В 1717 году была построена и освящена каменная церковь во имя Святого Лазаря при основанном в 1716 году Лазаревском кладбище, где была погребена любимая сестра Петра I Наталья Алексеевна. На этом кладбище захоронены М. В. Ломоносов, Д. И. Фонвизин, Л. Эйлер, Дж. Кваренги, И. Е. Старов, Ф. И. Шубин, А. Д. Захаров, А. Н. Воронихин, К. И. Росси, П. К. Клодт, Ж. Ф. Тома де Томон, М. И. Козловский, В. Л. Боровиковский, И. П. Мартос, Н. Н. Гончарова-Ланская и многие другие деятели культуры, науки и знатные особы. В 1787 году каменный храм был расширен за счёт ризницы и трапезной, возведённой на месте разобранной деревянной постройки на деньги И. П. Елагина. В последующие два года граф Н. П. Шереметев дал средства на новый иконостас и пристройку притвора, расширенного в 1835 году по проекту Т. Л. Тиблена на средства Д. Н. Шереметева, после чего церковь приобрела современные размеры. В церкви находится семейная усыпальница графов Шереметевых, здесь также похоронены графы А. П. Шувалов и М. Ю. Вильегорский, князь И. Ю. Трубецкой, граф Г. А. Строганов, адмирал А. С. Шишков и основатель Херсонской крепости И. А. Ганнибал.
К югу от собора расположен двухэтажный Феодоровский корпус, который в 1725 году начал строить Т. Швертфегер, в 1742 году продолжил П. А. Трезини, а после его отъезда завершил И. Росси.
В 1889 году с алтарной стороны по проекту Г. И. Карпова начата постройка усыпальницы митрополита Исидора, освящённой 6 октября 1891 года как придельная церковь преподобного Исидора Пелусиота с двухъярусным иконостасом. За четверть века в ней было проведено свыше 150 захоронений.
С октября 1930 года Феодоровская церковь не действовала, но окончательно оба храма были закрыты в ноябре 1931 года, а Исидоровская церковь — тремя месяцами позднее. Декоративное оформление интерьеров Феодоровского храма частично сохранилось до наших дней. Большая часть размещённых здесь захоронений была уничтожена, а могилы разграблены. Церковь Св. Исидора была полностью перестроена.
В начале XX века на территории Лавры размещалось 16 церквей. На протяжении двух столетий в храмах лавры хоронили царских особ и виднейших государственных и церковных деятелей. С 1920 года и до сих пор весь ансамбль находится под охраной государства как памятник архитектуры. Несмотря на это, в 1931–1936 годы, когда были закрыты все храмы лавры, во многих зданиях комплекса обосновались различные мастерские, разгрому подверглась Духовская церковь.
Борисоглебский монастырь
Недалеко от известных древнерусских городов Ярославля и Ростова Великого несколько столетий существует огромный архитектурный ансамбль — бывший Борисоглебский монастырь (теперь филиал Ростовского архитектурно-художественного музея-заповедника).
Расположенный на обширной возвышенности на берегах реки Устье, в окружении леса, старинный ансамбль дошёл до наших дней почти не тронутый временем.
В средние века Борисоглебский монастырь был знаменит. В его стенах бывали Сергий Радонежский и Иван Грозный, Дмитрий Пожарский и Кузьма Минин. Знаменитый Пересвет, первый начавший Мамаево побоище, был сначала иноком Борисоглебского монастыря на реке Устье.
В течение нескольких веков из маленькой деревянной обители здесь вырос грандиозный каменный ансамбль с многочисленными памятниками архитектуры XVI–XVII веков. Храмы служебные и хозяйственные постройки, мощные боевые стены и башни, то лаконичные и суровые, то насыщенные пышным «узорочьем», издавна восхищали бывавших здесь ценителей древнерусского искусства. Монастырь «представляет собой целый музей древнерусского строительного искусства. В музее этом и теперь, несмотря на сломки и переделки, осталось ещё немало такого, что достойно внимания и изучения», — писал в прошлом веке известный ростовский краевед А. А. Титов.
Об основании Борисоглебского монастыря сведений мало. «Еже исперва от древних старец слышахом. И мало писания збретох», — с сожалением отметил летописец в XVI веке. Во времена Дмитрия Донского «из области великого Новаграда» пришли и поселились над рекой Устье пустынножители Фёдор и Павел. Возможно, что новоявленные пустынники бежали сюда от моровой язвы, поразившей в это время новгородскую землю. По историческим свидетельствам, «люди бежали из домов, жили вне города, на поле, даже в лодках… Во время мора многие заключались в монастырях». Но новгородские монахи искали в ростовской земле не безмолвия и уединения.
