Генрих Наваррский тянул время в бесплодных разговорах с Екатериной и одновременно ухитрился собрать серьезную армию, в которую вошли лютеранские наемники Яна-Казимира и короля Дании, объединившиеся, чтобы противостоять угрозе, исходящей от присутствия испанцев в Нидерландах. Почти сразу же после подписания договора при Немуре Генрих Наваррский и Конде встретились с Дамвилем и возобновили альянс с умеренными католиками. План Генриха Наваррского был прост и очевиден: он должен бороться за свое право на французский трон, а в этом ему могла помочь лишь полная победа над Лигой и Гизами. Он знал, что король чересчур слаб и является заложником ультра-католиков, а потому повлиять на события не в силах.
Что же до Генриха III, то утомившись подписанием мира при Немуре и отправив мать заниматься бесполезной дипломатией, он предался обычным фривольным развлечениям вперемежку с периодами сурового покаяния, с характерным для него непостоянством. Его последней причудой, которую копировали верные миньоны, стали украшенные драгоценностями корзинки с лентами, чтобы носить их на шее; в корзинки помещали карманных собачек. Даже самых умеренных и верных подданных он шокировал тем, что, исполняя обряд исцеления больных прикосновением руки, в другой руке он держал такую собачку.
Постепенно Генрих привык совершать длительные пешие прогулки из Парижа в Шартрский собор, чтобы помолиться Пресвятой Деве о даровании ему сына или просить Всевышнего об отпущении грехов. В отчаянной мольбе об избавлении звучали все более нездоровые нотки, попахивало некроманией. Он начал носить одежду, вышитую черепами, выстроил зловещую часовню, затянутую черным крепом, где поместил кости и черепа, выкопанные на местном кладбище. В желтом пламени толстых свечей он проводил по пятницам долгие часы в странном состоянии полутранса, полумолитвы, окруженный самыми благочестивыми монахами.
Екатерина впала в отчаяние, наблюдая за сыном. Она боялась и за его здоровье, и за состояние психики. Папа, прослышав о странностях поведения короля, написал его величеству, напоминая, что религиозные обязанности правителя накануне решающей битвы за спасение истинной веры во Франции лежат в несколько иной плоскости. Когда отшельник опомнился и собрался сыграть активную роль, напомнив, что у французов есть монарх, люди уже в открытую игнорировали его. Париж, самый стойкий из бастионов католичества во Франции, создал собственную лигу под управлением совета «Шестнадцати», по числу округов Парижа. Для большинства горожан столицы в Париже был лишь один король — герцог де Гиз.
События еще больше осложнились для Екатерины, когда ее бывшая невестка, Мария Стюарт, превратилась в католическую мученицу. В октябре 1586 года в замке Фотерингэй королеву Шотландскую судили и обвинили в измене из-за участия в заговоре Бэбингтона против Елизаветы I — Мария верила, что так она обретет английский трон. Несмотря на то, что Елизавету долго мучила необходимость решить судьбу пленницы и страхи, как бы в католическом мире не подумали, будто «королева-девственница с радостью пролила бы кровь даже своей близкой родственницы», все же щадить ее было нельзя, «ибо это наточило бы клинок, что вонзится в мое же горло».
Екатерина, потрясенная приговором, в ноябре 1586 года отправила в Англию Бельевра умолять о милосердии. Мария же написала Елизавете, благодаря ее за «счастливые вести», хотя и намекая: в ином мире королеве Англии придется ответить за свои поступки. Не обращая внимания на готовность Марии «покинуть этот мир», Бельевр героически сражался за ее жизнь и смог добиться от Елизаветы отсрочки казни на двенадцать дней. Генрих писал Елизавете Английской, что воспримет казнь Марии как «личное оскорбление», но Елизавета была не робкого десятка. Она отвечала французскому королю: «подобная мера для меня — лишь кратчайший путь покончить с недоразумением».
Екатерина не была горячей поклонницей Марии Стюарт и осуждала ту жестокость, которую проявляла ее бывшая невестка будучи шотландской королевой. В частности, Екатерину привело в бешенство убийство в 1567 году лорда Дарнли, это «ужасное, отвратительное и более чем странное событие, произошедшее против воли короля и оскорбляющее его величие». Королева-мать потребовала, чтобы ее бывшая невестка продемонстрировала миру свою невиновность, угрожая, что, «если та не исполнит свое обещание отомстить за убийство короля, то они [Валуа] не только сочтут ее обесчещенной, но и станут ее врагами». Спустя почти двадцать лет взгляды Екатерины не изменились: она не допускала даже мысли, что один монарх может казнить другого. Екатерина предвидела, какую реакцию смерть бывшей королевы Франции может вызвать в семействе Гизов и вообще у французских католиков. В смятении она писала Бельевру: «Я более всего скорблю о том, что вы уже ничего не смогли сделать для бедной королевы Шотландии. Никогда еще не было так, чтобы одна королева могла судить другую, попросившую у нее убежища, как она сделала, когда бежала из Шотландии».
