К декабрю 1994 года в ВС Ичкерии было сформировано две бригады, 7 отдельных полков и три батальона. Президентская гвардия состояла из 2 тыс. человек, подразделения чеченского МВД и Департамента госбезопасности — 3,5 тыс. служащих. Ещё до 40 тысяч человек состояли в ополчении. Широко применялись для ведения боевых действий и оказания помощи боевикам «мирные» жители, особенно чеченские подростки. Ситуация осложнялась тем, что на руководство России оказывали давление лидеры западных стран, в первую очередь США, требуя решить конфликт мирным путём.
Армия вошла в Чеченскую республику с трёх направлений 11 декабря в 7 часов утра с целью блокировать Грозный и затем постепенно разоружать фракции; предполагалось окружить город в течение первых трёх дней, а потом принудить противника выбираться из него на юг, далее в течение 4-10 дней занять Грозный без борьбы, а потом некоторое время чистить горы. Первыми следовали десантники и спецназовцы, затем армия, потом МВД, а Ми-24 и Су-25 прикрывали колонны с воздуха. В 5 утра 22 декабря начался обстрел Грозного, но только 24 числа стали с самолётов разбрасывать листовки с объяснениями для русского населения, которое полагало, что войска идут их освобождать и потому не рвалось покинуть города и укрыться в сельской местности, где, к тому же, у многих не было родственников. Хотя военные требовали ещё две недели на подготовку, 26 декабря на Совете безопасности было решено штурмовать и поскорее.
В Новогоднюю ночь штурм начался. Вдобавок к прочему, 1 января был день рождения Грачёва и тот, видимо, желал его должным образом отпраздновать. Согласно изначальному плану, наступление полагалось провести с трёх сторон. Авиационная поддержка обеспечена не была, и в любом случае 1–2 января была скверная погода. Карты были только крупномасштабные (1:50 тыс. или даже 1:100 тыс.), и точных указаний, что будет, командирам не дали. Более того, танкистам не выдали патронов для пулеметов, чтобы отвечать огнем на атаки сверху, из зоны вне досягаемости пушек, не объяснили, что делать и кому они подчиняются, некоторые машины для удобства несуществующей авиаподдержки покрасили по крышам белыми полосами, так что противнику было легче целиться. Западная и восточная группа двигаться к центру города не стали, так что северная (131-я мсб и 81-й мсп) практически не встречая сопротивления вошла в центр в одиночку, направляясь к железнодорожному вокзалу.
Заняв вокзал, командир 131-й бригады полковник Иван Савин разместил свою технику на прилегающей улице как резерв. После подбития первого и последнего танка колонна оказалась взаперти, и не могла отбиваться, поскольку пулемётами и артиллерией не доставала ни верхние этажи, ни подвалы, где и гнездился противник. Данные о потерях сильно разнятся, но ясно, что они были велики, как в живой силе, так и в технике. 106-ю и 76-ю дивизии отрядили на помощь уже уничтоженным частям поутру, но успеха они не добились.
3 января началось новое наступление, путём захвата города поквартально с предварительными авиаударами и артподготовкой.
21 января восточная и северная группы наступающих встретились в центре Грозного, 27 января военные действия в городе, по существу, завершились.
К началу февраля 1995 российская армия установила контроль над г. Грозный и начала продвижение в южные районы Чечни, в конце марта взяты штурмом — Шали, Аргун и Гудермес.
14 июня 1995 года состоялся рейд чеченского отряда под командованием Басаева на г. Буденовск (Ставропольский край), сопровождавшийся массовым захватом заложников в больнице и родильном доме. Эта акция привела к гибели 150 мирных граждан. Вслед за этим российская армия в Чечне фактически прекратила активные боевые действия. 9 января 1996 года отряд Салмана Радуева совершил нападение на город Кизляр (Дагестан). Совершив нападение на вертолётную базу, отряд отступил в город и занял здание больницы. Были захвачены в заложники жители ближайших домов (всего свыше 3000 человек, среди которых было много женщин и детей). В результате террористической атаки погибло 25 мирных граждан.
В апреле 1996 Джохар Дудаев был убит в результате ракетного удара.
