Не случайно после такого «перемирия» главнокомандующего русской армии обвинили в измене. По царскому указу Шеина арестовали и после следствия казнили. Сегодня некоторые историки оспаривают факт его предательства. Оказывается, главнокомандующий действовал по указанию Филарета. Именно такое предположение высказал один из исследователей Смоленской войны, Б. Ф. Поршнев. Он считает, что патриарх хотел с помощью Шеина отвлечь основные силы поляков под Смоленск, чтобы дать возможность союзникам России – шведам начать активные боевые действия против Польши. Но разрыв русско-шведского союза, а затем смерть Филарета нарушили эти планы. По мнению Поршнева, царь Михаил знал о замысле отца и невиновности Шеина, но в связи с нараставшим в стране бунтом, вызванным неудачной войной, решил выставить его главным виновником. Думается, что такое утверждение противоречит всему ходу исторических событий. Ни царь, ни патриарх, ни правительство не тратили бы столько сил и средств на приобретение оружия и боеприпасов, содержание собственной армии и оплату наемных иноземных солдат, если бы всю военную кампанию строили только в надежде на военные силы Швеции. Умышленно наносить вред своей державе царь вряд ли мог еще и потому, что она теперь была его владением, передаваемым по наследству потомкам. А после сдачи Шеиным армии полякам он мог не только лишиться всего этого, но и царского престола в придачу. Поэтому по приказу Михаила была организована мобилизация всех патриотических сил в стране. Первым ее результатом стала мужественная оборона Белой отрядами под командой воеводы Волынского, которая не позволила Владиславу продвинуться в глубь страны. Тем временем на юге самой Речи Посполитой появился новый враг: там развернул активные боевые действия турецкий султан. В этих условиях польскому королю ничего не оставалось, как начать переговоры о мире с Россией.
В июне 1634 года был подписан Поляновский мирный договор. По его условиям, очень тяжелым для России, полякам были возвращены все города, отданные им до начала Смоленской войны, и выплачена контрибуция в 20 тысяч рублей. Но взамен Владислав раз и навсегда отказывался от своих прав на русский престол и признавал царский титул Михаила Романова, для которого это стало существенной победой, укреплявшей его положение на международной арене.
Одновременно с решением проблем с внешними врагами Михаил принимал все меры для снижения внутренней напряженности в стране, которую продолжали разорять отряды бывших сподвижников Тушинского вора. Они опустошили земли по Северной Двине, города Ромсанов и Углич. Только в конце 1613 года правительственным войскам удалось окончательно разбить разбойничьи отряды А. Лисовского. Тем временем войско атамана И. Заруцкого двинулось к Астрахани, где он планировал создать новое государство во главе с сыном Марины Мнишек. Более всего Михаил опасался влияния Заруцкого на неустойчивую среду вольного казачества. Воспрепятствовать этому должны были разосланные по всей стране правительственные грамоты, изобличающие «злодейство и неправды» атамана и призывавшие казаков не приставать к нему. Особая грамота была послана к жителям Астрахани, которым царь обещал, что если они «отстанут от воров», то он всех их простит. Для подкрепления обещаний донским и волжским казакам было послано царское жалованье, провиант и одежда. Но астраханцы и так были недовольны Заруцким, который особенно не жаловал православное духовенство: грабил монастыри, убивал служителей церкви, а из серебряного кадила Троицкого собора приказал сделать себе стремена. Такие действия вкупе с мерами правительства привели к тому, что казацкие отряды стали переходить на царскую службу. В мае 1614 года астраханцы восстали против новоявленных правителей и те вынуждены были бежать на реку Яик, но были схвачены и доставлены в Москву. Дальнейшая их судьба уже известна. Что же касается примыкавших к Заруцкому казаков, то они были прощены и взяты на царскую службу.
Если на юге страны обстановка стабилизировалась, то на севере все еще было неспокойно: в Вологодском, Каргопольском и Белозерском уездах отряды из местных жителей под командой атамана Баловня грабили и выжигали целые деревни. Михаил стремился погасить этот военный очаг мирным путем. 1 сентября по его инициативе в Ярославль была направлена делегация для переговоров с бунтарями. Она уведомила их, что царь не хочет воевать со своими подданными и готов простить им все «вины», если они оставят разбои и вместе с воеводой Л. Вельяминовым за хорошее вознаграждение примут участие в походе на Тихвин против шведов. Но далеко не все они «отстали от воровства». Против отрядов Баловня, которые сначала осадили Вологду, а потом подошли к Москве, летом 1615 года были брошены царские войска. Они разгромили их сначала у стен столицы, а потом под Малоярославцем. Но окончательной стабилизации обстановки в стране поспособствовали повсеместное определение вольных казаков на царскую службу с указанием формы оплаты и указ о переводе в вотчины поместий участников обороны Москвы, среди которых было немало представителей казачества. В результате к 1620 году в центральных районах России уже фактически не осталось вольных казаков.
