5 марта 1786 года, по повелению государыни императрицы Екатерины II, Валаамский монастырь включили в число штатных 3-го класса с игуменским настоятельством.
В 1789 году была освящена во имя преподобных отцов Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, нижняя церковь собора; в 1793 году церковь во имя святителя и чудотворца Николая; в 1794 году Преображенский собор и его придел во имя святых апостолов Петра и Павла, и в 1796 году, по перестройке, храм Успения Пресвятой Богородицы. В 1793 году, по высочайшему повелению, в монастыре учредили епархиальную больницу на пять человек персонала. Митрополит Гавриил активно содействовал внешнему устройству монастыря. Помогая из своих личных средств, привлекая благотворителей, он просил молитв за себя и за них.
С началом управления отца Назария связывают и внутреннее возрождение обители. Исполняя волю архипастыря, отец Назарий ввёл в Валаамском монастыре общежительный устав Саровской пустыни.
2 апреля 1822 года монастырь был возведён в первый класс, при условии, что он сохранит общежительные правила, а настоятели, избираемые из числа Валаамской братии (это правило было утверждено указом консистории ещё в 1813 году), всегда будут игуменами.
Паломники из России посещали Валаам только летом, тогда как бедные жители окрестных берегов Ладожского озера — круглый год. Число таких посетителей доходило до семи-восьми тысяч. Под монастырской горой был выстроен каменный странноприимный дом. Монастырь принимал паломников по-отечески: кормил, снабжал хлебом, семенами для посева, сеном, овощами, помогал деньгами. Глубокой зимой, не имея даже обуви и тёплой одежды, они отправлялись по озеру до Валаама с целью пожить несколько дней на монастырском продовольствии и получить подаяние на дорогу. Так как в округе часто не было врача и у местного населения не находилось средств для лечения, монастырь оказывал и медицинскую помощь.
Знаменательным событием для монастыря стало посещение его императором Александром I. В 1819 году Александр I отправился в путешествие по северным землям, намереваясь побывать и в древней Валаамской обители. При этом от имени Государя в монастыре было получено распоряжение при встрече царственного паломника «никаких церемоний не делать, а принять как благочестивого путешественника». 10 августа на судне, вышедшем из Сердоболя, император Александр I прибыл в монастырь. Гость первым делом отправился в собор, где приложился к иконам, после этого испросил благословение у игумена и всех иеромонахов, целуя у всех руку, но своей никому не давая, а остальной братии поклонился. Поражённые таким смирением, монахи поклонились до земли, но Его Высочество просил «не кланяться ему поклонением в землю, подобающим лишь Богу».
Слава о благоустроенности обители стала распространяться не только по православной России, но и за её пределами. Сюда приезжали даже из афонских монастырей. По внутренней духовной организации и устроению многие отдавали предпочтение Валаамской обители перед монастырями Афонской горы.
К 1811 году в Валаамской обители деревянных зданий уже не было, строительство велось из кирпича. Монастырская усадьба представляла собой:
1. Соборную двухэтажную церковь о пяти главах, крытую железом, внутри украшенную великолепным и богатым иконостасом, с деревянными крестами, обитыми жестью. В верхнем этаже — храм во имя Преображения Господня, а в нижнем храм во имя преподобных Сергия и Германа, где почивают под спудом их святые мощи.
2. Церковь во имя Успения Божией Матери.
3. Церковь во имя апостолов Петра и Павла, над святыми вратами.
4. Церковью имя святителя Николая Чудотворца, в северо-восточном углу.
5. Колокольню при соборной церкви.
6. Братские двухэтажные кельи по южной стороне от Никольской церкви, по западной настоятельские, по северной кухню и трапезу, по восточной монастырские службы.
7. Здание поблизости от служб, обнесённое каменной оградой, в которой по правую сторону церкви апостолов Петра и Павла братские, а по левую гостиные кельи, от юго-западного угла больницу, а от северо-западного угла — три двухэтажных флигеля гостиных комнат.
8. Гостиные комнаты и купеческие лавки на западном берегу вне монастыря.
9. В трёх километрах к юго-западу от обители скит, в котором находилась церковь во имя Всех святых, и шесть братских келий.
10. Скиты, построенные для валаамских пустынников.
В 1820 году в Петербурге, в Малой Коломне, на Мясной улице, был куплен для Валаамского подворья дом.
Став настоятелем, игумен Дамаскин принялся за внешнее благоустройство обители. Архимандрит Игнатий, как благочинный монастырей, оказывал ему всяческую поддержку. В 1840 году был перестроен скит Всех святых, возведены новые каменные кельи, каменный храм. В 1852 году недалеко от келейных корпусов центральной усадьбы была построена каменная двухэтажная гостиница для приезжающих на Валаам богомольцев.
