Секретариат заместителя председателя Правительства РФ Д.Н. Козака: Елена Юрьевна Кулешова (с 27.10.2008)
Секретариат заместителя председателя Правительства РФ — министра финансов РФ А.Л. Кудрина: Алексей Владимирович Глаголев (с окт. 2007)
Секретариат заместителя председателя Правительства РФ И.И. Сечина: Олег Александрович Еровинкин (с 19.5.2008)
Секретариат заместителя председателя Правительства РФ А.Г. Хлопонина: Андрей Юрьевич Ушаков (с 21.1.2010)
Секретариат руководителя Аппарата Правительства РФ — заместителя председателя Правительства РФ: Андрей Владиславович Кротов (с 17.9.2004)
Полномочный представитель Правительства РФ в Совете Федерации: Андрей Владимирович Яцкин (с апр. 2004)
Полномочный представитель Правительства РФ в Государственной думе: Андрей Викторович Логинов (с 2000)
Полномочный представитель Правительства РФ в Конституционном, Верховном и Высшем арбитражном судах РФ: Михаил Юрьевич Барщевский (с 26.7.2001)
Административный департамент: Михаил Иванович Лычагин (с 17.9.2004)
Департамент государственного управления, регионального развития и местного самоуправления: Максим Геннадьевич Решетников (с 12.10.2009)
Департамент культуры: Денис Владимирович Молчанов (с 26.4.2004)
Департамент международного сотрудничества: Татьяна Дмитриевна Валовая (с 26.4.2004)
Департаменрт оборонной промышленности: Николай Федорович Моисеев (с 30.5.2006)
Департамент промышленности и инфраструктуры: Максим Юрьевич Соколов (с 4.12.2009)
Департамент агропромышленного комплекса: Игорь Михайлович Руденя (с 15.11.2007)
Департамент социального развития: Нелли Борисовна Найговзина (с 21.5.2008)
Департамент экономики и финансов: Андрей Рэмович Белоусов (с 17.7.2008)
Правовой департамент: Константин Юрьевич Панферов (с 30.10.2009)
Департамент делопроизводства и архива: Андрей Дмитриевич Ряховский (с 26.4.2004)
Департамент управления делами: Вячеслав Александрович Кокунов (с 26.4.2004)
Департамент контроля и проверки выполнений решений Правительства РФ: Павел Владимирович Кюннапу (с 3.7.2008)
Департамент по подготовке текстов публичных выступлений председателя Правительства РФ: Дмитрий Раваилович Калимулин (с 25.4.2008)
Департамент по обеспечению деятельности Военно-промышленной комиссии (с 17.3.2009): Сергей Владимирович Хуторцев (с 17.3.2009)
Департамент пресс-службы и информации: Александр Юрьевич Смирнов (с 27.5.2008)
Департамент протокола: Владимир Евгеньевич Островенко (с 26.5.2008)
Департамент информационных технологий и связи (с 16.10.2009): Константин Юрьевич Носков (с 16.10.2009)
Департамент науки, высоких технологий и образования (с 3.2.2010): Александр Витальевич Хлунов (с 3.2.2010)
Органы при Правительстве РФ:
Академия народного хозяйства при Правительстве РФ: Владимир Александрович Мау
Государственный университет — Высшая школа экономики: Ярослав Иванович Кузьминов
Институт законодательства и сравнительного правоведения при Правительстве РФ: Талия Ярулловна Хабриева
Информационное телеграфное агентство России: Виталий Никитич Игнатенко
Российский государственный военный историко-культурный центр при Правительстве РФ: Юрий Петрович Квятковский
Аналитический центр при Правительстве РФ: Андрей Викторович Зверев
Финансовая академия при Правительстве РФ: Мухадин Абдурахманович Эскиндаров
I. Федеральные министерства, федеральные службы и федеральные агентства, руководство деятельностью которых осуществляет Президент РФ, федеральные службы и федеральные агентства, подведомственные этим федеральным министерствам
МИНИСТЕРСТВО ВНУТРЕННИХ ДЕЛ РФ
Министр внутренних дел: генерал армии Рашид Гумарович Нургалиев (с 9.3.2004)
1-й заместитель министра: генерал-полковник милиции Михаил Игоревич Суходольский (с 24.3.2008)
Заместители министра: генерал-полковник милиции Аркадий Леонидович Еделев (с 2004), действительный государственный советник РФ 1-го класса Евгений Михайлович Школов (с 19.11.2007), генерал-лейтенант милиции Александр Михайлович Смирный (с 8.9.2008); генерал-лейтенант милиции Алексей Васильевич Аничин (с 11.1.2009)
Статс-секретарь — заместитель министра: генерал-полковник милиции Николай Александрович Овчинников (с 17.3.2006)
Главное командование внутренних войск
