийский полк. Таким образом, на южном побережье Азовского моря противник имел в общей сложности около двух дивизий. Основная задача Азовской флотилии состояла в содействии приморским флангам сухопутных войск высадкой тактических морских десантов.
Прибывшие на флотилию 369-й и 384-й отдельные батальоны сразу же начали усиленно заниматься боевой подготовкой. 384-й ОБМП, сформированный в Поти из личного состава Черноморского флота, прибыл в мае 1943 г. 369-й ОБМП, укомплектованный моряками Волжской и Каспийской флотилий, Ярославского экипажа, Северного, Балтийского и Тихоокеанского флотов, прибыл из Баку в начале июня 1943 г.
29–30 августа 1943 г. в районе Безымяновки, Веселый, западнее Таганрога была высажена рота 384-го ОБМП в количестве 157 чел. под командованием командира батальона майора Ф. Е. Катанова.
В качестве вспомогательного десанта восточнее Таганрога высадилось 50 чел. разведроты штаба 58-й армии.
29 августа 1943 г. в 23.50 катера бесшумно подошли к берегу и в течение 15 мин высадили десант и выгрузили боеприпасы. Подавив основные огневые точки противника, главные силы десанта разгромили гарнизон Безымяновки, уничтожив до 200 солдат и офицеров, около 200 грузовых машин, пять складов и три танка.
Вследствие того, что наступление 44-й армии успеха не имело, десант по приказанию командующего Азовской флотилией был посажен на корабли и возвращен в Ейск.
Успешная высадка основного десанта явилась следствием хорошей подготовки личного состава 384-го ОБМП, внезапности высадки и решительных действий десанта на берегу.
В связи с отходом противника под ударами войск Южного фронта в западном направлении, вдоль побережья Азовского моря командование Северо-Кавказского фронта приняло решение высадить 8 сентября 1943 г. морской десант в районе Ялта, Мелекино, Песчаное. 8 сентября 1943 г. в 3.30 в 1,5 км западнее Ялты была высажена рота 384-го ОБМП в количестве 157 чел. под командованием лейтенанта К. Ф. Ольшанского.
Высадка роты численностью 160 чел. 384-го ОБМП под командованием командира батальона капитана Катанова в районе Мелекино в ночь на 8 сентября ввиду штормовой погоды не состоялась, что осложнило действия десанта, высаженного в районе Ялты.
Десант Ольшанского, подавив огневые точки противника на берегу, в т. ч. закопанный танк, гранатами и огнем противотанковых ружей успешно действовал в течение 9 и 10 сентября, нарушая коммуникации противника на участке Мариуполь — Мангуш.
11 сентября 110 чел. десанта Ольшанского соединились с частями 44-й армии. Таким образом, поставленные задачи рота Ольшанского выполнила. В результате боевых действий были уничтожены около 600 солдат и офицеров противника, 5 орудий, 4 огневых точки и др.
В ночь с 9 на 10 сентября в Мелекино были высажены 220 чел. 384-го ОБМП. Десант ворвался в Мелекино, где уничтожил около 200 румынских солдат, две батареи 130-мм и 45-мм орудий противника, потеряв при этом только трех человек ранеными.
На рассвете десант начал развивать наступление на Мариуполь, в ходе которого отразил атаку усиленного минометами немецкого батальона автоматчиков. Около 12.00 после ожесточенного боя десант 384-го ОБМП овладел портом Мариуполь. Противник, подтянув резервы, контратаковал морских пехотинцев, но был отражен.
Около 15.00 противнику удалось оттеснить десант к судоремонтному заводу, но последующая контратака успеха не имела. Во время боя десант разгромил карательный отряд СС, подошедший к порту со стороны Мариуполя.
10 сентября в 18.00 морские пехотинцы соединились с передовыми частями 44-й армии.
В течение ночи 11 сентября противник неоднократно предпринимал попытки овладеть портом, но всякий раз его атаки были отражены. На рассвете 11 сентября в порт со стороны Мангуша прорвался десант лейтенанта Ольшанского.
Таким образом, действовавший в составе десантов 384-й ОБМП успешно выполнил задачу, нарушил коммуникации противника, вызвал в его тылу панику и способствовал срыву планомерной эвакуации из Мариуполя.
Следует особо отметить инициативу, решительность и тактически грамотное ведение боевых действий на берегу личным составом батальона, что явилось следствием высокой боевой подготовки 384-го ОБМП.
Отходя в западном направлении, противник продолжал укреплять противодесантную оборону побережья.
15 сентября командующий Южным фронтом приказал высадить десант в районе города Осипенко в ночь на 17 сентября 1943 г. В состав десанта были выделены 660 чел. 384-го ОБМП и 1-го гвардейского УР 28-й армии. Десант должен был воспрепятствовать отходу противника по грунтовой дороге Осипенко — Ногайск, совместно со вспомогательным десантом овладеть портом Осипенко и удерживать его до подхода частей 28-й армии.
17 сентября 1943 г. в 3.10 началась высадка основного десанта, окончившаяся к 4.20. К моменту подхода высаженных подразделений к городу Осипенко противник его оставил. Вспомогательный и демонстративный десанты также не встретили противника.
Таким образом, десант был высажен в город, где уже не было противника, что явилось следствием неудовлетворительной организации разведки командованием 28-й армии, разведотряды которой вошли в город только 17 сентября в 7.00. В то же время следует отметить хорошую организацию противником оперативной маскировки и правильный выбор времени эвакуации. В дальнейшем планировалась высадка крупного тактического десанта в районе Геническа, однако вследствие резко изменившейся обстановки на Таманском п-ове ее пришлось отменить.
С 19 октября 1943 г. приказом Наркома Обороны СССР Азовская военная флотилия была выведена из оперативного подчинения командующему Южным фронтом и передана командующему Северо-Кавказским фронтом, который поставил флотилии задачу подготовить десант для высадки в районе Темрюка. В связи с этим командующий Азовской флотилией принял решение высадить десант в трех пунктах: основном — восточнее Голубицкой, вспомогательном — в районе Чайкино и демонстративном — в районе Голубицкая, колхоз «Труженики моря».
