Федеральное казенное предприятие «Управление заказчика капитального строительства МО РФ»: генерал-майор Владимир Петрович Кондратенко
Федеральное управление накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих
Заместитель министра по финансово-экономической работе: Вера Ергешевна Чистова (с 14.4.2009)
Департамент финансового планирования
Департамент финансирования, учета и отчетности
Департамент социальных гарантий
Начальник аппарата министра: Андрей Сергеевич Чоботов (с окт. 2004)
Главное правовое управление
Управление государственной экспертизы: Евгений Валерьевич Першаков
Управление делами МО РФ: генерал-майор Дмитрий Юрьевич Чуркин (с 16.4.2005)
Инспекция государственного архитектурно-строительного надзора
Хозяйственное управление МО РФ
Приемная МО РФ
Экспертный центр: Дмитрий Георгиевич Фролов
Структура Вооруженных сил РФ
Сухопутные войска
Главнокомандующий СВ РФ: генерал-полковник Александр Николаевич Постников (с 13.1.2010)
Начальник Главного штаба — 1-й заместитель генерал-лейтенант Сергей Иванович Скоков (с мая 2009)
Заместитель главнокомандующего СВ РФ: генерал-лейтенант Александр Игоревич Студеникин (с 7.7.2009)
Начальник вооружения — заместитель главнокомандующего СВ РФ по вооружению: генерал-майор Виктор Владимирович Лизвинский (с 30.6.2009)
Заместитель главнокомандующего СВ по воспитательной работе — начальник Управления воспитательной работы: генерал-майор Виктор Александрович Батмазов (с дек. 2006)
Начальник инженерных войск ВС РФ:
Начальник ракетных войск и артиллерии: генерал-лейтенант Сергей Васильевич Богатинов (с 10.9.2008)
Начальник войсковой ПВО: генерал-майор Михаил Кондратьевич Круш (с 24.11.2008)
Начальник войск радиационной, химической и биологической защиты ВС РФ: полковник Евгений Геннадьевич Старков (с 9.6.2008)
Военно-воздушные силы
Главнокомандующий ВВС: генерал-полковник Александр Николаевич Зелин (с 10.5.2007)
Начальник Главного штаба ВВС: генерал-лейтенант Игорь Иванович Хворов (10.5.2007–21.9.2008), генерал-лейтенант Вадим Юрьевич Волковицкий (с 21.9.2008)
Заместитель главнокомандующего ВВС: генерал-полковник Анатолий Алексеевич Ноговицын (2002–7.2008)
Заместитель главнокомандующего ВВС по авиации — начальник авиации: генерал-лейтенант Игорь Васильевич Садофьев (с 10.5.2007)
Заместитель главнокомандующего ВВС по ПВО: генерал-лейтенант Сергей Николаевич Разыграев (с 3.2009)
Заместитель главнокомандующего ВВС по вооружению: генерал-лейтенант Александр Иванович Павлов (с янв. 2005)
Заместитель главнокомандующего ВВС по воспитательной работе — начальник Управления воспитательной работы: генерал-майор Сергей Иванович Шевченко (с сент. 2004)
Главный штурман ВВС: генерал-майор Сергей Кузьмич Нужин
Начальник зенитных ракетных войск ВВС: генерал-майор Сергей Владимирович Попов (с июня 2008)
Военно-морской флот
Главнокомандующий ВМФ: адмирал Владимир Сергеевич Высоцкий (с 13.9.2007)
Начальник Главного штаба ВМФ: адмирал Михаил Леопольдович Абрамов (с 4.9.2005)
Северный флот (СФ)
командюущий: вице-адмирал Николай Михайлович Максимов (19.11.2007)
Тихоокеанский флот (ТОФ)
командующий: вице-адмирал Константин Семенович Сиденко (с 6.12.2007)
начальник штаба — 1-й заместитель командующего войсками и силами на Северо-Востоке: контр-адмирал Сергей Гаврилович Алекминский (с 16.2.2008)
начальник штаба — 1-й заместитель командующего ТОФ: вице-адмирал Толстых Александр (с 6.2.2008)
Черноморский флот (ЧФ)
командующий: вице-адмирал Александр Дмитриевич Клецков (17.7.2007)
начальник штаба — 1-й заместитель командуюущего: вице-адмирал Александр Владимирович Троян (с 15.12.2006)
заместитель командуюущего: вице-адмирал Сергей Иванович Меняйло (с 30.5.2009)
Балтийский флот (БФ)
командующий: вице-адмирал Виктор Викторович Чирков (с 8.9.2009)
заместитель командующего: вице-адмирал Василий Никанорович Апанович
заместитель командующего — начальник тыла: контр-адмирал Шекурь Алимович Богданов
Каспийская военная флотилия (КВФ)
командующий: контр-адмирал Виктор Петрович Кравчук (с 4.11.2005)
Ракетные войска стратегического назначения
