В 1935 году крейсер «Червона Украина» занял первое место в Морских Силах СССР. За успехи крейсера на учениях Н.Г.Кузнецов был награжден орденом «Знак Почета».
В том же году Н.Г. Кузнецов был удостоен ордена Красной Звезды «за выдающиеся заслуги в деле организации подводных и надводных Морских Сил РККА и за успехи в боевой и политической подготовке краснофлотцев».
В августе 1936 года Н.Г.Кузнецов назначается военно-морским атташе и главным военно-морским советником, а также руководителем советских моряков-добровольцев в Испании. Им много было сделано для того, чтобы республиканский флот выполнил поставленные задачи. Его деятельность по оказанию помощи республиканскому флоту была высоко оценена советским правительством: в 1937 году он был награжден орденами Ленина и Красного Знамени.
Вернувшись из Испании, 35-летний капитан 1-го ранга получил назначение на должность заместителя командующего Тихоокеанским флотом и с присущей ему энергией стал изучать специфику одного из самых молодых флотов страны. Основу будущего флота должны были составить подводные силы и морская авиация. Самой большой проблемой, с которой пришлось столкнуться Кузнецову, была нехватка командных кадров, вызванная массовыми репрессиями в армии и на флоте. Ему самому меньше чем через год пришлось принять командование флотом, так как бывший командующий Г.П.Киреев был арестован в Москве в конце 1937 года. Николай Герасимович был в должности командующего Тихоокеанским флотом с 10 января 1938 по 28 марта 1939 года.
На Дальнем Востоке было неспокойно. Японцы господствовали на море и стремились к захвату новых территорий. В состав флота Японии входили 10 авианосцев, 10 линкоров, 35 крейсеров и более 100 эсминцев. Советский Тихоокеанский флот имел примерное равенство с японцами только по подводным лодкам, в остальных видах кораблей он явно уступал. Дальневосточное побережье было практически не защищено, и японское командование могло высадить военные силы в любой точке.
Неотложными задачами нового командующего стали строительство береговых батарей и усиление морской авиации. В ряде пунктов велось усиленное строительство аэродромов и военных городков. Город Владивосток – главная база флота – был оборудован мощными береговыми батареями и авиационным прикрытием, в строй входили новые корабли, укреплялись морские и сухопутные границы, были проведены учения по взаимодействию флота и армейских частей в местах наиболее возможной высадки войск противника.
В декабре 1937 года постановлением ЦИК и СНК СССР был создан Наркомат ВМФ СССР; в марте 1938 года Н.Г.Кузнецов был введен в состав Главного военного совета ВМФ при Наркомате ВМФ.
В июле 1938 года японские войска перешли границу на юге Приморья, возле озера Хасан, стремясь захватить сопки Заозерную и Безымянную, так как с них открывалась прямая дорога на Владивосток. Здесь развернулись ожесточенные бои с большими потерями с обеих сторон. Кузнецов лично выезжал в район боевых действий, а флот непрерывно перебрасывал к местам сражений военные части и грузы и вывозил раненых.
Ожидая нападения японского флота с моря, Николай Герасимович отдал приказ подводным силам занять позиции на возможных путях движения японских кораблей. Торпедные катера также находились в боевой готовности.
28 марта 1939 года Н.Г.Кузнецов был назначен заместителем наркома ВМФ, а 28 апреля 1939 года – народным комиссаром ВМФ.
Новому наркому приходилось решать все вопросы непосредственно со Сталиным. А это было непросто. Мнение Сталина было решающим. Если он соглашался с предложениями наркома ВМФ, то вопрос решался быстро, а если у него была другая точка зрения, то тогда надо было доказывать и доказывать необходимость осуществления той или иной меры. Требовались компетентность, серьезная аргументация и смелость, и Кузнецов обладал необходимой решительностью и ответственностью.
Новая программа была намечена еще в 1937 году и предусматривала строительство флота, равного ВМС США и Великобритании, в течение 8—10 лет. Программа не только не имела должного оперативно-стратегического обоснования, но и не учитывала возможностей отечественной промышленности. Поэтому сразу же остро встали вопросы строительства кораблей, баз, разработки необходимой документации, обучения и воспитания личного состава. Нарком ВМФ активно вел работу по выполнению кораблестроительной программы, хотя было ясно, что реализовать ее полностью в намеченные сроки нереально. Следует сказать, что к моменту принятия новой программы в советской военной теории не рассматривался вопрос о применении тяжелых надводных артиллерийских кораблей как ядра сил ВМФ. В то время господствовала «теория малой войны на море». Вся программа больше опиралась на зарубежный опыт строительства ВМС.
