В июне 1998 года президент Ичкерии Масхадов после столкновений между своими сторонниками и религиозными экстремистами в Гудермесском районе объявил ваххабизм в ЧРИ вне закона. Был выпущен указ о запрете всех проповедующих данное учение общественно-политических организаций, в том числе ряда работавших в Чечне саудовских и кувейтских религиозных фондов. Однако реализовать запрет не удалось, так как экстремистов поддержали Басаев и Яндарбиев. В марте 1999 был осуществлён взрыв на Центральном рынке Владикавказа, в результате которого произошли многочисленные человеческие жертвы.
В августе 1999 с территории ЧРИ отряды полевых командиров Басаева и Хаттаба вторглись на территорию Дагестана. Ожесточённые бои продолжались свыше трёх недель. Официальное правительство ЧРИ, неспособное контролировать действия различных вооружённых группировок на территории Чечни, отмежевалось от действий Шамиля Басаева, но практических действий против него не предприняло.
После разгрома отрядов Шамиля Басаева и Хаттаба российские федеральные войска, продолжая их преследование, были введены в ЧРИ. Началась вторая чеченская кампания.
Руководители сепаратистов не раз заявляли о намерении перенести войну на российскую территорию. Поэтому, когда с началом второй чеченской кампании произошла Москве (9 и 13 сентября 1999 г.) и Волгодонске (16 сентября 1999 г.), эти преступления потрясли Россию и мир. Первые данные расследования этих взрывов показали, что теракты организованы карачаевскими и дагестанскими ваххабитами, которые были связаны с арабскими наёмниками, осуществившими нападение на Дагестан. Теракты способствовали появлению массового убеждения, что за ними стоят чеченские сепаратисты.
Чечня в составе РФ
B 2001 году, по завершении второй чеченской кампании, были проведены «выборы» (инсценировка выборов) президента Чеченской Республики как субъекта РФ. Президентом стал перешедший на сторону федеральной власти Ахмат Кадыров.
9 мая 2004 Ахмат-хаджи Кадыров-старший погиб в результате теракта. Его преемником стал Алханов.
В марте 2005 президент самопровозглашённой Ичкерии Масхадов был уничтожен в ходе спецоперации. Также существует мнение, что он был уничтожен не в ходе отдельной операции спецслужб, а ранее, затем его тело было подброшено в подвал одного из домов.(? тело было снято вне пределов населенного пункта, в лесном лагере) Федеральные силы заявили, что уничтожили его в результате спецоперации, проведённой российскими войсками в селении Толстой-Юрт под Грозным. Полномочия президента Ичкерии перешли к вице-президенту Садулаеву.
В июне 2006 президент самопровозглашённой Ичкерии Абдул-Халим Садулаев был убит в результате спецоперации, проведённой российским ФСБ и чеченским спецназом в городе Аргун. Полномочия президента Ичкерии перешли к вице-президенту Умарову. Его заместителем стал Басаев. В июле 2006 Басаев был убит в результате взрыва сопровождаемого им грузовика со взрывчаткой. По версии ФСБ, взрыв стал следствием спецоперации, хотя источники, связанные с чеченскими сепаратистами, склонны утверждать о случайности и неосторожном обращении со взрывчаткой.
В феврале 2007 года А.Алханов ушёл с поста президента (формально по собственному желанию). Обязанности президента возложены на премьера Кадырова (младшего сына Ахмата Кадырова), который командует республиканскими силовыми структурами.
Тем временем на территории республики и соседних регионов сохраняется диверсионная и террористическая активность сепаратистов.
Работорговля в ЧРИ
В период контроля территории региона сепаратистами в Чечне работали рынки рабов: в Грозном и Урус-Мартане, где продавали людей, в том числе, похищенных из других российских регионов. В документальном фильме "Рынок рабов" телекомпании «ВИД», снятого на основе свидетельств заложников, рассказывается об обстоятельствах похищения и жизни в плену. Заложники похищались из Северного Кавказа, Ростова, Волгограда, Москвы. В частности, в фильме упоминается случай, когда в Урус-Мартане был сделан заказ на "17-летнюю блондинку, ростом 172 сантиметра, с третьим размером груди, девственницу". Через неделю девушка была похищена в Новороссийске и привезена в Чечню. Места ("зинданы"), где содержались рабы, были оборудованы решётками, цепями, нарами, окошками для подачи еды. По данным авторов фильма, в зинданах Грозного и Урус-Мартана содержалось более 6 тысяч человек. Поводом для съёмок фильма стало похищение в Чечне журналистов Ильяса Богатырева и Владислава Черняева.
По оценкам Тишкова, в Чечне за 1990-е годы более 46 тысяч человек обращено в рабство или использовалось на принудительных работах [Пути мира на Северном Кавказе / Независимый экспертный доклад под ред. В. А. Тишкова. — М, 1999. — С. 18.]. В апреле 1997 года Чечня получила 11 триллионов рублей финансовой помощи из государственного бюджета России, которые были расхищены сепаратистами.
