Пилат у Булгакова сначала говорит «человеку с ножом» — выполняющему роль палача кентуриону Марку Крысобою (на боку у того, правда, не тесак, а короткий римский меч): «У вас тоже плохая должность, Марк. Солдат вы калечите…» Прокуратор пытается убедить себя, что именно должность заставила его отправить на казнь невинного Иешуа, что из-за плохой должности все в Иудее шепчут, будто он — «свирепое чудовище». И в финале, когда Маргарита и Мастер видят сидящего в кресле на плоской горной вершине Пилата, Воланд сообщает им, что прокуратор все время говорит «одно и то же. Он говорит, что и при луне ему нет покоя и что у него плохая должность». Как и Толстой, Булгаков утверждал, что никакими должностными обязанностями нельзя оправдать преступного насилия над людьми. Для Пилата слова о должности — только попытка успокоить больную совесть. Интересно, что в свете толстовских слов о Столыпине, который готов вешать ради повышенного жалованья, рассуждения Пилата о плохой должности можно прочитать и как скрытый намек на широко известное лихоимство пятого прокуратора Иудеи (впрочем, в этом отношении он, если и отличался в худшую сторону от других римских наместников, то лишь немного). Известно, что именно из-за непомерных поборов с населения Пилат и был смещен в конце концов со своего поста. Булгаковский Пилат сильно облагорожен по сравнению с прототипом, поэтому его взяточничество и стремление к наживе спрятаны в подтекст.
Ближайший сотрудник и наиболее близкий человек к Пилату в Иудее — это начальник тайной стражи Афраний. Прототипом булгаковского Афрания послужил Афраний Бурр, о котором подробно рассказывается в книге Эрнста Ренана «Антихрист». Выписки из этой книги сохранились в архиве Булгакова. Ренан писал о «благородном» Афрании Бурре, занимавшем пост префекта претория в Риме (это должностное лицо исполняло, в числе прочих, и полицейские функции) и умершем в 62 году. Он, по словам историка, «должен был искупить смертью, полной печали, свое преступное желание сделать доброе дело, считаясь в то же время со злом». Будучи тюремщиком апостола Павла, Афраний обращался с ним гуманно, хотя, как пишет Ренан, ранее «у Павла не было с ним никаких непосредственных отношений. Однако, возможно, что человеческое обращение с апостолом обусловливалось благодетельным влиянием, которое распространял вокруг себя этот справедливый и добродетельный человек». Под «смертью, полной печали» здесь имелось в виду сообщение в «Анналах» знаменитого римского историка Тацита о широко распространенном в народе мнении, что Афраний был отравлен по приказу императора Нерона. В романе Мастера Афраний и Понтий Пилат также пытаются сделать доброе дело, не порывая со злом. Пилат стремится помиловать Иешуа Га-Ноцри, но, опасаясь доноса, утверждает смертный приговор. Афраний по долгу службы руководит казнью Иешуа, но потом по завуалированному приказу прокуратора убивает доносчика Иуду из Кириафа. Афраний и Понтий Пилат очень своеобразно восприняли проповедь Га-Ноцри о том, что все люди добрые, ибо первое, что они делают после смерти Иешуа, так это убивают Иуду, совершая, с точки зрения проповедника, безусловное зло.
У Ренана в «Антихристе» упоминается должность префекта полиции Иудеи — на этот пост римский полководец и будущий император Тит во время Иудейской войны 67–70 годов назначил одного из своих иудейских сторонников Тиверия Александра. Афраний фактически является начальником полиции Иудеи, названной в романе тайной стражей.