главнокомандующий внутренними войсками МВД РФ — заместитель министра внутренних дел РФ: генерал армии Николай Евгеньевич Рогожкин (с 13.8.2004)
1-й заместитель главнокомандующего: генерал-полковник Евгений Васильевич Баряев (с 20.9.2005)
1-й заместитель главнокомандующего — начальник Главного штаба внутренних войск: генерал-полковник Сергей Викторович Бунин (с 13.8.2004)
Заместитель главнокомандующего: генерал-лейтенант Евгений Павлович Лазебин (с 20.12.2006)
Заместитель главнокомандующего — начальник Управления боевой подготовки: генерал-майор Юрий Александрович Бабкин
Заместитель главнокомандующего — начальник Управления по работе с личным составом: генерал-лейтенант Сергей Степанович Топчий (с 22.5.2003)
Заместитель главнокомандующего по авиации — начальник Авиационного управления: генерал-лейтенант Юрий Владимирович Пыльнев (с авг. 2002)
Заместитель главнокомандующего по вооружению — начальник вооружения: генерал-лейтенант Сергей Петрович Юрченко (с дек. 2004)
Заместитель главнокомандующего по тылу — начальник тыла: генерал-лейтенант Николай Владимирович Любченко (с 20.9.2005)
Главный инспектор — координатор Главкомата: генерал-лейтенант Александр Викторович Будников (с 2007)
Региональные командования внутренних войск
Центральное: генерал-полковник Александр Григорьевич Львов
Северо-Западное: генерал-майор Павел Петрович Дашков
Северо-Кавказское: генерал-лейтенант Евгений Михайлович Внуков
Приволжское: генерал-лейтенант Яков Викторович Недобитко (с 2007)
Уральское: генерал-лейтенант Владимир Иванович Романов
Сибирское: генерал-лейтенант Александр Викторович Бутин
Восточное: генерал-лейтенат Виктор Николаевич Стригунов (с 2007)
Отдельная дивизия оперативного назначения: полковник Павел Борисович Бобков (с 2008)
Следственный комитет:
начальник: генерал-лейтенант милиции Алексей Васильевич Аничин (с 18.4.2006)
заместители: генерал-майор юстиции Юрий Федорович Алексеев (с 11.6.2008), генерал-майор юстиции Олег Владимирович Логунов (с 11.6.2008); Николай Иванович Шелепанов (с 21.2.2008)
Центральный аппарат МВД РФ
Департамент обеспечения правопорядка на транспорте: генерал-лейтенант милиции Вячеслав Владимирович Захаренков (с 12.2.2005)
Административный департамент: генерал-лейтенант внутренней службы Валерий Алексеевич Майданов
Департамент государственной защиты имущества: генерал-лейтенант милиции Вадим Владимирович Савичев (с июня 2005)
Департамент кадрового обеспечения: генерал-лейтенант милиции Владимир Яковлевич Кикоть (с 15.2.2005)
Департамент обеспечения безопасности дорожного движения: генерал-полковник милиции Виктор Николаевич Кирьянов (с 2005)
Департамент обеспечения правопорядка на закрытых территориях и режимных объектах: генерал-лейтенант милиции Владимир Владимирович Шлемин (с 2005)
Департамент охраны общественного порядка: генерал-майор милиции Юрий Николаевич Демидов (и.о.; с апр. 2009)
Департамент по противодействию экстремизму (создан 1.11.2008): генерал-лейтенант милиции Юрий Александрович Коков (с 1.11.2008)
Департамент собственной безопасности: генерал-майор Юрий Владимирович Драгунцов (с марта 2006)
Департамент тыла: генерал-майор милиции Владимир Викторович Лукьянов (с 5.8.2008)
Департамент уголовного розыска: генерал-полковник милиции Искандер Галимзянович Галимов (с 2007)
Департамент экономической безопасности: генерал-лейтенант милиции Юрий Андреевич Шалаков (с февр. 2008)
Организационно-инспекторский департамент: генерал-майор милиции Владислав Александрович Волынский (с 1.10.2008)
Правовой департамент: генерал-лейтенант милиции Валерий Васильевич Черников (с февр. 2005)
Финансово-экономический департамент: генерал-лейтенант милиции Светлана Николаевна Перова (с июня 2001)
Главный информационно-аналитический центр: генерал-майор милиции Евгений Владимирович Мартынов (с 1.10.2008)
Экспертно-криминалистический центр: генерал-лейтенант милиции Владимир Васильевич Мартынов (с янв. 2004)
Центр оперативного руководства деятельностью специальных подразделений МВД РФ: генерал-лейтенант милиции Владимир Горшуков (с 11.7.2008)
Управление «К»
Центр «Олимпиада-2014»: генерал-майор милиции Юрий Николаевич Демидов (1.10.2008–4.2009)