Марию казнили 18 февраля 1587 года. Екатерина узнала об «ужасной смерти бедной королевы шотландцев» из донесения Бельевра, когда возвращалась в Париж после долгой и бесполезной поездки в Пуату. Ее первой реакцией стало глубокое горе и гнев из-за того, что воззвание Генриха осталось без ответа. Прибыв в столицу, она еще и встревожилась, обнаружив, как католические священники подогревают в народе возмущение, называя смерть Марии религиозным подвигом, ибо она стала жертвой иностранной королевы-еретички.
Поползли слухи, будто разгневанная толпа угрожает Генриху, обвиняя его в том, что якобы он приложил руку к казни Марии. Дабы чувствовать себя вне опасности, он увеличил штат своих телохранителей и, надеясь успокоить население, велел двору надеть траур. 13 марта в соборе Нотр-Дам отслужили заупокойную мессу. Жуайез и д'Эпернон вернулись в Париж в то же самое время, и представители Лиги опасались, что их присутствие «наполнит короля отвагой». Жуайез за время своего отсутствия дискредитировал себя в глазах короля, ибо, по слухам, начал поддерживать Гизов.
Теперь, когда Мария была мертва, Филипп II Испанский решил, что поведет войну с английской королевой, правда, гибкой во взглядах, но все же еретичкой, дабы на беспокойных островах восстановилась единая Истинная Вера. Он начал готовиться к грандиозному вторжению. Герцог Пармский, губернатор Испанских Нидерландов, получил инструкции подготовить все необходимое для морских и сухопутных сражений. В то же время Филипп требовал, чтобы Гиз, ныне его клиент и союзник Испании, решительно двигался к победе над Наваррским и французскими протестантами. Планируя использовать французские порты на Ламанше, чтобы атаковать англичан, Филипп нуждался в послушной Франции под контролем католиков, прежде чем приступить к своему «великому предприятию». Войну трех Генрихов пора было разжечь как следует.
Уловки, перестрелки и вялые баталии с периодическим преимуществом то одной, то другой стороны, чуть ли не по предварительной договоренности, отличали поначалу эту войну смешанных сил и противоестественных союзов. Теперь ей предстояло стать настоящей. Оставив Екатерину отвечать за дела в государстве, 12 сентября Генрих покинул столицу во главе армии, держа путь в долину Луары, где должен был перехватить рейтаров из Германии, идущих на помощь королю Наваррскому. Королева-мать, сразу помолодевшая, кинулась собирать снаряжение и оружие для войск сына. Никогда она не была более счастлива, чем в моменты наивысшего напряжения всех своих сил, осматривая фортификации и береговые оборонительные сооружения на случай нападения с моря. Ее неутомимые хлопоты приносили заметные результаты, несмотря на ограниченность ресурсов.
20 октября 1587 года, в битве при Кутра, Генрих Наваррский наголову разбил войска герцога де Жуайеза, который погиб в этом бою. Гиз одержал две победы над рейтарами — в Вимори (26 октября) и Оно (24 ноября), хотя к этому времени наемники уже отступали, подкупленные королем и давшие обещание покинуть территорию Франции. Гиз в ярости жаловался испанскому послу: «Эпернон не только встал между рейтарами и мной, он также дал им денег… да еще тысячу аркебузиров из собственной гвардии короля, и десять отрядов стрелков, чтобы прикрывать их отступление. Странно, что католическим силам приходится платить еретикам за тот ущерб, который они нанесли Франции. Каждый добрый француз должен почувствовать гнев». Екатерина видела вещи в совершенно ином свете и писала маршалу Матиньону, воодушевляя его: «Теперь мы должны благодарить Господа за помощь нам в таком деле, ибо это настоящее чудо, показывающее, что Он любит короля и королевство».
Когда Генрих 23 декабря вернулся в Париж, чтобы отпраздновать еще одну бесполезную победу, он посетил мессу, где восславил Господа за помощь католикам. На самом же деле причиной временной приостановки сражений стали только зимние холода, но отнюдь не военные достижения. Ситуация оставалась в подвешенном состоянии. У Наваррского все еще был весь юг, а народ стал куда беднее, голоднее и отчаяннее, нежели чем до начала войны. К вящему раздражению короля, Гиз был объявлен героем за свои победы в Вимори и Оно. В результате он стал ожидать соответствующего жеста от короля, в особенности же он надеялся получить привилегии покойного герцога де Жуайеза. Вместо этого Генриху удалось разозлить Гиза и парижан: он не только устроил Жуайезу пышные, почти королевские похороны, но и наградил и без того уже осыпанного милостями Эпернона, отдав ему владения и титулы покойного. Сестра Гиза, герцогиня де Монпансье, известная под прозвищем Фурия Лиги, еще более ревностная католичка, чем ее братья, осудила короля за неблагодарность и стала носить на поясе золотые ножницы. Она объявила, что они принесут Генриху третью корону; первая была польской, вторая — французской, третья же будет не короной, а тонзурой монаха.