Командующий РВСН: генерал-лейтенант Андрей Анатольевич Швайченко (с 3.8.2009)
Начальник штаба — 1-й заместитель командующего: генерал-лейтенант Сергей Викторович Каракаев (с 22.10.2009)
Заместитель командующего: генерал-лейтенант Владимир Григорьевич Гагарин (с 1.4.2006)
Начальник вооружения — заместитель командующего: генерал-лейтенант Виталий Владимирович Линник (с июня 2001)
Начальник тыла — заместитель командующего по тылу: генерал-майор Алексей Владиславович Чикунов (с 9.2008)
Космические войска
Командующий: генерал-майор Олег Николаевич Остапенко (с 3.7.2008)
Начальник штаба — 1-й заместитель командующего: генерал-майор Александр Николаевич Якушин (с 15.9.2008)
Воздушно-десантные войска
Командующий: генерал-лейтенант Владимир Анатольевич Шаманов (с 24.5.2009)
Военно-административное деление территории страны
Московский военный округ
Командующий: генерал-полковник Валерий Васильевич Герасимов (с 5.2.2009);
Начальник штаба — 1-й заместитель командующего: генерал-лейтенант Владимир Борисович Зарудницкий (с 22.4.2009)
Заместитель командующего: генерал-лейтенант Владимир Борисович Зарудницкий (с 22.4.2009)
Начальник тыла — заместитель командующего по тылу: полковник Андрей Александрович Митюшкин (с 9.2009)
Начальник вооружения — заместитель командующего по вооружению: генерал-майор Владимир Анатольевич Солдатенко (с 24.4.2008)
Заместитель командующего по воспитательной работе: полковник Владимир Левонтьевич Жаров (с 9.2009)
Военный комендант г. Москвы: генерал-лейтенант Александр Николаевич Денисов (с 1998)
Ленинградский военный округ
Командующий: генерал-лейтенант Николай Васильевич Богдановский (с 7.4.2009)
Начальник штаба — 1-й заместитель командующего: генерал-майор Иван Александрович Бувальцев (с 13.1.2010)
Заместитель командующего: генерал-лейтенант Николай Георгиевич Дымов
Начальник вооружения — заместитель командующего по вооружению: генерал-майор Владимир Владимирович Тихонов (с 2007)
Начальник тыла — заместитель командующего по тылу: генерал-майор Александр Николаевич Швецов (с 2008)
Заместитель командующего по воспитательной работе: генерал-майор Руслан Шамсудинович Нехай
Заместитель командующего по расквартированию и обустройству войск: полковник Валерий Иванович Кузнецов (с окт. 2007)
Заместитель командующего войсками округа по финансово-экономической работе — начальник Финансово-экономического управления: Валентина Николаевна Маковеева (с 22.6.2009)
Приволжско-Уральский военный округ
Командующий: генерал-лейтенант Аркадий Викторович Бахин (с 3.12.2008)
Начальник штаба — 1-й заместитель командующего: генерал-майор Сергей Владимирович Суровикин (с 13.1.2010)
Заместитель командующего по тылу: генерал-майор Юрий Александров Свинцов (с 12.2009)
Северо-Кавказский военный округ
Командующий: генерал-лейтенант Александр Викторович Галкин (с 13.1.2010);
Сибирский военный округ
Командующий: генерал-лейтенант Владимир Валентинович Чиркин (с 13.1.2010)
Начальник штаба — 1-й заместитель командующего:
Начальник вооружения — заместитель командующего по вооружению: генерал-лейтенант Евгений Александрович Самодуров
Начальник тыла — заместитель командующего по тылу: генерал-майор Андрей Викторович Топоров (с 2008)
Заместитель командующего по воспитательной работе — начальник Управления воспитательной работы: полковник Михаил Вячеславович Смыслов (с 2009)
Заместитель командующего по строительству и расквартированию войск: полковник Магомед Гасанович Хандаев (с 2008)
Заместитель командующего по финансово-экономической работе — начальник Финансово-экономического управления: полковник Александр Иванович Щетина (с 2008)
Дальневосточный военный округ
Командующий: генерал-полковник генерал-полковник Олег Леонидович Салюков (с 16.1.2009)
Начальник штаба — 1-й заместитель командующего: Анатолий Алексеевич Сидоров (с 22.10.2009)
Калининградский особый район, см. Балтийский флот
Федеральная служба по военно-техническому сотрудничеству (ФСВТС РФ)
Директор: генерал-лейтенант Михаил Аркадьевич Дмитриев (с 8.4.2004)
1-й заместитель директора: Александр Васильевич Фомин (с 3.11.2007)