Когда Г. Явлинский выступил с обвинениями в адрес правительства Примакова, которое якобы погрязло в коррупции, то спрошенный об этом Скуратов осторожно заменил слово "правительство" на "высшие эшелоны власти", заметив, что Генпрокуратура не одолеет всю коррупцию, но сможет почистить лишь "верхушку". В качестве примера он назвал дело бывшего заместителя министра финансов Владимира Петрова, которому якобы предстояли интересные разоблачения.
В декабре 1998 г. Скуратов пообещал разоблачить всех чиновников, причастных к махинациям с алмазами и золотом американской компании "Голден Ада". Один из учредителей этой компании Андрей Козленок был арестован по обвинению в хищении валютных ценностей на сумму 180 миллионов долларов. Ценности были взяты из Гохрана, из сверхоберегаемого хранилища, и без участия в этом деле высших лиц страны афера не могла быть осуществлена.
До президента дошли сведения о том, что Скуратов в большой тайне начинает сбор материалов по делу фирмы "Мабитекс", которая выполняла по поручению Управления делами президента работы по реставрации Кремля. Это уже переполнило чашу терпения Б. Ельцина. Он счел, что Ю. Скуратов явно выходит из подчинения, начинает свою собственную политическую игру и становится опасным для Семьи. Ельцин отдавал себе отчет, что просто так уволить Генерального прокурора юридически невозможно, кандидата на этот пост утверждал Совет Федерации и снять мог тоже только Совет Федерации. Оставалось одно: подорвать авторитет Скуратова, вывалять его в грязи и таким образом добиться устранения строптивого чиновника. Утомлять себя поисками компрометирующего материала долго не пришлось. Практически вся государственная и деловая "элита" России жила распущенно и безнравственно. Взаимное подглядывание в спальни, перехват телефонных переговоров, преднамеренное создание ситуаций для сбора компроматов были обычным делом. Так потерял в 1997 г. пост министра юстиции Валентин Ковалев, когда в средствах массовой информации появились фотографии, на которых он в костюме Адама развлекался в сауне в обществе женщин легкого поведения.
Для Ю. Скуратова была устроена западня в виде "дома свиданий", оборудованного видеотехникой, куда его приглашали, очевидно, очень близкие ему люди, чтобы "расслабиться" в обществе девиц, готовых на все. Он явно не ожидал подвоха и развлекался, что называется, в полном объеме. Хотя в своих воспоминаниях Ельцин намекает на то, что ловушку могли устроить ему бизнесмены, напуганные скуратовскими инициативами, но без участия российских спецслужб здесь, совершенно очевидно, не обошлось. Адрес квартиры, где происходило "действо", технология и характер записи, методы распространения кассеты с видеоматериалами, время, выбранное для этого, поведение всех остальных фигурантов этой "постановки" - все говорит о том, что за спиной этой затеи стояли спецслужбы. Может быть, карьера В. В. Путина стартовала отсюда.
Мне в "Русский Дом" также прислали анонимные отправители эту порнографическую видеозапись с письмом, в котором выражали возмущение поведением Скуратова и высказывали надежду, что я предам гласности полученный материал. Мы долго совещались с друзьями и пришли к выводу, что речь шла не о борьбе за чистоту нравов в высшем эшелоне власти, а о вульгарной политической разборке, сведении счетов. В такие игры мы решили не играть, тем более что публичный показ этого скандального "сюжета" был бы равен попранию общественной морали и христианской этики. Такую видеопленку получили на всех каналах телевидения, она гуляла по всей Москве, комментарии по поводу ее содержания слышались всюду, но публично она не появлялась.
Сам Скуратов наверняка видел ее, и 1 февраля 1999 г. вручил президенту просьбу об отставке с поста генерального прокурора, и под предлогом ухудшившегося здоровья залег в Центральную кремлевскую больницу, как делают все чиновники в подобных ситуациях.
Полтора месяца Москва только и жила "скуратовским делом". За это время сам опальный генеральный прокурор успел сделать заявления о том, что речь идет о сфальсифицированной видеопленке и что он забирает свое заявление об отставке. История невероятно запутывалась. С одной стороны, было очевидно, что Ю. Скуратов попался, "как кур в ощип". Но с другой - так же очевидно, что его собирались перемолоть в муку вовсе не по моральным, а по политическим соображениям.
В ночь на 17 марта, накануне дня, когда должно было состояться заседание Совета Федерации, на котором предстояло решить судьбу Генерального прокурора, скандальная видеопленка была показана по второму каналу российского телевидения, который полностью контролировался правительством. Команда на выброс порнографии в политику, безусловно, была дана в Кремле, но и этот грязный прием не дал ожидаемого результата.