В 1363 году по церковным делам и с политическим поручением правительства в Ростов прибыл Сергий Радонежский — известный церковный и политический деятель XIV века, основатель Троице-Сергиевой лавры. Ясно видевший необходимость единения сил для борьбы с иноземным игом, Сергий неоднократно выполнял дипломатические миссии с целью подчинения русских княжеств единому центру — Москве. Чтобы усилить московское влияние, Сергий Радонежский содействовал основанию монастырей-крепостей на севере и востоке страны.
Узнав о его приезде, Фёдор и Павел направились в Ростов, надеясь получить содействие Сергия и согласие князя на то, «чтобы им в сей пустыне воздвигнута церковь и монастырь строити». Сергий Радонежский поддержал просьбу пустынников и сам выбрал место для строительства монастыря. Ростовский князь Константин Васильевич, зять Ивана Калиты, дал разрешение на основание монастыря.
«И начаша собирати к ним братия и мирская чадь древодели в помощь делу». «Церковь воздвигнув и кельи поставя», срубили деревянную крепость, простоявшую более полутора веков. Со временем маленький монастырь превращался в крупное феодальное хозяйство и мощную военную крепость. Новая крепость не была лишней в системе обороны дальних подступов к Москве. Опытный и дальновидный Сергий заметил всё: и слабые укрепления Ростова, и дорогу рядом с будущим монастырём, «что проходила из Каргополя, из Бела озера и из иных градов к царствующему граду Москве». Монастырь-крепость защищал северо-восточные пути к столице Русского государства. Были под его стенами и отряды татаро-монголов, и войска польских интервентов в период Смутного времени.
Не миновала монастырь и феодальная война, разразившаяся в середине XV века между московской великокняжеской властью и звенигородско-галичскими князьями. Дважды в 1433–1434 годах войска князя Юрия Дмитриевича занимали Москву, изгоняя с престола великого князя Василия II Тёмного. Изгнанник, внук Дмитрия Донского, Василий Тёмный находил приют в Борисоглебском монастыре. Понятно, почему он «князь великий Василий Васильевич и благодарная мати его великая княгиня Софья в обитель сию начаша веру велию имети. И подавала многия жалованные грамоты, потребные монастырю». Первый крупный земельный вклад, положивший начало богатствам борисоглебских иноков, был именно от Василия Тёмного: «…дал князь великий Василей Васильевич всея Руси село Шулце с деревнями по своих родителех и прародителех в наследие вечных благ».
В 1440 году игумен Питирим крестил в Борисоглебской обители сына Василия Тёмного — будущего Ивана III, «государя всея Руси», который всю свою жизнь также жаловал монастырь вотчинами и деньгами. Наибольшей же степени обогащения за счёт царских и боярских вкладов монастырь достиг при внуке Ивана III — Иване Грозном.
В борьбе с боярским сепаратизмом и высшими церковными иерархами Иван Грозный вынужден был искать содействия своим реформам в различной социальной среде. Поэтому понятно его стремление заручиться поддержкой и со стороны монастырей-вотчинников, являвшихся большой идеологической и материальной силой. Неслучайно на протяжении всего царствования Ивана IV так часты его долговременные объезды монастырей. Ещё совсем юным, в 1545 году Иван IV совершает поездку по многим монастырям, ездил в том числе «и к Борису-Глебу на Устию». Стараясь заполучить монахов в свои союзники, царь зачислял некоторые обители в разряд «опричных государевых богомольцев». Возможно, опричным или близким к опричнине являлся и Борисоглебский монастырь.
В период опричнины Борисоглебский монастырь неизменно пользовался благосклонностью Ивана IV. В числе десяти крупнейших монастырей обитель на Устье получила громадные по тем временам пожалования на помин души скончавшихся жён царя Анастасии, Марии, Анны, Марфы, убитого сына Ивана и десятки царских вкладов за души казнённых им же самим бывших своих соратников: бояр, князей, государственных и церковных деятелей, дьяков.
Накопив за счёт вкладов и обширного своего хозяйства немалые средства, монастырь получил возможность вести дорогостоящее каменное строительство, длившееся на протяжении двух столетий. К концу XV — началу XVI века деревянные храмы монастыря обветшали «и по повелению великого князя Василия Ивановича всея Руси» в 1522 году начали «здати в монастыре храмы каменные и прочия службы».