Что касается экономического развития страны, то первейшая задача Михаила состояла в организации сбора средств для разграбленной царской казны. Поскольку во время бурных событий Смутного времени архивы приказов были уничтожены, новое правительство не знало ни источника своих доходов, ни того, сколько и на что следовало выделять денег. В первую очередь, необходимо было восстановить прежний порядок сбора податей и налогов. Но на это требовалось немало времени, а деньги нужны были сейчас. И тогда царь обратился за помощью к богатым промышленникам и купцам. В частности, он попросил купцов и заводчиков Строгановых выплатить налоги за все Смутное время, а также дать денег взаймы «для крестьянского покою и тишины», пообещав вернуть долг «как деньги в казне будут». И те не пожалели средств для спасения государства: дали и денег, и продуктов, и всяких других товаров для материального обеспечения ратных людей. Откликнулись на призыв Михаила и другие богатеи.
С такой же просьбой о добровольном пожертвовании и ссуде обратилось царское правительство и к народу. А в 1614 году был назначен так называемый сбор «пятой деньги», т. е. долевого налога. Сначала его ввели только для торговых людей, а потом и для всех остальных. Кроме того, были введены два новых больших налога и новые повинности: так называемые «стрелецкие деньги» (хлебные запасы ратным людям), сбор даточных людей на службу и общий оклад с городов, который должны были собирать воеводы. Катастрофическое финансовое положение вынудило царское правительство с 1613 по 1619 год семь раз прибегать к чрезвычайным сборам так называемых «пятинных и запросных денег».
Несмотря на это, царь Михаил давал некоторым городам и только поднимающемуся на ноги купечеству льготы и поблажки, оказывал особое покровительство монастырям. Для упорядочения налоговой системы дважды за время его правления проводилось составление писцовых книг, что упорядочило взимание податей и налогов, было выдано несколько указов, которые касались землевладения: о выморочных имениях, о продаже земли, о разделе имущества и др.
Смута и ее последствия еще долго сказывались на состоянии всего государства: в некоторых уездах совсем не осталось жилых дворов, пашня в западных уездах составляла к 1617 году всего 5 % от всей их территории, а в восточных – 17 %, да и численность сельского населения там значительно сократилась. Не менее тяжелое положение было и у мелкопоместных дворян: их крестьяне разбежались, а земли оказались в запустении. Поэтому в 1614 году был издан указ о сыске и возвращении владельцам всех беглых крестьян (при этом исторические источники указывают разные сроки сыска – от 5 до 11 лет, хотя в указе был оговорен срок 9 лет). Не популярной, но действенной мерой для роста доходов казны стало увеличение числа кабаков. К ней, как известно, в России прибегали достаточно часто как до, так и после Романовых.
Чтобы восстановить разоренную державу, царское правительство принялось за развитие промышленности. Для этого в Россию на льготных условиях приглашались иностранные промышленники и специалисты (рудознатцы, горные инженеры, литейщики и оружейники). Получали льготы для строительства медеплавильных, кирпичных и железорудных предприятий и отечественные заводчики. Именно при Михаиле Романове в России появились первый завод по выплавке железа (1631 г.) и медеплавильный завод (1633 г.). С помощью зарубежных специалистов строили на Волге корабли, укрепляли русские крепости. Большое внимание уделялось развитию военного дела. Со второй половины 1630-х годов начались преобразования в вооруженных силах: появились первые в России «полки иноземного строя», состоявшие из «охочих вольных людей» и ставшие первым шагом к созданию регулярной армии, увеличилось производство пушек, огнестрельного и холодного оружия, шло восстановление и строительство новых укрепленных линий – засечных черт. За время правления первого Романова вокруг засечных черт построили более 40 новых городов и острожков, что привело к постепенному смещению границ государства на юг. Кроме того, в хозяйственную жизнь страны были включены огромные массивы черноземных земель, а русские землепроходцы в 1620– 1640-х годах прошли через всю Западную и Восточную Сибирь и вышли к берегам Тихого океана.