17 марта в Совете Федерации состоялось голосование по президентскому представлению об отставке Ю. Скуратова. Его результаты оказались ледяным душем для Ельцина. Только шесть сенаторов поддержали его просьбу об увольнении генерального прокурора, 142 (!) высказались "против" и три воздержались. Иными словами, президенту показали от ворот поворот. Ю. Скуратов остался при должности.
В тот же день Б. Ельцин и Е. Примаков выступили с совместным заявлением о том, что "политиканство и нечистоплотность несовместимы с высокой должностью генерального прокурора", часом позже была создана временная межведомственная комиссия Совета безопасности РФ по проверке поступков, порочащих честь прокурорского работника, и нарушении им присяги прокурора. Началась очень долгая тяжба между президентом и Советом Федерации относительно отставки Ю. Скуратова. Фактически президент отстранил его от исполнения обязанностей, у Скуратова были отобраны дача, автомашина, опечатан служебный кабинет, он был лишен возможности пользоваться кремлевской связью и т. д. Это Б. Ельцин отбирал у всех, кого убирал из своего окружения, но он не мог отобрать у Скуратова прокурорские полномочия.
Сложилась курьезная ситуация, при которой Скуратов мог производить прокурорские действия, но президент страны наотрез отказывался как-либо взаимодействовать с ним. Более того, против него были в спешном порядке возбуждены уголовные дела по обвинению в злоупотреблении служебным положением. Сам факт возбуждения уголовного дела являлся основанием для отстранения его от работы, и ему волей-неволей пришлось подать вторичное заявление об отставке. Но Скуратов не собирался сдаваться: он подал иск в Московский городской суд, настаивая на том, что власть незаконно начинает преследовать его в уголовном порядке. И суд принял именно такое решение признал неправомерным возбуждение уголовного дела против него со стороны военной прокуратуры.
21 апреля 1999 г. Совет Федерации вторично рассматривал вопрос об отставке генерального прокурора. Прошедший месяц с небольшим был активно использован президентской стороной для обработки сенаторов. На этот раз из 144 голосовавших членов верхней палаты Федерального собрания 61 поддержал просьбу президента, но 79 все-таки голосовали "против". Воздержались четыре. На результатах голосования сказалось также и то, что не оправдались ожидания многих сенаторов получить от Скуратова убедительные, неотразимые факты о коррупции на самом верху кремлевской администрации. В своих выступлениях он больше намекал, давал понять, что располагает такими данными, но открыто поднять забрало и ринуться в бой не решался. Повторялась давно известная история, когда звучные политические заявки не подкреплялись серьезными фактами. Так было в свое время с народным депутатом Тельманом Гдляном, который шумно заявлял о наличии у него убийственных компрометирующих материалов на руководство КПСС, но так и не смог их никогда предъявить общественности. Так же было и с бывшим охранником Б. Ельцина А. Коржаковым и полковником В. Стрелецким, которые, обозлившись на своего бывшего шефа, выбросившего их из своей команды, опубликовали книги "От рассвета до заката" и "Мракобесие" с разоблачением кремлевского "двора". Эти книги останутся в нашей памяти как свидетельства "нравов и обычаев" кремлевских постояльцев, как убийственные характеристики подельников президента, но они совершенно недотягивают до уровня политических приговоров. Ю. Скуратов повторил их пример. К тому же ему самому пришлось отбиваться от обвинений в том, что он получил в подарок пятнадцать костюмов, пошитых в кремлевских мастерских за счет администрации президента, которую он собирался разоблачать.
Противостояние президента с генеральным прокурором наглядно демонстрировало всему народу России, и даже миру, полное неуважение к закону в нашей стране. Суды меняли свои вердикты и оценки в зависимости от того, кто был их ближайшим патроном. Так, в июне 1999 г. Верховный суд России ("подчиняется" федеральным властям) принимает решение о том, что прекращение уголовного дела против Ю. Скуратова является незаконным. Тот подает жалобу в Хамовнический суд первой инстанции в Москве, который постановляет считать незаконным продление уголовного дела. Это решение подтверждает Московский городской суд ("подчиняется" московским властям). И так до бесконечности. В своих воспоминаниях Б. Ельцин рвет и мечет против Ю. Лужкова, которого считал главным кукловодом, стоявшим за ширмой всего скуратовского Дела. Ельцин полагал, что именно Лужков "мутил воду" в Совете Федерации, побуждая сенаторов на мятеж против президенту и именно московский мэр влиял на решения московских судов по делу Скуратова.