В 1853 году на Крестовом острове, который впоследствии получил название Никольского, был воздвигнут каменный храм во имя святителя Николая Чудотворца, а 1858 году двухэтажный дом для священнослужителей и братии с домовой церковью во имя преподобного Иоанна Дамаскина (1865 г.).
В 1855 году по благословению Святейшего синода игумен Дамаскин совершил соборное освящение нового деревянного храма во имя преподобного Александра Свирского и три деревянных келейных корпуса для братии на Святом острове. В 1856 году недалеко от монастырской пристани устроен двухэтажный странноприимный дом для бедных финнов.
В 1858 году было положено начало новому скиту на острове Монашеском (Серничан). Сюда была перевезена из Васильевского монастыря в Старой Ладоге древняя деревянная церковь, построенная иноками, бежавшими из Валаамской обители во время разорения её шведами в 1611 году. Верхний храм освятили во имя святого Иоанна Предтечи, а нижний, пещерный, во имя Трёх святителей. Для уединённого жительства пустынников на острове срубили восемь деревянных келий.
В 1858 году обитель посетила царская семья. 28 июня два парохода, «Стрельна» и «Александрия» подошли к монастырской пристани. Император Александр II с императрицей Марией Александровной, сыновьями, в сопровождении сестры государя, великой княгини Ольги Николаевны с супругом, сошли на берег. Около Святых врат обители царскую семью встречали игумен и монастырская братия. Высочайшие особы направились в собор на Божественную литургию, по окончании которой был отслужен молебен преподобным Сергию и Герману Валаамским. Затем император с семьёй совершил прогулку по острову, посетил скиты и пустыньки, после трапезы в монастыре гости побывали на братском кладбище. В этот же день император с семьёй отправился в обратный путь. В 1862 году в память об этом посещении по проекту архитектора А. М. Горностаева будет возведена часовня во имя иконы Божией Матери «Знамение».
В 1914 году Валаамскую обитель также не миновало лихолетье: 264 монастырских насельника были призваны на военную службу. После октябрьского переворота в 1917 году Финляндия получила независимость, и Валаам оказался на её территории, что позволило на время сохранить обитель. Наступил 1918 год, один из самых скорбных для монастыря. На острове начался голод, шесть иноков скончались от эпидемии гриппа.
Финляндия укрепляла свои границы. Военное командование рассматривало Валаамский архипелаг как приграничный форпост государства на Ладожском озере, на островах велись интенсивные фортификационные работы.
«С 12 января 1918 года началось знаменитое в нашей обители „Порт-артурское сидение“, только более продолжительное, чем дальневосточное: с этого именно дня началось абсолютное разобщение Валаамского монастыря с Россией вначале, и со всем миром, совершенно прекратилась доставка из России газет, писем и вообще всякого рода корреспонденции. Насельники монастыря ничего не знали о том, что творится на белом свете… С поселением на Валааме Финляндского гарнизона, въезд сюда частным лицам совершенно воспрещён, отчего никаких богомольцев за лето 1918 года у нас не было. Береговым православным карелам не позволено было посетить обитель даже в праздники Всех Святых и Преподобных. Лето сего года мы провели в абсолютном уединении, как никогда ранее!» — свидетельствовал монастырский летописец монах Иувиан (Краснопёров).
Господь сохранил от разорения большевиков святой остров, но многие испытания ещё были впереди. Революционные волнения в 1917–1918 годах приняли в Финляндии характер национально-освободительной борьбы. Тогда был поднят вопрос и о существовании монастырей, так как считали, что находясь на границе «враждебного Финляндии государства», монастыри всегда отрицательно относились к идее самостоятельности республики, а потому должны быть упразднены.
В 1918 году Сенат принимает решение о подготовке проекта закона о Православной церкви в Финляндии. Для этой цели была образована особая комиссия из церковных деятелей национального направления, которая подготовила закон о Православной церкви в Финляндии, утверждённый правительством 26 ноября 1918 года. Согласно этому закону Православная церковь получила в Финляндии положение «национальной церкви меньшинства», а монастыри, как принадлежащие к этой церкви, приобрели более прочное положение в стране. Вместе с этим финское национальное течение православной церковной жизни стало господствующим. В 1923 году Финляндская православная церковь переходит на новый (григорианский) календарный стиль в богослужебной практике. Насильственно его вводят и на Валааме. Это повлекло за собой возникновение настоящего раскола в братии Валаамской обители.