Кузнецов считал, что надо строить корабли различных классов, но учитывать при этом особенности наших морских театров и вероятного противника. По его признанию, в то время он не имел четкого представления о советской военной доктрине, полагая, что она «в голове у Сталина».
С началом Второй мировой войны проблемы строительства флота обозначились еще острее. В 1940 году было принято решение форсировать строительство легких сил ВМФ – подводных лодок, малых надводных кораблей – эскадренных миноносцев, тральщиков, катеров, а крупные корабли не закладывать. Несмотря на трудности, объем военного кораблестроения возрастал. К началу 1941 года ВМФ насчитывал более 900 кораблей и обладал значительным боевым потенциалом.
В подготовке флота к выполнению своей задачи нарком отводил большую роль учебе непосредственно в море. Уже в мае 1939 года состоялись большие учения сил Черноморского флота, а в конце июля того же года Кузнецов руководил учениями сил Балтийского флота. В сентябре были приняты новые планы подготовки флота, соответствующие международной обстановке.
В ноябре 1939 года Кузнецов утвердил инструкцию о состоянии боевой готовности к отражению и проведению первых операций в случае нападения противника. Система предусматривала три степени готовности. Готовность № 3 – обычное состояние частей и кораблей, плановая учеба состава и сменное дежурство. Готовность № 2 предусматривала наличие на кораблях неснижаемого запаса топлива и боезапаса, увольнения сокращались до минимума, устанавливались круглосуточные дежурства, дозоры и патрулирование. Готовность № 1 объявлялась только при наличии действительной опасности нападения. При ней корабли развертывались в боевые порядки, штабы флотов переходили на постоянное дежурство, судам запрещалось входить на базы, а тыловые службы могли срочно отключить освещение в портовых городах и на базах для обеспечения маскировки. Начиная с 1939 года на всех флотах страны проводились регулярные тренировки по обучению личного состава кораблей действиям по различным степеням готовности.
В середине июля 1940 года нарком издал приказ о введении в действие «Наставления по боевой деятельности штабов соединений ВМФ», а в декабре того же года – «Временного наставления по ведению морских операций».
Флоты получили также наставления по организации боевой деятельности военно-воздушных сил, подводных лодок, надводных кораблей. Было разработано положение о тыле, в котором определялись его задачи и функции по обеспечению боевой деятельности кораблей. Приказом наркома вводились в действие новые уставы – «Корабельный устав ВМФ СССР» и «Дисциплинарный устав ВМФ СССР».
Нарком Кузнецов не раз обращал внимание на необходимость отработки стратегического взаимодействия между армией и флотом. Дело в том, что такое взаимодействие не было закреплено в документах высшего военно-политического руководства страны, оно было поставлено в зависимость от личного отношения между руководителями двух наркоматов. Кузнецов все-таки добился принятия директивы, определившей задачи флотов и общий порядок их взаимодействия с войсками Красной Армии.
Нарком стремится привлечь к флоту внимание общественности. Он предложил ежегодно праздновать День Военно-Морского Флота в последнее воскресенье июля.
Для улучшенной подготовки командного состава были приняты меры к совершенствованию работы в уже действовавших учебных заведениях, и в первую очередь в Военно-морской академии. В 1939 году был назначен новый ее начальник – Г.А.Степанов, и академия стала подчиняться непосредственно наркому. Командные военно-морские училища были преобразованы в высшие учебные заведения. В 1940 году по предложению наркома ВМФ правительство приняло решение об открытии семи морских спецшкол, а в начале 1941 года была создана школа боцманов.
До начала Великой Отечественной войны Николай Герасимович провел огромную работу по подготовке флота к отражению вражеского нападения. Под его непосредственным контролем были установлены противоминные защитные устройства на надводных кораблях и подводных лодках. Для решения конкретных вопросов взаимодействия на морях он сам выезжал на флоты, если этого требовала обстановка, или посылал туда своих заместителей. Он действовал не озираясь «на верхи» и беря всю ответственность на себя. Например, в начале 1941 года он приказал без всякого предупреждения открывать огонь по иностранным самолетам-разведчикам, если они появятся над базами флота, и в соответствии с его распоряжением 16—17 марта того же года над Либавой и Полярным были обстреляны иностранные самолеты.