Нравственный антипод Понтия Пилата в булгаковском романе — Иешуа Га-Ноцри. Он явно восходит к Иисусу Христу Евангелий, но во многих отношениях разительно отличается от него и откровенно полемичен по отношению к традиционному образу. Имя «Иешуа Га-Ноцри» Булгаков встретил в пьесе Сергея Чевкина «Иешуа Ганоцри. Беспристрастное открытие истины» (1922), а затем проверил его по трудам историков. В булгаковском архиве сохранились выписки из книги немецкого философа Артура Древса «Миф о Христе», переведенной на русский в 1924 году. Там утверждалось, что по-древнееврейски слово «нацар», или «нацер», означает «отрасль» или «ветвь», а «Иешуа» или «Иошуа» — «помощь Ягве» или «помощь божию». Правда, в другой своей работе «Отрицание историчности Иисуса в прошлом и настоящем», появившейся на русском в 1930 году, Древе отдавал предпочтение иной этимологии слова «нацер» (еще один вариант — «ноцер») — «страж», «пастух», присоединяясь к мнению британского историка Библии Уильяма Смита о том, что еще до нашей эры среди евреев существовала секта назореев, или назарян, почитавших культового бога Иисуса (Иошуа, Иешуа) «га-ноцри», т. е. «Иисуса-хранителя». В архиве писателя сохранились и выписки из книги английского историка и богослова епископа Фридерика В. Фаррара «Жизнь Иисуса Христа» (1873). Если Древе и другие историки мифологической школы стремились доказать, что прозвище Иисуса Назарей (Га-Ноцри) не носит географического характера и никак не связано с городом Назаретом, который, по их мнению, еще не существовал в евангельские времена, то Фаррар, один из наиболее видных адептов исторической школы, отстаивал традиционную этимологию. Из его книги Булгаков узнал, что упоминаемое в Талмуде одно из имен Христа — Га-Ноцри — означает Назарянин. Древнееврейское «Иешуа» Фаррар переводил несколько иначе, чем Древе, — «чье спасение есть Иегова». С Назаретом английский историк связывал город Эн-Сарид, который упоминал и Булгаков, заставляя Пилата во сне видеть «нищего из Эн-Сарида». Во время же допроса прокуратором Иешуа в качестве места рождения бродячего философа фигурировал город Гамала, упоминавшийся в книге французского писателя Анри Барбюса «Иисус против Христа». Выписки из этой работы, вышедшей в СССР в 1928 году, также сохранились в булгаковском архиве. Поскольку существовали различные, противоречившие друг другу этимологии слов «Иешуа» и «Га-Ноцри», Булгаков не стал как-либо раскрывать значение этих имен в тексте «Мастера и Маргариты». Из-за незавершенности романа писатель так и не остановил свой окончательный выбор на одном из двух возможных мест рождения Иешуа.
В его портрете Булгаков учел следующее сообщение Фаррара: «Церковь первых веков христианства, будучи знакома с изящной формой, в которую гений языческой культуры воплощал свои представления о юных богах Олимпа, но, сознавая также роковую испорченность в ней чувственного изображения, по-видимому, с особенной настойчивостью старалась освободиться от этого боготворения телесных качеств и принимала за идеал Исаино изображение пораженного и униженного страдальца или восторженное описание Давидом презренного и поносимого людьми человека (Исх., LIII, 4; Пс., XXI, 7,8,16,18). Красота Его, говорит Климент Александрийский, была в его душе, по внешности же Он был худ. Иустин Философ описывает его как человека без красоты, без славы, без чести. Тело Его, говорит Ориген, было мало, худо сложено и неблагообразно. «Его тело, — говорит Тертуллиан, — не имело человеческой красоты, тем менее небесного великолепия».
Английский историк приводит также мнение греческого философа II в. Цельса, который сделал предание о простоте и неблагообразии Христа основанием для отрицания Его божественного происхождения. Вместе с тем Фаррар опроверг основанное на ошибке латинского перевода Библии — Вульгаты утверждение, что Христос, исцеливший многих от проказы, сам был прокаженным. Булгаков счел ранние свидетельства о внешности Христа достоверными и сделал своего Иешуа Га-Ноцри худым и невзрачным, со следами физического насилия на лице: представший перед Понтием Пилатом человек «был одет в старенький и разорванный голубой хитон. Голова его была прикрыта белой повязкой с ремешком вокруг лба, а руки связаны за спиной. Под левым глазом у человека был большой синяк, в углу рта — ссадина с запекшийся кровью. Приведенный с тревожным любопытством глядел на прокуратора». Булгаков в отличие от Фаррара всячески подчеркивает, что Иешуа — человек, а не Бог, поэтому он и наделен самой неблагообразной, незапоминающейся внешностью. Английский же историк был убежден, что Христос «не мог быть в своей внешности без личного величия пророка и первосвященника». Автор «Мастера и Маргариты» учел слова Фаррара о том, что до допроса у прокуратора Иисуса Христа дважды били. В одном из вариантов редакции 1929 года Иешуа прямо просил Пилата: «Только ты не бей меня сильно, а то меня уже два раза били сегодня…» После побоев, а тем более во время казни, внешность Иисуса никак не могла содержать признаков величия, присущего пророку. На кресте у Иешуа в облике проступают довольно уродливые черты: «…Открылось лицо повешенного, распухшее от укусов, с заплывшими глазами, неузнаваемое лицо», а «глаза его, обычно ясные, теперь были мутноваты». Внешнее неблагообразие булгаковского героя контрастирует с красотой его души и чистотой его идеи о торжестве правды и добрых людей (а злых людей, по его убеждению, нет на свете), подобно тому как, по словам христианского теолога II–III вв. Климента Александрийского, духовная красота Христа противостоит его ординарной внешности.