Антисемитизм в политике сепаратистов
Правящая группировка сепаратистов в своей информационной политике пропагандировала антисемитизм. (Вахаев Л. Политические фантазии в современной Чеченской республике] // Чечня и Россия: общества и государства. Сборник материалов к конференции, 1999). Историк Лема Вахаев приводит один из примеров антисемитского высказывания ваххабитов: "Чтобы иметь иудейский метод мышления, необязательно являться евреем по крови или становиться таковым, сроднившись с "дочерью Сиона". Достаточно быть лицемером, трусом и скрягой… Недолго осталось ждать… когда о Чечне скажут: "Очередная Иудея"". Другим примером является выступление Аслана Масхадова "Сегодня я вынужден признать, что у нас есть ваххабитская идеология, которая делает из нашей молодежи роботов, отравляет ее сознание. Эта идеология привносится искусственно. Ее внедряют и распространяют наши враги и евреи…".
По мнению Вахаева, данное высказывание отражало мышление сепаратистов, находящихся у власти: "Антисемитизм сегодня привносится в чеченское общество правящей элитой, значительная часть которой находится под влиянием исламских радикалов-фундаменталистов. Именно поэтому на контролируемом движением ваххабитов телеканале «Кавказ» лейтмотив "Нам равных нет. Мы все сметем. Держись, Россия — мы идем!" неразрывно связан с призывом "Будет наш Иерусалим!". В официальной сепаратистской газете по поводу англичан говорилось: "Перед цивилизованным миром мы в очередной раз предстали в образе средневековых дикарей… Спецслужбы России и Израиля сегодня ликуют. Как и все явные и тайные враги ЧРИ". Как писал в своей книге представитель российского отделения лиги Василий Лихачёв: "Информационное обеспечение чеченским сепаратистам осуществлял Мовлади Удугов, известный своими антисемитскими взглядами. В результате после временной победы сепаратистов в 1996–1999 годах Чечня стала регионом победившего антисемитизма (что прекрасно иллюстрирует тезис о возможности антисемитизма без евреев — ведь речь идет о мифологии, а не о реальном противостоянии с реальным врагом).
Журналисты с удивлением констатировали, что "до войны чеченцы относились к этому народу достаточно доброжелательно, сегодня же ситуация резко изменилась". Чеченские боевики в интервью журналистам утверждали, что "чеченцы стали жертвой мирового сионистского заговора", или что "евреи руками глупых русских убивают мусульман" [Политический антисемитизм в современной России (авг. 2003) — Глава 2. Российские мусульмане и антисемитизм].
Георгий Заалишвили, который провел около года в плену в Чечне, отмечал: "Больше всего фундаменталисты по каким-то причинам ненавидели не русских, а евреев. Они снабжали меня литературой, которая в основе своей была такой же, которую распространяют в Москве «Память» и ей подобные организации. Жидо-масонский заговор был одной из излюбленных тем для бесед". В своём интервью предводитель группировки сепаратистов "Западный фронт ВС ЧРИ" Доку Умаров заявил [Авраам Шмулевич. Месть за президента] // Агентство политических новостей, 27 июня 2006]: Враги называют Джихад терроризмом. Это тоже одна из пропаганд сионизма, еврейское лобби, которое заправляет сегодня всей информационной системой в этом мире, старается очернить сегодня наш джихад, оклеветать наш джихад и наш народ какими-то именами… Сегодня евреи, сплотив те государства, которые подконтрольны им, объединили весь христианский мир для уничтожения мусульман… Я думаю, что мы стоим на пороге больших событий, когда мусульманский мир просыпается и понимает, что, вместо того, что бы они были рабами Аллаха, они были рабами евреев. Так что, думаю, братья-мусульмане поднимутся на большой джихад.
Этнические чистки
Абсолютное большинство населения в анклаве составляют чеченцы (95,5 %), проживают также русские, кумыки, аварцы, ногайцы, ингуши. До депортации чеченцев и последующего их возвращения в северных районах республики русские и русскоязычные (казаки) составляли абсолютное большинство населения. В Грозном и бассейне Сунжи их количество также было значительно. Довоенное русское и русскоязычное население было вынуждено покинуть территорию Чечни в период правления Джохара Дудаева в 1991–1994 гг, и значительное число погибло в период активных военных действий в 1994–1996 гг. Президент России Путин заявил, что в "результате этнических чисток в Чечне погибло до 30 тыс. человек, а возможно, и больше". В году «газета» со ссылкой на Министерство по делам национальностей России сообщила, что в Чечне с 1991 по 1999 годы было убито более 21 тыс. русских (не считая погибших в ходе военных действий), захвачено более 100 тысяч квартир и домов, принадлежащих представителям не чеченских этносов, более 46 тыс. человек были фактически превращены в рабов. У них отбиралось имущество и паспорта при попустительстве республиканских и федеральных властей. Более 450 тысяч человек вынуждено было бежать. Несмотря на то, что существуют многочисленные свидетельства того, что убийства, грабежи и иные преступления в Чечне массово производились со стороны боевиков, российские правоохранительные и судебные органы только эпизодически направляли свои усилия на юридическое закрепление этого факта и редко доводили эти действия до конца. В России не был проведен ни один громкий процесс над руководителями Чечни, также не расследовались вменяемые им преступления. Большинство террористов были уничтожены в результате проводимых спецопераций контр террористического характера.