В апреле же 1996 совет чеченских "полевых командиров" возложил исполнение обязанностей президента Республики Ичкерия на вице-президента Яндарбиева. Несмотря на подавляющее превосходство в живой силе, вооружении и воздушной поддержке, федеральные войска не смогли установить эффективный контроль над многими районами Чечни. Сказалась слабость и нерешительность, как политического, так и военного руководства России. Необустроенность российских границ на Кавказе приводила к тому, что сепаратисты получали постоянную «подпитку» из-за рубежа финансовыми средствами, вооружением, боеприпасами, добровольцами, инструкторами, прошедшими подготовку, в частности, в Афганистане. Средства поступали и от чеченцев, проживающих в других районах России, от чеченских организованных преступных группировок. В горных районах были созданы многочисленные базы, учебные лагеря, тайники с оружием, медикаментами и боеприпасами. Раненых боевиков вывозили на лечение за рубеж.
Серьёзные потери, которые понесли федеральные войска в Чечне, недостаточное боевое и тыловое обеспечение (некоторым подразделениям не доставалось еды по 6–8 дней), враждебность местного населения и непрекращающиеся нападения со стороны боевиков привели к падению морального духа личного состава. Российское государство потерпело поражение в пропагандистской войне. Общественное мнение России оказалось в целом настроено против продолжения боевых действий.
28 мая 1996 Ельцин впервые встретился с представителями Чеченской Республики Ичкерия (ЧРИ). С чеченской стороны в переговорах участвовали Зелимхан Яндарбиев, полевой командир Закаев и политический советник и. о. президента Ичкерии Хож-Ахмед Яриханов. Попытки заключить мир уже производились — к определенным датам — в мае 1995 к полувековому юбилею победы во второй мировой, в июне 1995 к саммиту Большой Семерки, в 1996 к выборам. На сей раз, результатом переговоров стало подписание соглашения "О прекращении боевых действий в Чечне с 1 июня". В течение 2 недель после подписания документа (до 10 июня) должны были получить свободу все пленные и заложники. Договорённость об этом в присутствии Бориса Ельцина подписали Черномырдин и Зелимхан Яндарбиев, а также представители миссии ОБСЕ.
На следующий день Борис Ельцин посетил Чечню. До его возвращения Яндарбиев оставался в Москве. Видимо, как заложник, что не делало чести Борису Николаевичу.
Летом 1996 в России состоялись президентские выборы. После нападения боевиков на Грозный 6 августа генерал Лебедь был назначен на пост секретаря Совета безопасности РФ и в этом качестве возглавил российскую делегацию на переговорах с чеченскими сепаратистами в Хасавюрте.
В августе 1996 Зелимхан Яндарбиев и Александр Лебедь в селении Новые Атаги объявили о создании наблюдательной комиссии для контроля за выполнением условий прекращения огня, а также наблюдательного совета, в который должны были войти секретари Советов безопасности Дагестана, Ингушетии и Кабардино-Балкарии. В 1996 были заключены соглашения между РФ и ЧРИ, по которым решение вопроса о статусе ЧРИ было отложено до 2001 года. Предполагался также обмен пленными по принципу "всех на всех", о котором правозащитники дискретно сказали, что "это условие не соблюдалось чеченцами". В 1997 президентом ЧРИ был избран Масхадов.
Межвоенное время
После подписания Хасавюртовских соглашений мира и спокойствия в Чечне и прилегающих к ней регионах не наступило. Чеченские криминальные структуры безнаказанно делали бизнес на массовых похищениях людей, захвате заложников (в том числе официальных российских представителей, работающих в Чечне), хищениях нефти из нефтепроводов и нефтяных скважин, производстве и контрабанде наркотиков, выпуске и распространении фальшивых денежных купюр, терактах и нападениях на соседние российские регионы. После гибели Дудаева в республике стало усиливаться влияние исламских экстремистов, лозунг создания национального государства был заменен на построение исламской республики на Северном Кавказе. На территории Чеченской Республики Ичкерия были созданы лагеря для обучения боевиков — молодых людей из мусульманских регионов России. Сюда направлялись из-за рубежа инструкторы по минно-подрывному делу, специалисты по партизанской войне и исламские проповедники. Значительную роль в жизни ЧРИ стали играть многочисленные арабские наёмники. Главной их целью стала дестабилизация положения в соседних с Чечнёй российских регионах и распространение идей сепаратизма на северокавказские республики (в первую очередь Дагестан, Черкесия, Балкария).
В апреле 1997 года взорвана бомба в здании железнодорожного вокзала на станции Армавир (Краснодарский край), 28 мая 1997 года — бомба на втором этаже здания вокзала станции Пятигорск (Ставропольский край). В 1998 банда полевого командира Хаттаба произвела несколько нападений на российских военнослужащих в Дагестане.
